View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4280_low_30 (Length: 220)

Name: NF4280_low_30
Description: NF4280
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4280_low_30
NF4280_low_30
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-220)||(30059999-30060218)
chr5 (5-220)||(30338783-30338998)
chr5 (5-220)||(30483034-30483249)
chr5 (2-220)||(30713677-30713895)
chr5 (1-220)||(30749273-30749492)
chr5 (1-220)||(30435452-30435671)
chr5 (1-220)||(30242626-30242845)
chr5 (5-220)||(29871816-29872031)
chr5 (1-220)||(29852941-29853160)
chr5 (1-220)||(30677422-30677641)
chr5 (5-220)||(30399707-30399922)
chr5 (1-220)||(30206155-30206374)
chr5 (83-188)||(17982565-17982671)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-220)||(26706974-26707189)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-220)||(20296856-20297064)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (2-140)||(25294124-25294262)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (83-220)||(7099054-7099191)
chr1 (84-220)||(7582056-7582192)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 3e-90; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30060218 - 30059999
Alignment:
Q  1 gttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |  |||||||||||| || ||    
T  30060218 gttctcttgatataaaaaagttgcctgactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaagactgtcgtaaactgagttgtctcccaaa 30060119  T
Q  101 acgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaaga 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30060118 acgcttggcttgcttacaaaatcttagacatatagtcattgaagtatgtcggtctttgtctctcatgtttcctaacattggaaaattaacttgtctaaga 30060019  T
Q  201 acattaagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  30060018 acattaagtgtgtacattgt 30059999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Original strand, 30338783 - 30338998
Alignment:
Q  5 tcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaaacgc 104  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||  ||||||||||||||| ||||||    
T  30338783 tcttgacatagaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaacgttgtgataaactgagttgtcttccaaaacgc 30338882  T
Q  105 ttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaagaacat 204  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  30338883 ttggcttgcttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgtcggtctttgtctctaatgtttcctaacattggaaaattatcttgtctaagaacat 30338982  T
Q  205 taagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||    
T  30338983 taagtgtgtacattgt 30338998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30483249 - 30483034
Alignment:
Q  5 tcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaaacgc 104  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |   ||||||||||| || ||||||    
T  30483249 tcttgacatagaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaagactgtcgtaatctgagttgtctcccaaaacgc 30483150  T
Q  105 ttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaagaacat 204  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30483149 ttggcttgcttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgtcggtctttgtctcaaatgtttcctaacattggaaaattaacttgtctaagaacat 30483050  T
Q  205 taagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||    
T  30483049 taagtgtgtacattgt 30483034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 220
Target Start/End: Original strand, 30713677 - 30713895
Alignment:
Q  2 ttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaaa 101  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||  ||| ||||| |||||||||    
T  30713677 ttctcttggcataaaaaagttgcctgactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaacactgtaataaacttagttgccttccgaaa 30713776  T
Q  102 cgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaagaa 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30713777 cgcttggcttgtttacaaaatcttagacatatagtcattgaagaatgtcgatctttgtctcgaatgtttcctaacattggaaaattaacttgtctaagaa 30713876  T
Q  202 cattaagtgtgtacattgt 220  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30713877 cattaagtgtgtacattgt 30713895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30749492 - 30749273
Alignment:
Q  1 gttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |  |||||||||||| || ||    
T  30749492 gttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaacgctgtcgtaaactgagttgtctcccaaa 30749393  T
Q  101 acgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaaga 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   ||||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30749392 acgcttggcttgcttacaaaatcttagacatatagtcattgacagatgtaaatctttgtctctcatgtttcctaacattggaaaattaacttgtctaaga 30749293  T
Q  201 acattaagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  30749292 acattaagtgtgtacattgt 30749273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30435671 - 30435452
Alignment:
Q  1 gttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |  |||||||||||| || ||    
T  30435671 gttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaatattgtcgtgaactgagttgtctcccaaa 30435572  T
Q  101 acgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaaga 200  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||| | ||  |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  30435571 acgcttggtttgcttacaaaatcttagacatatagtcattgaaggatgtggatctttatttcgaatgtttcccaacattggaaaattaacttgtctaaga 30435472  T
Q  201 acattaagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  30435471 acattaagtgtgtacattgt 30435452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 30242626 - 30242845
Alignment:
Q  1 gttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaa 100  Q
    |||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| | |||| |  |||||||||||| || ||    
T  30242626 gttctcttgacatcaaaaatttgcctgactcaatttacaacctaaaaaagctggaaatcttgaaaataaaacattgtcgtaaactgagttgtctcccaaa 30242725  T
Q  101 acgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaaga 200  Q
    || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30242726 acacttggcttgcttacaaaatcttagacatatagtcattaaagaatgtcggtctttgtctctcatgtttcctaacattggaaaattaacttgtctaaga 30242825  T
Q  201 acattaagtgtgtacattgt 220  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  30242826 acattaagtgtgtatattgt 30242845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 29872031 - 29871816
Alignment:
Q  5 tcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaaacgc 104  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||  ||| || || ||||||||||||    
T  29872031 tcttgacataaaaaagttgcctgactcaatttacaatctaaaaaagctggaaatcttgaaaataaaatactgtgataaacttagctggcttccgaaacgc 29871932  T
Q  105 ttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaagaacat 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  29871931 ttggcttgtttacaaaatcttagacatatagtcattgaagaatgtcgatctttgtctagtatgtttcctaacattggaaaattaacttgtttaagaacat 29871832  T
Q  205 taagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||    
T  29871831 taagtgtgtacattgt 29871816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 29853160 - 29852941
Alignment:
Q  1 gttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaa 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||   |  |||||||||||| |||||    
T  29853160 gttctcttgacataaaaatgttgccggactcaatttacaacttacaaaaactggaaatattgaaaataaaagactgcggtgaactgagttgtctcccgaa 29853061  T
Q  101 acgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaaga 200  Q
    || ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||    
T  29853060 acacttggcttgcttacaaaatcttagacatatagtcattaaaggatgtcgatctttgtctctcatgtttcctaacattggcaaattatcttgtctaaga 29852961  T
Q  201 acattaagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||  ||||||||||    
T  29852960 acattaagcatgtacattgt 29852941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 30677422 - 30677641
Alignment:
Q  1 gttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaa 100  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||  ||| || || ||||| ||    
T  30677422 gttctcttgacataaatatgttgcctgactcaatttacaacctaaaaaagctggaaatcttgaaaataaaacactgtgataaacttagctggcttccaaa 30677521  T
Q  101 acgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||   ||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  30677522 acgcttggcttgtttacaaaatcttagacatatagtcattgaatattgtgaatctttgtctcgtatgtttcctaacattagaaaattaacttgtttaaga 30677621  T
Q  201 acattaagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  30677622 acattaagtgtgtacattgt 30677641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30399922 - 30399707
Alignment:
Q  5 tcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaaacgc 104  Q
    |||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||  |  ||||| |||||| || ||||||    
T  30399922 tcttgacatacaagagttgcctgactcaatttacaacttacaaaaactggaaaccttgaaaataaaacattgtggtgaactgatttgtctcccaaaacgc 30399823  T
Q  105 ttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaagaacat 204  Q
    |||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||| | |||   ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  30399822 ttggctttcttacaaaatcttagacatatagttattgaatattgtatatctttgtctcgaatgtttcctaacattggaaaattaactagtctaaaaacat 30399723  T
Q  205 taagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||    
T  30399722 taagtgtgtacattgt 30399707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30206374 - 30206155
Alignment:
Q  1 gttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaa 100  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||   ||| || |||||||||||    
T  30206374 gttctcttgaaataaaaatgttgccggactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaagattgtcaaaaacttagctgtcttccgaa 30206275  T
Q  101 acgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaaga 200  Q
    | |||||||||||||||| ||||| || ||| | |||||| |||| ||    || |||| || |||||||||  |||||| ||||||||| |||||||||    
T  30206274 aggcttggcttgtttacagaatctcagacatcttgtcattaaagattgccattcattgtttcacatgtttccatacattggaaaattaacctgtctaaga 30206175  T
Q  201 acattaagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  30206174 acattaagtgtgtacattgt 30206155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 17982671 - 17982565
Alignment:
Q  83 actgagttgtcttccgaaacgcttggctt-gtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattga 181  Q
    |||||||||||| ||||||||  || ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||   ||||  || ||||||| |||||||||| ||||||     
T  17982671 actgagttgtctgccgaaacgtctgtctttgtttacaaaatcttagacatttagtcattgaacgttgttattcgttgtctcacatgtttcctcacattgg 17982572  T
Q  182 aaaatta 188  Q
    |||||||    
T  17982571 aaaatta 17982565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 26707189 - 26706974
Alignment:
Q  5 tcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaaacgc 104  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||| ||   |||||||||||||| |||| |    
T  26707189 tcttgatataaaaaagtttcctaactcaatttacaacttaaaaaaactggaaatcttgaaaataaaagattgtgataatctgagttgtcttcctaaacac 26707090  T
Q  105 ttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaagaacat 204  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | ||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  26707089 ttgacttgtttacaaaatcttagacatatagtcattgaaggatgtggatctttgtctcgaatgtttcctagcattggaaaattatcctgtctaagaacat 26706990  T
Q  205 taagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||||||||||||||    
T  26706989 taagtgtgtacattgt 26706974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 12 - 220
Target Start/End: Original strand, 20296856 - 20297064
Alignment:
Q  12 ataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaaacgcttggctt 111  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| |   ||| ||   ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  20296856 ataaaagagttgcctgactcaatttacaacttgcaaaaattggaaaccttgaaaataatacgctgtgataatctgagttgtcttccgaaacacttggcct 20296955  T
Q  112 gtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaaaattaacttgtctaagaacattaagtgt 211  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20296956 gcctacaaaatcttagacatatagtcattgaagattgttggtctttgtctcgaatgtttcctagcattggaaaattatcttgtctaagaacattaagtgt 20297055  T
Q  212 gtacattgt 220  Q
    |||||||||    
T  20297056 gtacattgt 20297064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 55; Significance: 9e-23; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 140
Target Start/End: Original strand, 25294124 - 25294262
Alignment:
Q  2 ttctcttgatataaaaaagttgcctaactcaatttacaacttacaaaaactggaaatcttgaaaataaaaaagtgtcattcactgagttgtcttccgaaa 101  Q
    ||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| | | | ||  ||||||| ||||||| |||    
T  25294124 ttctcttgacataaaaatgttgtctgactcaatttacaacttaaaaatactggaaatcttaaaaataaaatattatgataaactgagtggtcttccaaaa 25294223  T
Q  102 cgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcatt 140  Q
    |  |||||||| |||||||||||||| ||| || |||||    
T  25294224 catttggcttgcttacaaaatcttagacatctaatcatt 25294262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 2e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 83 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 7099191 - 7099054
Alignment:
Q  83 actgagttgtcttccgaaacgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaa 182  Q
    |||||||||||||||  ||| |||| |||| |||||||||||||| ||| || |||||||||  |||   || ||||||| |||||||||| |||||| |    
T  7099191 actgagttgtcttccagaacacttgtcttgcttacaaaatcttagacatttaatcattgaaggttgtaattcattgtctcgcatgtttcctcacattgga 7099092  T
Q  183 aaattaacttgtctaagaacattaagtgtgtacattgt 220  Q
    |||||| ||||  ||||||| |||||||| || |||||    
T  7099091 aaattatcttgcttaagaaccttaagtgtttatattgt 7099054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 84 - 220
Target Start/End: Original strand, 7582056 - 7582192
Alignment:
Q  84 ctgagttgtcttccgaaacgcttggcttgtttacaaaatcttaggcatatagtcattgaagaatgttggtctttgtctctcatgtttcctaacattgaaa 183  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||   |  ||||||| |||||||| | |  ||| ||    
T  7582056 ctgagttgtcttccggaacacttgtcttgcttacaaaatcttagacatttagtcattgaagattgtcatttgttgtctcgcatgtttcgtcatgttggaa 7582155  T
Q  184 aattaacttgtctaagaacattaagtgtgtacattgt 220  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||||| || |||||    
T  7582156 aattatcttgcttaagaacattaagtgtttatattgt 7582192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University