View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4284_low_1 (Length: 759)

Name: NF4284_low_1
Description: NF4284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4284_low_1
NF4284_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (15-743)||(21054721-21055457)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (15-737)||(26366480-26367200)
chr6 (341-721)||(26363948-26364328)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 574; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 743
Target Start/End: Original strand, 21054721 - 21055457
Alignment:
Q  15 agatgaagcaatcaaggtaattgaagaggacatggtggaagtcaattgtctaccaaatgctacagtgtatactattctcttgaaaaacctgggtggtgta 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21054721 agatgaagcaatcaaggtaattgaagaggacatggtggaagtcaattgtctaccaaatgctacagtgtatactattctcttgaaaaacctgggtggtgta 21054820  T
Q  115 ggaaattcaacatcagtgctcgagagcttgaacaagatgtcgaaaaaggtaaattgcatggccgacaaagaaacttattgcattttactagaaatgcttt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21054821 ggaaattcaacatcagtgctcgagagcttgaacaagatgtcgaaaaaggtaaattgcatggctgacaaagaaacttattgcattttactagaaatgcttt 21054920  T
Q  215 gtcgcgagagaaagtatcttgaggcaagccaacttttggagcaaatgtcaattaaatcatattggccttgtgccaatacttacaattcgctcattgaggg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21054921 gtcgcgagagaaagtatcttgaggcaagccaacttttggagcaaatgtcaattaaatcatattggccttgtgccaatacttacaatttgctcattgaggg 21055020  T
Q  315 tctttgctccttaggtaggcaatatgaagctgttatgtggttggaggacatgataagccaaggaaagcttcctgaaatttctgtatggaattcattagca 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21055021 tctttgctccttaggtaggcaatatgaagctgttatgtggttggaggacatgataagccaaggaaagcttcctgaaatttctgtatggaattcattagca 21055120  T
Q  415 tcttcattttgtaactcgggaatgatgaaagtgtctgctgagacatttaatcgcataagaagtttgtgattctgaattctgatgtaaaatattatgattt 514  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21055121 tcttcattttgtaactcagggatgatgaaagtgtctactgagacatttgatcgtataagaagtttgtgattctgaattctgatgtaaaataatatgattt 21055220  T
Q  515 tatgatgaatagaatcttgtactacca--nnnnnnnnnncaaatatacttgtgcttcttcgttagcttcaaagcattgctttatagttgggcctttttca 612  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||| |            ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  21055221 tataatgaatagaatcttgtattactattttttttctttcaaatatacttatgcttcttcattagctttaaagcattgctttatagtt-ggccttttcca 21055319  T
Q  613 gaccattga-ttggtgaattagtcttcaataagatccattttggttgtttttgtac------tctgcttttctgttgatagattcatttttcttcaattt 705  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||      | |  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21055320 gaccattgatttggtgaatcagtcttcactaagatccattttggctgtttttgtactttttttttctttttctgttgatagattcatttttcttcaattt 21055419  T
Q  706 gtttatgctcctaccacctttatctgcaacaagatatc 743  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21055420 gtttatgctcctaccacctttatctgcaacaagatatc 21055457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 525; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 525; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 26367200 - 26366480
Alignment:
Q  15 agatgaagcaatcaaggtaattgaagaggacatggtggaagtcaattgtctaccaaatgctacagtgtatactattctcttgaaaaacctgggtggtgta 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  || |||||    
T  26367200 agatgaagcaatcaaggtaattgaagaggacatggtggaagtcaattgtctgcctaatgctagagtgtatactattctcttgaaaaacatacgtagtgta 26367101  T
Q  115 ggaaattcaacatcagtgctcgagagcttgaacaagatgtcgaaaaaggtaaattgcatggccgacaaagaaacttattgcattttactagaaatgcttt 214  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26367100 ggaaattcgacgtcggtgctcgaaagcttgaacaagatgtcgaaaaaggtaaattgcatggccgacaaagaaacttattgcattttactagaaatgcttt 26367001  T
Q  215 gtcgcgagagaaagtatcttgaggcaagccaacttttggagcaaatgtcaattaaatcatattggccttgtgccaatacttacaattcgctcattgaggg 314  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||||| ||||||||||||    
T  26367000 gtcgcgagggaaagtatcttcaggcaagccaacttttggaacaaatgtcaattaaatcatattggccttctgcaaacagttacaatttgctcattgaggg 26366901  T
Q  315 tctttgctccttaggtaggcaatatgaagctgttatgtggttggaggacatgataagccaaggaaagcttcctgaaatttctgtatggaattcattagca 414  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26366900 tctttgttccttaggtaggcaatatgaagctgttatgtggttagaggacatgataagccaaggaaagcttcctgaaatttctgtttggaattcattagca 26366801  T
Q  415 tcttcattttgtaactcgggaatgatgaaagtgtctgctgagacatttaatcgcataagaagtttgtgattctgaattctgatgtaaaatattatgattt 514  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26366800 tcttcattttgtaactcggggatgatgaaagtgtctgctgagacatttaatcgcataaaaagtttgtgattctggattctgatgtaaaatattatgattt 26366701  T
Q  515 tatgatgaatagaatcttgtactaccannnnnnnnnncaaatatacttgtgcttcttcgttagcttcaaagcattgctttatagttgggcctttttcaga 614  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||| |          ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  26366700 tataatgaatagaatcttgaactacta--ttttttttcaaatatactcatgcttcttcgttagctttaaagcattgctttatagtttggccttttccaga 26366603  T
Q  615 ccattga-ttggtgaattagtcttcaataagatccattttggttgtttttgtactctgcttttctgttgatagattcatttttcttcaatttgtttatgc 713  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  26366602 ccattgatttggtgaattagtcttcaataagatccattttggttg-ttttgtactttgcttttctgttgaaagtttcatttttcttcaatttgtttatgc 26366504  T
Q  714 tcctaccacctttatctgcaacaa 737  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  26366503 ttctaccacctttatctgcaacaa 26366480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 341 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 26364328 - 26363948
Alignment:
Q  341 aagctgttatgtggttggaggacatgataagccaaggaaagcttcctgaaatttctgtatggaattcattagcatcttcattttgtaactcgggaatgat 440  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26364328 aagctcttatgtggttggaagacatgataagccaaggaaagcttcctgaaatttctgtatggaattcattagcatcttcattttgtaactcgggaatgat 26364229  T
Q  441 gaaagtgtctgctgagacatttaatcgcataagaagtttgtgattctgaattctgatgtaaaatattatgattttatgatgaatagaatcttgtactacc 540  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26364228 gaaagtgtcggctgagacatttaatcgcataagaagtttgtgattctgaattctgatgtaaaatattatgattttatgatgaatagaatcttgtactacc 26364129  T
Q  541 annnnnnnnnncaaatatacttgtgcttcttcgttagcttcaaagcattgctttatagttgggcctttttcagaccattgattggtgaattagtcttcaa 640  Q
    |          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26364128 atattttttttcaaatatacttgtgcttcttcgttagcttcaaagcattgctttatagttgggcctttttcagaccattgattggtgaattagtcttcaa 26364029  T
Q  641 taagatccattttggttgtttttgtactctgcttttctgttgatagattcatttttcttcaatttgtttatgctcctacca 721  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26364028 taagatccattttggttgtttttgtattctgcttttatgttaatagattcatttttcttcaatttgtttatgctcctacca 26363948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University