View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4278_high_1 (Length: 866)

Name: NF4278_high_1
Description: NF4278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4278_high_1
NF4278_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (2-850)||(40001654-40002496)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 850
Target Start/End: Original strand, 40001654 - 40002496
Alignment:
Q  2 ggagatcaaagctgctcattccaatctctaggaaatttgtttagtggagtagcaatgacaaacatcattatgttgttaatgtttgcactgcatcttatta 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||      
T  40001654 ggagatcaaagctgctcattccaatctctagcaaatttgtttagtggagtagcaatcacaaacatcattatgttgttaatgtttgcactgcatctaat-- 40001751  T
Q  102 taatcatacattttgatcctaaacatccttnnnnnnnnngttacttcatggttattgtttcaaactgctctaaggtccaatcataaaccataaaggtcta 201  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||          ||||| |||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  40001752 -aatcatacattttgatcctaaacatccttaaaaaaaa--ttactccatggttattgtttcggactgctccaaagtccaatcataaaccataaaggttta 40001848  T
Q  202 ataagacggtaatttcgtagttggactaccaatgccaacatgaggccgcgagatagaggaaatataatttggagttaatttgggccctcttatcatagtc 301  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  40001849 ataagacggttatttcgtagttggactaccaatgccaacatgaggccgcgagatagaggaaatataatttggagttaatttgggccctcttatcatggcc 40001948  T
Q  302 atactcacacggttatttagacaatgtatcggaaaaggcgcaatgcctatatgatagctttaaccgtctgtaaaaggagttgcctatcatnnnnnnngat 401  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||       |||    
T  40001949 atactcacgcggttatttagacaatgtatcggaaaaggcgcaatgcctatatgatagctttaaccgtctgtaaaaggagttgtctgtcataaaaaaagat 40002048  T
Q  402 atatgtatatcctcattctaaaaacacaaaatcaaaactccttaagtttatgattaacttgaatgtagaaatgtctttgcaaatacatcaccacaccttt 501  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40002049 acatgtataccctcattctaaaaacacaaaatcaaaactccttaagtttatgattaacttgaacgcagaaatgtctttgcaaatacatcaccacaccttt 40002148  T
Q  502 agtgatgaaattgcatttcgtcacacaatactttgtcatcactctcgtagacatatcaactataataagagagtttgatggatctcttgaatgatgtttg 601  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40002149 agtgatgaaatcgcatttcatcacacaatactttgtcatcactctcgtagacatagcaactataataagagagtttgatggatctcttgaatgatgtttg 40002248  T
Q  602 cagatctcatatgttaagggggaatattcgtaattgttttcaagtgatatgataaagtagacgatatgaatggttgtggtttgttaataccgtaaaacat 701  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40002249 cagatctcatatgttaaggggaaatattcgtaattgttttcaagtgatttgataaagtagacgatatgaatggttgtggtttgttaataccgtaaaacat 40002348  T
Q  702 tttaaaccattcatttataaaaattaacctttatgtatactatgactatttgcaaaaaagtagtcaataacgtatgacttaatttgataattaatagtga 801  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40002349 tttaaaccattcatttatgaaaattaacttttatgtatactatgactatttgcaaaaaagtagtcaataacgtatgacttaatttgataattaataatga 40002448  T
Q  802 ataaactattagattacattttgaagtaacataagaaaaatgtcatatg 850  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40002449 ataaactattagattaca-tttgaagtaacataagaaaaatgtcatatg 40002496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University