View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4256_high_1 (Length: 843)

Name: NF4256_high_1
Description: NF4256
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4256_high_1
NF4256_high_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (40-805)||(4554488-4555254)
chr4 (55-828)||(4590759-4591540)
chr4 (50-525)||(4620597-4621077)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (18-189)||(14193210-14193381)
chr1 (82-189)||(18521903-18522010)
chr1 (515-569)||(18521509-18521563)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 805
Target Start/End: Complemental strand, 4555254 - 4554488
Alignment:
Q  40 ataacccctgtttcttgaagcaatccaatgtcagattcacagcatatcaaacctttgaagaaaagagcataggatgtatatttgcatttaatgttaattt 139  Q
    ||||||||| |||| ||||||| | ||||||||   ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||| |   |||||    
T  4555254 ataacccctttttcctgaagcatttcaatgtcatgctcacaacatatcaaaccattaaagaaaagtgcataggaagtgtatttgcatttactccaaattt 4555155  T
Q  140 tgctctgctcccaagcaatcaaattcctccacttcacttcagttgtttcc-----atatagtggtggaatatccaactctccagaatcactaaaacttat 234  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||     ||||||||||| |||   |||||| ||| ||||||||||||| |     
T  4555154 tgctttgctcccaagcaatcaaattcctccacttcacttccgttctttccttaatatatagtggtgaaattatcaactccccaaaatcactaaaactcac 4555055  T
Q  235 atcaaaatcaaacatatcaaccaacttgtgctgattttgatttgtgctatttaatttagcgcgaatcattaccccagaagcacgaagctttgtagcacaa 334  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| || |    || | |||||||||||||||||    
T  4555054 atcaaaatcaaacatatccaccaacttctgttgagattgatttgtgctatttaatttagctcgaatcataacac----agtatgaagctttgtagcacaa 4554959  T
Q  335 cgcatcaattccagcttcgcttttttcccttcatattgttggttttgttccaccgtggacaagtgcatcaaatgaagtatatgagcacctcctgagctat 434  Q
    | ||  ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  4554958 cacagtaattctagcttcgcctttttcccttcacattgttggctttgctccactgtagacaagtgcatcaaatgaagtatatgagcacatccagagctat 4554859  T
Q  435 tcatcaaagggtaaccaaaggctttacgaactatattagccacacgataatcgtctttgatttcactaccatcgggaaataccttcctatacaacttctt 534  Q
    |||   ||||||||||||| || |||| ||  |||||||| ||||||| ||| |||||||||||| || || | | ||||||||||||||| |  |||||    
T  4554858 tcactgaagggtaaccaaaagccttaccaaaaatattagctacacgatgatcatctttgatttcaatatcaacagaaaataccttcctatatattttctt 4554759  T
Q  535 gagaacgaggaagggaatttgattctcaagcattgctatatcattcaaaacagacaacatcttttcttctgttttaaggattgagtcgttgttgaaagaa 634  Q
     ||||| |||||||| |||| ||| |||||||| | || |||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||| ||||||  |||||    
T  4554758 aagaacaaggaaggggatttaattttcaagcatggttacatcatttaaaacagacaacatcttttcctcagtttgaaggattaagttgttgttataagaa 4554659  T
Q  635 gttgttgtttggttatccatgtaatcgccaagtctaatgagaagctccaacagaaaacaaccatctattatcattattttagcgatttcttctggttctt 734  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4554658 gttgttgtttggttatccatgtaatcgccaagcctaatgagaagctccaatagaaaacaaccatctattatcattattttagcgatttcttctggttctt 4554559  T
Q  735 tttcttcgacaatgttgttgttgctcccaccatagctagcacaaatcactttatctaacttgagaatgtca 805  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4554558 tttcttcaacgatgttgttgttgctcccaccatagctagcacaaatcactttatctaacttaagaatgtca 4554488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 55 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 4591540 - 4590759
Alignment:
Q  55 tgaagcaatccaatgtcagattcacagcatatcaaacctttgaagaaaagagcataggatgtatatttgcatttaatgttaattttgctctgctcccaag 154  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||   | ||||||| ||||||||||    
T  4591540 tgaagcaattcaatgtcatgttcacaacatatcaaaccattaaagaaaagtgcataggatgtgtatttgcatctaatccaatttttgctttgctcccaag 4591441  T
Q  155 caatcaaattcctccacttcacttcagttgtttcc-----atatagtggtggaatatccaactctccagaatcactaaaacttatatcaaaatcaaacat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||      |||||| || ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4591440 caatcaaattcctccacttcacttccgttgtttctttaatatatagcggcggaatattcaactctccctaatcactaaaacttatatcaaaatcaaatat 4591341  T
Q  250 atcaaccaacttgtgctgattttgatttgtgctatttaatttagcg---cgaatcattaccccagaagcacgaagctttgtagcacaacgcatcaattcc 346  Q
    ||| |||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||     
T  4591340 atccaccaactcatgttgattttgatttgtgatatttaatttagcagctcgaatcgttaccccagaagcacgaagctttgtagcacaatataacaattct 4591241  T
Q  347 agcttcgcttttttcccttcatattgttggttttgttccaccgtggacaagtgcatcaaatgaagtatatgagcacctcctgagctattcatcaaagggt 446  Q
    ||||| |||||||| |||||||||  || |||||||||||| || |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||| | |||||||||    
T  4591240 agctttgctttttttccttcatatattttgttttgttccactgtagacatgtgcatcaaattaagtatatgagcacctccacaactatacgtcaaagggt 4591141  T
Q  447 aaccaaaggctttacgaactatattagccacacgataatcgtctttgatttcactaccatcgggaaataccttcctatacaacttcttgagaacgaggaa 546  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||  | |||    
T  4591140 aaccaaaggctaaacgaactaaattagccacacgatgatcgtctttgcgttcactaccatcaggaaataccttcctaaatatcttcttgagaataatgaa 4591041  T
Q  547 gggaatttgattctcaagcattgctatatcattcaaaacaga------caacatcttttcttctgttttaaggattgagtcgttgttgaaagaagttgtt 640  Q
    ||||||||| |||||||||||||  | ||| || ||||||||       |||| ||| || || | ||||| |||||| || |||||  || ||          
T  4591040 gggaatttggttctcaagcattgtaacatcgtttaaaacagataacagtaacaccttatcctcggctttaaagattgaatcattgttataataa------ 4590947  T
Q  641 gtttggttatccatgtaatcgccaagtctaatgagaagctccaacagaaaacaaccatctattatcattattttagcgatttcttctggttctttttctt 740  Q
     ||| ||  |||||||| | | ||||  |||  |||| |||||||| |||||||||||| |  | ||||||||| || | ||||| || |||| ||  ||    
T  4590946 ttttcgtcttccatgtacttgtcaagcttaaaaagaaactccaacaaaaaacaaccatccaccaacattattttggctaattcttgtgattctgttgttt 4590847  T
Q  741 cgacaatgttgttgttgctcccaccatagctagcacaaatcactttatctaacttgagaatgtcatagccacattctcttaaccttat 828  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  4590846 cgcagatgttgttgttgctcccaccatagctagcacaaatcactttatctaacctgagaatgtcatcgccacattcttttaaccttat 4590759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 50 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 4621077 - 4620597
Alignment:
Q  50 tttcttgaagcaatccaatgtcagattcacagcatatcaaacctttgaagaaaagagcataggatgtatatttgcatttaatgttaattttgctctgctc 149  Q
    |||||||||| ||| ||||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||  |||||||| ||||   ||||||||| |||||    
T  4621077 tttcttgaagtaattcaatgtcatgctcacagcatatcaaaccattgaaaaaaagtgcataagaagtgcatttgcatctaatccaaattttgctttgctc 4620978  T
Q  150 ccaagcaatcaaattcctccacttcacttcagttgtttcc-----atatagtggtggaatatccaactctccagaatcactaaaacttatatcaaaatca 244  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4620977 ccaagcaatcaaattcctccacttaacttcagttgtttccttgatatatagtggtggaatatccaactctccagaatcactaaaacttatatcaaaatca 4620878  T
Q  245 aacatatcaaccaacttgtgctgattttgatttgtgctatttaatttagcgcgaatcattaccccagaagcacgaagctttgtagcacaacgcatcaatt 344  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||    
T  4620877 aacatatccaccaacttatgctgattttgatttgtgctatttaatttagctcgaattattaccccagaagcacggagctttgtagcacagcgcaataatt 4620778  T
Q  345 ccagcttcgcttttttcccttcatattgttggttttgttccaccgtggacaagtgcatcaaatgaagtatatgagcacctcctgagctattcatcaaagg 444  Q
    | |||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   | ||||    
T  4620777 ctagcttcgcctttttcccttcgtattgctggctttgctccactgtagacaagtgcatcaaatgaagtatatgagcacatcctgagctattatccgaagg 4620678  T
Q  445 gtaaccaaaggctttacgaactatattagccacacgataatcgtctttgatttcactaccatcgggaaataccttcctata 525  Q
    ||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  4620677 gtaaccaaaagcctttcgaacaatattagccacccgatggtcatctttgattacactaccatcaggaaatactttcctata 4620597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 156; Significance: 2e-82; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 18 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 14193381 - 14193210
Alignment:
Q  18 cctgtcacacccatccagtactataacccctgtttcttgaagcaatccaatgtcagattcacagcatatcaaacctttgaagaaaagagcataggatgta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14193381 cctgtcacacccatccagtactataacccctttttcttgaagcaatccaatgtcagattcacagcatatcaaacctttgaagaaaagagcataggatgta 14193282  T
Q  118 tatttgcatttaatgttaattttgctctgctcccaagcaatcaaattcctccacttcacttcagttgtttcc 189  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  14193281 tatttgcatctaatgttaattttgctctgctcccaagcaatcaaattcctccacctcacttccgttgtttcc 14193210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 18522010 - 18521903
Alignment:
Q  82 catatcaaacctttgaagaaaagagcataggatgtatatttgcatttaatgttaattttgctctgctcccaagcaatcaaattcctccacttcacttcag 181  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||| | |    |||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18522010 catatcaaaccattgaagaatagagcatatgaagtgtatttgcatcttacccaaattctattctgttcccaagcaatcaaattcctccacttcacttccg 18521911  T
Q  182 ttgtttcc 189  Q
    ||||||||    
T  18521910 ttgtttcc 18521903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 515 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 18521563 - 18521509
Alignment:
Q  515 accttcctatacaacttcttgagaacgaggaagggaatttgattctcaagcattg 569  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||    
T  18521563 accttcctatacaacttcttgagaacaatgaagggtatttggttctcaagcattg 18521509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University