View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4288_low_6 (Length: 386)

Name: NF4288_low_6
Description: NF4288
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4288_low_6
NF4288_low_6
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-386)||(37187890-37188275)
chr5 (1-382)||(37892783-37893172)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 37188275 - 37187890
Alignment:
Q  1 atttgtctaagctcttgttggtgaatgaaatgaaatatggggttatgttacgtatatatacacattgatgggttgtattttcttccaatttagttcttcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37188275 atttgtctaagctcttgttggtgaatgaaatgaaatatggggttatgttacgtatatatacacattgatgggttgtattttcttccaatttagttcttcc 37188176  T
Q  101 ttttcgtgtaaggattgatttatgtcaaggaaaatctcaaattgggtttccctgtaacaaaatatgtctctaaagaataccttacttatttgctaggcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37188175 ttttcgtgtaaggattgatttatgtcaaggaaaatctcaaattgggtttccctgtaacaaaatatgtctctaaagaataccttacttatttgctaggcat 37188076  T
Q  201 tgtttagtcacgttctttctccacatgcatgtaatattgattaagtttgtgcaaagttaaggatttaatttccaactgttctttggtgagggttttgtat 300  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37188075 tgttgagtaacgttctttccccacatgcatgtaatattgattaagtttgtgcaaagttgaggatttaatttccaactgttctttggtgagggttttgtat 37187976  T
Q  301 tattcttctcaatattatctttaaacaataacatattctccctgttaacaaagtttgcaagtcaacctttgaatatagtatagtat 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37187975 tattcttctcaatattatctttaaacaataacatattctccccgttaacaaagtttgcaagtcaaactttgaatatagtatagtat 37187890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 37893172 - 37892783
Alignment:
Q  1 atttgtctaagctcttgttggtgaatgaaatgaaatatggggttatgttacgtatatatacacattgatgggttgtattttcttccaatttagttcttcc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37893172 atttgtctaagctcttgttggtgaatgaaatgaaatatggggttatgttacgtatatatacacattgatgggttatattttcttccaatttagttcttcc 37893073  T
Q  101 ttttcgtgtaaggattgatttatgtcaaggaaaatctcaaattgggtttccctgtaacaaaatatgtctctaaagaataccttacttatttgctaggcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37893072 ttttcgtgtaaggattgatttatgtcaaggaaaatctcaaattgggtttccctgtaacaaaatatgtctctaaagaataccttacttatttgctaggcat 37892973  T
Q  201 tgtttagtcacgttctttctccacatgcatgtaatattgattaagtttgtgcaaagttaaggatttaatttcc-------aactgttctttggtgagggt 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  37892972 tgtttagtcacgttctttctccacatgcatgtaatattgattaagtttgtgcaaagttaaggatttaatttccaacttccaactgttctttggtgagggt 37892873  T
Q  294 tttgtattattcttctcaatattatctttaaacaataac-atattctccctgttaacaaagtttgcaagtcaacctttgaatatagtata 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37892872 tttgtattattcttctcaatattatctttaaacaataacaatattctccctgttaacaaagtttgcaagtcaacctttgaatatagtata 37892783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University