View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4288_low_4 (Length: 400)

Name: NF4288_low_4
Description: NF4288
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4288_low_4
NF4288_low_4
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (22-381)||(34989450-34989809)
chr1 (32-381)||(2305359-2305708)
chr1 (22-179)||(34975615-34975772)
chr1 (27-178)||(34980400-34980551)
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (27-373)||(22656948-22657294)
chr3 (31-381)||(22620788-22621138)
chr3 (127-381)||(22648058-22648312)
chr3 (72-373)||(22615153-22615451)
chr3 (72-381)||(22115368-22115677)
chr3 (34-342)||(21930666-21930974)
chr3 (125-376)||(22034853-22035104)
chr3 (125-360)||(30989200-30989435)
chr3 (161-360)||(22187360-22187559)
chr3 (72-301)||(22357956-22358185)
chr3 (99-295)||(22431133-22431329)
chr3 (99-298)||(22367884-22368083)
chr3 (161-360)||(22028372-22028571)
chr3 (218-301)||(22436588-22436671)
chr3 (215-337)||(21937579-21937701)
chr3 (72-301)||(22458443-22458672)
chr3 (72-301)||(22481424-22481653)
chr3 (161-373)||(22179789-22180001)
chr3 (257-360)||(21946092-21946195)
chr3 (99-208)||(22630485-22630594)
chr3 (252-296)||(18966946-18966990)
chr3 (286-350)||(22105205-22105269)
[»] scaffold1439 (2 HSPs)
scaffold1439 (162-381)||(1467-1686)
scaffold1439 (84-178)||(1714-1808)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (134-313)||(40580333-40580512)
chr5 (105-188)||(40580244-40580327)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 381
Target Start/End: Original strand, 34989450 - 34989809
Alignment:
Q  22 aaggaatcactgaaatggatcgaggtgcattgatttctgagttgataaagtacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacac 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34989450 aaggaatcactgaaatggatcgaggtgcattgatttctgagttgagaaagtacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacac 34989549  T
Q  122 aagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaag 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34989550 aagtttttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaaatggtagtaagatatttattaccacaagaaataaggatgttgccatgtattgtaag 34989649  T
Q  222 aaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggat 321  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34989650 aaatcttcatttattgaagtgcatgaactacaaccattaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggat 34989749  T
Q  322 gttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattgctagaaagtgcaagggcttac 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34989750 gttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattgctaggaagtgcaagggcttac 34989809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 32 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 2305708 - 2305359
Alignment:
Q  32 tgaaatggatcgaggtgcattgatttctgagttgataaagtacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgg 131  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2305708 tgaaatggatcgaggtgaattgatttttgagttgagaaagtacttgcagaataagaggtatgtttttgtgtttgataatgtatggaacacaagtttttgg 2305609  T
Q  132 gatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgt 231  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  2305608 gatgagattgaatatgctatgagtgatcataaaaatggtagtaagatatttattaccacaagaaatatggatgttgccatatattgtaagaaatcttctt 2305509  T
Q  232 ttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaa 331  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2305508 ttattcaagtgcatgaactacaacttttaactgaggaaaaataatttgatttgtttaataagaaggcatttcaatttgactttgaaggatgttgtccaaa 2305409  T
Q  332 agagctcattgatatagcttttgaaattgctagaaagtgcaagggcttac 381  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  2305408 agagctcattgatatatcttttgaaatcgctaggaagtgcaagggcttac 2305359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 179
Target Start/End: Original strand, 34975615 - 34975772
Alignment:
Q  22 aaggaatcactgaaatggatcgaggtgcattgatttctgagttgataaagtacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacac 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34975615 aaggaatcactgaaatggatcgaggtgcattgatttctgagttgagaaagtacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacac 34975714  T
Q  122 aagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagata 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34975715 aagtttttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaaatggtagtaagata 34975772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 27 - 178
Target Start/End: Original strand, 34980400 - 34980551
Alignment:
Q  27 atcactgaaatggatcgaggtgcattgatttctgagttgataaagtacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtt 126  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34980400 atcactgaaatggatcgagatgcattgatttatgagttgagaaattacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtt 34980499  T
Q  127 tttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagat 178  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34980500 tttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaaatggtagtaagat 34980551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 27 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 22657294 - 22656948
Alignment:
Q  27 atcactgaaatggatcgaggtgcattgatttctgagttgataaagtacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtt 126  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22657294 atcactgaaatggatcgaggcgcattgatttctgagctgagaaaatacttgcagaaaaagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacaaaagtt 22657195  T
Q  127 tttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatc 226  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  22657194 tttgggatgagattgaatatgctgttggtgatcataaaaatgggagtaagatatttattacaacaagaaatatggatgttgcggtgtattgtaagaaatc 22657095  T
Q  227 ttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgt 326  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||    
T  22657094 ttcttttattgaagtgcatgaactacatcctttaacagtagaacaatcttttgagttgtttaataagaaggcctttcaatttgactttaatggatgttgt 22656995  T
Q  327 ccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattgctagaaagtgcaa 373  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||||    
T  22656994 ccaaaagagctcattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaa 22656948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 31 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 22621138 - 22620788
Alignment:
Q  31 ctgaaatggatcgaggtgcattgatttctgagttgataaagtacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttg 130  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||||| |||||| |||  |||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || |  ||||||    
T  22621138 ctgaaatggatctagggtcattgatttctaagttgagaaaccacttgcaacaaaagaggtatgtttttgtatttgatgatgtatggaccatagatttttg 22621039  T
Q  131 ggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcg 230  Q
    | |||| || ||  ||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||| || ||||||||| || |||||||| ||||||||     
T  22621038 gaatgaaatagagcatgttgtgattgataataaaaatgggagtaagatattgattacaacaagaagtatggatgttgctatttattgtaaaaaatcttct 22620939  T
Q  231 tttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaa 330  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| |||||||||    
T  22620938 tttattgaggtgcatgaactacaacctttaactgaggaacaatcttttgagttgttcaataagaaggtatttcgatttgactttgatggaagttgtccaa 22620839  T
Q  331 aagagctcattgatatagcttttgaaattgctagaaagtgcaagggcttac 381  Q
    |||| || ||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  22620838 aagatctaattgatatatcttccgaaattgctagaaaatgcaagggtttac 22620788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 127 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 22648312 - 22648058
Alignment:
Q  127 tttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatc 226  Q
    ||||||||||||||||| |||   ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  22648312 tttgggatgagattgaaaatgcattgattgataataaaaatgggagtaagatatttattacaacaagaaatatggatgttgccatatattgtaagaaatc 22648213  T
Q  227 ttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgt 326  Q
    ||| || ||||||||| ||||| | |||||||||||  | ||||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||    | |||||||||    
T  22648212 ttctttcattgaagtgtatgaattgcaacctttaacaaatgaacaatcttttgagttgttcaacaagaagacatttcagtttgacaacaatggatgttgt 22648113  T
Q  327 ccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattgctagaaagtgcaagggcttac 381  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  22648112 ccaaaagaactcattgatatatcttttgaaatttctagaaaatgcaagggtttac 22648058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 72 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 22615451 - 22615153
Alignment:
Q  72 tacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggta 171  Q
    ||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||| || ||| | |||| |||||||||| |    
T  22615451 tacttgcagcaaaagaggtacgttgttgtgtttgatgatgtatggaacatgcatttttggaatgagattgaatctgctgtaattgataataaaaatggaa 22615352  T
Q  172 gtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaaca 271  Q
    ||||||||||||| || | ||| ||||  ||||||||  | | |||||||| |||||||||  |  ||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  22615351 gtaagatatttataacaacaaggaatatagatgttgcactttcttgtaagagatcttcgttagtcaaagtgcatgagttgcaacctttaactgaagaaca 22615252  T
Q  272 atcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattgctagaaagtgc 371  Q
    |||  | || ||||| ||||||||||||||||||||||||    || | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| || ||| |||    
T  22615251 atctctggagttgtttaataagaaggcatttcaatttgac---aaatgttgttgtccaaaagagctcattgatatatcttatgatattgttaaaaaatgc 22615155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 72 - 381
Target Start/End: Original strand, 22115368 - 22115677
Alignment:
Q  72 tacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggta 171  Q
    ||||||||||||||||||||  || | |||||||||||||| |||||   |  |||||||||||| ||||||| |  ||| | ||||  ||||||||| |    
T  22115368 tacttgcagaaaaagaggtacgttgtcgtgtttgatgatgtttggaatgtacatttttgggatgatattgaattttctgtaattgatagtaaaaatggaa 22115467  T
Q  172 gtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaaca 271  Q
    ||||||||||||| || | |||||| | ||||||||   ||| |||||| |||||||| || ||||| |||| | | || |||||||||||| |||||||    
T  22115468 gtaagatatttataacaacaagaaacatggatgttgtgttgtcttgtaaaaaatcttctttcattgaggtgctttagctgcaacctttaactcaagaaca 22115567  T
Q  272 atcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattgctagaaagtgc 371  Q
    |||| |  | ||||||||||||||||||||  |||||||||  | ||| | |||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||| || ||| |||    
T  22115568 atcattgaagttgttcaataagaaggcattcaaatttgactacggagggtcttgtcccaaagagctcattggtatagctaatgaaattgttaaaaaatgc 22115667  T
Q  372 aagggcttac 381  Q
    ||||| ||||    
T  22115668 aagggtttac 22115677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 34 - 342
Target Start/End: Original strand, 21930666 - 21930974
Alignment:
Q  34 aaatggatcgaggtgcattgatttctgagttgataaagtacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttggga 133  Q
    |||||||||||||  |||||| | ||||  ||| ||| | ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||   |  |||||||||    
T  21930666 aaatggatcgaggatcattgactgctgaagtgagaaaatgcttgcagaaaaagaggtatgttgtcgtgtttgatgatgtttggaatgtacatttttggga 21930765  T
Q  134 tgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgttt 233  Q
    ||| ||||||| || ||  | ||||  ||||||||| |||||||||||||| || | ||| || | ||||||||   ||| |||||| |||||||| ||     
T  21930766 tgatattgaatttgctgcaattgatagtaaaaatggaagtaagatatttataacaacaaggaacatggatgttgtggtgtcttgtaaaaaatcttctttc 21930865  T
Q  234 attgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaag 333  Q
    |||||| ||| |||  | |||||||||||| | ||||||||  | || ||||||||||||||||||||  |||||||||  || || |||||||||| ||    
T  21930866 attgaaatgcttgagttgcaacctttaactcatgaacaatctttggagttgttcaataagaaggcattcaaatttgactatgatgggtgttgtccaacag 21930965  T
Q  334 agctcattg 342  Q
    |||||||||    
T  21930966 agctcattg 21930974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 125 - 376
Target Start/End: Original strand, 22034853 - 22035104
Alignment:
Q  125 tttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaa 224  Q
    |||||||||||| ||||||| |  ||| | ||||  ||||||||| |||||||||||||| || | |||||| | ||||||||   ||| |||||| |||    
T  22034853 tttttgggatgatattgaattttctgtaattgatagtaaaaatggaagtaagatatttataacaacaagaaacatggatgttgtgttgtcttgtaaaaaa 22034952  T
Q  225 tcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgtt 324  Q
    ||||| || ||||| |||| ||| || |||||||||||| ||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||  |||||||||  | ||| | ||    
T  22034953 tcttctttcattgaggtgcttgagctgcaacctttaactcaagaacaatcattgaagttgttcaataagaaggcattcaaatttgactacggagggtctt 22035052  T
Q  325 gtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattgctagaaagtgcaaggg 376  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||  |||||||| || |||||| |||||    
T  22035053 gtcccaaagagctcattggtatagctaatgaaattgttaaaaagtgaaaggg 22035104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 125 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 30989435 - 30989200
Alignment:
Q  125 tttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaa 224  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||| | |||| |||||||||| |||||||||||||| || | ||||||    |||||||   ||| |||||| |||    
T  30989435 tttttgggatgatattgaatttgctgtaattgataataaaaatggaagtaagatatttatcacaacaagaaacctagatgttgtgttgtcttgtaaaaaa 30989336  T
Q  225 tcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgtt 324  Q
    ||||| | ||||||||||| |||  | |||||||||| |||| |||||||  | || ||||||||||||||||||||   |||||||   |  || ||||    
T  30989335 tcttcttatattgaagtgcttgagttgcaacctttaaatgaacaacaatctttggagttgttcaataagaaggcattcagatttgaccatggtggttgtt 30989236  T
Q  325 gtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattg 360  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  30989235 gtccaaaggagctcattggtatagcttatgaaattg 30989200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 161 - 360
Target Start/End: Original strand, 22187360 - 22187559
Alignment:
Q  161 taaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaaccttta 260  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| || | ||| || ||| ||||||   ||| ||||||  | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  22187360 taaaaatggaagtaggatatttataacaacaaggaaaaagaatgttgtggtgtcttgtaaagagtcttcttttattgaggtgcatgaactgcaaccttta 22187459  T
Q  261 actgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattg 360  Q
     ||  |||||||||  | || ||||||||||||||||||||  || |||| |  || || ||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  22187460 tctctagaacaatctttggagttgttcaataagaaggcattcaaaattgattgtgatgggtgttgtccaaacgagctcattggtatagctgatgaaattg 22187559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 72 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 22358185 - 22357956
Alignment:
Q  72 tacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggta 171  Q
    ||||||||  |||| |||||| || | |||||||||||||||||| |  ||  ||||| | |||| ||||||| || | ||| |||| | ||||| |||     
T  22358185 tacttgcaagaaaaaaggtatgttgtagtgtttgatgatgtatgggagtcacattttttgcatgatattgaatttgctatgattgataacaaaaagggtt 22358086  T
Q  172 gtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaaca 271  Q
     || |||||| || || | |||||| | ||||||||| |    ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||  ||| |||| ||||||    
T  22358085 ctaggatattaatcactacaagaaacatggatgttgcgaatacttgtaagaaatcttcttttgttgaagtgtatgaactaaaaggtttgactgtagaaca 22357986  T
Q  272 atcaattgatttgttcaataagaaggcatt 301  Q
    |||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  22357985 atcttttgagttgttcaataagaaggcatt 22357956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 99 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 22431329 - 22431133
Alignment:
Q  99 gtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaata 198  Q
    |||||||||||||||||| |  ||| ||||||| |||| ||||||| || | ||| |||| | ||||||||| |||||||||| || || | |||||| |    
T  22431329 gtgtttgatgatgtatgggagtcaaatttttggtatgatattgaatttgctatgattgataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaaca 22431230  T
Q  199 aggatgttg-ccatgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaa 295  Q
    |||||| ||   |||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||  |||||| |||||| ||||  | || ||||||||||||||    
T  22431229 aggatggtgtagatg-cttgtaagaaatcttcttttgttgaagtgcatgaacttaaaggtttaaccgaagaaaaatctttagaattgttcaataagaa 22431133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 99 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 22368083 - 22367884
Alignment:
Q  99 gtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaata 198  Q
    |||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||| ||||||| |  | ||| |||| | ||||||||| |||||||||| || || | ||||||      
T  22368083 gtgtttgatgatgtatgggactcacatttttggaatgatattgaattttctatgattgataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaacg 22367984  T
Q  199 aggatgttgcc-atgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaagg 297  Q
    ||||||||||  |||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||  ||  ||||| ||||||| ||||  | || ||||||||||||||||    
T  22367983 aggatgttgcagatgc-ttgtaagaaatcttcttttgttgaagtgcataaacttgaaggtttaagtgaagaaaaatctttagaattgttcaataagaagg 22367885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 161 - 360
Target Start/End: Original strand, 22028372 - 22028571
Alignment:
Q  161 taaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaaccttta 260  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| || | ||| || ||| ||||||   ||| ||||||  | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  22028372 taaaaatggaagtaggatatttataacaacaaggaaaaagaatgttgtggtgtcttgtaaagagtcttcttttattgaggtgcatgaactgcaaccttta 22028471  T
Q  261 actgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattg 360  Q
     ||  |||||||||  | || ||||||||||||||  ||||  || |||| |  || || ||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  22028472 tctctagaacaatctttggagttgttcaataagaattcattcaaaattgattgtgatgggtgttgtccaaacgagctcattggtatagctgatgaaattg 22028571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 218 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 22436671 - 22436588
Alignment:
Q  218 taagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatt 301  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||| |||||||| |||  ||||||||||||| ||||  | || ||||||||||||||||||||    
T  22436671 taagagatcttcttttgttgaagtacatgaacttcaaggtttaactgaagaaaaatctttagaattgttcaataagaaggcatt 22436588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 215 - 337
Target Start/End: Original strand, 21937579 - 21937701
Alignment:
Q  215 ttgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttg 314  Q
    |||||| |||||||| || |||||||| | |||  | |||  ||||||| | ||||||||  | || ||||||||||||||||||||  |||||||||      
T  21937579 ttgtaaaaaatcttctttcattgaagttcttgagttgcaatgtttaactcatgaacaatctttggagttgttcaataagaaggcattcaaatttgactat 21937678  T
Q  315 gaaggatgttgtccaaaagagct 337  Q
    || || |||||||||||||||||    
T  21937679 gatgggtgttgtccaaaagagct 21937701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 22458672 - 22458443
Alignment:
Q  72 tacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggta 171  Q
    ||||||||| |||| |||||| || | || |||||||||||||||| |  |  |||||||||||| ||  ||| || | ||| |||| ||||||| |||     
T  22458672 tacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgatgtatggagcttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggtt 22458573  T
Q  172 gtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgc-catgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaac 270  Q
    |||||||||| || || | |||||| | |||||||||  ||| | |||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |  ||  |||  ||||| |||    
T  22458572 gtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgttgcaaatgca-tgtaagaaatcttcttttgttgaagtgtatgaaatgaaaggtttggctgaacaac 22458474  T
Q  271 aatcaattgatttgttcaataagaaggcatt 301  Q
    ||||  | || ||||||||||||||| ||||    
T  22458473 aatctttggagttgttcaataagaagacatt 22458443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 22481653 - 22481424
Alignment:
Q  72 tacttgcagaaaaagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggta 171  Q
    ||||||||| |||| |||||| || | || |||||||||||||||| |  |  |||||||||||| ||  ||| || | ||| |||| ||||||| |||     
T  22481653 tacttgcaggaaaaaaggtatgttatagtttttgatgatgtatggagcttacatttttgggatgatatcaaatttgctatgattgataataaaaagggtt 22481554  T
Q  172 gtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgc-catgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaac 270  Q
    |||||||||| || || | |||||| | |||||||||  ||| | |||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |  ||  |||  ||||| |||    
T  22481553 gtaagatattaatcacaacaagaaacatggatgttgcaaatgca-tgtaagaaatcttcttttgttgaagtgtatgaaatgaaaggtttggctgaacaac 22481455  T
Q  271 aatcaattgatttgttcaataagaaggcatt 301  Q
    ||||  | || ||||||||||||||| ||||    
T  22481454 aatctttggagttgttcaataagaagacatt 22481424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 161 - 373
Target Start/End: Original strand, 22179789 - 22180001
Alignment:
Q  161 taaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaaccttta 260  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || | ||| || | |||||||||  |||  ||||| |||||||| || ||||| |||| |||  | ||| |||||    
T  22179789 taaaaatggaagtaagatattaataacaacaaggaacatggatgttgcggtgtcctgtaaaaaatcttctttcattgaggtgcttgagttgcaaacttta 22179888  T
Q  261 actgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattg 360  Q
    |||   ||||| ||  | || ||||||||||||||||||||  ||||||||   || || |||| || ||||||| |||||| |||||||  ||||||||    
T  22179889 actcctgaacagtctttggagttgttcaataagaaggcattcaaatttgacaatgacgggtgttttcaaaaagaggtcattggtatagctaatgaaattg 22179988  T
Q  361 ctagaaagtgcaa 373  Q
     || ||| |||||    
T  22179989 ttaaaaaatgcaa 22180001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 257 - 360
Target Start/End: Original strand, 21946092 - 21946195
Alignment:
Q  257 tttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaa 356  Q
    ||||||| ||||||||||  | || ||||| ||||||||||||||| |||||||||  |  || |||| |||||| ||||| |||| |||||||  ||||    
T  21946092 tttaactcaagaacaatctttggagttgtttaataagaaggcatttaaatttgactatggtgggtgttatccaaatgagctaattggtatagctaatgaa 21946191  T
Q  357 attg 360  Q
    ||||    
T  21946192 attg 21946195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 22630594 - 22630485
Alignment:
Q  99 gtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaata 198  Q
    |||||||||||||||||| |  ||   |||||| |||| ||||||| || | ||| |||| | ||||||||| |||||||||| || || | |||||| |    
T  22630594 gtgtttgatgatgtatgggaggcacaattttggtatgatattgaatttgctatgattgataacaaaaatggttgtaagatattaatcacaacaagaaaca 22630495  T
Q  199 aggatgttgc 208  Q
    ||||||||||    
T  22630494 aggatgttgc 22630485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 252 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 18966990 - 18966946
Alignment:
Q  252 caacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaag 296  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||    
T  18966990 caacctttaaccgaagaacaatctatagagttgttcaataagaag 18966946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 286 - 350
Target Start/End: Original strand, 22105205 - 22105269
Alignment:
Q  286 tcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatagct 350  Q
    |||||||||||| |||  ||||||| |  || || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22105205 tcaataagaaggtattcaaatttgattgtgatgggtgttgtccaaaagagctcattggtatagct 22105269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1439 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 2)
Name: scaffold1439
Description:

Target: scaffold1439; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 162 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 1686 - 1467
Alignment:
Q  162 aaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgtttattgaagtgcatgaactacaacctttaa 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1686 aaaaatggtagtaagatatttattaccacaagaaatatggatgttgctgtgtattgtaagaaatcttcttttattgaagtgcatgaactacaacctttaa 1587  T
Q  262 ctgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatagcttttgaaattgc 361  Q
    |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  1586 ctgaagaaaaatcatttgatttgtttaataagaaggcatttcaatttgacttggaaggatgttgtccaaaagagctcattgatatatcttttgaaatcgc 1487  T
Q  362 tagaaagtgcaagggcttac 381  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  1486 taggaagtgcaagggcttac 1467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1439; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 84 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 1808 - 1714
Alignment:
Q  84 aagaggtatatttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagat 178  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1808 aagaggtatgtttttgtgtttgatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgttgtgagtgataataaaaatggtagtaagat 1714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 134 - 313
Target Start/End: Original strand, 40580333 - 40580512
Alignment:
Q  134 tgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattaccagaagaaataaggatgttgccatgtattgtaagaaatcttcgttt 233  Q
    |||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||  ||||||||||||||| ||| |||    
T  40580333 tgagattgaatatgctatgagtgataataaaaatggtagtaagatatttattacctcaagaagtatggatgttgcagtgtattgtaagaaattttctttt 40580432  T
Q  234 attgaagtgcatgaactacaacctttaactgaagaacaatcaattgatttgttcaataagaaggcatttcaatttgactt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40580433 attgaagtgcatgaactacaacctttaacagaagaaaaatcatttgatttgttcaacaagaaggcatttcaatttgactt 40580512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 105 - 188
Target Start/End: Original strand, 40580244 - 40580327
Alignment:
Q  105 gatgatgtatggaacacaagtttttgggatgagattgaatatgatgtgagtgatgataaaaatggtagtaagatatttattacc 188  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40580244 gatgatgtatggaacaaaagtttttggggtgatattgaatatgctatgagtgataataaaaatggtagtaagatatttattacc 40580327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University