View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4268_high_2 (Length: 760)

Name: NF4268_high_2
Description: NF4268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4268_high_2
NF4268_high_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-744)||(43870060-43870786)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 744
Target Start/End: Original strand, 43870060 - 43870786
Alignment:
Q  10 aagaatatctagtgttagaattcctattgggcagtaccttttctgtttagaccctacttacaggtgcaaacaattcaattaaactgtcgcactcacacaa 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43870060 aagaatatctagtgttagaattcctattgggcagtaccttttctgtttagaccctacttacaggtgcaaacaattcaattaaactgtcgcactcacacaa 43870159  T
Q  110 ctattatgggctatgtctaacgttcacaatttagtggattccnnnnnnnnctttctaggaattaatggaagtcaagaaaatagaattaatcttgtcaatc 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43870160 ctattatgggctatgtctaacgttcacaatttagtggattcctttt-----tttccaggaattaatggaagtcaagaaaatagaattaatcttgtcaatc 43870254  T
Q  210 tagcaaacaaatattaagttggtcagagtgaaactcaacttaggtttcttaagcaagattttgtgttcatgccttatagatggnnnnnnnnttgtgctta 309  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||        |||||||||    
T  43870255 tagctaacaaatattaagttggtcagagtgaaactcaacttaggtttgttaagcaagattttgtgttcatgccttgtagatggaaaaaaaattgtgctta 43870354  T
Q  310 aaacgagagacatcattaaagatggttatataaattctcgatgaaaattagtcatcaatatagtaagaataagtcaccgat---aaagttagaaaatact 406  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||     |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |   ||||||||||||||||    
T  43870355 aaacgagagacctcattaaaggtggttatatag----tcgacgaaaattagtcatcgatataataagaataagtcactgctggtaaagttagaaaatact 43870450  T
Q  407 tcacaccgataacaaggttaaaaatatcttgtcaattcagctctatggtttcatgaaaccatacaatacaaggctaaaagaca-gctagtatgttactac 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43870451 tcacaccgataacaaggttaaaaatatct-gtcaattcagctctatggtttcataaaaccatacaatacaaggctaaaagacatgctagtatgttactac 43870549  T
Q  506 aattgtcaagtcaaatatagttggaatctcttccaatgagtgcatgaaaattgattcactgaaattttaataatctgcaagaaattttttaattatagaa 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43870550 aattgtcaagtcaaatatagttggaatctcttccaatgagtgcatgaaaattgattcactgatattttaataatctgcaagaaattttttaattatagaa 43870649  T
Q  606 gtaataggtacttgtaatgacacgagagtcaaaaatagaaggttttatctacaaccacatgatgataattaatattaatgacctcttcttataaggagnn 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  43870650 gtaataggtacttgtaatgacacgagagtcaaaaatagaaggttttatctacaaccacatgatgataattaatattaatgaactcttcttataaggag-- 43870747  T
Q  706 nnnnnnncctcaagatgatgtgtaagtttatgtctttat 744  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43870748 aaaaaaacctcaagatgatgtgtaagtttatgtctttat 43870786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University