View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4233_high_3 (Length: 396)

Name: NF4233_high_3
Description: NF4233
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4233_high_3
NF4233_high_3
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (16-379)||(4134505-4134868)
chr8 (16-379)||(4145307-4145670)
chr8 (24-379)||(4123960-4124315)
chr8 (24-379)||(4153310-4153665)
chr8 (24-368)||(4163674-4164024)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 16 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 4134868 - 4134505
Alignment:
Q  16 cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4134868 cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgaacaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaac 4134769  T
Q  116 agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  4134768 agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtatcatcatttggtcaa 4134669  T
Q  216 caaacatttcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagttt 315  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4134668 caaacatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagttt 4134569  T
Q  316 cacacaccctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaag 379  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  4134568 cacacaccctgcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaataaagttacaggtaag 4134505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 16 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 4145670 - 4145307
Alignment:
Q  16 cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaac 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4145670 cacagacctcaagctaggatttttcagcccattaaattcgcccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgagaccaacaacatatggattgcaaac 4145571  T
Q  116 agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaa 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145570 agagatcaaccactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaattttgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaa 4145471  T
Q  216 caaacatttcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagttt 315  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4145470 caaacatttcatcttcaacaaattcaacagctaaacttgatgatgcagggaacttgattctaagagacatcaattctggagcaacaatctgggatagttt 4145371  T
Q  316 cacacaccctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaag 379  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4145370 cacacacccttcagattcagctgttccatcgatgaaaattgcatctaacaaagttacaggtaag 4145307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 24 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 4124315 - 4123960
Alignment:
Q  24 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4124315 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4124216  T
Q  124 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 223  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||||    
T  4124215 accactcaaagattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt 4124116  T
Q  224 tcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 323  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4124115 tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 4124016  T
Q  324 ctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaag 379  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||| |||||||||    
T  4124015 ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaag 4123960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 24 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 4153665 - 4153310
Alignment:
Q  24 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4153665 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaataagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4153566  T
Q  124 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    || || |||||||||||||||    
T  4153565 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaattttataatattgaacaaaccaaatggtgttattatatggtcaacaaacatt 4153466  T
Q  224 tcaacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 323  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4153465 tcatcttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcagttccggagcaacaatctgggatagtttcacacacc 4153366  T
Q  324 ctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaagttacaggtaag 379  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||| |||||||||    
T  4153365 ctgcagatgcagctgttccaacaatgagaattgcagctaaccaagtaacaggtaag 4153310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 24 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 4164024 - 4163674
Alignment:
Q  24 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacttaggaatttggtacatcaatgaaaccaacaacatatggattgcaaacagagatca 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4164024 tcaagctaggatttttcagcccattaaattcaaccaaccgttacctaggaatttggtacatcaatgagaccaacaatatatggattgcaaacagagatca 4163925  T
Q  124 accactcaaagattcaaatggaattgtcacaattcacaaagatggaaatcttgtaatattgaacaaaccaaatggcagcatcatttggtcaacaaacatt 223  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  4163924 accactcaaggattcaaatggaatagtcacaattcacaaaaatggaaatcttgtaatattgaacaaagaaaatggtagcatcatttggtcaacaagcatt 4163825  T
Q  224 t------caacttcaacaaattcaacagctcaacttgctgattcaggaaacttgattttgagagatatcaattctggagcaacaatctgggatagtttca 317  Q
    |      ||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||| | || || ||||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  4163824 tcaagtccaaattcaataaattccacagctcaacttgttgatgtaggaaacttgattctaagtgacatcaattctagatcaacaatttgggatagtttca 4163725  T
Q  318 cacaccctgcggatgcagctgttccatcgatgaagattgcatctaacaaag 368  Q
    | |||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||    
T  4163724 ctcaccctgcggatgccgctgttccaacgatgagaattgcatctaataaag 4163674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University