View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4324_low_3 (Length: 947)

Name: NF4324_low_3
Description: NF4324
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4324_low_3
NF4324_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-928)||(30538633-30539546)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 781; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 781; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 928
Target Start/End: Original strand, 30538633 - 30539546
Alignment:
Q  18 gaaacagctatgatcagagatttcatcatatactgctacaaattgatgttgaaaatttaagcacctgaaaacacatgaaaaccaaggatcatcatatact 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  30538633 gaaacagctataatcagagatttcatcatatactgttacaaattgatgttgaaaatttaagcacctgaaaacacatgaaaacctaggatcatcat-tact 30538731  T
Q  118 tgcatcatgaaatttggaaaattagcannnnnnnncttaacagaaacaaaaactaattcaaagaaaggaaagggaaatcttacagtgattctgagtagta 217  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30538732 tgcagcatgaaatttggaaacctagcattttttttcttaacagaaacaaaaactaattcaaagaaaggaaagggaaatcttacagtgattctgagtagta 30538831  T
Q  218 ttgtgatgtatgaggatgaacatagatacaatcttcaaacattgaaatgtatttgtacatcataagcaataatgcaaactttgttcattttaactgttca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30538832 ttgtgatgtatgaggatgaacatagatacaatcttcaaacactgaaatgtatttgtacatcataagcaataatgcaaactttgttcattttaactattca 30538931  T
Q  318 caacttcactttcaacactattcaggtaaatgatctagtttgaaatatatgtaaaagaccaagaccaagaagaaagatcatagaattgatattcataaga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30538932 caacttcactttcaacactattcaggtaaatgatctagtttgaaatatatgtaaaagaccaagaccaagaagaaagatcatagaattgataatcataaga 30539031  T
Q  418 aaatggaaaatgtgtaaagcaactttttgaaaattaggcacttgtaatcataaagagtttgacatgaaga----aggtctaccttcaattttgtctgtcc 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||||||||||    
T  30539032 aaatggaaaatgtgtaaagcaactttttgaaaattaggcacttgtaatcataaagagtttgacatgaagaagccaggtctcccttcaattttgtctgtcc 30539131  T
Q  514 ataaccaatgatgtgtcaaattgcccatttggcatgcttttaatggaaagcatgtataagnnnnnnncttctatttttcaataaaaaagagcatacataa 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30539132 ataaccaatgatgtgtcaaattgcccatttggcatgcttttaatggaaagcatgtataagtttttttcttctatttttcaataaaaaagagcatacataa 30539231  T
Q  614 gttggtgaatagataaaatagatttgggttcttatacatcaagtgtgtgacaaactaactgattttgacggtttgattttaaatcaatgatttaaatgat 713  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30539232 gttggtgaatagataaaatagatttgggttcttatacattaaatgtgtgacaaactaactgattttgacggtttgattttaaatcaatgatttaaatgat 30539331  T
Q  714 ttagtgaaaacgtaatttgaccgatcttaaatcaggaccggttcaatagtaaggcaactaaaatcgtcgctttagacctaccaacaaaaacttatttttt 813  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30539332 ttaatgaaaacgtaatttgaccgatcttaaatcaggaccggttcaatagtaaggcaactaaaatcgtcgctttagacctaccaacaaaaacttatttttt 30539431  T
Q  814 gattaaataatgcatgtaaatgtttgtatttgtaaatacatggaattctgatcatgataaaacctaccaaaaatgtaatctctaactattttgtgtgtga 913  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  30539432 gattaaataatacatgtaaatgtttgtatttgtaaatacatggaattctgatcatgataaaacctaccaaatatgtaatctctaactattttatgtgtga 30539531  T
Q  914 aaacacttggacttt 928  Q
    |||||||||||||||    
T  30539532 aaacacttggacttt 30539546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University