View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4267_low_7 (Length: 679)

Name: NF4267_low_7
Description: NF4267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4267_low_7
NF4267_low_7
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (3-662)||(48449058-48449717)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 48449717 - 48449058
Alignment:
Q  3 aggagcagcacagatagctgtcagaataagacctctgcataatggaacgtctacataggtctatgctggagcgtgagcggcgaagaccataacgttcttt 102  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48449717 aggagcaacatagatagctgtcagaataagacctctgcataatggaacgtctacataggtctatgctggagcgcgagcggcgaagaccataacgttcttt 48449618  T
Q  103 tgtaatgtccttagttgaagacgttgttggagaggtaggtatgccaactgctgtgtaggccatagcttttgattgttgtgcaagtcagcaagatcctcca 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48449617 tgtaatgtccttagttgaagacgttgttggagaggtaggtatgccaactgctgtgtaggccatagcttttgattgttgtgcaagtcagcaagatactcca 48449518  T
Q  203 ctatattggatttctgtgaatcaaaaacttcatatcagaccacaaagcttcaaacatgttaagttttgttgttttggtgcctgaaacaagcctaacatat 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48449517 ctatattggatttctgtgaatcaaaaacttcatatcagaccacaaagcttcaaacatgttaagttttgttgttttggtgcctgaaacaagcctaacatat 48449418  T
Q  303 gaatatggattttataagaaaactgttacaagaactatgtatctagtttcttgttattaacgatagctttcttaaagatgtcaaaaacatgtcatagtta 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48449417 gaatatggattttataagaaaactgttacaagaactatgtatctagtttcttgttattaacgatagctttcttaaagatgtcaaaaacatgtcatagtta 48449318  T
Q  403 aaccaatttacccatcaatgagcgcaactcctatactatataaaacaaaaacatctttgttttgtgtgtgtacctccaaaggttaagacgttaacttgga 502  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  48449317 aactaatttacccatcaatgaacgcaactcctatactatataaaacaaaaacatctttgttttgtgtgtgtgcctccaaaggttaagacgttaacttgga 48449218  T
Q  503 cattgagttcttagttaggnnnnnnntgcaaagcttgttgaattctataagaggtaaatagtgtacctagtgtatacatggtgaaattatcgatctatca 602  Q
    |||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48449217 cattgagttcttagttaggaaaaaaatgcaaagcttgttgaattctataagaggtaaatagtgtacctagtgtatacatggtgaaatgatcgatctatca 48449118  T
Q  603 aagaggaggaaaaacatgtcacattctttgttccttcattaaatttagttagtagaggtt 662  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48449117 aagaggaggaaaaacatgtcacattctttgttccttcattaaatttagttagtagaggtt 48449058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University