View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4268_low_1 (Length: 790)

Name: NF4268_low_1
Description: NF4268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4268_low_1
NF4268_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-774)||(38286740-38287493)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 628; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 628; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 774
Target Start/End: Original strand, 38286740 - 38287493
Alignment:
Q  18 acaatgtgtgtgtacaaggagtacgtggggcaaagtcaaagtcgctggagtttattattattattgtgtgctttacaaattacaatataatttgctttga 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38286740 acaatgtgtgtgtacaaggagtacgtggggcaaagtcaaagtcgctggagtttattattattattgtgtgctttacgaattacaatataatttgctttga 38286839  T
Q  118 gttgatagatagatagaattaatgaatgaattgaaattgtcgttgattcttttctttgccacataataatcatcacaatacagtgatagtcggcaaatcc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38286840 gttgatagatagatagaattaatgaatgaattgaaattgtcgttgattcttttctttgccacataataatcatcataatacagtgatagtcggcaaatcc 38286939  T
Q  218 ctctttaacctatctcttaattatttgtttagttaactaccaactatataactttgcatatacttcaatttgcttactttaaattacctcatctctaatt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38286940 ctctttaacctatctcttaattatttgtttaattaactaccaactatataactttgcatatacttcaatttgcttactttaaattacctcatctctaatt 38287039  T
Q  318 tctcaacactcattccatagtatgtatatcattttctctctattttctttgtatcttatcatcaacatattaattatatcgatcacatattcacataann 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||      
T  38287040 tctcaacactcattccatagtatgtatatcattttctctctattttctttgtatcttatcatcaacat----attatatcgatcacatattcacataatt 38287135  T
Q  418 nnnnnnatttctttctctcttaaagagtcaataaggtgtatttgtgtacaaagacaaattttctttaaattagctcatgcatcgatcacaaagctcaatc 517  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287136 ttttttatttctttctctcttaaagagtcaataaggtatatttgtgtacaaagacaaattttctttaaattagctcatgcatcgatcacaaagctcaatc 38287235  T
Q  518 aacagtaagattattagttatttttattgc-ttcattgatgacaatccagcaagtttataatcatgatgtctataattaattagtgatatgtgaacccgg 616  Q
    ||||||||||||||||||||   ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38287236 aacagtaagattattagtta---ttactgctttcattgatgacaatccagcaagtttataatcatgatgtctatgattaattagtgatatgtgaacccgg 38287332  T
Q  617 ttgattattgcttagatatgggatttggctttcc---nnnnnnnngtctgtgcgtatgatatcactttgtactggttccaaattgtataggagtggtact 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38287333 ttgattattgcttagatatgggatttggctttcctttttttttttgtctgtgcgtatgatatcactttgtactggttccaaattgtataggagtggtact 38287432  T
Q  714 actctacccttttccattttccttaatacatatatagacacacaaatacacacacattcat 774  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38287433 actctacccttttccattttccttaatacgtatatagacacacaaataaacacacattcat 38287493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University