View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4280-Insertion-19 (Length: 300)

Name: NF4280-Insertion-19
Description: NF4280
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4280-Insertion-19
NF4280-Insertion-19
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (6-300)||(49169689-49169984)
chr7 (3-296)||(13163620-13163916)
chr7 (6-250)||(12196104-12196349)
chr7 (6-300)||(40106374-40106668)
chr7 (6-295)||(12911081-12911368)
chr7 (6-174)||(10288141-10288309)
chr7 (6-174)||(11035733-11035901)
chr7 (6-225)||(48653178-48653391)
chr7 (6-174)||(15873326-15873494)
chr7 (26-182)||(18366696-18366853)
chr7 (26-200)||(21490858-21491036)
chr7 (6-174)||(22078315-22078484)
chr7 (69-169)||(24056671-24056771)
chr7 (51-152)||(9554539-9554640)
chr7 (6-148)||(9994036-9994179)
chr7 (76-175)||(3692024-3692124)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (7-298)||(55162756-55163047)
chr4 (6-300)||(28968588-28968883)
chr4 (6-225)||(69939-70156)
chr4 (7-182)||(49499736-49499911)
chr4 (6-174)||(40459639-40459807)
chr4 (6-203)||(2761442-2761638)
chr4 (51-152)||(10276758-10276859)
chr4 (72-158)||(41869372-41869458)
chr4 (47-148)||(47016996-47017097)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (7-300)||(8422119-8422412)
chr1 (79-300)||(9536769-9536990)
chr1 (6-175)||(18472292-18472460)
chr1 (6-182)||(35761380-35761556)
chr1 (6-174)||(43406717-43406885)
chr1 (51-300)||(33007047-33007293)
chr1 (8-174)||(37666531-37666696)
chr1 (6-174)||(338796-338964)
chr1 (39-300)||(16075266-16075526)
chr1 (39-174)||(6836583-6836717)
chr1 (51-175)||(19198196-19198322)
chr1 (51-149)||(33009104-33009202)
chr1 (51-148)||(24055663-24055759)
chr1 (51-160)||(24276088-24276196)
chr1 (51-152)||(16111076-16111181)
chr1 (248-300)||(19198384-19198436)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (6-300)||(26182043-26182344)
chr6 (6-225)||(13772759-13772978)
chr6 (6-174)||(34636875-34637043)
chr6 (10-174)||(32449620-32449784)
chr6 (6-168)||(10750979-10751141)
chr6 (39-225)||(24164428-24164614)
chr6 (31-173)||(23260026-23260168)
chr6 (31-162)||(20559495-20559625)
chr6 (65-158)||(31275943-31276036)
chr6 (51-152)||(11166048-11166149)
chr6 (48-124)||(31276917-31276993)
chr6 (51-84)||(31875518-31875551)
chr6 (112-152)||(31276856-31276896)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (6-300)||(40691437-40691732)
chr5 (6-300)||(6309252-6309552)
chr5 (103-292)||(4557452-4557641)
chr5 (6-300)||(30910323-30910615)
chr5 (6-174)||(537508-537676)
chr5 (6-300)||(38001544-38001835)
chr5 (6-225)||(42862012-42862230)
chr5 (61-134)||(23211177-23211249)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (6-297)||(44436667-44436958)
chr8 (6-300)||(22815683-22815969)
chr8 (6-182)||(6150199-6150376)
chr8 (6-175)||(41957809-41957976)
chr8 (6-171)||(40840875-40841036)
chr8 (51-174)||(35840838-35840960)
chr8 (52-152)||(12659335-12659435)
chr8 (51-125)||(10250976-10251050)
chr8 (248-300)||(41958051-41958103)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (6-300)||(34397205-34397500)
chr2 (10-300)||(44789068-44789357)
chr2 (6-300)||(18292093-18292371)
chr2 (6-300)||(40728780-40729071)
chr2 (51-300)||(28266547-28266793)
chr2 (6-175)||(35670117-35670286)
chr2 (6-174)||(40448169-40448337)
chr2 (28-203)||(12773805-12773981)
chr2 (7-174)||(41339605-41339774)
chr2 (31-147)||(29271297-29271415)
chr2 (51-152)||(23827785-23827886)
chr2 (51-152)||(11387651-11387752)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (21-300)||(43277407-43277688)
chr3 (64-297)||(17542113-17542346)
chr3 (6-162)||(46403950-46404106)
chr3 (6-174)||(7336042-7336210)
chr3 (6-174)||(16976006-16976174)
chr3 (6-174)||(5004079-5004247)
chr3 (9-173)||(9104786-9104951)
chr3 (31-173)||(8731431-8731575)
chr3 (31-173)||(9083318-9083462)
chr3 (26-200)||(11937258-11937429)
chr3 (51-152)||(5704625-5704726)
chr3 (51-128)||(1461491-1461568)
chr3 (51-152)||(16972614-16972715)
chr3 (54-82)||(35409205-35409233)
[»] scaffold1838 (1 HSPs)
scaffold1838 (7-175)||(874-1042)
[»] scaffold0657 (1 HSPs)
scaffold0657 (6-174)||(1688-1856)
[»] scaffold0413 (1 HSPs)
scaffold0413 (6-174)||(120-288)
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (39-300)||(242429-242688)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (7-151)||(32698-32840)
[»] scaffold0120 (1 HSPs)
scaffold0120 (51-152)||(2118-2219)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (51-152)||(356358-356459)
[»] scaffold0069 (1 HSPs)
scaffold0069 (51-152)||(11407-11508)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (51-152)||(89867-89968)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Original strand, 49169689 - 49169984
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49169689 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttggtacctaaaatgttaatgtaggggtcaattttcttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 49169788  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49169789 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggttcacacacatc 49169888  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49169889 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaatcatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcataagatgcatgctcttataactata 49169984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 3 - 296
Target Start/End: Original strand, 13163620 - 13163916
Alignment:
Q  3 aaacaaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacc 101  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13163620 aaacaaaaacttcaaagcatagaccatctattctttggtatctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttaaccaaattggttcatactcaaagcacc 13163719  T
Q  102 agaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtt--tacac 199  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  13163720 agaaacaatgtcataaattagataatatcaaaacttatcaataaaaaagaattaagaaaattactttcaagtcacatgcttcaaagtaaggttcacacac 13163819  T
Q  200 acatcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataac 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13163820 acatcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaatcatcaatcacatgtatacaacagattcaaagcaattatgcataagatgcatgctcttataac 13163916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 6 - 250
Target Start/End: Original strand, 12196104 - 12196349
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  12196104 caaaaacttcaaagtatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagagtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccata 12196203  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  12196204 aacaatgtcatgaaatagataatagcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaagtcatatgcttcaaagtaaggttcacacacatc 12196303  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtat 250  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  12196304 ttatttgcaataaaatagttttaagtcaataatcaatcacatgtat 12196349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 40106668 - 40106374
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40106668 caaaaacttcaaagcatagacaatctcttcttaggtacctaaaattttaatgtaagggtcaatttccatatccaaattggttcatactcaaagcacaaga 40106569  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||  |  |||||| ||| ||||||||     
T  40106568 aacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatataagaaaaatacattcaagtca-ttgtctttaagtaaagttcacacacatt 40106470  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacat-caatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    |  |||||| || ||||| ||||| ||||  ||  |||||||  ||| ||||  || ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  40106469 tcatttgcattataatag-tttaaatcaattataaaatcacaaatatccaaccgacgcaatgcaattatgcgtaagatacatgctcttataactata 40106374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 6 - 295
Target Start/End: Original strand, 12911081 - 12911368
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  12911081 caaaaacttcaaagcatagaccatatctgctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaattttcttatccaaattggttcatactcaaagcacaaga 12911180  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| || |||  ||||||||||  |||| ||     
T  12911181 aacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaaggtttaagaaaa-tacattcaagtcatatcctt-taagtaaggttcgcacatatt 12911278  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacat-caatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataa 295  Q
    |  |||||| || ||||||||  | ||||  ||  |||||||  ||||||||  |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  12911279 tcatttgcattataatagttt--aatcaattataaaatcacaaatatacaaccgactcaatggaattatgcgtaagatgcatgctcttataa 12911368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Original strand, 10288141 - 10288309
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  10288141 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 10288239  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  10288240 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 10288309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Original strand, 11035733 - 11035901
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  11035733 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 11035831  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  11035832 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 11035901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 225
Target Start/End: Original strand, 48653178 - 48653391
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48653178 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatattaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaaga 48653277  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    |||||||      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||  |||||| ||| | ||||||     
T  48653278 aacaatg------aatagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaa-tacattcaagtcatatgtttttaagtaaagttcatacacatt 48653370  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttt 225  Q
    |  |||||| || ||||||||    
T  48653371 tcttttgcattataatagttt 48653391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Original strand, 15873326 - 15873494
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  15873326 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 15873424  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  15873425 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 15873494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 26 - 182
Target Start/End: Original strand, 18366696 - 18366853
Alignment:
Q  26 acatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagat 124  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18366696 acatgtcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaagaaacaatgtcataaaatagat 18366795  T
Q  125 aatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgctt 182  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| | ||||||    
T  18366796 agtatcaaaacttctcaattaaaaagaaataaggaaaatacattcaagttatatgctt 18366853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 26 - 200
Target Start/End: Original strand, 21490858 - 21491036
Alignment:
Q  26 acatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagat 124  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21490858 acatgtcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgtcataaaatagat 21490957  T
Q  125 a----atatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacaca 200  Q
    |    |||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| | |||||| ||| ||||||| |||||    
T  21490958 agtatatatcaaaacttctcaattaaaaagaaataaggaaaatacattcaagttatatgctttaaa-taaggttcacaca 21491036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 22078484 - 22078315
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcat-actcaaagcaccag 103  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||    
T  22078484 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcataactcaaagtacaag 22078385  T
Q  104 aaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
     ||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||    
T  22078384 -aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcagaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 22078315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 69 - 169
Target Start/End: Original strand, 24056671 - 24056771
Alignment:
Q  69 tccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacatt 168  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  24056671 tccttatccaaattgattcatactcaaagcactagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatt 24056770  T
Q  169 c 169  Q
    |    
T  24056771 c 24056771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Original strand, 9554539 - 9554640
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  9554539 ttaatgtaagggtcaattttcttatctaaactggttcatactcaaagcacaagaaacaatgttataaagtagatagtatcaaaacttcttaatcaaaaag 9554638  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  9554639 aa 9554640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 6 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 9994179 - 9994036
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtc-aatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccag 103  Q
    |||||||  |||| |||| | ||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9994179 caaaaacaccaaagcatacaccatgtcttctttgatacctaaaatgttagtgttaggggccaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag 9994080  T
Q  104 aaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaa 148  Q
     ||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  9994079 -aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaataaaaa 9994036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 76 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 3692124 - 3692024
Alignment:
Q  76 ccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaa-tagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  || |||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  3692124 ccaaattggttcatactcaaagcacaagaaaaaattccaaaaaaatagatggtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacattcaagtc 3692025  T
Q  175 a 175  Q
    |    
T  3692024 a 3692024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 7 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 55163047 - 55162756
Alignment:
Q  7 aaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaa 105  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55163047 aaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtgcctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaa 55162948  T
Q  106 acaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatct 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  55162947 acaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggttcacacacatct 55162848  T
Q  206 tgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataacta 298  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  55162847 tgtttgc-ataaaatagttttaagtcaatcatcaatcacatgtacacaacagactcaatgcaattatgcataagatgcatgctcttataacta 55162756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Original strand, 28968588 - 28968883
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  28968588 caaaaacttcaaagcatagaccatcttttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttgatactcaaagcacaaga 28968687  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28968688 aacaatctcataaaatagataatatcaaaacttaccaataaaaacgaattaagaaaaatacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggttcacacacatc 28968787  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28968788 ttatttgcaataaaatagttttaagtcaatcatcaatcacatgtatacaacagactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 28968883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 6 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 70156 - 69939
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  70156 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtatctaaaatgttagtgtaaggatcaatttccttatccaaattggttcatactcaa-gcaccaga 70058  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||    
T  70057 aactatgtcataaaatagataatatcaaaacttctcaatc-aaaagatttaagaaaa-tacattcaagtcatatgcttcgaagtaaggttcacgcacatc 69960  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttt 225  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  69959 ttatttgcaataaaatagttt 69939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 7 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 49499911 - 49499736
Alignment:
Q  7 aaaaacttcaaatcatagaacatctcttcttt-gtacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaa 105  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  49499911 aaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttagcacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattagttcatactcaa-gcaccagaa 49499813  T
Q  106 acaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgctt 182  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  49499812 acaatgtcataaaatagatcatatcaaaacttctcaattaaaaagaaataagaaaaatacattcaagttatatgctt 49499736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 40459807 - 40459639
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  40459807 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 40459709  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  40459708 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 40459639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 6 - 203
Target Start/End: Original strand, 2761442 - 2761638
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgt--aagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacca 102  Q
    |||||||  |||| |||| | ||| ||||||||| |||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  2761442 caaaaacaccaaagcatacaccatgtcttctttgatacctaaaatattagtgtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcac-- 2761539  T
Q  103 gaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacaca 202  Q
      || |||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||  |||||| ||| | |||||    
T  2761540 --aagaatgccataaaatagatagtatctaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacattcaaatcatatgcttttaagtaaagttcatacaca 2761637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 10276859 - 10276758
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||| ||| || |||||||||    
T  10276859 ttaatgtaagggtcaatttccttatacaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaaaag 10276760  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  10276759 aa 10276758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 72 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 41869458 - 41869372
Alignment:
Q  72 ttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaaga 158  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  41869458 ttatccaaattagttcatactcaaagcacaagaaataatgtcacgaaatagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataaga 41869372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 47 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 47017097 - 47016996
Alignment:
Q  47 aatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaa 146  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||| | |||||  |||||||||||  ||  | |||  |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  47017097 aatgttaatgtaaaggttaagttccttacctaaattaattcatactcaattcatgaaaaattatgtcataaaatagatgatatcaaaacttttcgatcaa 47016998  T
Q  147 aa 148  Q
    ||    
T  47016997 aa 47016996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 7 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 8422412 - 8422119
Alignment:
Q  7 aaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaa 105  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8422412 aaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaa 8422313  T
Q  106 acaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatct 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  8422312 acaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacact-aagtcacatgcttcaaagtaaagttcatacacatct 8422214  T
Q  206 tgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| | |||||| |||||||||||||||||    
T  8422213 tgtttgcaataaaatagttttaagtcaattatcaatcacatgtatacaacagactcaatgcacatatgtataagatgtatgctcttataactata 8422119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 79 - 300
Target Start/End: Original strand, 9536769 - 9536990
Alignment:
Q  79 aattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacat 178  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  9536769 aattggttcatactcaaagcactagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaagtcatat 9536868  T
Q  179 gcttcaaagtaaggtttacacacatcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaa 278  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| | ||||||| |||||||||   |    
T  9536869 gcttcaaggtaaggttcacacacatcttatttgcaataaaatagttttaagtcaataatcaatcacatgtgcacaagagactcaatacaattatgcgtga 9536968  T
Q  279 gatgcatgctcttataactata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  9536969 gatgcatgctcttataactata 9536990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 175
Target Start/End: Original strand, 18472292 - 18472460
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18472292 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtatctaaaatattagtgtaagggtcaattttcttatccaaattggttcatactcaaagcacca-a 18472390  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtca 175  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  18472391 aacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagattttagaaaa-tacattcaagtca 18472460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 182
Target Start/End: Original strand, 35761380 - 35761556
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  35761380 caaaaacttcaaagcatagacaatatcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaaga 35761479  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgctt 182  Q
    ||| ||| |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  35761480 aaccatgccataaaatagatgatatcaaaacttctgaatcaaaaagatttaa-aaaaatacattcaagtcatatgctt 35761556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Original strand, 43406717 - 43406885
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  43406717 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 43406815  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  43406816 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 43406885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 51 - 300
Target Start/End: Original strand, 33007047 - 33007293
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33007047 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattgattcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttctcaatcaaaaag 33007146  T
Q  151 aattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaat-cacatgta 249  Q
    || |||||||| |||||| |||||| || ||| ||   ||  || |||||||| ||  ||| | || |||||||| |  |||   |||||  ||||  ||    
T  33007147 aaataagaaaagtacatttaagtcatatcctttaagaaaa--ttcacacacattttccttgtattataatagtttaa--tcacttatcaacacacaaata 33007242  T
Q  250 tacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    ||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  33007243 tacaactgactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcttataactata 33007293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 174
Target Start/End: Original strand, 37666531 - 37666696
Alignment:
Q  8 aaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaa 106  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  37666531 aaaactacaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag-aa 37666629  T
Q  107 caatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  37666630 caatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatc-aaaagaattaagaaaaatacatttaagtc 37666696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 338964 - 338796
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  338964 caaaaacttcaaagtatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 338866  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||    
T  338865 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaacaagaaaaatacatttaagtc 338796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 39 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 16075526 - 16075266
Alignment:
Q  39 gtacctaaaatgttaatgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaactt 137  Q
    ||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  16075526 gtacctaaaatgttggtgtaaaggctcaatttccttatccaagttggttcatactcaaagcagaagaaacaatgttataaaatagatgatatcaaaactt 16075427  T
Q  138 atcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacat 237  Q
     | ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||  |||||| ||| |||| ||| |  |||||| || |||| |||||| ||||  ||    
T  16075426 cttaataaaaaagaattaagaaaaatacactcaagtcatattctt-taagtaaagttcacacccatttcatttgcattataata-ttttaa-tcaattat 16075330  T
Q  238 -caatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
      |||||||  ||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16075329 aaaatcacaaatatacaactaactcaatgcaattaagcataagatgcatgctcttataactata 16075266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 39 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 6836717 - 6836583
Alignment:
Q  39 gtacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaactta 138  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| || |||||||||| |||||||||||     
T  6836717 gtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacttaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttc 6836619  T
Q  139 tcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  6836618 tcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 6836583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 51 - 175
Target Start/End: Original strand, 19198196 - 19198322
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga--aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaa 148  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  19198196 ttaatgcaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagataaacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaattaaaa 19198295  T
Q  149 agaattaagaaaattacattcaagtca 175  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  19198296 agaattaagaaaaatacatttaagtca 19198322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 33009202 - 33009104
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaa 149  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||  || ||||||||    
T  33009202 ttaatgtaagggtcaattttcttatccaaattggttcatgctcaaagcacaagaaacaatgtcataaagtagatagtatcgaaactactcgatcaaaaa 33009104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 148
Target Start/End: Original strand, 24055663 - 24055759
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaa 148  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| || ||| ||||||| |||||||||| || |||||||    
T  24055663 ttaatgtaggggtcaatttccttatccaaattggttgatactcaaagcacaag-aacaatgccacaaagtagataacatcaaaacttctcgatcaaaa 24055759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 24276196 - 24276088
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| || ||| ||||||  |||||||||| || ||||||| |    
T  24276196 ttaatgtaagggtcaatttctttatccaaattggttcatactcaaagtacaag-aacaatgccacaaagtagatagcatcaaaacttctcgatcaaaagg 24276098  T
Q  151 aattaagaaa 160  Q
    || |||||||    
T  24276097 aaataagaaa 24276088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 16111181 - 16111076
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccag----aaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaa 146  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||    |||||||||| ||||||||| | ||| ||||||| || |||||    
T  16111181 ttaatgtaagggtcaattttcttatccaaattggttcatactcaaaggacaagaaataaacaatgtcttaaaatagacagtataaaaacttttcgatcaa 16111082  T
Q  147 aaagaa 152  Q
    ||||||    
T  16111081 aaagaa 16111076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 248 - 300
Target Start/End: Original strand, 19198384 - 19198436
Alignment:
Q  248 tatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19198384 tatacaactgactcaatgcaattatgcataagatgcatgctcttataactata 19198436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Original strand, 26182043 - 26182344
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  26182043 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatcaaaattggttcatactcaaagcaccgga 26182142  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26182143 a-caatgtcatgaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggttcacacacatc 26182241  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaag-------tcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataact 297  Q
    ||||||||||| |||||||||||||       |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  26182242 ttgtttgcaatgaaatagttttaagtcaatcatcaatcatcaatcacatgtatacaacaaactcaatgcaattatgcataagatgcatgcttttataact 26182341  T
Q  298 ata 300  Q
    |||    
T  26182342 ata 26182344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 225
Target Start/End: Original strand, 13772759 - 13772978
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13772759 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagagtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaaga 13772858  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||  |||||| ||| | ||||||     
T  13772859 aacaatgtcataatatagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaa-tacatacaagtcatatgtttttaagtaaagttcatacacatt 13772957  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttt 225  Q
    |  |||||| || ||||||||    
T  13772958 tcttttgcattataatagttt 13772978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 34637043 - 34636875
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  34637043 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag- 34636945  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  34636944 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 34636875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 174
Target Start/End: Original strand, 32449620 - 32449784
Alignment:
Q  10 aacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaaca 108  Q
    ||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  32449620 aacttcaatgcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag-aaca 32449718  T
Q  109 atgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  32449719 atgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 32449784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 168
Target Start/End: Original strand, 10750979 - 10751141
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  10750979 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 10751077  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacatt 168  Q
    ||||||| || | |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  10751078 aacaatgccacataatagatagtatcaaaacttctcaataaaaaagaaataagaaaaatacatt 10751141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 39 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 24164614 - 24164428
Alignment:
Q  39 gtacctaaaatgttaatgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaactt 137  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24164614 gtacctaaaatgttggtgtaaggggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaa-caatgtcataaaatagatagtatcaaaactt 24164516  T
Q  138 atcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatcttgtttgcaataaaatagttt 225  Q
     |||||||| || || |||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |  |||||| || ||||||||    
T  24164515 ctcaatcaagaaaaaataagaaaaatacattaaagtcatatgcttcaaggtaaagtttacacacatttcttttgcattataatagttt 24164428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 31 - 173
Target Start/End: Original strand, 23260026 - 23260168
Alignment:
Q  31 tcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatat 129  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||| |||    
T  23260026 tcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtat 23260124  T
Q  130 caaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagt 173  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  23260125 caaaacttctcaataaaaaagaaataagaaaaatacatttaagt 23260168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 31 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 20559625 - 20559495
Alignment:
Q  31 tcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatat 129  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||| ||     
T  20559625 tcttctttgatacctaaaatgttactgtaagggtcaatttctttatccaaattggttcatactcaaagcacaag-aacaatgccat-aaatagatactac 20559528  T
Q  130 caaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaat 162  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  20559527 caaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaat 20559495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 65 - 158
Target Start/End: Original strand, 31275943 - 31276036
Alignment:
Q  65 aatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaaga 158  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  31275943 aatttccttatccaaattggttcatacttaaaacacgagaaataatgtcataaaatagataatatcaaaacttctcgatcaaaaagaaataaga 31276036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Original strand, 11166048 - 11166149
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||   ||||||||||| ||| ||| ||| || |||||||||    
T  11166048 ttaatgtaagggtcaatttccgtatccaaattggttcatactgaaagcacaataaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaaaag 11166147  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  11166148 aa 11166149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 48 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 31276993 - 31276917
Alignment:
Q  48 atgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagat 124  Q
    ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||| | |||||||||||    
T  31276993 atgttaatgtaatagtcgattttcttattcaaattggtttatactcaaagcacgaaaaacaatataataaaatagat 31276917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 31875551 - 31875518
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattgg 84  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31875551 ttaatgtaagggtcaatttccttattcaaattgg 31875518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 112 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 31276896 - 31276856
Alignment:
Q  112 tcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaa 152  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  31276896 tcataaaatagatagtatcaaaacttctcaataaaaaagaa 31276856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 40691732 - 40691437
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40691732 caaaaactttaaagcatagaccatatcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 40691633  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  40691632 aacaatatcataaaatagataatattaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaagtcatatgcttcaaggtaaggttcacacacatc 40691533  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  40691532 tcatttgcaataaaatagatttaagtcaatcatcaaccacatgtatacaacagactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcttataactata 40691437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 8e-98
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 6309552 - 6309252
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6309552 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 6309453  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttc-----aaagtaaggtttacac 199  Q
    ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||||     ||||||||||| ||||    
T  6309452 aactatgtcatatattagataatatcaaaacttatcaatcaacaagaattaataaaaataccttcaagtcatgtgcttcaaattaaagtaaggttcacac 6309353  T
Q  200 acatcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactat 299  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  6309352 acatcttatttacaataaaatagttttaagtccataatcaatcacatatatacaacagactcaatgcacttatgcgtaagatgcatgctcttataactat 6309253  T
Q  300 a 300  Q
    |    
T  6309252 a 6309252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 103 - 292
Target Start/End: Original strand, 4557452 - 4557641
Alignment:
Q  103 gaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacaca 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4557452 gaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttacctatcaaaaagaattaagaaaaatgcattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtccacacaca 4557551  T
Q  203 tcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctctta 292  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4557552 tcttatttgcaataaaatagttttaagtcaatcatcaatcacatgtatacaacaaactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctctta 4557641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 30910615 - 30910323
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttcttt-gtacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  30910615 caaaaacttcaaagcataaaccatctcttctttcgtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaaacaccata 30910516  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| || |||  |||||| ||| || || ||     
T  30910515 aacaatgtcataaagtagataatatcaaaacttctcaatcaaaaagatttatg-aaattacattcaagtcatattctt-taagtaaagttcacgcatatt 30910418  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacat-caatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    |  ||| || || ||||||||  | ||||  ||  |||||||  ||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  30910417 tcatttacattataatagttt--aatcaattataaaatcacaaatatacaaccgactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcttataactata 30910323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 537676 - 537508
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  537676 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag- 537578  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  537577 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 537508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 38001835 - 38001544
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |    
T  38001835 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttgatacctaaaatattagtgtaagagccaatttccttatccaaattggttcatacacaaaacacca-a 38001737  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| || | |||| ||||||||||||| || ||| ||||||| ||| ||||| ||     
T  38001736 aacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatttta-aaaaatacattcaagtcatattctt-aaagtaaagttcacacatatt 38001639  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacat-caatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    |  |||||| || | ||||||  | ||||  ||  |||||||  || |||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  38001638 tcatttgcattatactagttt--aatcaattataaaatcacaaataaacaaccgactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcttataactata 38001544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 42862230 - 42862012
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |    
T  42862230 caaaaacttcaaagcataaatcatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaattttcttatccaaattagtttatactcaaagcacca-a 42862132  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||| ||  |||||| ||| | ||||||     
T  42862131 aacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaa-tacatttaagtcatatgtttttaagtaaagttcatacacatt 42862033  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttt 225  Q
    |  |||||| || ||||||||    
T  42862032 tcttttgcattataatagttt 42862012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 23211249 - 23211177
Alignment:
Q  61 ggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaa 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || ||| |||||| ||||||||    
T  23211249 ggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagca-caataacaatgccacaaagtagatagtatcaaaa 23211177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 6 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 44436958 - 44436667
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  44436958 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcgatttccttatccaaattgattcatactcaaagcaccaga 44436859  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  44436858 aacaatgtcataaa-tagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaaaaaaaatacattcaagtcatatgctccaaagtaaggttcacacacatc 44436760  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataact 297  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  44436759 ttatttgcaataaaatagttctaagttaataatcaatcacatgtatacaacagactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcttataact 44436667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 8e-95
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Original strand, 22815683 - 22815969
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22815683 caaaaacttcaaatcatagactatctcttcattggtacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttcattatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 22815782  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||         |||| ||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  22815783 aactatatcataaaatagataatatcaaa---------tcaacaagaattaataaaaatacattgaagtcatatgcttcaaagtaaggttcacgcacatc 22815873  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  22815874 ttatttgcaataaaatagttttaagtcaataatcaatcacatgtatacaacagactcaatgcaattatgtgtaagatgcatgctcttataactata 22815969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 6150376 - 6150199
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6150376 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtatctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaaacaccaga 6150277  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgctt 182  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  6150276 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttaccaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaaatcacatgctt 6150199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 175
Target Start/End: Original strand, 41957809 - 41957976
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  41957809 caaaaacttcaaagcatagaccatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagca--aga 41957906  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtca 175  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  41957907 aacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaa-tacattcaagtca 41957976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 171
Target Start/End: Original strand, 40840875 - 40841036
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  40840875 caaaaactttaaagcatagaccatctcttctttggtacataaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattagttcatactcaaagcacaaga 40840974  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaa 171  Q
    |||||||     | ||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40840975 aacaatg-----agatagatagtaccaaaacttctcaaacaaaaagaattaagaaaattacattcaa 40841036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 51 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 35840960 - 35840838
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  35840960 ttaacgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag-aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaattaaaaag 35840862  T
Q  151 aattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    || || ||||| |||||| |||||    
T  35840861 aaataggaaaaatacatttaagtc 35840838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 52 - 152
Target Start/End: Original strand, 12659335 - 12659435
Alignment:
Q  52 taatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaaga 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||| ||| || ||||||||||    
T  12659335 taatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaaaaga 12659434  T
Q  152 a 152  Q
    |    
T  12659435 a 12659435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 51 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 10251050 - 10250976
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagata 125  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   |||||||||||    
T  10251050 ttaatgtaagagtcaatttccttatccaaattggttcatactaaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagata 10250976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 248 - 300
Target Start/End: Original strand, 41958051 - 41958103
Alignment:
Q  248 tatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  41958051 tatacaaccgactcaatgcaattatgcgtaagatgtatgctcttataactata 41958103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 201; Significance: 1e-110; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Original strand, 34397205 - 34397500
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |  ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34397205 caaaaacttcaaagctcagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttattcaaattgattcatactcaaagcaccaga 34397304  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  34397305 aacaatgtcatgaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaa-tacagtcaagtcatatgcttcaaagtaaggttaacacacatc 34397403  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatac-aacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  34397404 ttatttgcaataaaatagttttaagtcaataatcaatcacatgtatacaaaaagactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcttataactata 34397500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 10 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 44789357 - 44789068
Alignment:
Q  10 aacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaaca 108  Q
    ||||||||| |||||| |||||  |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||     
T  44789357 aacttcaaagcatagaccatct--tctttggtacctaaaatgttagtgtgagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaggaaact 44789260  T
Q  109 atgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatcttgt 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| | |    
T  44789259 atgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaacaagaattaataaaaatacattcaagtcatatgcttcaaagtaaggttcacgcacatcctat 44789160  T
Q  209 ttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||    
T  44789159 ttgcaataaaatagttttaagtcaataatcaatcacatgtatacaacaaactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcgtataactata 44789068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Original strand, 18292093 - 18292371
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18292093 caaaaacttcaaagcataaatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatcctcaaagcaccaga 18292192  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||                      
T  18292193 aacaatgtcatgaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaagtcatatgcttcaaa-----------------a 18292275  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  18292276 ttatttgcaataaaatagttttaagtcaataatcaatcacatgtatacaacagactcaatacaattatgcgtaagatgcatgctcttataactata 18292371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Original strand, 40728780 - 40729071
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  40728780 caaaaacttcaaagcatagactatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttattcaaattggttcatactcaaagcacca-a 40728878  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatc 204  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || |||  |||||| ||| ||||| ||     
T  40728879 aacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaa-tacattcaagtcatattctt-taagtaaagttcacacatatt 40728976  T
Q  205 ttgtttgcaataaaatagttttaagtcaa--acatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    |  |||||| || | ||||||  | ||||  |||  |||||||  ||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  40728977 tcatttgcattatactagttt--aatcaattaca-aaatcacaaatatacaaccgactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcttataactata 40729071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 51 - 300
Target Start/End: Original strand, 28266547 - 28266793
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||    
T  28266547 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagacaatatcaacacttctcaatcaaaaag 28266646  T
Q  151 aattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacat-caatcacatgta 249  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| || |||  |||||| ||| |||||||| |  |||||| || |||| |||||| ||||  ||  |||||||  ||    
T  28266647 aattaagaaaa-tacattcaagtcatattctt-taagtaaagttcacacacatttcatttgcattataata-ttttaa-tcaattataaaatcacaaata 28266742  T
Q  250 tacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  28266743 tacaactgactaaatgcaattatgcagaggatgcatgctcttataactata 28266793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 6 - 175
Target Start/End: Original strand, 35670117 - 35670286
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  35670117 caaaaacttcaaagcatataccatctcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcctactcaaagcacaaga 35670216  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtca 175  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  35670217 aacaatgtcataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagatttaagaaaa-tacattcaagtca 35670286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 40448337 - 40448169
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  40448337 caaaaacttcaaagtatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgcaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 40448239  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  40448238 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 40448169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 28 - 203
Target Start/End: Original strand, 12773805 - 12773981
Alignment:
Q  28 atctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataa 126  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||     
T  12773805 atctcttctttggtacctaaaaggttagtgtaagtgtcaattttcttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgtcataagatagatag 12773904  T
Q  127 tatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacat 203  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||| || |||| ||| ||||||||    
T  12773905 taccaaaacttctcaatcaaaaagaattaagaaaaatacatttaagtcatattctttaaggtaaagttcacacacat 12773981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 7 - 174
Target Start/End: Original strand, 41339605 - 41339774
Alignment:
Q  7 aaaaacttcaaatcatagaacatctcttcttt-gtacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactc-aaagcaccaga 104  Q
    |||||||||||| ||| || ||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  41339605 aaaaacttcaaagcatggaccatcttttctttcgtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaaagcaccata 41339704  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||| |||||    
T  41339705 aacaaagtcataaagtagataatatcaaaacttatcaataaaaaagaaataataaaaatacatttaagtc 41339774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 31 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 29271415 - 29271297
Alignment:
Q  31 tcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataata 128  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||    
T  29271415 tcttctttgatacctaaaatgttggtgtatgggctcaatttccttgtccaaattggttcatactaaaagcacaagaaacagtgtcgtaaaatagataata 29271316  T
Q  129 tcaaaacttatcaatcaaa 147  Q
    |||||| || |||||||||    
T  29271315 tcaaaaattctcaatcaaa 29271297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Original strand, 23827785 - 23827886
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||| ||| || |||||||||    
T  23827785 ttaatgtaagggttaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaaaag 23827884  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  23827885 aa 23827886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 11387752 - 11387651
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||    
T  11387752 ttaatataagggttaattttcttatccaaattggttcatactcaaagcacaataaacaatattctaaaatagataatataaaatcttctcgatcaaaaag 11387653  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  11387652 aa 11387651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 21 - 300
Target Start/End: Original strand, 43277407 - 43277688
Alignment:
Q  21 atagaacatctcttcttt-gtacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaa 119  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43277407 atagaccatctcttctttagtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccataaacaatgtcataaaa 43277506  T
Q  120 tagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaat-tacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatcttgtttgcaataaa 218  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  43277507 tagatagtatcaaaacttatcaataaaaaaaaattaagaaaaaatacattcaagtcatattcttcaaagtaaggttcacacacatcttatttgcaataaa 43277606  T
Q  219 atagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  43277607 atagttttaagtcaataatcaatcacatgtatacaacagactcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcttataactata 43277688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 64 - 297
Target Start/End: Original strand, 17542113 - 17542346
Alignment:
Q  64 caatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaatt 163  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  17542113 caatttccttatccaaattagttcatactcaaagcaccataaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttaccaatcaaaaagaattaagaaaaat 17542212  T
Q  164 acattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacatcaatcacatgtatacaacacactcaa 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17542213 acattcaagtcacatgcttcaaagtaaggttcacacccaacttatttgcaataaaatagttttatgtcaatcatcaatcacatgtatacaacagactcaa 17542312  T
Q  264 tgcaattatgcacaagatgcatgctcttataact 297  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17542313 tgcagttatgcataagatgcatgctcttataact 17542346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 162
Target Start/End: Original strand, 46403950 - 46404106
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  46403950 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 46404048  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaat 162  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  46404049 aacaatgccataaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaat 46404106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Original strand, 7336042 - 7336210
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttgt-acctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  7336042 caaaaacttcaaagcataaatcatctcttctttgttacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 7336140  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  7336141 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 7336210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 16976174 - 16976006
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||     
T  16976174 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaaacacaag- 16976076  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  16976075 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 16976006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Original strand, 5004079 - 5004247
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  5004079 caaaaacttcaaagcatagatcatctcttatttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag- 5004177  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||  || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  5004178 aacaataccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 5004247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 9 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 9104951 - 9104786
Alignment:
Q  9 aaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaac 107  Q
    |||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9104951 aaacttcaaagcatagacaatctcttctttggtacctaaaatattagtgcaaggatcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaac 9104852  T
Q  108 aatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagt 173  Q
    |||| ||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||    
T  9104851 aatgccataaaataaatagtatcgaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagt 9104786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 8731575 - 8731431
Alignment:
Q  31 tcttcttt-gtacctaaaatgttaatgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataata 128  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  8731575 tcttctttagtacctaaaatgttgatgtaaggggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgccataaaatagatagta 8731476  T
Q  129 tcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagt 173  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||    
T  8731475 tcaagacttatcaatcaaaaagaaattagaaaaatacattgaagt 8731431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 9083462 - 9083318
Alignment:
Q  31 tcttcttt-gtacctaaaatgttaatgtaaggg-tcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataata 128  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||    
T  9083462 tcttctttagtacctaaaatgttgatgtaaggggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgccataaaatagatagta 9083363  T
Q  129 tcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagt 173  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||    
T  9083362 tcaagacttatcaatcaaaaagaaattagaaaaatacattgaagt 9083318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 200
Target Start/End: Original strand, 11937258 - 11937429
Alignment:
Q  26 acatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagat 124  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||   ||    
T  11937258 acatgtcttctttggtacctaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatattcaaagcataagaaacaatgtcataaaa---at 11937354  T
Q  125 aatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacaca 200  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| | |||||| ||| ||||||| |||||    
T  11937355 agtatcaaaacttctcaattaaaaagaaataaggaaaatacattcaagttatatgctttaaa-taaggttcacaca 11937429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 5704726 - 5704625
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||| ||| || |||||||||    
T  5704726 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaaaag 5704627  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  5704626 aa 5704625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 51 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 1461568 - 1461491
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataata 128  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
T  1461568 ttaatgtaagagtcaatttccttatccaaattagttcatactcaaagcacaagaaacaatgccctaaaatagataata 1461491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 16972715 - 16972614
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| | ||||  |||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||| ||| || |||||||||    
T  16972715 ttaatgtaagagtcaatttacttattctaattacttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttttccatcaaaaag 16972616  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  16972615 aa 16972614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 54 - 82
Target Start/End: Original strand, 35409205 - 35409233
Alignment:
Q  54 atgtaagggtcaatttccttatccaaatt 82  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409205 atgtaagggtcaatttccttatccaaatt 35409233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1838 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold1838
Description:

Target: scaffold1838; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 7 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 1042 - 874
Alignment:
Q  7 aaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaa 105  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  1042 aaaaacttcaaagcatggaccatctcttctttggtacttaaaatattagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcata-tcaaagcaccataa 944  T
Q  106 acaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtca 175  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  943 acaatgtcataaagtagaaaatatcaaaacttatcaatcaaaaagaaataagaaaaatacattcaagtca 874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0657 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0657
Description:

Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Original strand, 1688 - 1856
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttg-tacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  1688 caaaaacttcaaagtatagatcatctcttctttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatacccaaagcacaag- 1786  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  1787 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 1856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0413 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0413
Description:

Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 6 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 288 - 120
Alignment:
Q  6 caaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttgt-acctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccaga 104  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||     
T  288 caaaaacttcaaagcataaatcatctcttctttgttacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattgattcatactcaaagcacaag- 190  T
Q  105 aacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtc 174  Q
    ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  189 aacaatgccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaagaaataagaaaaatacatttaagtc 120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 39 - 300
Target Start/End: Original strand, 242429 - 242688
Alignment:
Q  39 gtacctaaaatgttaatgtaa-gggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaactt 137  Q
    ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  242429 gtacctaaaatgttggtgtaaagggtcaatttccttgttcaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgttataaattagatgatatcaaaactt 242528  T
Q  138 atcaatcaaaaagaattaagaaaattacattcaagtcacatgcttcaaagtaaggtttacacacatcttgtttgcaataaaatagttttaagtcaaacat 237  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||  |||||| ||| |||| ||| |  |||||| || |||| |||||| ||||  ||    
T  242529 ctcaatcaaaaagaattaagaaaaatacattcaa-tcatattctt-taagtaaagttcacacccatttcatttgcattagaata-ttttaa-tcaattat 242624  T
Q  238 -caatcacatgtatacaacacactcaatgcaattatgcacaagatgcatgctcttataactata 300  Q
      |||||||  ||||||||  || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  242625 aaaatcacaaatatacaactgacgcaatgcaattatgcgtaagatgcatgctcttataactata 242688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 151
Target Start/End: Original strand, 32698 - 32840
Alignment:
Q  7 aaaaacttcaaatcatagaacatctcttctttgtacctaaaatgttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaa 106  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  32698 aaaaacttcaaagcatagaccatctcct-ttggtacctaaaatgttagtgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaag-aa 32795  T
Q  107 caatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaaga 151  Q
    ||| | || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  32796 caaagccacaaaatagatagtatcaaaacttctcaatcaaaaaga 32840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0120 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0120
Description:

Target: scaffold0120; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Original strand, 2118 - 2219
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||| ||| || |||||||||    
T  2118 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaaaag 2217  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  2218 aa 2219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Original strand, 356358 - 356459
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||| ||| || |||||||||    
T  356358 ttaatgtaagggtcaatttccttattcaaattggttcatactcaaagcacaagaaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcgatcaaaaag 356457  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  356458 aa 356459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 11508 - 11407
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||   ||||||||||| ||| |||  || ||||||||||||    
T  11508 ttaatgtaaggatcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcacaaaaaacaatgctctaaaatagatagtataaaattttctcaatcaaaaag 11409  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  11408 aa 11407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 51 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 89968 - 89867
Alignment:
Q  51 ttaatgtaagggtcaatttccttatccaaattggttcatactcaaagcaccagaaacaatgtcataaaatagataatatcaaaacttatcaatcaaaaag 150  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||   ||||||||||| ||| ||| ||| ||  ||||||||    
T  89968 ttaatgtaagggtcaattttcctatccaaattgggtcatacttaaagcacaataaacaatgctctaaaatagatagtataaaatcttctcggtcaaaaag 89869  T
Q  151 aa 152  Q
    ||    
T  89868 aa 89867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University