View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4266_low_5 (Length: 623)
Name: NF4266_low_5
Description: NF4266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4266_low_5 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 7629980 - 7629381
Alignment:
| Q |
19 |
agagagatgagaaaactttgtgttcatcacctctttagctctcaacgtgcccattcttttaggcccgttagagaaaatgaagtggcccagttgattcaaa |
118 |
Q |
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| T |
7629980 |
agagagatgagaaaactttgtgttcatcacctctttagctctcaacgtgcccattcttttaggcccgttagagaaaatgaagtggcccaattgattcaaa |
7629881 |
T |
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| Q |
119 |
agttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgtgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttgggaaaac |
218 |
Q |
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| T |
7629880 |
agttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgcgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttgggaaaac |
7629781 |
T |
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| Q |
219 |
atatgtttgtgattatgaagaagaagttgaattgggaagtggacaaaggagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggctgaa |
318 |
Q |
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| T |
7629780 |
atatgtttgtgattatgaagaaggagttgaattgggaagtggacaaaggagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggctgaa |
7629681 |
T |
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| Q |
319 |
ttttacttttcagataattttccattgtttggttggattgatagaatcaaaggaacacttgggaggcttgataaaacgttcaaggagttggatttgatat |
418 |
Q |
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| T |
7629680 |
ttttacttttcagataattttccattgtttggttggattgatagagtcaaaggaacacttgggaggcttgataaaacgttcaaggagttggatttgatat |
7629581 |
T |
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| Q |
419 |
accaaagagttattgatgaccacatggattattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgatatcttattacaaatgatgaa |
518 |
Q |
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| T |
7629580 |
accaaagagttattgatgaccacatggattattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgatatcttattacaaatgatgaa |
7629481 |
T |
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| Q |
519 |
tgatcattcactctcttttgatctcactctcgaccacatcaaagctgtgcttatggtatggactcgtccttatttcattgaaatcttcacctttgcttct |
618 |
Q |
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| T |
7629480 |
tgatcattcactctcttttgatctcactctcgaccacatcaaagctgtgcttatggtatggactcgtccttattttattgaaatcttcacctttgattct |
7629381 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 7636763 - 7636190
Alignment:
| Q |
19 |
agagagatgagaaaactttgtgttcatcacctctttagctctcaacgtgcccattcttttaggcccgttagagaaaatgaagtggcccagttgattcaaa |
118 |
Q |
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| T |
7636763 |
agagagatgagaaaactttgtgttcaacatctctttagctctcaacgtgtccattcttttaggcccgttagagaaaatgaagtggcccaattgattcaaa |
7636664 |
T |
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| Q |
119 |
agttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgtgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttgggaaaac |
218 |
Q |
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| T |
7636663 |
agttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgcgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttggaaaaac |
7636564 |
T |
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| Q |
219 |
atatgtttgtgattatgaagaagaagttgaattgggaagtggacaaaggagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggctgaa |
318 |
Q |
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| T |
7636563 |
atatgtttgtgattatgaagaagaagttgaattgggaagtggacaaaagagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggctgaa |
7636464 |
T |
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| Q |
319 |
ttttacttttcagataattttccattgtttggttggattgatagaatcaaaggaacacttgggaggcttgataaaacgttcaaggagttggatttgatat |
418 |
Q |
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| T |
7636463 |
ttttacttttcagataattttccattgttgggttggattgatagagtcaaaggaactcttgggaggcttgataaaacattcaaggagttggatttgatat |
7636364 |
T |
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| Q |
419 |
accaaagagttattgatgaccacatggattattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgatatcttattacaaatgatgaa |
518 |
Q |
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| T |
7636363 |
accaaagagttattgatgaccacatggataattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgatatcttattgcagatgatgaa |
7636264 |
T |
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| Q |
519 |
tgatcattcactctcttttgatctcactctcgaccacatcaaagctgtgcttatggtatggactcgtccttatt |
592 |
Q |
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| T |
7636263 |
tgatcactcactctcttttgatctcactcttgaccacatcaaagctgtgcttatggtattgactcatccttatt |
7636190 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 19 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 7623671 - 7623112
Alignment:
| Q |
19 |
agagagatgagaaaactttgtgttcatcacctctttagctctcaacgtgcccattcttttaggcccgttagagaaaatgaagtggcccagttgattcaaa |
118 |
Q |
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7623671 |
agagatatgaaaaagctttgtgctcttcacctctttagccctaaaagtctacattcttttaggcctattagagaaaatgaagtggctgaattgattcaaa |
7623572 |
T |
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| Q |
119 |
agttgtcgcaatatggtggtgatgaaaaaggtgtgaacttgagtgaaatattgatgtctctcacaaatacaattatatgtaagatagcttttgggaaaac |
218 |
Q |
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7623571 |
agctgtcacagtatgatggtgatgaaaaaggtgtaaacttgagtgaaatattgatatctttcacaaatgcaattatatgtaagatagcttttgggaaaaa |
7623472 |
T |
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| Q |
219 |
atatgtttgtgattatgaagaagaagttgaattgggaagtggacaaaggagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagctcaagctttgttggctgaa |
318 |
Q |
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7623471 |
atatgtttttgattatgaggaagaagttgaattgggaagtggagaaagaagaagtagattgcaagttttgcttaatgaagcacaggctttgttaactgag |
7623372 |
T |
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| Q |
319 |
ttttacttttcagataattttccattgtttggttggattgatagaatcaaaggaacacttgggaggcttgataaaacgttcaaggagttggatttgatat |
418 |
Q |
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| T |
7623371 |
ttttacttttctgatcattttccattgttaggttgggttgatagaatcaaaggaactcttgggaggcttgataaaaagttcaaggagttggatttgatat |
7623272 |
T |
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| Q |
419 |
accaaagagttattgatgaccacatggattattcagcaaggcctaaaactaaggaacaagaagtagatgatattattgatatcttattacaaatgatgaa |
518 |
Q |
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7623271 |
accaacaagtcattgatgaccacatggataattcaacaaagcctaaaaccaaggagcaagaagttgcagatatcattgatatatttttgcagatgatgaa |
7623172 |
T |
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| Q |
519 |
tgatcattcactctcttttgatctcactctcgaccacatcaaagctgtgcttatggtatg |
578 |
Q |
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7623171 |
tgataactcactctcttttgatcttactcttgaccacgtcaaagctgtgcttatggtatg |
7623112 |
T |
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