View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4307-Insertion-22 (Length: 207)

Name: NF4307-Insertion-22
Description: NF4307
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4307-Insertion-22
NF4307-Insertion-22
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (6-207)||(31476628-31476829)
chr8 (6-207)||(31466782-31466983)
chr8 (6-207)||(31501992-31502193)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (7-178)||(9305213-9305384)
chr5 (7-178)||(9373613-9373784)
chr5 (7-207)||(9297380-9297580)
chr5 (7-178)||(9301595-9301766)
chr5 (46-175)||(9349112-9349241)
chr5 (7-175)||(9351742-9351910)
chr5 (7-175)||(9332014-9332182)
chr5 (22-178)||(9356491-9356647)
chr5 (46-179)||(9292812-9292945)
chr5 (49-173)||(9288283-9288407)
chr5 (7-175)||(9367710-9367878)
chr5 (91-207)||(9310054-9310170)
chr5 (7-74)||(9361033-9361100)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 6 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31476829 - 31476628
Alignment:
Q  6 cacacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatg 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31476829 cacacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatg 31476730  T
Q  106 ccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaatcacttgttgggttgatgccatgttga 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31476729 ccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaatcacttgttgggttgatgccatgttga 31476630  T
Q  206 ga 207  Q
    ||    
T  31476629 ga 31476628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 6 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31466983 - 31466782
Alignment:
Q  6 cacacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatg 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| || ||| | ||||||    
T  31466983 cacacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagacaagagtgaagggcttgaacattttccttgatttgaagaattgtatccttagtgatg 31466884  T
Q  106 ccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaatcacttgttgggttgatgccatgttga 205  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |  ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31466883 ccacaaatatccaaaattctcattgaactatccaacacctcttcaatgcatttctcacctctatggtgagaaatcacttgttgggttgatgccatgttga 31466784  T
Q  206 ga 207  Q
    ||    
T  31466783 ga 31466782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 6 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31502193 - 31501992
Alignment:
Q  6 cacacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatg 105  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| || ||||| ||||||    
T  31502193 cacacttatttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagacaagagtgaagggcttgaacattttccttgatttgaagaattgtatccctagtgatg 31502094  T
Q  106 ccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaatcacttgttgggttgatgccatgttga 205  Q
    ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |  ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31502093 ccacaaatatccaaaattctcattgaactatccaacacctcttcaatgcatttctcacctctatggtgagaaatcacttgttgggttgatgccatgttga 31501994  T
Q  206 ga 207  Q
    ||    
T  31501993 ga 31501992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 76; Significance: 2e-35; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 7 - 178
Target Start/End: Original strand, 9305213 - 9305384
Alignment:
Q  7 acacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgc 106  Q
    |||||| ||||||  |||||||| || ||| | || || |||||||||||||| | |||||||||||| ||  |||| || || ||||||||||| ||||    
T  9305213 acacttttttcaatgcttgaatctccctttttccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatagtgtcccttgtaatgc 9305312  T
Q  107 cacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaa 178  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  9305313 cacatatatccaacattttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaa 9305384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 7 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9373784 - 9373613
Alignment:
Q  7 acacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgc 106  Q
    |||||| ||||||  |||||||| || ||||| || || |||||||||||||| | |||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||    
T  9373784 acacttgtttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttgtgatgc 9373685  T
Q  107 cacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaa 178  Q
    |||| |||||||| | | |||  |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  9373684 cacagatatccaaaactttcactgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaa 9373613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 7 - 207
Target Start/End: Original strand, 9297380 - 9297580
Alignment:
Q  7 acacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgc 106  Q
    |||||| ||||||  |||||||| || ||||| || || |||||||||||||| | |||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||    
T  9297380 acacttgtttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacatggtgtcccttgtgatgc 9297479  T
Q  107 cacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaatcacttgttgggttgatgccatgttgag 206  Q
    |||| |||||||| | | |||  |||| |||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  | | ||| ||||||| |||||||||    
T  9297480 cacagatatccaaaactttcactgaaccatccaataattcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaatagccttttgtgttgatgacatgttgag 9297579  T
Q  207 a 207  Q
    |    
T  9297580 a 9297580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 7 - 178
Target Start/End: Original strand, 9301595 - 9301766
Alignment:
Q  7 acacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgc 106  Q
    |||||| ||||||  |||||||| || ||||| || || |||||||||||||| | |||||||||||| ||  | || || || ||||||||||| ||||    
T  9301595 acacttttttcaatgcttgaatctccctttctccttctaagagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatgtgtaacatagtgtcccttgtaatgc 9301694  T
Q  107 cacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaa 178  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  9301695 cacatatatccaacattttcattgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccatgatggtgagaaa 9301766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 46 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 9349241 - 9349112
Alignment:
Q  46 agagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaact 145  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||| ||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||  |||| |||||||||||    
T  9349241 agagaagactgaagtgattgaacattttcttttatttgtaacatggtgtcccttgtgatgccacatatatccaaaactttcaccgaaccatccaacaact 9349142  T
Q  146 cttccacacatttttcaccttgatggtgag 175  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  9349141 cttccacaaatttctcaccttgatggtgag 9349112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 7 - 175
Target Start/End: Original strand, 9351742 - 9351910
Alignment:
Q  7 acacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgc 106  Q
    |||||| ||||||  ||||| || || ||||| || || |||||||||||||  | |||||||||||| ||  |||| || ||| |||||||||||||||    
T  9351742 acacttttttcaatgcttgattctccctttctccttctaagagaagagtgaattgattgaacattttcgttaatttgtaacatgatgtcccttgtgatgc 9351841  T
Q  107 cacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgag 175  Q
    ||||||||||||| | | |||  |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  9351842 cacatatatccaaaactttcactgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgag 9351910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 7 - 175
Target Start/End: Original strand, 9332014 - 9332182
Alignment:
Q  7 acacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgc 106  Q
    |||||| ||||||  ||||| || || ||||| || || |||||||||||||  | ||||| |||||| ||  |||| || ||| |||||||||||||||    
T  9332014 acacttttttcaatgcttgattctccctttctccttctaagagaagagtgaattgattgaaaattttcgttaatttgtaacatgatgtcccttgtgatgc 9332113  T
Q  107 cacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgag 175  Q
    ||||||||||||| | | |||  |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  9332114 cacatatatccaaaactttcactgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgag 9332182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 22 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9356647 - 9356491
Alignment:
Q  22 cttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgccacatatatccaaga 121  Q
    |||||||| || ||||| || || |||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  9356647 cttgaatccccctttctccttctaagagcagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtagcatggtgtctcttgtgatgccacatatatctaaaa 9356548  T
Q  122 ttctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaa 178  Q
     | |||  |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  9356547 gtttcaccgaaccatccaacaactcttccacaaatttctcaccttgatggtgagaaa 9356491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 46 - 179
Target Start/End: Original strand, 9292812 - 9292945
Alignment:
Q  46 agagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaact 145  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||  |||| || | | ||||||| ||||||||||| |||||||| | | |||| |||| ||||| |||||    
T  9292812 agagaagagtgaagtgattgaacattttctttaatttgtaacacgatgtccctggtgatgccacagatatccaaaactttcattgaaccatccagcaact 9292911  T
Q  146 cttccacacatttttcaccttgatggtgagaaat 179  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  9292912 cttccacaaatttctcaccctgatggtgagaaat 9292945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 49 - 173
Target Start/End: Original strand, 9288283 - 9288407
Alignment:
Q  49 gaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactctt 148  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||  | || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | | |||  |||| ||||||||||||||    
T  9288283 gaagagtgaagggattgaacattttctttaatctgtaacatggtgtcccttgtgatgccacagatatccaaaactttcactgaaccatccaacaactctt 9288382  T
Q  149 ccacacatttttcaccttgatggtg 173  Q
    | ||| |||| |||||| |||||||    
T  9288383 cgacaaatttctcacctcgatggtg 9288407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 7 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 9367878 - 9367710
Alignment:
Q  7 acacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttccttggtttgcaaaatggtgtcccttgtgatgc 106  Q
    |||||| ||||||  ||||||||  | ||||| || || |||| ||||||||| | |||||||||||| ||  ||||  | | |||||||||||||||||    
T  9367878 acacttttttcaatgcttgaatctgcctttctccttctaagagcagagtgaagtgtttgaacattttctttaatttgtgacacggtgtcccttgtgatgc 9367779  T
Q  107 cacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgag 175  Q
    | || |||||||| ||| |||  |||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||    
T  9367778 cgcagatatccaaaattttcactgaaccatccaacaactcttcaacaaatttctcaccttgacggtgag 9367710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 91 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 9310170 - 9310054
Alignment:
Q  91 gtgtcccttgtgatgccacatatatccaagattctcatagaactatccaacaactcttccacacatttttcaccttgatggtgagaaatcacttgttggg 190  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | | |||  |||| ||||||||| ||||| ||| |||| || || ||||||||||||||  | | ||| |    
T  9310170 gtgtcccttgtgatgccacaaatatccaaaactttcactgaaccatccaacaattcttcgacaaatttctcgccatgatggtgagaaatagccttttgtg 9310071  T
Q  191 ttgatgccatgttgaga 207  Q
    |||||| ||||||||||    
T  9310070 ttgatgacatgttgaga 9310054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 9361100 - 9361033
Alignment:
Q  7 acacttctttcaacacttgaatcaccttttcttctccttagagaagagtgaagggcttgaacattttc 74  Q
    |||||| ||||||  |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  9361100 acacttttttcaatgcttgaatctccttttctccttctaagagaagagtgaagtgtttgaacattttc 9361033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University