View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4324_high_1 (Length: 1480)

Name: NF4324_high_1
Description: NF4324
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4324_high_1
NF4324_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-1462)||(43365261-43366708)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1343; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1462
Target Start/End: Original strand, 43365261 - 43366708
Alignment:
Q  12 aacctgtgtaatgcaattaaatgttattcaatcatatggcatcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaatt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365261 aacctgtgtaatgcaattaaatgttattcaatcatatggcatcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaatt 43365360  T
Q  112 ttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagcttccaattagggacctttaatgaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365361 ttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagcttccaattagggacctttaattaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacg 43365460  T
Q  212 accctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacgcactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365461 accctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacgcactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatg 43365560  T
Q  312 tcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaataattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtac 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365561 tcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaataattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtac 43365660  T
Q  412 aatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatgtgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365661 aatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatgtgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtc 43365760  T
Q  512 tttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaagagtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatct 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365761 tttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaagagtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatct 43365860  T
Q  612 gtattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaa 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365861 gtattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaa 43365960  T
Q  712 ttgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcaatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatactttt 811  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365961 ttgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcgatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatactttt 43366060  T
Q  812 ttgcaaatgaccacggtcccactctatgaaataaagttatagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgca 911  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366061 ttgcaaatgaccagggtcccactctatgaaataaagttatagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgca 43366160  T
Q  912 attatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaacaatttggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctc 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366161 attatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaaaaaattggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctc 43366260  T
Q  1012 actgaactccttccttta----tatttatttgatcaaaaggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgtt 1107  Q
    ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366261 actgaactccttcctttatatttatttatttgatcaaaaggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgtt 43366360  T
Q  1108 ctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaataca 1207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366361 ctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaataca 43366460  T
Q  1208 ctcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaaggactagctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcattactgcaggcagaga 1307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43366461 ctcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaagga----ctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcataactgcaggcagaga 43366556  T
Q  1308 aaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgtaagtaccttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaacataacaa 1407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366557 aaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgtaagtaccttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaacataacaa 43366656  T
Q  1408 aaaatgcatnnnnnnngaaggtgagaacattgtttgattaccggaatgtgaaatg 1462  Q
    |||||| ||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366657 aaaatgaataaaaa---aaggtgagaacattgtttgattaccggaatgtgaaatg 43366708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University