View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4268_low_14 (Length: 295)

Name: NF4268_low_14
Description: NF4268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4268_low_14
NF4268_low_14
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (1-270)||(2018028-2018297)
chr8 (1-270)||(2014645-2014914)
chr8 (1-273)||(1963515-1963787)
chr8 (1-238)||(2436927-2437164)
chr8 (14-270)||(2004245-2004501)
chr8 (18-270)||(1969144-1969396)
chr8 (14-270)||(2007625-2007881)
chr8 (1-270)||(2011240-2011509)
chr8 (1-267)||(1965185-1965451)
chr8 (38-139)||(10201811-10201912)
chr8 (38-139)||(10208884-10208985)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-270)||(5906175-5906444)
chr1 (6-270)||(5902696-5902960)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (6-66)||(845007-845067)
chr6 (6-66)||(870291-870351)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2018297 - 2018028
Alignment:
Q  1 ccttcgtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2018297 ccttcgtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctcta 2018198  T
Q  101 tttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| |||| |||    
T  2018197 tttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggactaaaagtgggactgaggccaaaaattaatcagaatggcattgtggaaaaggtacaaa 2018098  T
Q  201 ttgctgagttgatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatt 270  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  2018097 ttgcagagttaatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgcaaaaatatgaaggaatt 2018028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2014914 - 2014645
Alignment:
Q  1 ccttcgtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2014914 ccttcgtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaatgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctcta 2014815  T
Q  101 tttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| |||| |||    
T  2014814 tttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggactaaaagtgggactgaggccaaaaattaatcagaatggcattgtggaaaaggtacaaa 2014715  T
Q  201 ttgctgagttgatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatt 270  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  2014714 ttgcagagttaatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgcaaaaatatgaaggaatt 2014645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 1963515 - 1963787
Alignment:
Q  1 ccttcgtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctcta 100  Q
    |||| ||||||||||  |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||     
T  1963515 ccttagtcacagttccattggtgggtttttgtctcattgtggttggaattcaacccttgagagtgtggtgtatggtgtgccactaatcacttggcctctg 1963614  T
Q  101 tttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaa 200  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963615 tatgctgagcagagaacaaatgcagttttgctctgtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaa 1963714  T
Q  201 ttgctgagttgatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatttaa 273  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1963715 ttgctgagttgatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatttaa 1963787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 2436927 - 2437164
Alignment:
Q  1 ccttcgtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctcta 100  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2436927 ccttagtcacagatcagttggtggtttcttgagtcactgtggctggaattcaacccttgagagtgtggtgcatggtgtgccactaatcacatggcctctt 2437026  T
Q  101 tttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaa 200  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||      
T  2437027 tttgccgagcagagaacgaattcggttttgttgagtgagggactaaaagtgggactgaggccaagagttcatgaaaatggcattgtggaaagggtagagg 2437126  T
Q  201 ttgctgagttgatcaagtgtctcatggaaggggaagaa 238  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2437127 ttgctaaggtgatcaagtgtctcatggaaggagaagaa 2437164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 14 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2004501 - 2004245
Alignment:
Q  14 tcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctctatttgctgagcaga 113  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2004501 tcagtcggcgggttcttgactcattgtggctggaattcaaccctagagagtgtggtgcatggtgtgccactaataacatggcctctatttgctgagcaga 2004402  T
Q  114 gaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaattgctgagttgat 213  Q
     || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||  ||||| || ||||    
T  2004401 aaatgaatgcggttttgttgagtgaaggactaaaagtgggattgagggcaagtgttaatgaaaatggcatagtggaaagggtagaggttgctaaggtgat 2004302  T
Q  214 caagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatt 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||    
T  2004301 caagtgtctcatggaaggggaagaaggtgagaaattgcgcaataacatgaaggaatt 2004245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Original strand, 1969144 - 1969396
Alignment:
Q  18 ttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctctatttgctgagcagagaac 117  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||     
T  1969144 ttggtggattcttgactcattgtggctggaattcaacccttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctttgtttgctgagcagaaaat 1969243  T
Q  118 gaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaattgctgagttgatcaag 217  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| | |||  ||| | || ||||||||    
T  1969244 gaatgccgttttgctgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaatgaaaacggcattgtggaaagagaagaggttgttaaggtgatcaag 1969343  T
Q  218 tgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatt 270  Q
     ||||||||||||| |||||||||| |||  |||| ||||| |||||||||||    
T  1969344 cgtctcatggaaggagaagaaggtgagaagttgcgcaataacatgaaggaatt 1969396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2007881 - 2007625
Alignment:
Q  14 tcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctctatttgctgagcaga 113  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2007881 tcagttggtgggttcttgacgcattgtggctggaattcaacccttgagagtgtggtgcacggtgtgccgttaatcacgtggcctctatttgctgagcaga 2007782  T
Q  114 gaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaattgctgagttgat 213  Q
     || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||  ||||| || ||||    
T  2007781 aaatgaatgcggttttgttgagtgaaggactaaaagtgggactgagggcaagtgttaatgaaaatggcatagtggaaagggtagaggttgctaaggtgat 2007682  T
Q  214 caagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatt 270  Q
    ||||| |||||||||||| || || |||| |||| | || ||||| |||||||||||    
T  2007681 caagtatctcatggaaggagacgagggtgagaaattacgcaataacatgaaggaatt 2007625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2011509 - 2011240
Alignment:
Q  1 ccttcgtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctcta 100  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  2011509 ccttagtcatagttcagttggcgggttcttgagtcactgtggttggagctcaacacttgaaagtgtggttcatggggtgccactaatcacatggcctatg 2011410  T
Q  101 tttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaa 200  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| |||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||      
T  2011409 tttgctgaacagggaatgaatgcagttttggtgactgagggccttaaagtgggactgaggccaagagttaacgaaaatggtattgtcgaaagggtggagg 2011310  T
Q  201 ttgctgagttgatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatt 270  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||  ||| |||| |||  |||||||||||||||||    
T  2011309 ttgctaaggtgatcaagcgtctcatggaaggagaagagtgtgagaaattgcacaataatatgaaggaatt 2011240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Original strand, 1965185 - 1965451
Alignment:
Q  1 ccttcgtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctcta 100  Q
    |||| |||| |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  1965185 ccttagtcatagttcaattggagggttcttgagtcactgtggttggaactcaacccttgaaagtgtggtgcatggagtgccactaatcacatggcctatg 1965284  T
Q  101 tttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaa 200  Q
    |||||||| ||| ||| |||||| |||||| ||| ||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||      
T  1965285 tttgctgaacagggaatgaatgcagttttggtgactgggggccttaaagtgggactgagaccaagagttaacgaaaacggtattgtcgaaagggtggagg 1965384  T
Q  201 ttgctgagttgatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaagga 267  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||| |||  ||||||||||||||    
T  1965385 ttgctaaggtgatcaagtgtctcatggaaggagaagagtgtgagaaattgcacaataatatgaagga 1965451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 10201912 - 10201811
Alignment:
Q  38 tgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctctatttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtg 137  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||  | ||  ||||||| || | ||||||||| |  | |||||| ||||| |||||||    
T  10201912 tgtggttggaattcaactcttgagagtgtggtgaatggtgtgcctttgattgcatggccactctatgctgagcaaaagatgaatgctgttttattgagtg 10201813  T
Q  138 aa 139  Q
    ||    
T  10201812 aa 10201811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 10208985 - 10208884
Alignment:
Q  38 tgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctctatttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtg 137  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||  | ||  ||||||| || | ||||||||| |  | |||||| ||||| |||||||    
T  10208985 tgtggttggaattcaactcttgagagtgtggtgaatggtgtgcctttgattgcatggccactctatgctgagcaaaagatgaatgctgttttattgagtg 10208886  T
Q  138 aa 139  Q
    ||    
T  10208885 aa 10208884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 4e-72; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 270
Target Start/End: Original strand, 5906175 - 5906444
Alignment:
Q  1 ccttcgtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctcta 100  Q
    |||| ||||||  ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||  |||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5906175 ccttagtcacatatcagttggtggattcttgagtcattgtggttggagttcaatccttgagagcgcgatgcatggtgtgccactaatcacatggcctctg 5906274  T
Q  101 tttgctgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaa 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||  || || ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||      
T  5906275 tttgctgagcagagaatgaatgcatttgtgctgagtgagggcctaaaggtgggagtgaggccaagagttaatgaaaatggcattgtggaaaggatagagg 5906374  T
Q  201 ttgctgagttgatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatt 270  Q
    || || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||    
T  5906375 tttctaaggtgatcaagtgtctcatggaaggggaagaatgtgagaaattgcgcaataatatgaaggaatt 5906444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 6 - 270
Target Start/End: Original strand, 5902696 - 5902960
Alignment:
Q  6 gtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgtgttgcatggtgtgccactaatcacatggcctctatttgc 105  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||     
T  5902696 gtcacagatcagttggtggattcttgagtcactgtggctggaattcaatccttgagagtgtgatgcatggtgtgccactaatcacatggcctttgtttgg 5902795  T
Q  106 tgagcagagaacgaatgcggttttgttgagtgaaggcctaaaagtgggactgaggccaagagttaacgagaatggcattgtggaaagggtagaaattgct 205  Q
    |||||| |||| |||||| ||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||  |||||| ||    
T  5902796 tgagcaaagaatgaatgcagttgtgctgagtgagggccttaaagtgggactgaggccaagggttaatgataatggcattgttgaaagggaggaaatttct 5902895  T
Q  206 gagttgatcaagtgtctcatggaaggggaagaaggtgggaaactgcgtaataatatgaaggaatt 270  Q
     | ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||  |||| |||||||||||||||||    
T  5902896 aaattgatcaagggtctcatggaaggagaagaatgtgagaatttgcgcaataatatgaaggaatt 5902960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 845067 - 845007
Alignment:
Q  6 gtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgt 66  Q
    |||| |||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  845067 gtcatagttcaattggtgggtttttaactcattgtggttggaattcaacacttgaaagtgt 845007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 6 - 66
Target Start/End: Complemental strand, 870351 - 870291
Alignment:
Q  6 gtcacagttcagttggtgggttcttgactcactgtggttggaattcaacgcttgagagtgt 66  Q
    |||| |||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  870351 gtcatagttcaattggtgggtttttaactcattgtggttggaattcaacacttgaaagtgt 870291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University