View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4290_high_3 (Length: 465)

Name: NF4290_high_3
Description: NF4290
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4290_high_3
NF4290_high_3
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (10-451)||(5455197-5455640)
chr3 (14-450)||(5446636-5447074)
chr3 (14-451)||(5503187-5503626)
chr3 (14-451)||(5490374-5490813)
chr3 (17-450)||(5853647-5854082)
chr3 (12-451)||(5526024-5526468)
chr3 (14-342)||(5485062-5485392)
chr3 (21-384)||(5848350-5848715)
chr3 (14-450)||(5801940-5802384)
chr3 (12-385)||(5827612-5827987)
chr3 (149-451)||(20343817-20344119)
chr3 (376-451)||(5484980-5485055)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (14-450)||(25808738-25809176)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 5455640 - 5455197
Alignment:
Q  10 ataattctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455640 ataattctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgcatagagtcttgaatttctcagtaatgttcactg 5455541  T
Q  108 acaaagaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacaga 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455540 acaaagaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtactagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacaga 5455441  T
Q  208 taggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgacttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455440 taggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgacttt 5455341  T
Q  308 ccaatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaatt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5455340 ccaatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacatttaaatt 5455241  T
Q  408 gtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 451  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455240 gtctccatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 5455197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 5447074 - 5446636
Alignment:
Q  14 ttctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5447074 ttctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagagtgcatagagtcatgaatttctctgtaatattcactgacaa 5446975  T
Q  112 agaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagatagg 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |    
T  5446974 agaaatctcttaccaatatgaaactttgagcagttcaattattactagagtcgtgctagacccaaatggaatatcacaacgcttacaatggacagataag 5446875  T
Q  212 acacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaa 311  Q
    |||||| ||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5446874 acacaggattgggcggctttagccaaacgtcctgcagaccagtgtgatgcttataccttttgtggtatcaattctaactgcaatatgaatgactttccaa 5446775  T
Q  312 tatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtct 411  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  5446774 tatgtgtatgtttggaaggtttcaggccaaaatttcaactgaagtgggaggcatcagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtct 5446675  T
Q  412 ccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagtt 450  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5446674 ccatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagtt 5446636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 14 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 5503626 - 5503187
Alignment:
Q  14 ttctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgc--agagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaa 111  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||| |||||    
T  5503626 ttctgtatagaggagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagactgcgtagagtcttgaatttctcagtagtagtcaccgacaa 5503527  T
Q  112 agaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagatagg 211  Q
    |||| |||||||  |||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||   ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  5503526 agaattctcttatcaatatgaaactttaaacagttcaattaatactagattggtgctagatccatatggaacttcacaacgttttcaatggtcagatagg 5503427  T
Q  212 acacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaa 311  Q
    ||||||| |||||| ||| ||     || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  | ||  ||||||||    
T  5503426 acacagatttgggaggctatatatgctcttcctgcagaccagtgtgatgcttatgacttgtgtggtaacaattctaactgcaatggtgatatctttccaa 5503327  T
Q  312 tatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtct 411  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||| || |||||||||    
T  5503326 tatgtgaatgcttagaaggtttcgtgccaaaatctcaaccagagtgggagtcatcaaattggtctggtgggtgcataaggaaaacacgtttaaattgtct 5503227  T
Q  412 ccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 451  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5503226 ccatggcgatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 5503187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 5490813 - 5490374
Alignment:
Q  14 ttctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaa 111  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||| ||| || ||||||||||    
T  5490813 ttctgtatagaggagggtcatggaatggatttcttttcaccggtgtttcttggctaagactgcatagagtcttgaatttctcggtagtggtcactgacaa 5490714  T
Q  112 agaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagatagg 211  Q
    |||| |||||||  |||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||   |||||||||||||||||| ||||||||    
T  5490713 agaattctcttatcaatatgaaactttaaacagttcaattaatactagattggtgctagatccatatggaacttcacaacgtttacaatggtcagatagg 5490614  T
Q  212 acacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaa 311  Q
    ||||||| |||||| ||| ||     || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||  | ||  ||||||||    
T  5490613 acacagatttgggaggctatatattctcttcctgcagaccagtgtgatgcttatgacttgtgtggtaacaattctaactgcaatggtgatatctttccaa 5490514  T
Q  312 tatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtct 411  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||| || |||||||||    
T  5490513 tatgtgaatgcttagaaggtttcatgccaaaatttcaactagagtgggattcatcaaattggtctggtggatgtctaagaaaaacacgtttaaattgtct 5490414  T
Q  412 ccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 451  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5490413 ccatggcgatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 5490374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 450
Target Start/End: Original strand, 5853647 - 5854082
Alignment:
Q  17 tgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaaga 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5853647 tgtatagaggagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgcacagagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaaaga 5853746  T
Q  115 aatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggaca 214  Q
    | |||||||  ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||   |||   ||||||||| | | |||| |||||| ||||    
T  5853747 attctcttatcaatatgaaactatgaaccgttcaattattactagaatggagctagatccatccggaaattcacaacgtcttctatggtcagatacgaca 5853846  T
Q  215 cagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatat 314  Q
    || | |||||| ||| || |   ||||||||||||||| ||||||  ||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  5853847 caaatttgggaggctatatcttctcgtcctgcagaccaatgtgataattatgccttgtgcggtatcaactctaactgcaatagtaataactttccaacat 5853946  T
Q  315 gtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctcca 414  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| || |    
T  5853947 gtgaatgcttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccagagtgggagtcatcaaattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacaagtttaaattgtgtcta 5854046  T
Q  415 tgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagtt 450  Q
    || |||||| |||||||| ||| |||||||||||||    
T  5854047 tggagatgggtttttaccatacgcaaacatgaagtt 5854082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 12 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 5526468 - 5526024
Alignment:
Q  12 aattctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgc--agagtcttgaatttctcagtaatgttcactgac 109  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||  | | ||||||||  ||   ||||||||||||||||||||| | |||| ||||    
T  5526468 aattctgtatagaggaggaccatggaatggatttcttttcagtggttctccctggcaaagtttgtctagagtcttgaatttctcagtagttttcagtgac 5526369  T
Q  110 aaagaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagata 209  Q
    |||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||| ||| | ||||||||| | |||||| ||||||    
T  5526368 aaagaagtctcttatcaatatgaaactttgaacagttcaattaatactagactggtgctagattcaaacggaatttcacaacgtcttcaatggtcagata 5526269  T
Q  210 ggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttcc 309  Q
    ||||||| | |||||| ||| || |   |||||||| ||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||| |||||| || ||  ||||||    
T  5526268 ggacacaaacttgggaggctatatcttctcgtcctgtagaccagtgtgatccttatgacacttgtggtatcaattctaattgcaatgttgatatctttcc 5526169  T
Q  310 aatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgt 409  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| ||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  5526168 aatatgtaaatgcttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccagagtggcagttgtcaaattgggctagtgggtgtgtaaggaaaacacctttaaattgt 5526069  T
Q  410 ct---ccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 451  Q
    ||   | |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5526068 ctcgacgatggggatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 5526024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 5485392 - 5485062
Alignment:
Q  14 ttctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgc--agagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaa 111  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |  |||| |||||    
T  5485392 ttctatatagaggagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagactgcgtagagtcttgaatttctcagtagtagtcaccgacaa 5485293  T
Q  112 agaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagatagg 211  Q
    |||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||    
T  5485292 agaattctcttatcaatatgaaactttgaacagttcaattaatactagattggtgctagatccatatggaatgtcacaacgttttcaatggtcagatagg 5485193  T
Q  212 acacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaa 311  Q
    ||||| | |||||| ||| || |   ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    |   ||||||||    
T  5485192 acacaaatttgggaggctatatcttctcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgacttgtgtggtatcaattctaactgcaatggcgaaagctttccaa 5485093  T
Q  312 tatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaa 342  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5485092 tatgtgaatgcttggaaggtttcatgtcaaa 5485062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 384
Target Start/End: Original strand, 5848350 - 5848715
Alignment:
Q  21 tagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgcagagtct--tgaatttctcagtaatgttcactgacaaagaaatc 118  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||| | | ||||||||||||   | | | |  |||||| |||| |  |||| |||||||||||| ||    
T  5848350 tagaggagggtcgtggaatggatatcttttcactggagctacttggcaaagaaattataatatattgaattactcatttgtgttaactgacaaagaagtc 5848449  T
Q  119 tcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacaga 218  Q
     |||   |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||| |||||   ||||||||| | |||||| | |||  |||||| |    
T  5848450 acttttcaatatgaaactttaaacagtttaattattactagagttgtgctaaatccatatggaacttcacaacgtcttcaatggtcggatcagacacaaa 5848549  T
Q  219 attgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtga 318  Q
    |||||||   | |  | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5848550 attgggagattattactaatgctcctgcagaccagtgtgatgattatgccttgtgcggtatcaactctaactgcaatattaataactttccaatatgtga 5848649  T
Q  319 atgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtg 384  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||   ||||||||||||||||    
T  5848650 atgcttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaaatggaagtcattgaattggtctggtgggtg 5848715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 450
Target Start/End: Original strand, 5801940 - 5802384
Alignment:
Q  14 ttctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggca-----aag-----aatgcagagtcttgaatttctcagtaatgttc 103  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||     |||     |||  | |||| |||||||| ||||| | |||    
T  5801940 ttctgtatagaggagggtcatggaatggatttcttttcagtagtgtttcctggcattggcaagtaacaaat--aaagtcatgaatttcacagtagtcttc 5802037  T
Q  104 actgacaaagaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatgga 203  Q
    | |||||||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||  ||||||||| | ||| || | ||||| ||| | |||   ||||||||||| | ||||     
T  5802038 aatgacaaagaattctcttatgaataccaaaccgtgaacaagtcaattattgcaagaatgatactagatccatacggaaattcacaacgttttctatggt 5802137  T
Q  204 cagataggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatga 303  Q
    ||||||| ||||| | |||| | ||| || |   |||||| |||||||||||||||| |||| |||| || |||||||| || || ||||||||||||||    
T  5802138 cagatagcacacaaatttggaaggctatatcttctcgtccggcagaccagtgtgatgattattccttatgcggtatcaactcaaattgcaatattaatga 5802237  T
Q  304 ctttccaatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattga 403  Q
     |||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| | |      
T  5802238 atttccagtatgtgaatgcgtggaaggtttcatgccgaaatttgaactacagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtctgaggagaacaaaattg 5802337  T
Q  404 aattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagtt 450  Q
    ||||||||| |||  ||||| |||||   ||||||||||||||||||    
T  5802338 aattgtctcaatggtgatggctttttgaagtacacaaacatgaagtt 5802384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 12 - 385
Target Start/End: Original strand, 5827612 - 5827987
Alignment:
Q  12 aattctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgac 109  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||| | | ||  |||||||||||| |||| | ||||| |||||     
T  5827612 aattctgtatagaggtgggtcatggaatggatatcatttcaatggagtttcttggcaaatagttcatagagtcttgaattactcattcatgttaactgat 5827711  T
Q  110 aaagaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagata 209  Q
    |||||| |  ||||  |||||| ||| || ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||| ||||| |  || | |||||   |||| |||||     
T  5827712 aaagaagttacttatcaatatgcaacgtttaacagttcaatgattactagatttgtgctagatccatatggaattccaaaccgttttatatggtcagatc 5827811  T
Q  210 ggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttcc 309  Q
     || ||| |||||||  ||| || | | |||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||| || || || |||||||||||||| |||||    
T  5827812 agaaacaaaattgggtggctatatctagtcgtgctgtagaccagtgtgaagattatgccttttgtagtattaactcaaattgcaatattaatgattttcc 5827911  T
Q  310 aatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgt 385  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||  |||||||||||||||||    
T  5827912 agtatgtgaatgcttggaaggtttcatgccaaaatttcaaacaaaatggaagtcgtcgaattggtctggtgggtgt 5827987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 149 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 20344119 - 20343817
Alignment:
Q  149 attattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagataggacacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcag 248  Q
    |||||||||||| | ||||||||  || |||||    ||||||||||   |||| | ||| ||||||| |||||||| |||  ||| | |||||||  ||    
T  20344119 attattactagatttgtgctagatacatatggaactccacaacgttttatatggtcggattggacacaaaattgggaggctacagctactcgtcctatag 20344020  T
Q  249 accagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaatatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttca 348  Q
    |||||||||| |  ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  20344019 accagtgtgaagagtatgcctgttgtgggatcaactctaactgcaatattaatgaatctccaatttgtgaatgcttggaaggtttcacgccaaaatttca 20343920  T
Q  349 accaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaag 448  Q
    | |||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| | |||| |||| | |  ||||||||| ||| ||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  20343919 atcaaaatggaagtcatcggattggtctggcgggtgtctgaggagaacaaaattgaattgtctcaatggagatggatttttgaagtacacaaacatgaag 20343820  T
Q  449 ttg 451  Q
    |||    
T  20343819 ttg 20343817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 376 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 5485055 - 5484980
Alignment:
Q  376 tggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtctccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 451  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5485055 tggtgggtgtgtaaggaaaacgcatttaaattgtcccgatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagttg 5484980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 324; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 450
Target Start/End: Original strand, 25808738 - 25809176
Alignment:
Q  14 ttctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagaatgca--gagtcttgaatttctcagtaatgttcactgacaa 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  25808738 ttctgtatagagcagggtcatggaatggatttcttttcactggtgtttcttggcaaagagtgcatagagtcatgaatttctctgtaatattcactgacaa 25808837  T
Q  112 agaaatctcttacgaatatgaaaccttgaacagttcaattattactagagtggtgctagacccaaatggattatcacaacgtttacaatggacagatagg 211  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |    
T  25808838 agaaatctcttaccaatatgaaactttgagcagttcaattattactagagtcgtgctagacccaaatggaatatcacaacgcttacaatggacagataag 25808937  T
Q  212 acacagaattgggaagctttagcgaatcgtcctgcagaccagtgtgatgcttatgccttttgtggtatcaattctaactgcaatattaatgactttccaa 311  Q
    |||||| ||||||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25808938 acacaggattgggcggctttagccaaacgtcctgcagaccagtgtgatgcttataccttttgtggtatcaattctaactgcaatatgaatgactttccaa 25809037  T
Q  312 tatgtgaatgtttggaaggtttcatgccaaaatttcaaccaaagtgggagtcatcagattggtctggtgggtgtgtaaggaaaacacattgaaattgtct 411  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  25809038 tatgtgtatgtttggaaggtttcaggccaaaatttcaactgaagtgggaggcatcagattggtctggtgggtgcgtaaggaaaacacatttaaattgtct 25809137  T
Q  412 ccatgtagatggatttttaccgtacacaaacatgaagtt 450  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25809138 ccatggagatggatttttaccgtacacaaacatgaagtt 25809176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University