View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4285_low_2 (Length: 958)

Name: NF4285_low_2
Description: NF4285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4285_low_2
NF4285_low_2
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (188-947)||(3036174-3036934)
chr7 (19-191)||(3035242-3035414)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-929)||(16862754-16863663)
chr4 (262-366)||(8441255-8441362)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-901)||(20528380-20529256)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (93-947)||(40612702-40613542)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (19-604)||(20541705-20542289)
chr3 (662-947)||(20542323-20542608)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (20-369)||(17535216-17535563)
chr6 (112-318)||(28106645-28106849)
chr6 (255-385)||(29945291-29945421)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (255-347)||(10784461-10784553)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (424-506)||(23940152-23940233)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 188 - 947
Target Start/End: Original strand, 3036174 - 3036934
Alignment:
Q  188 atagaacagccatggaaacattcttggttaaagattcaactataaggatatttgggatgcaatgtgtaggaaatatcaaggttctaccaatgtgaaacgt 287  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3036174 atagaacagccatggaaacattcttggttaaagattcaactataaggatatttgggatgcaatgtgtaggaaatatcaaggttttaccaatgtgaaacgt 3036273  T
Q  288 tctcaattgcatgctttacgcaaagaatttgagattcttgctatgaaggaaagtgaaactattgatgaatacttcgcaagaacgctttctattgctaata 387  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3036274 tctcaattgcatgctttacgcaaagaatttgagattcttgctatgaaggaaaatgaaactattgatgaatacttcgcaagaacgctttctattgctaata 3036373  T
Q  388 agatgacatcacatggtgaaaagatggatcaaacactggttgttgagaagattctgagatctttaacaagtaagttcaattatgtggtgtgctctattga 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3036374 agatgacatcacatggtgaaaagatggatcaaacactggttgttgagaagattctgagatctttaacaagtaagttcaattatgtggtgtgctctattga 3036473  T
Q  488 agaatctaatgatgtgactgcattcttcatcgatgaacttcagagtagcttacttgttcaagaacgacgcataaaatctcagaatcaagaaattgatatt 587  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3036474 agaatctaatgatgtgactgcactcttcatcgatgaacttcagagtagcttacttgttcaagaacgacgcataaaatctcagaatcaagaaattgatatt 3036573  T
Q  588 gagcaagctttgaaggtttcgaatggaggaagaggatctatgggatttggtagaggaagagggcgttcaggtgctagaggaaagggtaggggaagaatca 687  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3036574 gagcaagctttgaaggtttcgaatggaggaagaggatctatgggatatggtagaggaagagggcattcaggtgctagaggaaagggtaggggaagaatca 3036673  T
Q  688 acacagattctattgagtgttataagtgtcacgagctgggacactatcagaatgaatgtcccctatggg-gaaaaaatgcaaattatgctcaatttgaag 786  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3036674 acaaagattctattgagtgttataagtgtcacaagctgggacactatcagaatgaatgtcccctatgggaaaaaaaatgcaaattatgctcaatttgaag 3036773  T
Q  787 atggtgaattgcttctgatggctcaatcatgcatgaacacaaatgccaaagatgaggtatggtttcttgattcaggttgctcaaatcatatgatagggag 886  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3036774 atggtgaattgcttctgatggctcaatcatgcatgaacacaaatgccaaagatgaggtatggtttcttgattcaggttgctcaaatcatatgatagggac 3036873  T
Q  887 aaaggattggttattgaagtttgataataactttagagaatcattaaagttaggtgatgat 947  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3036874 aaaggattggttattgaattttgataataactttagagaatcattgaagttaggtgatgat 3036934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 191
Target Start/End: Original strand, 3035242 - 3035414
Alignment:
Q  19 cattgggccatgcttatggataatctgcttcgttccaaacaattttgggattttactgaaactggtatcatcaatgctcttgagaatccaacaccagaac 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  3035242 cattgggccatgcttatggaaaatctgcttcgttccaaacaattttgggattttattgaaactggtatcatcaatgctccagagaatccaacaccagaac 3035341  T
Q  119 aagagaaagttgcgaaggatagtaagctgtgtgatcttaaagtgaagaattatctctttcaatccattcatag 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  3035342 aagagaaagttgcgaaggatagtaagctgtgtgatcttaaagtgaagaattatctcttccaatccattgatag 3035414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 929
Target Start/End: Original strand, 16862754 - 16863663
Alignment:
Q  19 cattgggccatgcttatggataatctgcttcgttccaaacaattttgggattttactgaaactggtatcatcaatgctcttgagaatccaacaccagaac 118  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| | ||||||||||| | ||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  16862754 cattgggccatgcttatggaaaatcttctacgttccaaagagttttgggatttaattgaaaatggtgtcaccattgctcttgagaatccaacaccagaac 16862853  T
Q  119 aagagaaagttgcgaaggatagtaagctgtgtgatcttaaagtgaagaattatctctttcaatccattcatagaacagccatggaaacattcttggttaa 218  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||| ||   ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||    ||||||||    
T  16862854 aagaaaaagctgcaaaggatagtaaacttcttgatcttaaggtgaaaaactatctctttcaatccattgatagaacaatcatggaaactagattggttaa 16862953  T
Q  219 agattcaactataaggatatttgggatgcaatgtgtaggaaatatcaaggttctaccaatgtgaaacgttctcaattgcatgctttacgcaaagaatttg 318  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||| |||||| || |||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  16862954 agattcagcta--aggatatttgggatgcaatgcgtaggaagtatcaaggttccgccaaagtgaaatgtgctcaattgcaagctttgcgtaaagaatttg 16863051  T
Q  319 agattcttgctatgaaggaaagtgaaactattgatgaatacttcgcaagaacgctttctattgctaataagatgacatcacatggtgaaaagatggatca 418  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  16863052 agattcttgcaatgaaggaaggtgaaactattgataaatacttcgcaataactctttctattgcaaacaagatgacaacacatggtgagaagatggatca 16863151  T
Q  419 aacactggttgttgagaagattctgagatctttaacaagtaagttcaattatgtggtgtgctctattgaagaatctaatgatgtgactgcattcttcatc 518  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||| ||| | ||||| |||||||| ||| || |||  ||     
T  16863152 aacacttgttgttgaaaagattctgagatctttaacaagtaaatttaattacgtgctgtgctcaattcatgaatcaaatgatgtaactacactctcaatt 16863251  T
Q  519 gatgaacttcagagtagcttacttgttcaagaacgacgcataaaatctcagaatcaagaaattgatattgagcaagctttgaaggtttcgaatggaggaa 618  Q
     |||||||||| || || |||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||| ||||    
T  16863252 aatgaacttcatagcagtttacttgttcaagaacaacgcatgaaaactcaaaatcaagaaattgatattgaacaagctttgaaggcatctaatggtggaa 16863351  T
Q  619 gaggatctatgggatttggtagaggaagagggcgttcaggtgctagaggaaagggtaggggaagaatcaacacagattctattgagtgtta-taagtgtc 717  Q
    |||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||  |    | |||| || ||  |||||||    
T  16863352 gaggatctgtaggatatggtagaggaagagggcgttcaggtgttagaggaaggggtagaggaagaattaacaatggaagtgttgaatgctacaaagtgtc 16863451  T
Q  718 acgagctgggacactatcagaatgaatgtcccctatggggaaaaaatgcaaattatgctcaatttgaagatggtgaattgcttctgatggctcaatcatg 817  Q
    || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||| | |||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16863452 acaagctgggacactatcaaaatgaatgtcctctatgggaagaaaatgcacactatgttgagtttgaagatggtgaattgcttctgatggctcaatcatg 16863551  T
Q  818 catgaacacaaatgccaaagatgaggtatggtttcttgattcaggttgctcaaatcatatgatagggagaaaggattggttattgaagtttgataataac 917  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||| |||||| ||||  | ||||| | ||||    
T  16863552 tttgaacacaaatgccaaagatgaggtatggtttcttgattcaggttgttcaaaccatatgataggaacaaaagattggctatttgattttgacagtaac 16863651  T
Q  918 tttagagaatca 929  Q
    ||||||||||||    
T  16863652 tttagagaatca 16863663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 366
Target Start/End: Original strand, 8441255 - 8441362
Alignment:
Q  262 atcaaggttctaccaat---gtgaaacgttctcaattgcatgctttacgcaaagaatttgagattcttgctatgaaggaaagtgaaactattgatgaata 358  Q
    ||||||||||||| |||   || |||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||  ||||| | |||| |||| ||||| |  ||||||||||    
T  8441255 atcaaggttctactaattaggtcaaacgtgcacaattgctagctttacgcaaagaatttgaagttcttacaatgagggaatgtgaagcagttgatgaata 8441354  T
Q  359 cttcgcaa 366  Q
    ||| ||||    
T  8441355 ctttgcaa 8441362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 901
Target Start/End: Original strand, 20528380 - 20529256
Alignment:
Q  19 cattgggccatgcttatggataatctgcttcgttccaaacaattttgggattttactgaaactggtatcatcaatgctcttgagaatccaacaccagaac 118  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||   || | |  |||||| || |||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  20528380 cattgagccatgctaatggaaaatctgcttcattccaaagaatattggagcttgattacaactggcatgatcaatgctcctgaaaatccaactccagaac 20528479  T
Q  119 aagagaaagttgcgaaggatagtaagctgtgtgatcttaaagtgaagaattatctctttcaatccattcatagaacagccatggaaacattcttggttaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||   ||||||| ||||||||  || ||||| |  |||| | ||    
T  20528480 aagagaaagttgcgaaggatagtaagctttgtgatcttaaggtgaagaactatctcttc--atccattgatagaacaatcaaggaaagaaacttgatcaa 20528577  T
Q  219 agattcaactataaggatatttgggatgcaatgtgtaggaaatatcaaggttctaccaatgtgaaacgttctcaattgcatgctttacgcaaagaatttg 318  Q
    ||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||| || || |||||| |||||||||| || |||| |||| ||||||    
T  20528578 agattcagcta--aggatatttgggatgcaatgcgtaggaagtatcatgattctacaaaggtcaaacgtgctcaattgcaagcattacacaaataatttg 20528675  T
Q  319 agattcttgctatgaaggaaagtgaaactattgatgaatacttcgcaagaacgctttctattgctaataagatgacatcacatggtgaaaagatggatca 418  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||| | |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||  || ||||| ||| | | ||||||||||||||||||    
T  20528676 agattcttgctatgaaagaaggcgaatccattgatgaatactttgcaataacactttctattgtaaacaagataacaactcgtggtgaaaagatggatca 20528775  T
Q  419 aacactggttgttgagaagattctgagatctttaacaagtaagttcaattatgtggtgtgctctattgaagaatctaatgatgtgactgcattcttcatc 518  Q
    ||| ||| ||||||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  || | | |||     
T  20528776 aactctgcttgttgaaaagatcttgagatctttaacaagcaagttcaattatgtggtgtgatctattgaagaatccaatgatgtgacaacactttccatt 20528875  T
Q  519 gatgaacttcagagtagcttacttgttcaagaacgacgcataaaatctcagaatcaagaaattgatattgagcaagctttgaaggtttcgaatggaggaa 618  Q
     ||||| | || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  20528876 aatgaattacatagtagtttacttgttcaagaacaacgcatgaaatctcaaaaccaagaaactgatactgagcaagctttgaaggtttctaatggtggaa 20528975  T
Q  619 gaggatctatgggatttggtagaggaagagggcgttcaggtgctagaggaaagggtaggggaagaatcaacacagattctattgagtgttataagtgtca 718  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |    |||||||   || | |||||||| |||| |||||   |||| ||  ||||||||||    
T  20528976 gaggatctgtgggatatgggagaggaagagggcgttcaag-caaagaggaagatgtggaggaagaattaaca-agatttagttgaatgcaataagtgtca 20529073  T
Q  719 cgagctgggacactatcagaatgaatgtcccctatggggaaaaaatgcaaattatgctcaatttgaagatggtgaattgcttctgatggctcaatcatgc 818  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| |  |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||     
T  20529074 caagctaggacactatcagaatgaatgtcatctatgggaaccaaattcaaattatgctgaatttgaagatggtgaatttcatctcatggctcaaacatga 20529173  T
Q  819 atgaacacaaatgccaaagatgaggtatggtttcttgattcaggttgctcaaatcatatgatagggagaaaggattggttatt 901  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |  |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  20529174 ttgaacacaaatgtcaaagatgaggtatggtttcttgattaaggttattataatcatatgataggaacaaaggattggttatt 20529256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 93 - 947
Target Start/End: Complemental strand, 40613542 - 40612702
Alignment:
Q  93 tgctcttgagaatccaacaccagaacaagagaaagttgcgaaggatagtaagctgtgtgatcttaaagtgaagaattatctctttcaatccattcataga 192  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||| ||   |||||| || || || || ||||| |||||||||||| |||||    
T  40613542 tgctcctgaaaatccaacaccagaacaagaaaattttgcaaaggatagtaaacttcttgatctaaaggtaaaaaactatctttttcaatccattgataga 40613443  T
Q  193 acagccatggaaacattcttggttaaagattcaactataaggatatttgggatgcaatgtgtaggaaatatcaaggttctaccaatgtgaaacgttctca 292  Q
    | |  ||| |||||  |  |||||||||||||| | |  |||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  40613442 aaaatcatagaaaccattatggttaaagattcagcaa--aggatatttgggatgccatgcgcagaaagtatcaaggttctaccaaggtgaaacgtgctca 40613345  T
Q  293 attgcatgctttacgcaaagaatttgagattcttgctatgaaggaaagtgaaactattgatgaatacttcgcaagaacgctttctattgctaataagatg 392  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||| || ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |||    
T  40613344 attgcaagctttacgcaaggaatttgagattcttgaaatgaaagaaggtgaaaccatagatgattacttcgcaagaactctctctattgcaaataaaatg 40613245  T
Q  393 acatcacatggtgaaaagatggatcaaacactggttgttgagaagattctgagatctttaacaagtaagttcaattatgtggtgtgctctattgaagaat 492  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  40613244 acaacacatggtgagaagatggatcaaacgctggttgttgaaaagattttgagatctttaacaagtaaattcaattatgtggtgtgttccattgaagaat 40613145  T
Q  493 ctaatgatgtgactgcattcttcatcgatgaacttcagagtagcttacttgttcaagaacgacgcataaaatctcagaatcaagaaattgatattgagca 592  Q
    | || || || ||| || | |  || |||||  | |||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||||| |||||||| |||||| |||| ||    
T  40613144 caaacgacgtcactacactatcaattgatgagttgcagagtagtttacttgttcaagaacaacacatgaaatctcaaaatcaagacattgatgttgaaca 40613045  T
Q  593 agctttgaaggtttcgaatggaggaagaggatctatgggatttggtagaggaagagggcgttcaggtgctagaggaaagggtaggggaagaatcaacaca 692  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||| |   |||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||            ||||||||||||| |    
T  40613044 agctttgaaggtttccaatggtgaaagaggtttcgtggggtatggtagaggaagaggacgttcaggtgctaga------------ggaagaatcaacaaa 40612957  T
Q  693 gattctattgagtgttataagtgtcacgagctgggacactatcagaatgaatgtcccctatggggaaaaaatgcaaattatgctcaatttgaagatggtg 792  Q
    |    | ||||||||| |||||||| | || |||||||||| |||||||| ||||| ||||||| | ||||||| || | |||| | |||||||||||||    
T  40612956 gcaagtgttgagtgttttaagtgtcgcaagttgggacactaccagaatgagtgtcctctatgggaagaaaatgctaactttgctaagtttgaagatggtg 40612857  T
Q  793 aattgcttctgatggctcaatcatgcatgaacacaaatgccaaagatgaggtatggtttcttgattcaggttgctcaaatcatatgatagggagaaagga 892  Q
    |||| ||||| ||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||| | ||||||    
T  40612856 aattacttcttatggcccaatcttgcttgaacacaaacgccaaagatgaggtatggtttcttgattctagctgttcaaatcatatgataggaacaaagga 40612757  T
Q  893 ttggttattgaagtttgataataactttagagaatcattaaagttaggtgatgat 947  Q
     ||| ||||  | ||||||| | | |||||||||||| | ||  |||||||||||    
T  40612756 gtggctatttgattttgatagtgagtttagagaatcagtgaaactaggtgatgat 40612702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 604
Target Start/End: Original strand, 20541705 - 20542289
Alignment:
Q  19 cattgggccatgcttatggataatctgcttcgttccaaacaattttgggattttactgaaactggtatcatcaatgctcttgagaatccaacaccagaac 118  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||| |||||||||||| | | |||||| ||   ||||||||| || |  | ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  20541705 cattggtccatgcttatgcaaaatctccttcgttccaaagagtattgggacttagttgaaactggaattacaattgctcctgaaaatccaacaccagaac 20541804  T
Q  119 aagagaaagttgcgaaggatagtaagctgtgtgatcttaaagtgaagaat-tatctctttcaatccattcatagaacagccatggaaac-attcttggtt 216  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||| ||   |||||| || || || ||  ||||| |||||||||||| |||||| |  ||||||||| ||||| ||||    
T  20541805 aagaaaaagctgcaaaggatagtaaacttcttgatctaaaggtaaaaaaactatctttttcaatccattgatagaaaaatcatggaaaccattct-ggtt 20541903  T
Q  217 aaagattcaactataaggatatttgggatgcaatgtgtaggaaatatcaaggttctaccaatgtgaaacgttctcaattgcatgctttacgcaaagaatt 316  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||| || |||||| || ||||||||||  |||||||||| |||||    
T  20541904 aaagattcaacaa--aggatatttgggatgctatgcgtagaaagtatcaaggttctacgaaggtgaaatgtgctcaattgcaatctttacgcaaggaatt 20542001  T
Q  317 tgagattcttgctatgaaggaaagtgaaactattgatgaatacttcgcaagaacgctttctattgctaataagatgacatcacatggtgaaaagatggat 416  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||| || || || |||||| ||||||| || |||||||| ||||| ||||   |||||||||| |||||||||    
T  20542002 tgagattcttgcaatgaaagaaggtgaaaccatagacgattacttcacaagaactctctctattgcaaataaaatgattgcacatggtgagaagatggat 20542101  T
Q  417 caaacactggttgttgagaagattctgagatctttaacaagtaagttcaattatgtggtgtgctctattgaagaatctaatgatgtgactgcattcttca 516  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||| |  | |  |    
T  20542102 caaacgctggttgttgaaaagattctgagatctttaacaagtaaattcaattatgtggtgtgttccattgaagaatcaaatgacgtcactacgctatcaa 20542201  T
Q  517 tcgatgaacttcagagtagcttacttgttcaagaacgacgcataaaatctcagaatcaagaaattgatattgagcaagctttgaaggt 604  Q
    | |||||  | |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||    
T  20542202 ttgatgagttgcagagtagtttacttgttcaagaacaacgcatgaaatctcagaatcaagactttgatgttgaacaagctttgaaggt 20542289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 662 - 947
Target Start/End: Original strand, 20542323 - 20542608
Alignment:
Q  662 tagaggaaagggtaggggaagaatcaacacagattctattgagtgttataagtgtcacgagctgggacactatcagaatgaatgtcccctatggggaaaa 761  Q
    |||||||| ||| || ||||||||||||| ||    | |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||    
T  20542323 tagaggaaggggcagaggaagaatcaacaaagcaagtgttgagtgtttcaagtgtcacaagctgggacactatcagaatgagtgtcctctatgggaagaa 20542422  T
Q  762 aatgcaaattatgctcaatttgaagatggtgaattgcttctgatggctcaatcatgcatgaacacaaatgccaaagatgaggtatggtttcttgattcag 861  Q
    ||||| || | |||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  20542423 aatgctaactttgctgagtttgaagatggtgaattacttcttatggctcaatcttgcttgaacacaaacgccaaagatgaggtatggtttcttgattttg 20542522  T
Q  862 gttgctcaaatcatatgatagggagaaaggattggttattgaagtttgataataactttagagaatcattaaagttaggtgatgat 947  Q
    | || ||||||||||||||||| | ||| || ||| ||||  | ||||||| | | |||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  20542523 gctgttcaaatcatatgataggaacaaatgagtggctatttgattttgatagtgagtttagagaatcaatgaagctaggtgatgat 20542608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 3e-60; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 369
Target Start/End: Original strand, 17535216 - 17535563
Alignment:
Q  20 attgggccatgcttatggataatctgcttcgttccaaacaattttgggattttactgaaactggtatcatcaatgctcttgagaatccaacaccagaaca 119  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| | ||||||||||| | ||||| |||| |||    ||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  17535216 attgggccatgcttatggagaaccttctttgttccaaagagttttgggatttaattgaaattggtgtcactgttgctcctgagaatccaacactagagca 17535315  T
Q  120 agagaaagttgcgaaggatagtaagctgtgtgatcttaaagtgaagaattatctctttcaatccattcatagaacagccatggaaacattcttggttaaa 219  Q
    ||| || ||||| || || ||||| ||   ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||  |||||||||  | || ||||||    
T  17535316 agaaaaggttgcaaaagacagtaaactacttgatcttaaggtaaagaactatctttttcaatccatcgatagaacaatcatggaaaccattttagttaaa 17535415  T
Q  220 gattcaactataaggatatttgggatgcaatgtgtaggaaatatcaaggttctaccaatgtgaaacgttctcaattgcatgctttacgcaaagaatttga 319  Q
    |||||| |||  ||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||| | || |||| || ||||||||||| |||||| |    
T  17535416 gattcatcta--aggatatttgggaggcaatgcgtagaaagtatcaaggttctaccaaagtgaaacatgctgaattacaagctttacgcaaggaatttaa 17535513  T
Q  320 gattcttgctatgaaggaaagtgaaactattgatgaatacttcgcaagaa 369  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  17535514 gattcttgcaatgaaggagagtgaaaccattgatgaatacttcacaagaa 17535563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 112 - 318
Target Start/End: Original strand, 28106645 - 28106849
Alignment:
Q  112 ccagaacaagagaaagttgcgaaggatagtaagctgtgtgatcttaaagtgaagaattatctctttcaatccattcatagaacagccatggaaacattct 211  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||  ||||| || | | |    
T  28106645 ccagaacaagagaaagctgcaaaagatagtaagctatgtgatcttaaagtaaagaactacctctttcaatccattgatagaacaatcatggtaataatat 28106744  T
Q  212 tggttaaagattcaactataaggatatttgggatgcaatgtgtaggaaatatcaaggttctaccaatgtgaaacgttctcaattgcatgctttacgcaaa 311  Q
    |||| ||| ||||| |   || |||||| ||||||| ||| |||||||  ||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| || || | ||||    
T  28106745 tggtcaaaaattcagc--caatgatattcgggatgctatgcgtaggaagcatcaaggttctgcaaatgtgaaacgtgctcagttgcaagcattgcacaaa 28106842  T
Q  312 gaatttg 318  Q
    |||||||    
T  28106843 gaatttg 28106849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 255 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 29945421 - 29945291
Alignment:
Q  255 aggaaatatcaaggttctaccaatgtgaaacgttctcaattgcatgctttacgcaaagaatttgagattcttgctatgaaggaaagtgaaactattgatg 354  Q
    ||||| |||||||| || || || || |||||| |||||||| |  ||||||| | |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||  |  |||    
T  29945421 aggaagtatcaaggctcaacaaaggtaaaacgtgctcaattgaaaactttacgtagagaatttgaggttcttgctatgaaagaaggtgaaacagtgaatg 29945322  T
Q  355 aatacttcgcaagaacgctttctattgctaa 385  Q
    ||||| || ||||||| ||| | ||||||||    
T  29945321 aatacatctcaagaactcttgcaattgctaa 29945291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 255 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 10784553 - 10784461
Alignment:
Q  255 aggaaatatcaaggttctaccaatgtgaaacgttctcaattgcatgctttacgcaaagaatttgagattcttgctatgaaggaaagtgaaact 347  Q
    ||||| ||||||||||| || || || |||||| ||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  10784553 aggaagtatcaaggttcaacaaaggtaaaacgtgctcaattgcaaactttacgtagagaatttgagattcttgctatgaaagaaggtgaaact 10784461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 424 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 23940233 - 23940152
Alignment:
Q  424 tggttgttgagaagattctgagatctttaacaagtaagttcaattatgtggtgtgctctattgaagaatctaatgatgtgact 506  Q
    |||| |||||||||||| | ||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  23940233 tggtggttgagaagattttaagatcatta-caagcaagttcaattgtgtggtgtgttccattgaagaatcaaatgatgtgact 23940152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University