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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4247_high_1 (Length: 1405)
Name: NF4247_high_1
Description: NF4247
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4247_high_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1304; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1304; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1404
Target Start/End: Original strand, 40092986 - 40094382
Alignment:
| Q |
8 |
agggagagttgatgatggatgttccttttaaaaatgttcataatttattgtttcaattaagttcttgaattattaaataataactttctatgatattatt |
107 |
Q |
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| T |
40092986 |
agggagagttgatgatggatgttccttctaaaaatgttcataatttattttttcaattaagttcttgaattattaaataataactttctatgatattatt |
40093085 |
T |
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| Q |
108 |
gatgaattcttagggagtcaaaccgggaacaaagaaaaacctaagcttaatgaggacatcccgatcacagttctttctggaaagaataaaattgatctgc |
207 |
Q |
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| T |
40093086 |
gatgaattcttagggagtcaaaccgggaacaaagaaaaacctaagcttaatgaggacatcccgatcacagttctttctggaaagaataaaattgatctgc |
40093185 |
T |
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| Q |
208 |
tgagtttaacagttggacttcaggttcagcttttcttgtttttagtttccaattatgcatagaattgcttgctcccccaatgatttctctcattactata |
307 |
Q |
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| T |
40093186 |
tgagtttaacagttggacttcaggttcagcttttcttgtttttagtttccaattatgcatagaattgcttgctcccccaatgatttctctcattactata |
40093285 |
T |
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| Q |
308 |
tctaacatgaaccatatacacatcagaactatggagcnnnnnnngacacatggggagcggggatcaccggtccagtgatattgaaaggtttgaagaatgg |
407 |
Q |
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| T |
40093286 |
tctaacatgaaccatatacacatcagaactatggagctttttttgacacatggggagcggggatcaccggtccagtgatattgaaaggtttgaagaatgg |
40093385 |
T |
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| Q |
408 |
caacaagactcttgatctctcctctcggaagtggacatatcaggtcagtcttcacttttgatcgaagactatttattagtcttacatagttaatggagtt |
507 |
Q |
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| T |
40093386 |
caacaagactcttgatctctcctctcggaagtggacatatcaggtcagtcttcacttttgatcgaagactatttgttagtcttacatagttaatggagtt |
40093485 |
T |
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| Q |
508 |
aattcttttgatacaggttggcctaaaaggtgaagatttaggtctctctagtggaagttccggagcgtggaattcaaagactactttccctaagaaacaa |
607 |
Q |
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| T |
40093486 |
aattcttttgatacaggttggcctaaaaggtgaagatttaggtctctctagtggaagttccggagcgtggaattcaaagactactttccctaagaaacaa |
40093585 |
T |
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| Q |
608 |
ccattgatttggtacaaggtaatttaattttcaatttattgtttcccttgatataagttatggaatttcaaattaaaagaacgccactatatgaaaaatg |
707 |
Q |
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| T |
40093586 |
ccattgatttggtacaaggtaatttaattttcaatttattgtttcccttgatataagttatggaatttcaaattaaaagaacgccactatatgaaaaatg |
40093685 |
T |
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| Q |
708 |
ttttttgctactaaccaatgtcatgcatgttgcattagacaaactttgatgctccatccggcagtaatccagttgcgattgacttcacggggatgggaaa |
807 |
Q |
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| T |
40093686 |
ttttttgctactaaccaatgtcatgcatgttgcattagacaaactttgatgctccatccggcagtaatccagttgtgattgacttcacagggatgggaaa |
40093785 |
T |
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| Q |
808 |
aggcgaggcttgggtaaatggacaaagcattgggcgatactggcctacatatgttgcttcaaatgccgattgcacagactcatgcaactacagaggacct |
907 |
Q |
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| T |
40093786 |
aggcgaggcttgggtaaatggacaaagcattgggcgatactggcctacatatgttgcttcaaatgtcgattgcacagactcatgcaactacagaggacct |
40093885 |
T |
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| Q |
908 |
tttactcaaaccaaatgtcacatgaattgtggaaaaccatcacagacattgtaagtgttgcaaattttcaatgaagaagagtttaaacatgagnnnnnnn |
1007 |
Q |
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| T |
40093886 |
tttactcaaaccaaatgtcacatgaattgtggaaaaccatcacagacattgtaagtgttgcaaattttcaatgaagaagagtttaaacatgagaaaaaaa |
40093985 |
T |
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| Q |
1008 |
ntcttgatctatgatgtgactgcgacattaatcccatctcacagataccacgtgccacagtcgtttttgaaaccaaacggaaacactcttgtattgtttg |
1107 |
Q |
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| T |
40093986 |
atcttgatctatgatgtgattgagacattaatctcatctcacagataccacgtgccacagtcgtttttgaaaccaaatggaaacactcttgtattgtttg |
40094085 |
T |
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| Q |
1108 |
aggaaagtggtggtgatccaacacaaatatcttttgctacaaaacagctaggaagtgtgtgtgcccatgtatctgattctcacccacctcaaatagactt |
1207 |
Q |
| |
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| T |
40094086 |
aggaaagtggtggtgatccaacacaaatatcttttgctacaaaacagataggaagtgtgtgtgcccatgtatctgattctcacccacctcaaatagactt |
40094185 |
T |
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| Q |
1208 |
gtggaaccaagatacagaatcagggggaaaagtagggcctgcactgttgctcaactgtcctaatcataatcaggtaatatcttccatcaaatttgcaagc |
1307 |
Q |
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| T |
40094186 |
gtggaaccaagatacagaatcagggggaaaagtagggcctgcactgttgctcaactgtcctaatcataatcaggtaatatcttccatcaaatttgcaagc |
40094285 |
T |
|
| Q |
1308 |
tatggaacaccactagggacgtgtggaaacttctaccgcggacgctgcagcagcaataaggcactgtcaattgtaaagaaggtgtttatctggattc |
1404 |
Q |
| |
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| T |
40094286 |
tatggaacaccactagggacgtgtggaaacttctaccgcggacgctgcagcagcaataagacactgtcaattgtaaagaaggtgtttatctggattc |
40094382 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 973; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1404
Target Start/End: Original strand, 40062329 - 40063750
Alignment:
| Q |
8 |
agggagagttgatgatggatgttccttttaaaaatgttcataatttattgtttcaattaagttcttgaattattaaataataactttctatgatattatt |
107 |
Q |
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| T |
40062329 |
agggagagttgatcttggatgttccgtccaaaaatgttcataatttattgtttccattaagttcttgaattattaaattataactttcgatgatattatt |
40062428 |
T |
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| Q |
108 |
gatgaattcttagggagtcaaaccgggaacaaagaaaaacctaagcttaatgaggacatcccgatcacagttctttctggaaagaataaaattgatctgc |
207 |
Q |
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| T |
40062429 |
gatgaattcttagggagtcacaccgggaacaaagacaaacctaagcttaatgtggacatcccaatcaaagtaatttatggaaataaccaaattgatctgc |
40062528 |
T |
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| Q |
208 |
tgagtttaacagttggacttcaggttcagcttttcttgtttttagtttccaattatgcatagaattgcttgctcccccaatgatttctctcattactata |
307 |
Q |
| |
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| T |
40062529 |
tgagtctaacagttggacttcaggttcagattttcgtgtttgtagtttccaattatgcatagaatggcttgctcctccaaagatttctctcattactata |
40062628 |
T |
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| Q |
308 |
tctaa-----catgaaccatatacacatcagaactatggagcnnnnnnngacacatggggagcggggatcaccggtccagtgatattgaaaggtttgaag |
402 |
Q |
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| T |
40062629 |
tctaagctaacatgaaccatatgcacatcagaactatggagctttttttgacagatggggagcggggatcaccggtccagtaacattgaaaggtttgaag |
40062728 |
T |
|
| Q |
403 |
aatggcaacaagactcttgatctctcctctcggaagtggacatatcaggtcagtcttcacttttgatcgaagact------------atttattagtctt |
490 |
Q |
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| T |
40062729 |
aatggcaacaacactcttgatctctcctctcagaagtggacatatcaggtcagtcttaacttttgatcaaagacttgatcaaagactatttattagtctt |
40062828 |
T |
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| Q |
491 |
ac---------atagttaatggagttaattcttttgatacaggttggcctaaaaggtgaagatttaggtctctctagtggaagttccggagcgtggaatt |
581 |
Q |
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| T |
40062829 |
aatggagattgattgttaatggagttaattctattgatacaggttggcctaaaaggtgaagatttaggtctgtccagtggaagttccgaaggttggaact |
40062928 |
T |
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| Q |
582 |
caaagactactttccctaagaaacaaccattgatttggtacaaggtaatttaattttcaatttattgtttcccttgatataagttatggaatttcaaatt |
681 |
Q |
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| T |
40062929 |
cacagtctactttccctaagaatcaaccattgatttggtacaaggtaattttattttcaatttattgtttccctttatataagttatggaatttcaaatt |
40063028 |
T |
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| Q |
682 |
aaaagaacgccactatatgaaaaatgttttttgctactaaccaatgtcatgcatgttgcattagacaaactttgatgctccatccggcagtaatccagtt |
781 |
Q |
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| T |
40063029 |
aaaagaatgccactatatgaaaaatgttttttggtactaaccaatgtcatacatgttgcattagacaaactttgatgctccatccggcagtaatccagtt |
40063128 |
T |
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| Q |
782 |
gcgattgacttcacggggatgggaaaaggcgaggcttgggtaaatggacaaagcattgggcgatactggcctacatatgttgcttcaaatgccgattgca |
881 |
Q |
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| T |
40063129 |
gcgattgacttcacggggatgggaaaaggtgaggcttgggtaaatggacaaagcattgggcgatactggcctacatatgttgcttcaaatgccgattgca |
40063228 |
T |
|
| Q |
882 |
cagactcatgcaactacagaggaccttttactcaaaccaaatgtcacatgaattgtggaaaaccatcacagacattgtaagtgttgcaaattttcaatga |
981 |
Q |
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| T |
40063229 |
cagactcatgcaactacagaggaccttttactcaaaccaaatgtcacatgaattgtggaaaaccatcacagacattgtaagtgttgcaaattttcaatga |
40063328 |
T |
|
| Q |
982 |
agaagagtttaaacatgagnnnnnnnntcttgatctatgatgtgactgcgacattaatcccatctcacagataccacgtgccacagtcgtttttgaaacc |
1081 |
Q |
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| T |
40063329 |
aaaagagtttaaacatga-aaaaaaaatcttgatctacgatgtgactgagacattaatcccatctcgcagataccatgtaccacgatcgtttttgaaacc |
40063427 |
T |
|
| Q |
1082 |
aaacggaaacactcttgtattgtttgaggaaagtggtggtgatccaacacaaatatcttttgctacaaaacagctaggaagtgtgtgtgcccatgtatct |
1181 |
Q |
| |
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|
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| T |
40063428 |
aaacggcaacactcttgtattgtttgaggaaaatggcggtgatccaacacaaatagcttttgctacaaaacagctagaaagtttgtgtgcccatgtatct |
40063527 |
T |
|
| Q |
1182 |
gattctcacccacctcaaatagacttgtggaaccaagatacagaatcagggggaaaagtagggcctgcactgttgctcaactgtcctaatcataatcagg |
1281 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
40063528 |
gattctcacccacctcaaatagacttgtggaaccaagatacaacatcatggggaaaagtagggcctgcactgttgctcaactgtcctaatcataatcagg |
40063627 |
T |
|
| Q |
1282 |
taatatcttccatcaaatttgcaagctatggaacaccactagggacgtgtggaaacttctaccgcggacgctgcagcagcaataaggcactgtcaattgt |
1381 |
Q |
| |
|
|||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
40063628 |
taatcttttccatcaaatttgcaagctatggaacaccactggggacatgcggaaacttctaccgcggacgctgcagcagcaataaggcgctgtcaattgt |
40063727 |
T |
|
| Q |
1382 |
aaagaaggtgtttatctggattc |
1404 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||| |
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|
| T |
40063728 |
aaagaaggtgtttatctgaattc |
40063750 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 669; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 263 - 1399
Target Start/End: Original strand, 40080933 - 40082095
Alignment:
| Q |
263 |
tgcatagaattgcttgctcccccaatgatttctctcattactatatctaac-----atgaaccatatacacatcagaactatggagcnnnnnnngacaca |
357 |
Q |
| |
|
|||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
40080933 |
tgcatagactggcttgctccttcagtgatttctctcattactatatctaagctaatatgaaccatatacacatcagaactatggagccttttttgacaca |
40081032 |
T |
|
| Q |
358 |
tggggagcggggatcaccggtccagtgatattgaaaggtttgaagaatggcaacaagactcttgatctctcctctcggaagtggacatatcaggtcagtc |
457 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
40081033 |
gtgggagcagggatcaccggtcccgtgatattgaaaggtttgaagaatggcaacaacactcttgatctctcctctcggaagtggacatatcaggtcaatc |
40081132 |
T |
|
| Q |
458 |
ttcactttt-gatcgaagactatttattagtctt---------------------acatagttaatggagttaattcttttgatacaggttggcctaaaa |
535 |
Q |
| |
|
|| | |||| ||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
40081133 |
ttaaatttttgatcgaaaactatttattattctttctttatcactttaatggaatacattgttaatggagttaattttttcgatacagattggcctaaaa |
40081232 |
T |
|
| Q |
536 |
ggtgaagatttaggtctctctagtggaagttccggagcgtggaattcaaagactactttccctaagaaacaaccattgatttggtacaaggtaatttaat |
635 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| || |
|
|
| T |
40081233 |
ggcgaagatttaggtctgtctagtggaagttctggagggtggaattcacagtctacttaccctaagaaccaaccattggtttggtacaaggtagttttat |
40081332 |
T |
|
| Q |
636 |
tttcaatttattgtttcccttgatataagttatggaatttcaaattaaaagaacgccactatatgaaaaatgtttt-ttgctactaaccaatgtcatgca |
734 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
40081333 |
tttcaatttattgtttcccttgatataagtaagggaatttcaaattaaggaaatgccactatatgaaaaatgtttttttgctactaaccaatgtaataca |
40081432 |
T |
|
| Q |
735 |
tgttgcattagacaaactttgatgctccatccggcagtaatccagttgcgattgacttcacggggatgggaaaaggcgaggcttgggtaaatggacaaag |
834 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40081433 |
tgttgcactagacaaactttgatgctccatccggcagtaatccagttgcgattgacttcacggggatgggaaaaggtgaggcttgggtaaatggacaaag |
40081532 |
T |
|
| Q |
835 |
cattgggcgatactggcctacatatgttgcttcaaatgccgattgcacagactcatgcaactacagaggaccttttactcaaaccaaatgtcacatgaat |
934 |
Q |
| |
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|
|
| T |
40081533 |
cattgggcgatactggcctacatatgtcgcttcaaatgccggttgcacagactcatgcaactatagaggaccttatacttcatctaaatgtcgcaagaac |
40081632 |
T |
|
| Q |
935 |
tgtggaaaaccatcacagacattgtaagtgttgcaaattttcaatgaagaagagtttaaacatgagnnnnnnnntcttgatctatgatgtgactgcgaca |
1034 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
40081633 |
tgtggaaaaccgtcacagacattgtaagtgttgcaaattttcaataaaaaaaagtttaaaca--aagaaaataatcttgatctatgatgttactgagaca |
40081730 |
T |
|
| Q |
1035 |
ttaatcccatctcacagataccacgtgccacagtcgtttttgaaaccaaacggaaacactcttgtattgtttgaggaaagtggtggtgatccaacacaaa |
1134 |
Q |
| |
|
||||| ||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||| |
|
|
| T |
40081731 |
ataatcgcatcttgcagataccatgtaccacgatcgtttttgaaaccaaacggcaacactcttgtattgtttgaggaaaatggcggtgatccgacccaaa |
40081830 |
T |
|
| Q |
1135 |
tatcttttgctacaaaacagctaggaagtgtgtgtgcccatgtatctgattctcacccacctcaaatagacttgtggaaccaagatacagaatcaggggg |
1234 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40081831 |
tatcttttgctacaaaacagctggaaagtgtgtgttcacatgtatctgattctcacccacctcaaatagacttgtggaaccaagatacagaatcaggggg |
40081930 |
T |
|
| Q |
1235 |
aaaagtagggcctgcactgttgctcaactgtcctaatcataatcaggtaatatcttccatcaaatttgcaagctatggaacaccactagggacgtgtgga |
1334 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
40081931 |
aaaagtagggcctgctctgttgctcagttgtcctaatcataatcaggtaatttcatccatcaaatttgcaagctatggaacacctttagggacgtgtgga |
40082030 |
T |
|
| Q |
1335 |
aacttctaccgcggacgctgcagcagcaataaggcactgtcaattgtaaagaaggtgtttatctg |
1399 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40082031 |
aacttctaccgcggacgctgcagcagcaataaggcgctgtcaattgtaaagaaggtgtttatctg |
40082095 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 148 - 267
Target Start/End: Original strand, 40080793 - 40080912
Alignment:
| Q |
148 |
ctaagcttaatgaggacatcccgatcacagttctttctggaaagaataaaattgatctgctgagtttaacagttggacttcaggttcagcttttcttgtt |
247 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||| ||| || | |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
40080793 |
ctaagcttaatgtggacatcccaatcgcactagtttccggaaagaacaaaattgatctactgagtttaacagttggacttcaggttcagcttttcttgtt |
40080892 |
T |
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| Q |
248 |
tttagtttccaattatgcat |
267 |
Q |
| |
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||||||||| || ||||||| |
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| T |
40080893 |
tttagtttctaaatatgcat |
40080912 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 71; Significance: 2e-31; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 743 - 961
Target Start/End: Complemental strand, 22012756 - 22012538
Alignment:
| Q |
743 |
tagacaaactttgatgctccatccggcagtaatccagttgcgattgacttcacggggatgggaaaaggcgaggcttgggtaaatggacaaagcattgggc |
842 |
Q |
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| T |
22012756 |
tagacgaactttgttgctccctccggaagtaacccggttgcaatcgacttcacggggatgggaaaaggcgaagcttgggtgaacggacagagcattgggc |
22012657 |
T |
|
| Q |
843 |
gatactggcctacatatgttgcttcaaatgccgattgcacagactcatgcaactacagaggaccttttactcaaaccaaatgtcacatgaattgtggaaa |
942 |
Q |
| |
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| T |
22012656 |
gatactggccaacatacatctctccgaattctggctgtactgactcatgcaattatagaggaacatattctgcatccaaatgcctcaagaattgtggaaa |
22012557 |
T |
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| Q |
943 |
accatcacagacattgtaa |
961 |
Q |
| |
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| T |
22012556 |
accatcacagacattgtaa |
22012538 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 1089 - 1365
Target Start/End: Complemental strand, 22012391 - 22012115
Alignment:
| Q |
1089 |
aacactcttgtattgtttgaggaaagtggtggtgatccaacacaaatatcttttgctacaaaacagctaggaagtgtgtgtgcccatgtatctgattctc |
1188 |
Q |
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| T |
22012391 |
aacacttttgtattgtttgaggaaagcggaggcgaccctacaaaaatatcttttggtacaaaacagatagaaagtgtgtgttcacatgtaactgaatctc |
22012292 |
T |
|
| Q |
1189 |
acccacctcaaatagacttgtggaaccaagatacagaatcagggggaaaagtagggcctgcactgttgctcaactgtcctaatcataatcaggtaatatc |
1288 |
Q |
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| T |
22012291 |
accctccacctgtagacacatggaattcgaatgcagaatcagaaagaaaggtaggtcctgtactgtcactggaatgcccttatcctaatcaggcgatctc |
22012192 |
T |
|
| Q |
1289 |
ttccatcaaatttgcaagctatggaacaccactagggacgtgtggaaacttctaccgcggacgctgcagcagcaata |
1365 |
Q |
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| T |
22012191 |
ttccattaaatttgcaagctttggaacgcctcgtgggacttgtggaaactacaaccacggaagctgcagcagcaata |
22012115 |
T |
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