View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4246_high_3 (Length: 589)

Name: NF4246_high_3
Description: NF4246
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4246_high_3
NF4246_high_3
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (13-550)||(41367037-41367574)
chr5 (16-444)||(41332861-41333289)
chr5 (13-392)||(41316884-41317263)
chr5 (15-431)||(41287052-41287468)
chr5 (58-392)||(41324993-41325327)
chr5 (15-456)||(31177509-31177950)
chr5 (13-392)||(41311089-41311468)
chr5 (15-456)||(31187572-31188013)
chr5 (13-444)||(41328925-41329356)
chr5 (20-452)||(31225770-31226202)
chr5 (96-431)||(41305279-41305614)
chr5 (13-447)||(41337665-41338099)
chr5 (212-452)||(41369921-41370161)
chr5 (330-421)||(41311706-41311799)
chr5 (498-563)||(31187445-31187510)
chr5 (330-400)||(41333428-41333500)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (13-430)||(17248415-17248832)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (324-379)||(23024152-23024207)
chr3 (211-274)||(22946389-22946452)
chr3 (240-285)||(22855276-22855321)
chr3 (210-271)||(22986265-22986326)
chr3 (211-259)||(22971951-22971999)
chr3 (327-379)||(23036050-23036102)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 550
Target Start/End: Original strand, 41367037 - 41367574
Alignment:
Q  13 tcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41367037 tcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaa 41367136  T
Q  113 gacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaatt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41367137 gacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccgaatt 41367236  T
Q  213 gatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttag 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41367237 gatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtctgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttag 41367336  T
Q  313 ctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaaca 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41367337 ctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattagatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagaaaaca 41367436  T
Q  413 tgacttatgcttgattccttttattcgtcgtccttgatatatgtttgcctaagcatatatgttaacaaatgttcaatttcctgatttggagaatggtttt 512  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41367437 tgacttatgcttgattcctttcattcgtcgtccttgatatatgtttgcctaagcatatatgttaacaaatgttcaatttcctgatttggagaatggtttt 41367536  T
Q  513 gataaaagtagcaaataagattcaaatctcccaataat 550  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41367537 gataaaagtagcaaataagattcatatctcccaataat 41367574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 444
Target Start/End: Original strand, 41332861 - 41333289
Alignment:
Q  16 tcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagac 115  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||   |  |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  41332861 tcaaagaaacattgaggttacatcccgttgcaccattgttaattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatgggtatgaaatcccagctaagac 41332960  T
Q  116 aagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaattgat 215  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| ||| ||||||||  ||||||     
T  41332961 aagggtaatggttaatgcttgggctattggaagagattcaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcacaattgaa 41333060  T
Q  216 ttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttagctc 315  Q
    ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| | ||||    
T  41333061 ttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttggtgctggaaggaggatgtgtcccggaattgcatttgccctaccaaacattgagctacctcttgctc 41333160  T
Q  316 agttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaacatga 415  Q
    | ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| || | ||||||||| | || ||    
T  41333161 aattactttgccactttgattggaagcttcccaataaaatgaagaatgaagaactagatatgaccgagtcatttgggattactgtaggaagaaagcacga 41333260  T
Q  416 cttatgcttgattccttttattcgtcgtc 444  Q
      |||| || |||||| ||| ||||||||    
T  41333261 tctatgtttaattcctattactcgtcgtc 41333289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 13 - 392
Target Start/End: Original strand, 41316884 - 41317263
Alignment:
Q  13 tcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaa 112  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||  |   ||||| ||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||    
T  41316884 tcatcaaagaaacattgaggttgtatcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagccaa 41316983  T
Q  113 gacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaatt 212  Q
    |||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  41316984 gacaagggttgctgtcaatgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaatt 41317083  T
Q  213 gatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttag 312  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  | ||||| ||| | |    
T  41317084 gatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccaggtattgcatttgccttgcccaatgttgagctgcctcttg 41317183  T
Q  313 ctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttggg 392  Q
    || |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41317184 ctaagttactttatcactttgattggaagcttcccaatggaatgaagaatgaagaattggatatgactgagtcatttggg 41317263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 15 - 431
Target Start/End: Original strand, 41287052 - 41287468
Alignment:
Q  15 atcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaaga 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||    
T  41287052 atcaaagaaacaatgaggttgcatcctgctataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaattaatggatatgatatcccggccaaga 41287151  T
Q  115 caagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaattga 214  Q
    | |||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||  ||| ||| || || ||||| ||| ||||||| | ||||||    
T  41287152 ctagggttcttgtcaatgcttgggcaattggaagagatccaagatattgggtcgaagctgagaatttcaaacccgagaggtttgttaatagtccaattga 41287251  T
Q  215 tttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttagct 314  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| || | | |||||||| | ||||| ||| | |||    
T  41287252 tttcaatggcacagacttcgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgcccaggcattgccttcggcatacccaacgttgagcttcctcttgct 41287351  T
Q  315 cagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaacatg 414  Q
     | |||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| | |||||||| |||||||||||| || | ||||||||| ||||||    
T  41287352 gaattactttatcactttgattggaagcttctcaatggaatgaagtgtgaagaacttgatatgactgagtcatttgggattactgtaggaagaaaacatg 41287451  T
Q  415 acttatgcttgattcct 431  Q
    || |||| || ||||||    
T  41287452 acctatgattaattcct 41287468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 58 - 392
Target Start/End: Original strand, 41324993 - 41325327
Alignment:
Q  58 ttccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgag 157  Q
    ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41324993 ttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtcatggttaatgcttgggctattggaagagatccaag 41325092  T
Q  158 gtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaattgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctgga 257  Q
    |||||||||||||||  | |||||||| |||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41325093 gtattgggttgatgctgaaagttttaaacctgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctgga 41325192  T
Q  258 aggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttagctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatga 357  Q
    || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||  | ||| | |||   ||||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||||    
T  41325193 agaaggatgtgtcccggaattgcatttgccttacccaacgttgaattgcctcttgctagtttactttaccactttgattggaagcttcccaataaaatga 41325292  T
Q  358 agaatgaagaattggatatgacggagtcatttggg 392  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  41325293 agaatgaagaactagatatgaccgagtcatttggg 41325327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 15 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31177950 - 31177509
Alignment:
Q  15 atcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaaga 114  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||   ||  ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| |    
T  31177950 atcaaagaaacattaaggttgcatccttctttacctttgttgattccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaa 31177851  T
Q  115 caagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaattga 214  Q
    |||| ||   | | |||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||  || ||  |||||||||| || ||||| ||| ||||||||  ||||||    
T  31177850 caagagttgctatcaatgtttgggcaattggaagagatgaaaggtattgggcagaagctgagagttttaaacccgagaggtttgttaatagcacaattga 31177751  T
Q  215 tttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttagct 314  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||||| |||| ||||||| ||||| ||| | |||    
T  31177750 tttcaaaggtacaaactttgagtacataccgttcggtgctggaagaagaatgtgtccaggcatggcatttggcttatccaacattgagctgcctcttgct 31177651  T
Q  315 cagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaacatg 414  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||    
T  31177650 cagttactttaccactttgattggaagcttcctaatggaatgaagaatgaagaactagatatgactgagtcatttgggcttgctgtagtaagaaaacatg 31177551  T
Q  415 acttatgcttgattccttttattcgtcgtccttgatatatgt 456  Q
    || |||||||||||||| | | |||||||| || ||||||||    
T  31177550 acctatgcttgattcctataactcgtcgtctttaatatatgt 31177509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 13 - 392
Target Start/End: Original strand, 41311089 - 41311468
Alignment:
Q  13 tcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaa 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||   |  |||||| ||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| |||||  |||| ||||||  |||    
T  41311089 tcatcaaagaaacactgaggttgcatccagttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaattaataggcatgagatcccaattaa 41311188  T
Q  113 gacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaatt 212  Q
    |||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||| |||||||| ||| ||||||||  ||||    
T  41311189 gacaagagtcgttattattgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagatttaaacctgagaggtttgttaatagcacaatt 41311288  T
Q  213 gatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttag 312  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| | |    
T  41311289 gaattcaaaggcacggactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtcccggaattgcatttgccctaccaaacattgagctacctcttg 41311388  T
Q  313 ctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttggg 392  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||    
T  41311389 ctcaattactttaccggtttgattggaagcttcccaataaaatgaagaatgaagaactagatatggctgagtcatttggg 41311468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 15 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 31188013 - 31187572
Alignment:
Q  15 atcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaaga 114  Q
    |||| ||||||| ||||| | ||||||||| | || || ||| |||||||||||||||   ||  ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| |    
T  31188013 atcagagaaacattgaggctacatccttctgtgcctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaa 31187914  T
Q  115 caagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaattga 214  Q
    |||| ||   | | |||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||  || ||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||||  ||||||    
T  31187913 caagagttgctatcaatgtttgggcaattggaagagatgaaaggtattgggcagaagctgagagttttaaacctgagaggtttctcaatagcacaattga 31187814  T
Q  215 tttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttagct 314  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||||| |||| ||||||| ||||| ||| | |||    
T  31187813 tttcaaaggcacaaattttgaatacataccgttcggtgctggaagaagaatgtgtccaggcatggcatttggcttatccaacattgagctgcctcttgct 31187714  T
Q  315 cagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaacatg 414  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| | ||  |||||||| ||||||    
T  31187713 cagttactttaccactttgattggaagcttcctaatggaatgaagaatgaagaactagatatgactgagtcatttgggatggctataggaagaaaacatg 31187614  T
Q  415 acttatgcttgattccttttattcgtcgtccttgatatatgt 456  Q
    || |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  31187613 acctatgcttgattcctattactcgtcgtccttaatatatgt 31187572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 444
Target Start/End: Original strand, 41328925 - 41329356
Alignment:
Q  13 tcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaa 112  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||   |  |||||| ||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||| | ||||| |||||||||||    
T  41328925 tcatcaaagaaacattgaggttgcatcccgttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaa 41329024  T
Q  113 gacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaatt 212  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| ||| ||||||| | ||||    
T  41329025 gacaagggtaatggttaatgcttgggctattggaagagattcaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagtccaatt 41329124  T
Q  213 gatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttag 312  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||  | ||||| ||| | |    
T  41329125 gatttcaaaggcacggacttcgaattcataccatttggtgctggaagaaggatgtgtccaggtatttcatttgccatacccaatgttgagctgcctcttg 41329224  T
Q  313 ctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaaca 412  Q
    || |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||   || ||||| | |||||||| ||||  |||||| || | ||||| ||| ||||    
T  41329225 ctaagttactttatcactttgattggaagcttcccaatggaatgagccatcaagaacttgatatgactgagttttttgggattactgtaggtagaaaaca 41329324  T
Q  413 tgacttatgcttgattccttttattcgtcgtc 444  Q
     ||| |||| || ||||||  || ||||||||    
T  41329325 cgacctatgtttaattcctactactcgtcgtc 41329356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 452
Target Start/End: Original strand, 31225770 - 31226202
Alignment:
Q  20 agaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagg 119  Q
    ||||||| |||| || ||||| |||  ||| || ||| |||||||||||||||   ||  ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||||     
T  31225770 agaaacattgagattacatccatctgcacctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaaga 31225869  T
Q  120 gtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaattgatttca 219  Q
    ||   | | |||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||  || ||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||||  |||||||||||    
T  31225870 gttgctatcaatgtttgggcaattggaagagatgaaaggtattgggcagaagctgagagttttaaacctgagaggtttctcaatagcacaattgatttca 31225969  T
Q  220 aaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttagctcagtt 319  Q
    |||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||||| |||| ||||||| ||||| ||| | ||||||||    
T  31225970 aaggcacaaattttgaatacataccgttcggtgctggaagaagaatgtgtccaggcatggcatttggcttatccaacattgagctgcctcttgctcagtt 31226069  T
Q  320 actttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaacatgactta 419  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| || ||||| |     
T  31226070 actttaccactttgattggaagcttcctaatggaatgaagaatgaagaactagatatgactgagtcatttgggctttctgtaggaagaaaaaatgacctg 31226169  T
Q  420 tgcttgattccttttattcgtcgtccttgatat 452  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||| ||||    
T  31226170 tgcttgattcctatcactcgtcgtccttaatat 31226202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 96 - 431
Target Start/End: Original strand, 41305279 - 41305614
Alignment:
Q  96 tatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagat 195  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |    
T  41305279 tatgatattccagctaagactagggttattgtcaatgcttgggcgattggaagagatccaaagtattgggttgaagctgagagttttaaacccgagaggt 41305378  T
Q  196 ttcttaatagccaaattgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaa 295  Q
    || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||    
T  41305379 ttgttaatagctcaattgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggcattgcatttgccttatcaaa 41305478  T
Q  296 catagagctacctttagctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggctt 395  Q
      | || || ||| | ||| | ||||||||  | ||||||||||||||||| || |||||||   || ||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  41305479 tgttgaacttcctcttgctgaattactttataactttgattggaagcttcccaacggaatgagccatcaagaacttgatatgaccgagtcatttgggctt 41305578  T
Q  396 gcagtaggaagagaacatgacttatgcttgattcct 431  Q
       ||||||||| |||| ||| |||| |||||||||    
T  41305579 agtgtaggaagaaaacacgacctatgtttgattcct 41305614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 447
Target Start/End: Original strand, 41337665 - 41338099
Alignment:
Q  13 tcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaa 112  Q
    |||||||||||||| | ||| | |||||| || |||| || ||| |||||||||||||||   ||  |||  |||| ||| | ||||| |||||||||||    
T  41337665 tcatcaaagaaacatttaggctacatcctactgtacctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgtgaaatcaatgggtatgagatcccagctaa 41337764  T
Q  113 gacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaatt 212  Q
    |||||||||   ||| |||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| ||| ||||||||  ||||    
T  41337765 gacaagggttgctgtcaatgtttgggcaattggaagagatccaaagtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagctcaatt 41337864  T
Q  213 gatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttag 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  | ||||| ||| | |    
T  41337865 gatttcaaaggcacagactttgaattaataccatttggtgctggaagaaggatgtgtccaggtattgcatttgccttgcccaatgttgagctgcctcttg 41337964  T
Q  313 ctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaaca 412  Q
    || |||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||   || ||||| | |||||||| || |||||||| ||| | || |||| | | ||    
T  41337965 ctaagttgctttatcactttgattggaaacttccaaatggaatgagccatcaagaacttgatatgactgaatcatttggacttactgttggaaaaaagca 41338064  T
Q  413 tgacttatgcttgattccttttattcgtcgtcctt 447  Q
    |||  |||| ||||| ||| ||| |||||||||||    
T  41338065 tgatgtatgtttgatccctattactcgtcgtcctt 41338099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 212 - 452
Target Start/End: Original strand, 41369921 - 41370161
Alignment:
Q  212 tgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctaccttta 311  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| || |||   |||| |||||| ||| | ||| | ||| |     
T  41369921 tgatttcaaaggtatagactttgaatacataccatttgatgcagggaggaggatgtgtccaggcattatgtttggcttacctaacgttgagttgcctctt 41370020  T
Q  312 gctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaac 411  Q
    |||   ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||| || |||| ||     
T  41370021 gctagtttactttaccactttgattggaagcttcccaatgaaatgaagaatgaagaattggatatgactgaatcatttgggattacagcagtaagaaaat 41370120  T
Q  412 atgacttatgcttgattccttttattcgtcgtccttgatat 452  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  41370121 atgatttatgcttgattcctattattcgtcgtatttgatat 41370161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 330 - 421
Target Start/End: Original strand, 41311706 - 41311799
Alignment:
Q  330 tttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgac--ggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaacatgacttatg 421  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||   ||||||||||||| | |||| |||||| |||||||| ||||    
T  41311706 tttgattgaaagcttcccaatggaatgaataatgaagaacttgatatgactgagagtcatttgggcatacagtcggaagaaaacatgacctatg 41311799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 498 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 31187510 - 31187445
Alignment:
Q  498 ttggagaatggttttgataaaagtagcaaataagattcaaatctcccaataatatgtatggtgttc 563  Q
    |||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||  |||||| |||||    
T  31187510 ttggagaatgattgtgataaatgtagcaaataacattcatttctcccaataaggtgtatgatgttc 31187445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 330 - 400
Target Start/End: Original strand, 41333428 - 41333500
Alignment:
Q  330 tttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatga--cggagtcatttgggcttgcagt 400  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||    ||||||||||||||| ||||    
T  41333428 tttgattgaaagcttcccaatggaatgaataatgaagaacttgatatgattgagagtcatttgggcttacagt 41333500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 158; Significance: 9e-84; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 9e-84
Query Start/End: Original strand, 13 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 17248832 - 17248415
Alignment:
Q  13 tcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaa 112  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||||| |||||||| ||| |||||| | |   ||| | ||| ||  | |||||||| ||||||||    
T  17248832 tcatcaaagaaacactgaggctgcatcctattgtaccattgttgattcctagacaaagtagggaaaaatgtcgaatcaacgggtatgatattccagctaa 17248733  T
Q  113 gacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatttcttaatagccaaatt 212  Q
    |||||||||   |||||||| |||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||  ||||||| || ||||| || ||| ||||||||| ||||    
T  17248732 gacaagggttgctgttaatgtttgggcaattggaagagatcaaaggtattgggttgaagctgagagtttcaaacctgaaaggttttttaatagcccaatt 17248633  T
Q  213 gatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttgccttacccaacatagagctacctttag 312  Q
    |||||||||||||   | || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||| ||| | ||| | |    
T  17248632 gatttcaaaggcatgaatttcgaatacataccatttggtgctggaaggaggatttgtccgggcattgcatttggcatacccaacattgagttgcctcttg 17248533  T
Q  313 ctcagttactttaccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgacggagtcatttgggcttgcagtaggaagagaaca 412  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||| || || || ||||| || |    
T  17248532 ctcaattactttaccattttgattggaagcttcccaatgaaatgaagaatgaagatctagatatgaccgagtcatttgggattacaataagaagaaaaaa 17248433  T
Q  413 tgacttatgcttgattcc 430  Q
    |||| | |||||||||||    
T  17248432 tgacctgtgcttgattcc 17248415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 324 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 23024207 - 23024152
Alignment:
Q  324 taccattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgac 379  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||| |||||    
T  23024207 taccattttgattggaagcttcctaatggaatcaaaagtgaagaattggacatgac 23024152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 22946452 - 22946389
Alignment:
Q  211 ttgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccggg 274  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||    
T  22946452 ttgatttcaaaggaacaaattttgagtacattccatttggtgccggaaggagaatttgtccggg 22946389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 240 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 22855321 - 22855276
Alignment:
Q  240 ataccatttggtgctggaaggaggatgtgtccgggtattgcatttg 285  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||    
T  22855321 ataccatttggtgctgggagaaggatgtgtccgggcatcgcatttg 22855276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 210 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 22986326 - 22986265
Alignment:
Q  210 attgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaaggaggatgtgtcc 271  Q
    |||||||||||||| ||  | ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  22986326 attgatttcaaaggaactaattttgagtacattccatttggtgctggaaggagaatttgtcc 22986265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 211 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 22971999 - 22971951
Alignment:
Q  211 ttgatttcaaaggcacagactttgaatacataccatttggtgctggaag 259  Q
    ||||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  22971999 ttgatttcaaaggaacaaattttgagtacattccatttggtgctggaag 22971951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 327 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 23036102 - 23036050
Alignment:
Q  327 cattttgattggaagcttccaaatggaatgaagaatgaagaattggatatgac 379  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||| || | |||||||||||| |||||    
T  23036102 cattttgactggaagcttccaagtggaatcaaaagtgaagaattggacatgac 23036050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University