View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4267_high_2 (Length: 775)
Name: NF4267_high_2
Description: NF4267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4267_high_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 765
Target Start/End: Original strand, 4012489 - 4013215
Alignment:
| Q |
36 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
135 |
Q |
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|
| T |
4012489 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
4012588 |
T |
|
| Q |
136 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
235 |
Q |
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|
| T |
4012589 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
4012688 |
T |
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| Q |
236 |
atgatctgaatgtttagcttatgaatattgtttgggcagaaatgatttcannnnnnncaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
335 |
Q |
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|
| T |
4012689 |
atgatctgaatatttagcttatgaatattgttttggcagaaatgatttcatttttttcaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
4012788 |
T |
|
| Q |
336 |
caaaattgtgatggctgaaggannnnnnnnnnnnnctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctgatt |
435 |
Q |
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| T |
4012789 |
caaaattgtgatggctgaaggatttttttttt---ctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctgatt |
4012885 |
T |
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| Q |
436 |
tataaaagccattctcactctttctttctaagtgtgttaaagtttaattatttagtatgtactgattttctgtttctcctcagatgaaacttaaattttc |
535 |
Q |
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| T |
4012886 |
tataaaagccattctcactctttctttctaagtgtgttaaagtttaattatttagtatgtattgattttctgtttctcctcagatgaaacttaaattttc |
4012985 |
T |
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| Q |
536 |
attgaacttgcagtaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatgtttcagcttgactaaaacaaacccttttcatgtgctcatttta |
635 |
Q |
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| T |
4012986 |
attgaacttgcagtaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatttttcagcttgactaaaacaaacccttttcatgtgctcatttta |
4013085 |
T |
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| Q |
636 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggagggttgactaagtatttctctagaaaaaagtgattgtgggtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
735 |
Q |
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| T |
4013086 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggagggttgactaagtatttctctagaaaaaagtgattgtgggtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
4013185 |
T |
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| Q |
736 |
gacatttagtgttctctccatttgatgatg |
765 |
Q |
| |
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| T |
4013186 |
gacatttagtgttctctccatttgatgatg |
4013215 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 506; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 735
Target Start/End: Original strand, 25879359 - 25880049
Alignment:
| Q |
36 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
135 |
Q |
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| T |
25879359 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatacagtag |
25879458 |
T |
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| Q |
136 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
235 |
Q |
| |
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|
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| T |
25879459 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagcaagttgtattcttttgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
25879558 |
T |
|
| Q |
236 |
atgatctgaatgtttagcttatgaatattgtttgggcagaaatgatttcannnnnnncaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
335 |
Q |
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|
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| T |
25879559 |
atgatctgaatgtttagcttatgaatactgttttggtagaaatgattgcattttttt-aaagttggttatgccgacactatctata-atgtagtttcaat |
25879656 |
T |
|
| Q |
336 |
caaaattgtgatggctgaaggannnnnnnnnnnnnctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctgatt |
435 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
25879657 |
caaaattgtgatggctgaaggatttttttttt---ctctaaacggat----atatggtgtgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctgatt |
25879749 |
T |
|
| Q |
436 |
tataaaagccattctcactctttctttctaagtgtgttaaagtttaattatttagtatgtactgattttctgtttctcctcagatgaaacttaaattttc |
535 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25879750 |
tataaaagccattctcaccgtttctttctaagtgtgttaaagtttacttatttagtatgtattaattttctgtttctcctcagatgaaactttaattttc |
25879849 |
T |
|
| Q |
536 |
attgaacttgcagtaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatgtttcagcttgactaaaacaaacccttttcatgtgctcatttta |
635 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |
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|
| T |
25879850 |
attgaacttgcactaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatgtttcagcttgactaaaagaaacccttttcatgtgcccatttta |
25879949 |
T |
|
| Q |
636 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggagggttgactaagtatttctctagaaaaaagtgattgtgggtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
735 |
Q |
| |
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| T |
25879950 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggaggtttgactaagtatttctctagaaaaaagtgaatgtgagtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
25880049 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 765
Target Start/End: Original strand, 2275155 - 2275881
Alignment:
| Q |
36 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
135 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2275155 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
2275254 |
T |
|
| Q |
136 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
235 |
Q |
| |
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| T |
2275255 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
2275354 |
T |
|
| Q |
236 |
atgatctgaatgtttagcttatgaatattgtttgggcagaaatgatttcannnnnnncaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
335 |
Q |
| |
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||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
2275355 |
atgatctgaatatttagcttatgaatattgttttggcagaaatgatttcatttttttcaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
2275454 |
T |
|
| Q |
336 |
caaaattgtgatggctgaaggannnnnnnnnnnnnctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctgatt |
435 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
2275455 |
caaaattgtgatggctgaaggatttttttttt---ctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctggtt |
2275551 |
T |
|
| Q |
436 |
tataaaagccattctcactctttctttctaagtgtgttaaagtttaattatttagtatgtactgattttctgtttctcctcagatgaaacttaaattttc |
535 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2275552 |
tataaaagccattctcactctttctttctaagtgtgttaaagtttaattatttagtatgtattgattttctgtttctcctcagatgaaacttaaattttc |
2275651 |
T |
|
| Q |
536 |
attgaacttgcagtaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatgtttcagcttgactaaaacaaacccttttcatgtgctcatttta |
635 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
2275652 |
attgaacttgcagtaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatttttcagcttgactaaaacaaacccttttcatgtgctcatttta |
2275751 |
T |
|
| Q |
636 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggagggttgactaagtatttctctagaaaaaagtgattgtgggtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
735 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2275752 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggagggttgactaagtatttctctagaaaaaagtgattgtgggtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
2275851 |
T |
|
| Q |
736 |
gacatttagtgttctctccatttgatgatg |
765 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2275852 |
gacatttagtgttctctccatttgatgatg |
2275881 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 765
Target Start/End: Original strand, 39346645 - 39347372
Alignment:
| Q |
36 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
135 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39346645 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
39346744 |
T |
|
| Q |
136 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
235 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39346745 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
39346844 |
T |
|
| Q |
236 |
atgatctgaatgtttagcttatgaatattgtttgggcagaaatgatttcannnnnnncaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
335 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
39346845 |
atgatctgaatatttagcttatgaatattgttttggcagaaatgatttcatttttttcaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
39346944 |
T |
|
| Q |
336 |
caaaattgtgatggctgaaggannnnnnnnnnnnnctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctgatt |
435 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
39346945 |
caaaattgtgatggctgaaggattttttttttt--ctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctggtt |
39347042 |
T |
|
| Q |
436 |
tataaaagccattctcactctttctttctaagtgtgttaaagtttaattatttagtatgtactgattttctgtttctcctcagatgaaacttaaattttc |
535 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39347043 |
tataaaagccattctcactctttctttctaagtgtgttaaagtttaattatttagtatgtattgattttctgtttctcctcagatgaaacttaaattttc |
39347142 |
T |
|
| Q |
536 |
attgaacttgcagtaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatgtttcagcttgactaaaacaaacccttttcatgtgctcatttta |
635 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39347143 |
attgaacttgcagtaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatttttcagcttgactaaaacaaacccttttcatgtgctcatttta |
39347242 |
T |
|
| Q |
636 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggagggttgactaagtatttctctagaaaaaagtgattgtgggtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
735 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39347243 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggagggttgactaagtatttctctagaaaaaagtgattgtgggtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
39347342 |
T |
|
| Q |
736 |
gacatttagtgttctctccatttgatgatg |
765 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39347343 |
gacatttagtgttctctccatttgatgatg |
39347372 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 765
Target Start/End: Original strand, 35348097 - 35348804
Alignment:
| Q |
36 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
135 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348097 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
35348196 |
T |
|
| Q |
136 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
235 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348197 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
35348296 |
T |
|
| Q |
236 |
atgatctgaatgtttagcttatgaatattgtttgggcagaaatgatttcannnnnnncaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
335 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348297 |
atgatctgaatatttagcttatgaatattgttttggcagaaatgatttcatttttttcaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
35348396 |
T |
|
| Q |
336 |
caaaattgtgatggctgaaggannnnnnnnnnnnnctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctgatt |
435 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348397 |
caaaattgtgatggctgaaggattttttttct---ctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttat---------------- |
35348477 |
T |
|
| Q |
436 |
tataaaagccattctcactctttctttctaagtgtgttaaagtttaattatttagtatgtactgattttctgtttctcctcagatgaaacttaaattttc |
535 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348478 |
---aaaagccattctcactctttctttctaagtgtgttaaagtttaattattttgtatgtattgattttctgtttctcctcagatgaaacttaaattttc |
35348574 |
T |
|
| Q |
536 |
attgaacttgcagtaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatgtttcagcttgactaaaacaaacccttttcatgtgctcatttta |
635 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348575 |
attgaacttgcagtaatgaattgatgaatatatctcaaattgcacaggttaaatatttttcagcttgactaaaacaaacccttttcatgtgctcatttta |
35348674 |
T |
|
| Q |
636 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggagggttgactaagtatttctctagaaaaaagtgattgtgggtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
735 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348675 |
agacatatttcctatgaacttatgaaagaggagggttgactaagtatttctctagaaaaaagtgattgtgggtagtagtcatgatttttgaagaacttat |
35348774 |
T |
|
| Q |
736 |
gacatttagtgttctctccatttgatgatg |
765 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348775 |
gacatttagtgttctctccatttgatgatg |
35348804 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 526; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 10790042 - 10789346
Alignment:
| Q |
36 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
135 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10790042 |
tgaaataaatggagcacttgatttatttatcattgttattgaaagcaatacaataactataaaatagtgtcataacagagagtgaagtagtatatagtag |
10789943 |
T |
|
| Q |
136 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagaaagttgtattcttatgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
235 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10789942 |
tgattttaaaattagtattgaaaagtatagcattgcatttagcaagttgtattcttttgtgtaatattaaaaagtaaagttgtttttataggtaaaatat |
10789843 |
T |
|
| Q |
236 |
atgatctgaatgtttagcttatgaatattgtttgggcagaaatgatttcannnnnnncaaagttggttgtgccggcactatctaggtatgtagtttcaat |
335 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
10789842 |
atgatctgaatgtttagcttatgaatattgttttggcagaaatgattgcatttttt-caaagttggttatgccggcactatctata-atgtagtttcaat |
10789745 |
T |
|
| Q |
336 |
caaaattgtgatggctgaaggannnnnnnnnnnnnctctaaacggatggatatatggtttgaccatggtctttcattcacttataaacttatgtctgatt |
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