View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4285_high_1 (Length: 788)

Name: NF4285_high_1
Description: NF4285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4285_high_1
NF4285_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-770)||(29946031-29946801)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 711; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 711; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 29946801 - 29946031
Alignment:
Q  1 attgaattgatgtaatgttgttgttgagtgtgagcaaacgtttgaagtgtgtgtaatggtttcggttttgttgtacaggttttggagcagttgccgagag 100  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29946801 attgaattgatgaaatgttgttgttgagtgtgagcaaacgtttgaagtgtgtgtaatggttttggttttgttgtacaggttttagagcagttgccgagag 29946702  T
Q  101 taatatcgtcgctggatgcacacatggaaaatgggttgcaaaagttagaatcttttcttctctaattgataagtcattatgactgtgttgttttattatc 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29946701 taatatcgtctctggatgcacacatggaaaatgggttgcaaaagttagaatcttttcttctctaattgataagtcattatgactgtgttgtattattatc 29946602  T
Q  201 gttatacatgtatattttgaactcaagtggcttttgaaatgttattatcatgagctttaacttcgtgctgaaactgttatattcatcttgaatatatatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946601 gttatacatgtatattttgaattcaagtggcttttgaaatgttattatcatgagctttaacttcgtgctgaaactgttatattcatcttgaatatatatt 29946502  T
Q  301 ctatcgatggctactgattacgtaaaacagcgatttgttcaaattagtatattacataatagcactatagcgcctgcctatgtaactgctatttgacaac 400  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29946501 ctatcgatggctactgattacataaaacagcgatttgttcaaattagtatgttacataatagcactatagcgcctgcctatgtaactgctatttggcaac 29946402  T
Q  401 actttttattaatcccgtgttgcataataaaagtggtttgttcaaattatgttaagctatagccgctattttgacaacattgattcgaagtcgctgcagt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946401 actttttattaatcccgtgttgcataataaaagtggtttgttcaaattatgttaagctatagccgctattttgacaacattgattcgaagtcgctgcagt 29946302  T
Q  501 tattttcttttaactttgtatcagtgtaggatatgt-ttttatatattgctgatttgagttccgaatttgtagtgttccacagctgaagactgtcgttca 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946301 tattttcttttaactttgtatcagtgtaggatatgttttttatatattgctgatttgagttcaaaatttgtagtgttccacagctgaagactgtcgttca 29946202  T
Q  600 gttacttgcaaatatggaaagcagccagcttagttcactatcccgaacccatgttcttgagaaggtatggatatgatgatagttttgtcgttgatttagt 699  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946201 gttacttgcaaatatggaaagtagccagcttagttcactatcccgaacccatgttcttgagaaggtatggatatgatgatagttttgtcgttgatttagt 29946102  T
Q  700 cgtaaatattcgccttatgattgcgaccgaggaacatggcttcgttgggtgaagccccgacagcacagttt 770  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946101 cgtaaatattcgccttatgattgtgaccgaggaacatggcttcgttgggtgaagccccgacagcacagttt 29946031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University