View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4277_high_1 (Length: 734)

Name: NF4277_high_1
Description: NF4277
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4277_high_1
NF4277_high_1
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (26-720)||(32592496-32593189)
chr1 (505-662)||(31527255-31527412)
chr1 (522-720)||(37030630-37030828)
chr1 (590-716)||(51824717-51824843)
chr1 (383-473)||(51824148-51824242)
chr1 (505-585)||(51824268-51824353)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (497-720)||(49208107-49208330)
chr3 (497-720)||(49212947-49213170)
chr3 (522-720)||(49188119-49188317)
chr3 (522-720)||(49191855-49192053)
chr3 (522-720)||(49202961-49203159)
chr3 (118-322)||(49211997-49212193)
chr3 (321-381)||(49207608-49207668)
chr3 (184-247)||(49207490-49207552)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (515-720)||(26756489-26756696)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 510; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 510; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 32593189 - 32592496
Alignment:
Q  26 attcatctagcatacagcctactttgttatgttttacttttaaataactgtttcatgttnnnnnnnttgacaaggtttggttggtagtaataataattcc 125  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  32593189 attcatctagcatacaacctactttgttatgttttacttttaaataactgtttcatgttaaaaaaattgacaaggtttggttggtagtaataat---tcc 32593093  T
Q  126 atattcttcaatctatttgccatttacataccatatgtcaatcatannnnnnnn--aatccaaacaaaacatagcatttgctaactcaacaaacttgacc 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593092 atattcttcaatctatttgccatttacataccatatgtcaatcatattttttttttaatccaaacaaaacatagcatttgctaactcaacaaacttgacc 32592993  T
Q  224 aaaagtacacaaaataatagcaagcgaagggatccacgatttagatttggcacattcctaacaaaattaatttagaacaaaattgccataaaacaaatat 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32592992 aaaagtacacaaaataatagcaagcgaagggatccacgatttagatttggcacattcctaacaaaattaatttagaacaaaattgtcataaaacaaatat 32592893  T
Q  324 tatatgaacataccatatgatttagttttataatgatacataaatttagcaaatgatagattcatgtatgccaaaaaactttaactacggtgacttattt 423  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||    
T  32592892 tatatgaacataccgtatgatttagttttataatgatacataaatttagcaaatgatagattcatgtatgccaaaatacttgaactacagtgacttattt 32592793  T
Q  424 tctaccaaaagatattgaagtattaatattgttgctagtaaaacaatttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaaagaaagagttatatttgcatggac 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||                       ||||||| | |||||||||||||||||    
T  32592792 tctaccaaaagatattgaagtattaatattgttgctagtaaaccaatttgaataataataataactaataaatgaaagaaggggttatatttgcatggac 32592693  T
Q  524 taaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagtttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccctgcaa 623  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32592692 taaccttggtttcatactgaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccctgcaa 32592593  T
Q  624 ctcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttcgccaactcagaatta 720  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32592592 ctcagcttcccttagagccacagctttagcagcttcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttcgccaactcagaatta 32592496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 505 - 662
Target Start/End: Original strand, 31527255 - 31527412
Alignment:
Q  505 gagttatatttgcatggactaaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagtttctcagtagtagtcaaagcattcatcc 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527255 gagttatatttgcatggactaaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcc 31527354  T
Q  605 tctcaacctcaccctgcaactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgac 662  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31527355 tctcaacctcaccctgcaactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgac 31527412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 522 - 720
Target Start/End: Original strand, 37030630 - 37030828
Alignment:
Q  522 actaaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagtttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccctgc 621  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||     
T  37030630 actaaccttggtttcatattgaacactagctttgctaaggaactctgctttaagcttttcagtagtagtcaatgcattcatcctctcaacttcaccttgt 37030729  T
Q  622 aactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttcgccaactcagaatta 720  Q
    |||||||||||||||||   |||||| ||    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  37030730 aactcagcttcccttagtttcacagccttcttcgcctcgacttcagccacctgagccgccttggtccaagccgctttcttcttagccaactcagaatta 37030828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 590 - 716
Target Start/End: Original strand, 51824717 - 51824843
Alignment:
Q  590 tcaaagcattcatcctctcaacctcaccctgcaactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgacttcagccacttgagccgccttagtcca 689  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  51824717 tcaaagcattcatcttctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagaaccacagatttagcagcctcaacttgagccacttgagcagccttagtcca 51824816  T
Q  690 agccgctttcttcttcgccaactcaga 716  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  51824817 agccgctttcttcatcgccaactcaga 51824843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 383 - 473
Target Start/End: Original strand, 51824148 - 51824242
Alignment:
Q  383 attcatgtatgccaaaaaactttaactacggtgacttat----tttctaccaaaagatattgaagtattaatattgttgctagtaaaacaatttg 473  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  51824148 attcatgtatgcgaaaaaactttaactacagtgaattatttattttctaccagaagatattgaagtattaatcttgttgctagtaaaacaatttg 51824242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 505 - 585
Target Start/End: Original strand, 51824268 - 51824353
Alignment:
Q  505 gagttatatttgcatggacta-----accttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagtttctcagta 585  Q
    |||||||||||||||||||||     |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  51824268 gagttatatttgcatggactaaactaaccttggtttcatattgaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagta 51824353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 1e-77; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 497 - 720
Target Start/End: Original strand, 49208107 - 49208330
Alignment:
Q  497 gaaagaaagagttatatttgcatggactaaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagtttctcagtagtagtcaaagc 596  Q
    |||||||  ||||| ||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49208107 gaaagaagaagttaaatttgcaaggactaaccttagtgtcatattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagc 49208206  T
Q  597 attcatcctctcaacctcaccctgcaactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgct 696  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||| | |||||||| |||    
T  49208207 attcatcctctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtccaagcagct 49208306  T
Q  697 ttcttcttcgccaactcagaatta 720  Q
    |||||||| |||||||| ||||||    
T  49208307 ttcttcttagccaactcggaatta 49208330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 497 - 720
Target Start/End: Original strand, 49212947 - 49213170
Alignment:
Q  497 gaaagaaagagttatatttgcatggactaaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagtttctcagtagtagtcaaagc 596  Q
    |||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  49212947 gaaagaagaagttatagttgcatggactaaccttagtttcatattgaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagttgtagtcaaagc 49213046  T
Q  597 attcatcctctcaacctcaccctgcaactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgct 696  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||     
T  49213047 attcatcttctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagagccacagccttcttcgcctcaacttcagccacctgagccgccttggtccaagcagcc 49213146  T
Q  697 ttcttcttcgccaactcagaatta 720  Q
    ||||| || |||||||| ||||||    
T  49213147 ttctttttggccaactccgaatta 49213170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 522 - 720
Target Start/End: Original strand, 49188119 - 49188317
Alignment:
Q  522 actaaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagtttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccctgc 621  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| |||    
T  49188119 actaaccttggtttcatattgaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagttgtagtcaatgcattcatcctctcgacttcaccttgc 49188218  T
Q  622 aactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttcgccaactcagaatta 720  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49188219 aactcagcttcccttagagcaacagccttcttcgcctcgacttcagccacctgagccgccttggtccaagccgctttcttcttagccaactcagaatta 49188317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 522 - 720
Target Start/End: Original strand, 49191855 - 49192053
Alignment:
Q  522 actaaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagtttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccctgc 621  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  49191855 actaaccttggtttcatattgaacactagctttgctaaggaactcagctttaagcttctcagttgtagtcaaagcattcatcctctcaacttcaccttgt 49191954  T
Q  622 aactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttcgccaactcagaatta 720  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  49191955 aactcagcatcccttagagcgacggctttggcagcctcaacttcggccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttagccaattcagaatta 49192053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 522 - 720
Target Start/End: Original strand, 49202961 - 49203159
Alignment:
Q  522 actaaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagtttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccctgc 621  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||     
T  49202961 actaaccttagtttcatattgaacactagctttgctaaggaactcggctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctttcaacttcaccttgt 49203060  T
Q  622 aactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttcgccaactcagaatta 720  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  49203061 aactcagcatcccttagagccacggccttcttcgcctcaacttcagccacctgagccgccttagtccaagctgccttcttcttagccaactcagaatta 49203159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 118 - 322
Target Start/End: Original strand, 49211997 - 49212193
Alignment:
Q  118 ataattccatattcttcaatctatttgccatttacataccatatgtcaatcatannnnnnnnaatccaaacaaaacatagcatttgctaactcaacaaac 217  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||| |         ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  49211997 ataattcaacattcttcaatctatatgccattatcatacaatatgtcaatctt---tttcttaatacaaacaaaacataggacttgctaactcaacaaac 49212093  T
Q  218 ttgaccaaaagtacacaaaataatagcaagcgaagggatccacgatttagatttggcacattcctaacaaaattaatttagaacaaaattgccataaaac 317  Q
     |||  |||||||||||||||||||||     ||||||| || |||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||     
T  49212094 ctgagtaaaagtacacaaaataatagc-----aagggattcatgatttagacttggcatgttcttaacaaaactaatttggaacaaaattgtcatgaaag 49212188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 321 - 381
Target Start/End: Original strand, 49207608 - 49207668
Alignment:
Q  321 tattatatgaacataccatatgatttagttttataatgatacataaatttagcaaatgata 381  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49207608 tattatatgaacataccgaatgatttaattttataatgatacagaaatttagcaaatgata 49207668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 184 - 247
Target Start/End: Original strand, 49207490 - 49207552
Alignment:
Q  184 caaacaaaacatagcatttgctaactcaacaaacttgaccaaaagtacacaaaataatagcaag 247  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  49207490 caaacaaaccatagcacttgctaactcaacaaacttgagtaaaagtacac-aaataatagcaag 49207552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 8e-63; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 515 - 720
Target Start/End: Original strand, 26756489 - 26756696
Alignment:
Q  515 tgcatggactaaccttggtttcatactcaacactagctttgctaagta---aatcagctttaagtttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaac 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||| ||   | |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26756489 tgcatggactaaccttggtttcata-tgtacactagctttactaattaggaactcaggtttaagcttctcagtggtagtcaaagcattcatcctctcaac 26756587  T
Q  612 ctcaccctgcaactcagcttcccttagagccacagctttagcagcctcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttcgccaac 711  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  26756588 ctcaccttgcaactcagcttccctaagggccacagctttagcagcctcaacttcagcgacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttagtcaac 26756687  T
Q  712 tcagaatta 720  Q
    || ||||||    
T  26756688 tcggaatta 26756696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University