View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4230_high_13 (Length: 350)

Name: NF4230_high_13
Description: NF4230
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4230_high_13
NF4230_high_13
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (9-335)||(27514279-27514606)
chr4 (9-335)||(27468755-27469091)
chr4 (11-335)||(27523909-27524243)
chr4 (9-335)||(27475988-27476321)
chr4 (143-334)||(27508295-27508486)
chr4 (11-251)||(27503395-27503642)
chr4 (112-335)||(27489497-27489718)
chr4 (9-109)||(27508487-27508587)
chr4 (145-265)||(27556962-27557082)
chr4 (152-268)||(27497858-27497975)
chr4 (142-211)||(27506256-27506325)
chr4 (142-211)||(27479399-27479468)
chr4 (27-105)||(27517369-27517448)
chr4 (144-207)||(27431875-27431937)
chr4 (142-204)||(27486459-27486521)
chr4 (140-197)||(27526689-27526747)
chr4 (140-214)||(27554101-27554174)
chr4 (243-284)||(27473413-27473454)
chr4 (246-298)||(27517168-27517220)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 9 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 27514606 - 27514279
Alignment:
Q  9 agcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaa-tgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27514606 agcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatg 27514507  T
Q  108 tcagcctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27514506 tcagcctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagct 27514407  T
Q  208 agtaagtgactttaatgccatagataacaatataacaacataaaccattctacatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatgaagcttatg 307  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27514406 agtaagtgactataatgccatagataacaatataacaacataaaccattctatatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatgatgcttatg 27514307  T
Q  308 ctcaagaattatgcattatctatctact 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27514306 ctcaagaattatgcattatctatctact 27514279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 9 - 335
Target Start/End: Original strand, 27468755 - 27469091
Alignment:
Q  9 agcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaa-tgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27468755 agcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatg 27468854  T
Q  108 t---------cagcctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctga 198  Q
    |         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  27468855 tgctcaagtgcagcctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgccga 27468954  T
Q  199 tgtccagctagtaagtgactttaatgccatagataacaatataacaacataaaccattctacatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatg 298  Q
    |||  |||| |||||||||| ||| ||||| |||||||||| | ||||  |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| || |||||    
T  27468955 tgtgaagctggtaagtgactataaggccatggataacaatagatcaactcaaaccattctacatgtctgtggttctactttcaagtctatctatcatatg 27469054  T
Q  299 aagcttatgctcaagaattatgcattatctatctact 335  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27469055 atgcttctactcaagaattatgcattatctatctact 27469091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 6e-99
Query Start/End: Original strand, 11 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 27524243 - 27523909
Alignment:
Q  11 catagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgt-- 108  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  27524243 catagggataaggtagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctaccttcttaaacaatatccaatacaaagcttccaattgctaccaaatgagatgtgc 27524144  T
Q  109 -------cagcctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgt 201  Q
           || | |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27524143 tcaagtgcaacgtcatatttcttcatgatttaattggtttccttcataatttcgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgt 27524044  T
Q  202 ccagctagtaagtgactttaatgccatagataacaatataacaacataaaccattctacatgtttgtggctt-tactttcaagtctatcaattatatgaa 300  Q
    |||||| ||||||| ||  |  || || |||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||     
T  27524043 ccagctggtaagtgtctacatggctatggataacaattgatcaacataaaccattctacatgtctgtggtttgtactttcaagtctatcaattatatgat 27523944  T
Q  301 gcttatgctcaagaattatgcattatctatctact 335  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27523943 gcttttgcacaagaattatgcattatctatctact 27523909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 9 - 335
Target Start/End: Original strand, 27475988 - 27476321
Alignment:
Q  9 agcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctacctt-cttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatg 107  Q
    |||| |||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||    
T  27475988 agcacagggataaggtagcatggggtgttgtcttagagtgtaccctacctttcctaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaaaaaataagatg 27476087  T
Q  108 tca---------gcctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctga 198  Q
    | |         ||||||||||| |||||||||||||| | ||     |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  27476088 tgatcaagtatagcctcatatttgttcatgatttaattagcgtca---ataattttgtaagcatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgccga 27476184  T
Q  199 tgtccagctagtaagtgactttaatgccatagataacaatataacaacataaaccattctacatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatg 298  Q
    |||  |||| ||| |||||| ||| | ||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  27476185 tgtgaagctggtatgtgactctaaggacatggataacaatagatcaacataaaccattctacatgtctgtggttgtactttcaagtctatcaattatatg 27476284  T
Q  299 aagcttatgctcaagaattatgcattatctatctact 335  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27476285 atgcttctgctcaagaattatgcattatctatctact 27476321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 143 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 27508486 - 27508295
Alignment:
Q  143 cttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagctagtaagtgactttaatgccatagataacaatataa 242  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |     
T  27508486 cttcataattttataaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctagtaagtgactataaggccatagataacaatagat 27508387  T
Q  243 caacataaaccattctacatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatgaagcttatgctcaagaattatgcattatctatctac 334  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| ||||    
T  27508386 caacagaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatcaattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctac 27508295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 11 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 27503642 - 27503395
Alignment:
Q  11 catagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctacctt-cttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgtc 109  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||     
T  27503642 catagggataatgtagcatgtggtgttgtcttagagtgtcccctacctttcctaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaaaaaataagatgtg 27503543  T
Q  110 a---------gcctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatg 200  Q
    |         ||||||||||| |||||||||||||| | ||     |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  27503542 atcaagtatagcctcatatttgttcatgatttaattagcgtca---ataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgttgatg 27503446  T
Q  201 tccagctagtaagtgactttaatgccatagataacaatataacaacataaa 251  Q
    |||||||  ||||||||| ||| || || |||||||||| | |||||||||    
T  27503445 tccagctgataagtgactataaggcaatggataacaatagatcaacataaa 27503395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 112 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 27489718 - 27489497
Alignment:
Q  112 cctcatatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagctagta 211  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||| ||     
T  27489718 cctcatatttattcatgcattaattggt--actttgtaattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgaaaatgtcgatgtccagctggtt 27489621  T
Q  212 agtgactttaatgccatagataacaatataacaacataaaccattctacatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatgaagcttatgctca 311  Q
    ||||| | ||| || ||  ||||  ||  | || ||||  ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||    
T  27489620 agtgattataaggcaatgtataattatggatcatcataggccattctacatgtctgtggttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttctgcaca 27489521  T
Q  312 agaattatgcattatctatctact 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  27489520 agaattatgcattatctatctact 27489497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 27508587 - 27508487
Alignment:
Q  9 agcatagggataaggtctcatgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgt 108  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27508587 agcatagtgataaggtagcatgtggtgctgtcttagagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttcctaccaaatgagatgt 27508488  T
Q  109 c 109  Q
    |    
T  27508487 c 27508487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 265
Target Start/End: Original strand, 27556962 - 27557082
Alignment:
Q  145 tcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagctagtaagtgactttaatgccatagataacaatataaca 244  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| ||||||| |||||||| | ||| || || |||||||||| | ||    
T  27556962 tcataattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgatagtgttgatttccagctggtaagtgattataacgcaatggataacaatagatca 27557061  T
Q  245 acataaaccattctacatgtt 265  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27557062 acataaaccattctacatgtt 27557082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 152 - 268
Target Start/End: Original strand, 27497858 - 27497975
Alignment:
Q  152 tttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagctagtaagtga-ctttaatgccatagataacaatataacaacataa 250  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||  | ||| ||  | |||||||||| | ||||||||    
T  27497858 tttgtaaacaggcttaggacatgttttcttcattatgataatgttgatgtctagctggtaagtgagatataaggcagtggataacaatagatcaacataa 27497957  T
Q  251 accattctacatgtttgt 268  Q
    ||||||||||||||||||    
T  27497958 accattctacatgtttgt 27497975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 142 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 27506325 - 27506256
Alignment:
Q  142 acttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagctagta 211  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||    
T  27506325 acttcataattttgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcaaagtgctgatgtccagctagta 27506256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 142 - 211
Target Start/End: Original strand, 27479399 - 27479468
Alignment:
Q  142 acttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagctagta 211  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||    
T  27479399 acttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcatggtgctgatgtccagctagta 27479468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 27517448 - 27517369
Alignment:
Q  27 catgtggtgttgtct-aagagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgaga 105  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  27517448 catgtggcgttgtcttaagattgtaccccaccttctcaaacaatggccaacacaaagcttccacttggaaccaattgaga 27517369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 144 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 27431937 - 27431875
Alignment:
Q  144 ttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagct 207  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||  |||||||| ||||||||||||    
T  27431937 ttcataattttgtaaacatgcattatacatg-tttcttcatcttgataatgttgatgtccagct 27431875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 142 - 204
Target Start/End: Original strand, 27486459 - 27486521
Alignment:
Q  142 acttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtcca 204  Q
    ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||| | | || |||||||||    
T  27486459 acttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 27486521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 140 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27526747 - 27526689
Alignment:
Q  140 gtacttcataattttgtaaacatgctttagacatg-ttttctgcattatgataatgctg 197  Q
    |||||||||||||||| ||||||  || ||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  27526747 gtacttcataattttgaaaacattgttcagacatgtttttcttcattatgataatgctg 27526689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 140 - 214
Target Start/End: Original strand, 27554101 - 27554174
Alignment:
Q  140 gtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagctagtaagt 214  Q
    |||||||||||||||| |||||||  | ||||||| ||||| |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||    
T  27554101 gtacttcataattttgcaaacatgtctaagacatg-tttcttcattttgataatgttgatctccagctggtaagt 27554174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 243 - 284
Target Start/End: Original strand, 27473413 - 27473454
Alignment:
Q  243 caacataaaccattctacatgtttgtggctttactttcaagt 284  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  27473413 caacataaaccactctacatgtttgtggttatactttcaagt 27473454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 246 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 27517220 - 27517168
Alignment:
Q  246 cataaaccattctacatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatg 298  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||  || |||||||||    
T  27517220 cataaaccactctacatgtttgtggttatactttcaagttgattaattatatg 27517168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University