View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4294_high_2 (Length: 611)

Name: NF4294_high_2
Description: NF4294
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4294_high_2
NF4294_high_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-593)||(8524452-8525024)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (27-593)||(42125003-42125569)
chr5 (16-590)||(42130226-42130791)
chr5 (147-523)||(34230918-34231288)
chr5 (153-584)||(41711829-41712256)
chr5 (274-590)||(34238894-34239204)
chr5 (83-380)||(42118489-42118780)
chr5 (413-522)||(42118787-42118897)
chr5 (91-584)||(41570059-41570546)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (16-590)||(25521059-25521633)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (153-590)||(12249956-12250387)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (83-590)||(11119842-11120340)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 593
Target Start/End: Original strand, 8524452 - 8525024
Alignment:
Q  18 agaggtaagatgtgttaggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaactt 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |   ||||| |||| |  |||  |||||   ||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  8524452 agaggtaaggtgtgttaggttagaaaaagacattg---gaatttccccatggaattgacaatttgacagatccaagattctaagagaagtgttgcaactt 8524548  T
Q  118 aattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatc 217  Q
    ||||||| |||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8524549 aattctggaagttggccttgaagttcatcattaaatgacatatctagttcttgaatacctggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttccgcttaatc 8524648  T
Q  218 ctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaa 317  Q
     |||   | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8524649 ttgtctctgcaagattaagagtgaccaaagaggaagattggttgaatagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtatcatccaaaaa 8524748  T
Q  318 caactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgt 417  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||    
T  8524749 caactccctcaagtttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtgctctctttccaaactaaattgtattgataagacccagagagatgaagtgattgt 8524848  T
Q  418 aatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaat 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524849 aatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaggtaactatgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaat 8524948  T
Q  518 gaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgtt 593  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524949 gaaaataagagccagagaaatcattgttagcaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgtt 8525024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 262; Significance: 1e-146; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 27 - 593
Target Start/End: Original strand, 42125003 - 42125569
Alignment:
Q  27 atgtgttaggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaa 126  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||   ||||| ||||||| ||||| |||    | | || ||| |||||||||||||| || ||||| |||||||      
T  42125003 atgtgtgaggttagaaaaagacaaag---gaatttcccctttgaatgagcaacgtgaaaaatctaatattctaagagaagtactacaactcaattctggt 42125099  T
Q  127 agttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatc 226  Q
    ||||| |||| |||     ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||  ||     
T  42125100 agttgtccttcaaggttgtgattatatgacatatctaactcttgaatacttggtaaacaaagtaggcttcttttcagttttccagttaatcctgttgatt 42125199  T
Q  227 caaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccct 326  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  42125200 taagattaagagtaaccaaagaggaagattggttgaagagcaaagcaatggagtttggtcttattgaagacatatttgtattatccaaaaacagctccct 42125299  T
Q  327 caagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataa---taatgcccagatagatgaagtgattgtaatttg 423  Q
    ||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |  | ||||     ||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  42125300 caaatttgttgcattttgaacaaatctcttcaaggtcgtctctttccaaactaactgatcataaccggtatatccagagagatgaagtgattgtaatttg 42125399  T
Q  424 caaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaat 523  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  42125400 gaaaggtgtgagatttgaattggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgcaagactcataaacccaccaaacttagaatgaaaat 42125499  T
Q  524 aagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgtt 593  Q
     ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||| || | |||||| |||||||||||||||    
T  42125500 gagagtaagagaaatcattgttagaaaggttgagtgtttgaagatgaacaagattgaaaagggtactgtt 42125569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 590
Target Start/End: Original strand, 42130226 - 42130791
Alignment:
Q  16 agagaggtaagatgtgttaggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaac 115  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||   ||||| ||||||  |||| |||     ||| || || |||||||||||||||||| ||||    
T  42130226 agagaggtaagatgtgtgaggttagaaaaatacatag---gaatttccccttcgaatgcacatcctgacaaatctatgattctaagagaagtgctacaac 42130322  T
Q  116 ttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaa 215  Q
    | ||||||| |||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  42130323 tcaattctggaagttggccttgaagttcatcattatatgacatatctagctcttgaatacttgctaaacaaataaggcttcttttcagttttccgcttaa 42130422  T
Q  216 tcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaa 315  Q
    || |||  |   ||| |||||||| || |||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    ||||||    
T  42130423 tcttgtgtaatgaagattaagagtgactaaagataaagattggttgaggagcaaagcaatggagtttggtcttattgaagacatatctgtggagtccaaa 42130522  T
Q  316 aacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgatt 415  Q
    |||| ||| |  || | |||||  |||||||  || ||||||||||| ||||||||||||| |||   || |||||  |   |||| |||||||||||||    
T  42130523 aacagctctcgtaaatctgttgcattttgcaacagcctcttcaaggtagtctctttccaaattaa---gtcataatttt---cagagagatgaagtgatt 42130616  T
Q  416 gtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttga 515  Q
    |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||  ||||  |||||||||||||||||| ||||||  ||| |||| ||||||  |    
T  42130617 gtaatttggataggtgagagatttgagttggaatttcaccttctaagttactatcagacaagtcaagatgtgtaagactctgaaatccacaaaacttata 42130716  T
Q  516 atgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtact 590  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| | || | ||||||| |||||||||||    
T  42130717 atgaaaatgagagtcaaagaaatcattgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaacaagatgaaaaagggtact 42130791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 147 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 34231288 - 34230918
Alignment:
Q  147 attatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaa 246  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| |||||| |||||   |||   || ||| ||||||||||||| |    
T  34231288 attatatgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaagattgtctctctaagattaagagtaaccaga 34231189  T
Q  247 gaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgca 346  Q
    ||| ||||| | ||||| |||||    ||||||||||||||||   ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| ||  |||||| ||||||||    
T  34231188 gagaaagatcgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgca 34231089  T
Q  347 caagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttgg 446  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||      || || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||  ||    
T  34231088 caagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaactt------atcattcccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaagg 34230995  T
Q  447 aatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaat 523  Q
    ||||||| ||| |||||||| |  ||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  34230994 aatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaaacttagaatgaaaat 34230918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 153 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 41712256 - 41711829
Alignment:
Q  153 tgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaa 252  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| || |||| | |  |||| || ||||| ||||||||||||  | |||| |||||||| ||||||| ||||    
T  41712256 tgacatatctagttcttgaatgcctggtaagcagagaatgttatttttaaggtttccgcttaatcctgtatctgcaagattaagagtcaccaaagtggaa 41712157  T
Q  253 gattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagttt--gttgtgttttgcacaag 350  Q
    || || ||||| |||||| | |||||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||||||| |  |  || || | |  |||| |||||||| |||    
T  41712156 gaatgattgaagagcaaatccatggagtttggttttattgaagacatatctgtgtcatccaaaaatagtttgcttaaatattagttgcgttttgcataag 41712057  T
Q  351 tctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatt 450  Q
     || || |||||||| |||||||||||||| |       ||||| |  ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  41712056 cctatttaaggtggtttctttccaaactaattc------ataattctgagagagatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatt 41711963  T
Q  451 tcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaa 550  Q
    ||||||| |||| |||||  ||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||| | |||||| ||||| |||||    
T  41711962 tcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaaccgaccaaacttagaatgaaaatgggagtaagagaaatcattgtaagaaa 41711863  T
Q  551 ggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaag 584  Q
    |||||||| |||| | || | |||||||||||||    
T  41711862 ggttgagtgtttggagatgaacaagatggaaaag 41711829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 274 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 34239204 - 34238894
Alignment:
Q  274 atggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttcc 373  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| ||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34239204 atggagttatgtcttaaagaagacatatctgaataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctctttaaggtggtctctttcc 34239105  T
Q  374 aaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgaga 473  Q
    ||||||      | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||   ||    | ||  |||    
T  34239104 aaacta------actcataatgcccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtatgagatttgagaaggaatttcaccgccaacatgagtattaga 34239011  T
Q  474 caagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagca 573  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||  |||||||| |||| |||||| ||  || |||||  ||||||||||||||||||| |||| | || | ||    
T  34239010 caagtcaagatgtgtaagactcgtaaacctgccaaacttagaatcaaaataggaaccatagaaaccattgttagaaaggttgagtgtttggagatgaaca 34238911  T
Q  574 agatggaaaagggtact 590  Q
    | || ||||||||||||    
T  34238910 atattgaaaagggtact 34238894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 83 - 380
Target Start/End: Original strand, 42118489 - 42118780
Alignment:
Q  83 acagatttaagattctaagagaagt------gctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatact 176  Q
    |||||| ||||||||||||||||||      ||||||||| ||||||| | |||| |||| || | ||   ||| ||||||||||||| ||||  || ||    
T  42118489 acagatctaagattctaagagaagtagtattgctgcaactcaattctggatgttggccttcaaattca---ttaaatgacatatctagctcttccatgct 42118585  T
Q  177 tggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatg 276  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||   | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||                 
T  42118586 tggtaaacaaagtaggcttcttttcagttttccacttaatcctgtctctgcaagattaagagtaaccaaagaggaagattggttgaa------------- 42118672  T
Q  277 gagtttggtcttaatgaagac----aaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttc 372  Q
    ||||||||||||| |||||||    | || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||| |||||||||    
T  42118673 gagtttggtcttattgaagacatatatatttgtattatccaaaaacatctccctcaaatttgttgcattttgaacaaatctcttcaaggtcgtctctttc 42118772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 413 - 522
Target Start/End: Original strand, 42118787 - 42118897
Alignment:
Q  413 attgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaa-ctacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaact 511  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  42118787 attgtaatttggataagtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaaactatgagacaagtcaagatgtgtaagactcaaaaaaccaccaaact 42118886  T
Q  512 ttgaatgaaaa 522  Q
    | |||||||||    
T  42118887 tagaatgaaaa 42118897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 41570546 - 41570059
Alignment:
Q  91 aagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaa 190  Q
    |||||||||||||||||||| || || || |||| |||||| |||| |||   |  ||| | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  41570546 aagattctaagagaagtgctacagctcaaatctggaagttgaccttcaaggttatcattctttgacatatctagctcttgaatatttggtaaacaaagaa 41570447  T
Q  191 ggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaa 290  Q
     | |  |||||   ||||| |||||||||||   |  |||  ||||| ||| ||||||||||||||  ||||| | | ||   |   |||||||  | |     
T  41570446 tgttatttttccaatttccacttaatcctgttctttgaagactaagactaatcaaagaggaagatttattgaagatcgaattcaacaagtttgggttgat 41570347  T
Q  291 tgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataa 390  Q
    ||||| || |||||| | ||||||| | |||||   |||  |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| | || ||      
T  41570346 tgaagtcatatctgtttcatccaaatataactcttgcaaaattgttgcgttttgcacaagtctcttcaaagtggtttctttccaacttaactcgtcattt 41570247  T
Q  391 taatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacga-gacaagtcaagatgtgtg 489  Q
    | |      || ||| ||||||||  |||||   |||||| |||||||||||  |||| ||| |||| ||||  || |||| |||||||||||||||||     
T  41570246 tta------gaaagacgaagtgatgttaattgcaaaaggtatgagatttgaggaggaacttcgccttgaaagttac-acgaagacaagtcaagatgtgta 41570154  T
Q  490 agactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaag 584  Q
    ||||||  ||| ||||||||||  ||||| ||||  ||||  ||||||| ||||| |||||||||||||  ||| | || ||||||||| |||||    
T  41570153 agactcttaaatccaccaaactgagaatgcaaattggagttgaagaaatcattgtgagaaaggttgagtgattggagatgagcaagatgaaaaag 41570059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 16 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 25521633 - 25521059
Alignment:
Q  16 agagaggtaagatgtgttaggttagaaaaagacatagtatgaattgcccctttcaatgaacaataaaacagatttaagattctaagagaagtgctgcaac 115  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||  |||  ||||    ||| ||  || ||||||||||||||||| || |    
T  25521633 agagaggtaagatatgtaaggttagaaaaagacatagtaggaatttccccttcgaatccacaagctgacaaatccaatattctaagagaagtgctacagc 25521534  T
Q  116 ttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaa 215  Q
    | ||||| | |||||| ||||||||| ||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||    
T  25521533 tcaattccggaagttggccttgaagttcatcattaaatgacatatctatttcttgaatacttggtaaacaaagaatgctccttttgaattttcctcttaa 25521434  T
Q  216 tcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaa 315  Q
    ||||||  ||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||| |||||||    
T  25521433 tcctgttgatttaagatttagagtaaccaaagaggaagattggttgaaaagcaaagcaatggagtttggtcttatagaagacatatttgtataatccaaa 25521334  T
Q  316 aacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgatt 415  Q
    |||||||||   || |||||||  ||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||   |||  | ||| |||||| |||||||||||||    
T  25521333 aacaactcctgtaaatttgttgcattttgcaaaagcctctttaagatggtctctttccaaactaaaacataaccaaaatacccagaaagatgaagtgatt 25521234  T
Q  416 gtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttga 515  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |     
T  25521233 gtaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaattttacctttaaagaaactaccagacaagtaaagatgtgtaagactctgaaacccaccaaacttagc 25521134  T
Q  516 atgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtact 590  Q
    ||||||||  ||| ||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  25521133 atgaaaatgggagccagtgaaatcattgtaagaaaggttgagtttttgaatatgagcaagatggaaaagagtact 25521059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 153 - 590
Target Start/End: Original strand, 12249956 - 12250387
Alignment:
Q  153 tgacatatctagttcttgaatacttggtaaacaaagaaggcttcttttc-agttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagagga 251  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |  |||||||  | |||||| |||||| ||||  ||  ||| ||||||||||||||| ||||    
T  12249956 tgacatgtctagctcttgaatacttggcaaacaaaga-gcattcttttttaattttccacttaattctgttgatttaagattaagagtaaccaaatagga 12250054  T
Q  252 agattggttgaacagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagt 351  Q
    |||||  ||||| || |||   ||||||||| |||||| ||||||||  | ||| | ||  ||||| | ||||||||| |||||||  ||||||||||      
T  12250055 agatttattgaagagaaaatttatggagtttagtcttattgaagacatgtttgtttgatttaaaaatagctccctcaaatttgttgcattttgcacaaac 12250154  T
Q  352 ctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaattt 451  Q
    |||||||| ||||| ||   ||||| |||||       | ||| | | || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  12250155 ctcttcaacgtggtttccccccaaattaaatc------aaaattctcggagagatgaagtgattctaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaactt 12250248  T
Q  452 cacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaag 551  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||| ||||||||||  ||||   |||||| ||||  ||||||    
T  12250249 cacctttaaagaaactattagacaagtcaagatgtgtaagattaaagaatccaccaaacttagaatgaaaatgggagtttgagaaatcattggaagaaag 12250348  T
Q  552 gttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtact 590  Q
    ||||||| |||| | || |||||||| ||||||||||||    
T  12250349 gttgagtgtttggagatgagcaagatcgaaaagggtact 12250387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 9e-47; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 83 - 590
Target Start/End: Original strand, 11119842 - 11120340
Alignment:
Q  83 acagatttaagattctaagagaagtgctgcaacttaattctgaaagttgcccttgaagtccaagattatatgacatatctagttcttgaatacttggtaa 182  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||| ||      ||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11119842 acagatctaagattctaagagaaatgctgcaactcaattctggaagttggccttcaaagttgggattatccgacatatatagctcttgaatacttggtaa 11119941  T
Q  183 acaaagaaggcttcttttcagttttcctcttaatcctgtaaatccaaggttaagagtaaccaaagaggaagattggttgaacagcaaagcaatggagttt 282  Q
    |||||||| | |  ||||||  || || |||||| | ||   |  |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  11119942 acaaagaaagttatttttcaagttcccacttaattcagttgctttaagactaagtataaccaaagaggaagattggttgaagagcaaaggaaaggagttt 11120041  T
Q  283 ggtcttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaat 382  Q
    ||||||| |||||||| ||  ||  ||| |||||||| |||    || | |||||  |||||||  ||||| ||||||||| |||||||| ||||||| |    
T  11120042 ggtcttattgaagacatattagttctatacaaaaacagctcttgtaaatctgttgcattttgcagcagtctgttcaaggtgatctctttcaaaactaact 11120141  T
Q  383 tgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaag 482  Q
              || |||||| |||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| | || |  ||||  |||||||| |||    
T  11120142 c---------attcccagagagataaagggattgtaatttggaaagatatgagatttgagttggaatttcaccataaatgttactataagacaagtaaag 11120232  T
Q  483 atgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaa 582  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||  |||| |  |||||| |||||    |||||||||| |||| | || | |||||||||||    
T  11120233 atgtgtaagactctgaaacccaccaaacttagaatgaaaacgagagccggagaaattattgtatacaaggttgagtgtttggagatgaacaagatggaaa 11120332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University