View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4268_high_3 (Length: 749)

Name: NF4268_high_3
Description: NF4268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4268_high_3
NF4268_high_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (24-732)||(55300640-55301348)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 693; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 693; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 732
Target Start/End: Original strand, 55300640 - 55301348
Alignment:
Q  24 actcatgattttgttgtctttttaagtccagaagatcaatcactcatggcaacagaaccagaagcaactttggaggaggcgatggtgttgatccatcccg 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55300640 actcatgattttgttgtctttttaagtccagaagatcaatcactcatggtaacagaaccagaagcaactttggaggaggcgatggtgttgatccatcccg 55300739  T
Q  124 atatccaagggaagcctttgagggttaacaatccgtcatcatcacaagcaactttggagaagatggacgacggtagtgacgatgttgaaggcgggaagcc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55300740 atatccaagggaagcctttgagggttaacaatccgtcatcatcacaagcaactttggagaagatggacgacggtagtgacgatgttgaaggcgggaagcc 55300839  T
Q  224 tttgagggttaattatgaatcagaaactattccagagaaaacaattttgtgtgacgatgttgtgttgttggttgaagagcataagagaaagcatttgagg 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  55300840 tttgagggttaattatgaatcagaaactattccagagaaaacaattttgtgtgacgatgttgtgttgttggttgaagagcataagagaaagcctttgagg 55300939  T
Q  324 gagagagtaacatcaaattcggagacagtattgtcacaacaagaaaatgctgacaaaacagatttgggtatggaggaggagatggaattggtgatgattg 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55300940 gagagagtaacatcaaattcggagacagtattgtcacaacaagaaaatgctgacaaaacagatttgggtatggaggaggagatggaattggtgatgattg 55301039  T
Q  424 aacaagagaagccattgagagagagtcgtgcgtcacaagttgggaatgagaatgtactaataaatacagagacaacagatttgaaagaggaactcagaga 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  55301040 aacaagagaagccattgagagagagtcgtgcgtcacaagttgggaatgagaatgtactaataaatacagagacaacaggtttgaaagaggaactcagaga 55301139  T
Q  524 cttttggttgggtggtcaaaagactgcttctgaacaaacagtgtcaatggaattaccttgtgagcataagtcgatgaacacggctgaggaaggaaatatg 623  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  55301140 cttttggttgggtggtcaaaagactgcttctgaacaaacagtgtcaatggaattaccttgtgagcataagtcgatgaacacggctgtggaaggaaatatg 55301239  T
Q  624 tatgagtatctgtgggcaaccaaataccagcccaagatattggcagacttcatctgcaacagagataaagcacttcagctgaaagcattggtaagaagaa 723  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55301240 tatgagtatctgtgggcaaccaaataccagcccaagatattggcagacttcatctgcaacagagataaagcacttcagctgaaagcattggtaagaagaa 55301339  T
Q  724 tatgatgct 732  Q
    |||||||||    
T  55301340 tatgatgct 55301348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University