View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4315_low_1 (Length: 729)

Name: NF4315_low_1
Description: NF4315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4315_low_1
NF4315_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-729)||(35340097-35340813)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 673; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 673; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 729
Target Start/End: Original strand, 35340097 - 35340813
Alignment:
Q  14 agaggtaaggttagttaaatcttgaaatccatttggaatagtgccattgagataattgatagagagatcaagctcagtcaagtttttcaatgtggtgaat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35340097 agaggtaaggttagttaaatcttgaaatccattaggaatagtgccattgagataattgatagagagatcaagctcagtcaagtttttcaatgtggtgaat 35340196  T
Q  114 tcatttggaatcacgccggttaacttgttctgaaagagatgaagcagccgcaagccttttatattaactaactcgatcggtatctctcctgtaagaagat 213  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35340197 tcatttggaatcacaccggttaacttgttctgaaagagatgaagcagccgcaagccttttatattaaccaactcgatcggtatctctcctgtaagaagat 35340296  T
Q  214 tctctgaaaaatcaatctcaattgcaacagaaaggtttccaatctcccttggaatatttcctgtcaactcattcctgtaaagg-tatagcttctttagga 312  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  35340297 tctctgaaaaatcaatttcaattgcaacagaaaggtttccaatctcccttggaatattacctgtcaactcattcctgtaaagggtatagtttctttagga 35340396  T
Q  313 cttcaaggtttccaagctcctttggaattgatcccacaagcttgttctgataaagagcaagaatctccaaatttgtacagtttccaagctctttaggtat 412  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35340397 catcaaggtttccaagctcctttggaattgatcccacaagcttgttctgataaagagcaagaatctccaaatttgtacagtttccaagctctttaggtat 35340496  T
Q  413 accaccatgaagattattttccctaaggaccaaacattgcaagttcttgagtaacccaagttcttttggtatttcaccacttatctgattttgagtcaaa 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35340497 accaccatgaagattattttccctaaggaccaaacattgcaagttcttgagtaacccaagttcttttggtatttcaccacttatctgattttgagtcaaa 35340596  T
Q  513 ccaagatactccaagctttcacatccacctatctcttgaggtagacttcctgagatcatattctgtccggctctaaaccggatcaattttttaaggttcc 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35340597 ccaagatactccaagctttcacatccacctatctcttgaggtagacttcctgagatcatattctgtccggctctaaaccggatcaatcttttaaggttcc 35340696  T
Q  613 cgatagaaggcggaaaaggtccaatgagatgattggtgtatagagtaactattgagagtgaagaaaggttaccaattgcatctggtaaaggtccagagag 712  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35340697 cgatagaaggcggaaaaggtccactgagatgattggtgtatagagtaactattgagagtgaagaaaggttaccaattgcatctggtaaaggtccagagag 35340796  T
Q  713 ctggttgtttgaaagat 729  Q
    |||||||||||||||||    
T  35340797 ctggttgtttgaaagat 35340813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University