View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4250_low_1 (Length: 1208)

Name: NF4250_low_1
Description: NF4250
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4250_low_1
NF4250_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-1199)||(47075860-47077059)
chr4 (379-1199)||(47067265-47068089)
chr4 (1-215)||(47068259-47068470)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1172; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1172; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1199
Target Start/End: Original strand, 47075860 - 47077059
Alignment:
Q  1 gcaatcaatctcttacctttgtttaaggctcctttgtaaacttttccaaaagcacccttacccaactcttccttgaaattatttgttgctcttctcagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47075860 gcaatcaatctcttacctttgtttaaggctcctttgtaaacttttccaaaagcacccttacccaactcttccttgaaattatttgttgctcttctcagct 47075959  T
Q  101 cattgtatgtaaaccttctcaaagccaaatctgcattctgccctccaaagttaacagtttctgttagccttttatactttaatacccgaattttgtacat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47075960 cattgtatgtaaaccttctcaaagccaaatctgcattctgccctccaaagttaacagtttctgttagccttttatactttaatacccgaattttgtacat 47076059  T
Q  201 gtaatggatggatataacgatcgttgaacacgacatgatgctaaacaaggaggtaacaacaataatatgcactattgctttgttacttgtagtcttgatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47076060 gtaatggatggatataacgatcgttgaacacgacatgatgctaaacaaggaggtaacaacaataatatgcactattgctttgttacttgtagtcttgatt 47076159  T
Q  301 ggataagcaaaaggtctttcatacccctttgagctttggatgctgttgtttccaacctttaagaaagcagtggtaaaatcgtcagcttcatgtgttcgtt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47076160 ggataagcaaaaggtctttcatacccctttgagctttggatgctgttgtttccaacctttaagaaagcagtggtaaaatcgtcagcttcatgtgttcgtt 47076259  T
Q  401 tgacatatctcaaaggaagtccttgtttcttgcatcttccttcttcataaattgcagcccaacaattgcaatcaatcaaacaagcaaataagcattcttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47076260 tgacatatctcaaaggaagtccttgtttcttgcatcttccttcttcataaattgcagcccaacaattgcaatcaatcaaacaagcaaataagcattcttc 47076359  T
Q  501 ttctgatgacatatcatcatctttgaaataaggatggtcattccaaacaagattggtcattgggaccatgttataaaaggccacaccatatttgtcacct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47076360 ttctgatgacatatcatcatctttgaaataaggatggtcattccaaacaagattggtcattgggaccatgttataaaaggccacaccatatttgtcacct 47076459  T
Q  601 ctacactctgatgttgaatagttcctttcacagccaagagtatcttcatttgcatctataagtttataa-ccggaagacaattgcatactggtttgtcgt 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47076460 ctacactctgatgttgaatagttcctttcacagccaagagtatcttcatttgcatctataagtttataacccgggagacaattgcatactggtttgtcgt 47076559  T
Q  700 catcgaatgtgcagaaactgttgtagccacaaaacccctttacatcgcatggattcttccctggccaacttcccataataatgttacttccattgttaac 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47076560 catcgaatgtgcagaaactgttgtagccacaaaacccctttacatagcatggattcttccctggccaacttcccataataatgttacttccattgttaac 47076659  T
Q  800 atgataagcatacagcctaaaaaccccatcaaaatcaagagttgcacgataaatagtctggtttccagtgttctgttggtcttcttcagtattacgcaaa 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47076660 atgataagcatacagcctaaaaaccccatcaaaatcaagagttgcacgataaatagtctggtttccagtgttctgttggtcttcttcagtattacgcaaa 47076759  T
Q  900 gtggtaatacggatagaatcactgctgtcattccagatctgcagtaaacctgtactgttaaggtaaagatgatgtttgacattggcactaacagtatcag 999  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47076760 gtggtaatacggctagaatcactgctgtcattccagatctgcagtaaacctgtactgttaaggtaaagatgatgtttgacattggcactaacagtatcag 47076859  T
Q  1000 aggcccaataagaatcccaacctgtttttgttgtgtgtgctgggtacagaacaagatttccatcaacctgcatgttgagttgaaaccttccggttgagtg 1099  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47076860 aggtccaataagaatcccaacctgtttttgttgtgtatgctgggtacagaacaagatttccatcaacctgcatgttgagttgaaaccttccggttgagtg 47076959  T
Q  1100 attggtctctgataaactagaggacagttggcctccacaaggcagagattgactctccaataaagtatcagtcgggtgatcgaaactctgccatatgatg 1199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47076960 attggtctctgataaactagaggacagttggcctccacaaggcagagattgactctccaataaagtatcagtcgggtgatcgaaactctgccatatgatg 47077059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 379 - 1199
Target Start/End: Complemental strand, 47068089 - 47067265
Alignment:
Q  379 tcgtcagcttcatgtgttcgtttgacatatctcaaaggaagtccttgtttcttgcatcttccttcttcataaattgcagcccaacaattgcaatcaatca 478  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||| |||||||||| ||    
T  47068089 tcgtcggcttcatgtgtccttgtgacatatctcaaaggcaacccttgtttcttgcatctttcttcctcatacagtgcagcccaacagttgcaatcaacca 47067990  T
Q  479 aacaagcaaataagcattcttcttctgatgacatatcatcatctttgaaataaggatggtcattccaaacaagattggtcattgggaccatgttataaaa 578  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||| ||| | ||||| |||   |  |||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||| | ||||||    
T  47067989 aacaagcaaatgagcattctttttccgataatatatcctcagtctcaaaataaggatggtctttccatacaatattgttcattgggaccatatcataaaa 47067890  T
Q  579 ggccacaccatatttgtcacctctacactctgatgttgaatagttcctttcacagccaagagtatcttcatttgcatctataagtttataaccgga-aga 677  Q
    ||||| ||||| ||| ||| |||||||||||| | | |||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |  |||    
T  47067889 ggccaaaccatctttctcagctctacactctgctttcgaatagttcctttcgcagccgagagtcttttcatttgcatctataaatttataacccgtgaga 47067790  T
Q  678 caattgcatactggtttgtcgtcatcgaatgtgcagaaactgttgtagccacaaaacccctttacatcgcatggattcttccctggccaacttcccataa 777  Q
    || ||||||| |||||| || || | |||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||| || || || || ||||| ||  ||||| | ||||    
T  47067789 cagttgcataatggtttatcatccttgaatgtgcagtaactgtttaagctacaaaacccctttacttcacaggggttattccccggaaaacttgcgataa 47067690  T
Q  778 taatgttacttccattgttaacatgataagcatacagcctaaaaaccccatcaaaatcaagagttgcacgataaatagtctggtttcc---agtgttctg 874  Q
    |  ||| ||| |||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| |  ||    
T  47067689 ttttgtcactgccattgttaacatgacgagcatgcagccgaaaaaccccatcaaaatcaagggttgcacgataaatagtctggtttccgccagtctcttg 47067590  T
Q  875 ttggtcttcttcagtattacgcaaagtggtaatacggatagaatcactgctgtcattccagatctgcagtaaacctgtactgttaaggtaaagatgatgt 974  Q
     ||||| || |||| || |  |||| |  ||||| || |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  47067589 ctggtcctcgtcagcatcattcaaaattttaataaggctagaatcactgctgtcatccaagatctgaagtaaacctgtacttttaaggtaaagatgatgt 47067490  T
Q  975 ttgacattggcactaacagtatcagaggcccaataagaatcccaacctgtttttgttgtgtgtgctgggtacagaacaagatttccatcaacctgcatgt 1074  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  | | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47067489 ttgacattggcactaacagtatcagaggcccaataagcatcccaacttgtttcagctatgtatgctggatacagaacaagatttccatcaacctgcatgt 47067390  T
Q  1075 tgagttgaaaccttccggttgagtgattggtctctgataaactagaggacagttggcctccacaaggcagagattgactctccaataaagtatcagtcgg 1174  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  47067389 tgagttgaaaccttccggttgagtgattggtctctgataaactagaggacagtttgcctccacaaggtagagattgactctccaatagagtatcagttgg 47067290  T
Q  1175 gtgatcgaaactctgccatatgatg 1199  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  47067289 gtgatcgaaactctgccatatgatg 47067265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 47068470 - 47068259
Alignment:
Q  1 gcaatcaatctcttacctttgtttaaggctcctttgtaaacttttccaaaagcacccttacccaactcttccttgaaattatttgttgctcttctcagct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  47068470 gcaatcaatctcttacctttgtttaaggcccctttgtaaactgatccaaaagcacccttacccaactcttccttaaaatgatttgttgctcttttcagct 47068371  T
Q  101 cattgtatgtaaaccttctcaaagccaaatctgcattctgccctccaaagttaacagtttctgttagccttttatactttaatacccgaattttgtacat 200  Q
    | || |||| ||||||||||| || ||  ||| |||||  ||||   | |||  |||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |     
T  47068370 cgttatatgaaaaccttctcagagtcacctcttcattcaaccct---aggttcccagtgtccgttagccttttgtaccttaatacccgaatcttgtaaac 47068274  T
Q  201 gtaatggatggatat 215  Q
    |||||||||||||||    
T  47068273 gtaatggatggatat 47068259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University