View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4325_low_2 (Length: 851)
Name: NF4325_low_2
Description: NF4325
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4325_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 789; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 789; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 839
Target Start/End: Original strand, 42474938 - 42475769
Alignment:
| Q |
1 |
agtacagttgaatgttcatttctgacagagtacaacttacctatggaatattacaagtgcatcattacagtcaaatattcatcatccttagttttggaaa |
100 |
Q |
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| T |
42474938 |
agtacagttgaatgttcatttctgacagagtacaacttacctatggaatattacaagtgcatcattacagtcaaatattcatcatccttagttttggaaa |
42475037 |
T |
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| Q |
101 |
tgaaaaatggtcaaagttagaggttaaacttgaactacgaatatttgggtgcgtgcatgtatttatttaaacgtaatacacgagtcatattaaatgaggg |
200 |
Q |
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| T |
42475038 |
tgaaaaatggtcaaagttagaggttaaacttgaactacgaatatttgggtgcgtgcatgtatttatttaaacgtaatacacgagtcatattaaatgaggg |
42475137 |
T |
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| Q |
201 |
cactagtttgttgtgagaatgggtgaagtgaccatcatagtccatggacaaagtcctgtgtgtgcattagattccataatcttgattaaagttaaatact |
300 |
Q |
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| T |
42475138 |
cacttgtttgttgtgagaatgggtgaagtgaccatcatag-------acaaagtcctgtgtgtgcattagaatccataatcttgattaaagttaaatact |
42475230 |
T |
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| Q |
301 |
aatttatagaaacttgatattttttatgaaaagttgggtgtgaaaattgtcaactgtaagctttgcattataccttgttacctaactcatattacaactg |
400 |
Q |
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| T |
42475231 |
aatttatacaaacttgatattttttatgaaaagttgggtgtgaaaattgtcaactgtaagctttgcattataccttgttacctaactcatattacaactg |
42475330 |
T |
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| Q |
401 |
gattttacttgcaaaatctgtttgtaagtgaatcattttgatagaatgcccctgggagctttgataaaaacccaaatacctccattcctgatagctcaaa |
500 |
Q |
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| T |
42475331 |
gattttacttgcaaaacctgtttgtaagtgaatcattttgatagaatgcccctgggagctttgataaaaacccaaatacctccattcctgatagctcgaa |
42475430 |
T |
|
| Q |
501 |
aagctagttgggacatgttgcctatttttataatgcattaaaagctcagtgctgaaccgatatatgattgctaaatgattatttagctgtttgttaaaca |
600 |
Q |
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| T |
42475431 |
aagctagttgggacatgttgcctatttttataatgcattaaaagctcagtgctgaaccgatatatgattgctaaatgattatttagctgtttgttaaaca |
42475530 |
T |
|
| Q |
601 |
tgttgcctgtttgatcatttgtttgataaatatgttgatgatcatttattcatttatatcttattttcaaatgaggattggggaaattgatcttggtttt |
700 |
Q |
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| T |
42475531 |
tgttgcctgtttgatcatttgtttgataaatatgttgatgatcatttattcatttatatcttattttcaaatgaggattggggaaattgatcttggtttt |
42475630 |
T |
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| Q |
701 |
gtcaaattgaaatagacatttgagcattgtaaaattttctctgctttgtcatatatggaggaagatcattgttgaacaagatatctatgtttgaatgcag |
800 |
Q |
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| T |
42475631 |
gtcaaattgaaatagacatttgagcattgtaaaattttctctgctttgtcgtatatggaggaagatcattgttgaacaagatatctatgtttgaatgcag |
42475730 |
T |
|
| Q |
801 |
cattttgattcagcaagtggatatttcatctcacaggtt |
839 |
Q |
| |
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| T |
42475731 |
cattttgattcagcaagtggatatttcatctcacaggtt |
42475769 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 42480439 - 42480781
Alignment:
| Q |
1 |
agtacagttgaatgttcatttctgacagagtacaacttacctatggaatattacaagtgcatcattacagtcaaatattcatcatccttagttttggaaa |
100 |
Q |
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| T |
42480439 |
agtacagttgaatgtgcatttctgacagagtacaattttgctatggaatattaaaagtgcatcattacagtcaaatgttcatgatccttagttttggaaa |
42480538 |
T |
|
| Q |
101 |
tgaaaaatggtcaaagttagaggttaaacttgaactac-gaatatttgggtgcgtgcatgtatttatttaaacgtaatacacgagtcatattaaatgagg |
199 |
Q |
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| T |
42480539 |
tgaaaaatggtcagagttagaggttaaacttaaactacagtata-ttgtgtgcgttcatatatttatttacacatgatacactagtcatattaaacgaga |
42480637 |
T |
|
| Q |
200 |
gcactagtttgttgtgagaatgggtgaagtgaccatcatagtccatggacaaagtcctgtgtgtgcattagattccataatcttgattaaagttaaatac |
299 |
Q |
| |
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| T |
42480638 |
gcactagtttgttgtgaaaattggtgaagtgaccatcatag---------aaagtcatgtgtgtgcatcagaatccataatctcgattgaagttaaatac |
42480728 |
T |
|
| Q |
300 |
taatttatagaaacttgatat--tttttatgaaaagttgggtgtgaaaattgt |
350 |
Q |
| |
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||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
42480729 |
taatttatacaaacttaatattgtttttataaaaagttgggtgtgaaagttgt |
42480781 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 752 - 839
Target Start/End: Original strand, 42468267 - 42468353
Alignment:
| Q |
752 |
tatatggaggaagatcattgttgaacaagatatctatgtttgaatgcagcattttgattcagcaagtggatatttcatctcacaggtt |
839 |
Q |
| |
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| T |
42468267 |
tatatggagaaagatcattgtctaacaagatatctatatttgaatgcagcattttgattc-gtaagtggatatttcatctcacaggtt |
42468353 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 561 - 699
Target Start/End: Original strand, 42480885 - 42481016
Alignment:
| Q |
561 |
tatatgattgctaaatgattatttagctgtttgttaaacatgttgcctgtttgatc-atttgtttgataaatatgttgatgatcatttattcatttatat |
659 |
Q |
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|
| T |
42480885 |
tatatgattgctaaatcgttatttagctgtttgttaaacatgttgcctgtttgatcaaatggttggatcaatctgttga-------ttatt-atttatat |
42480976 |
T |
|
| Q |
660 |
cttattttcaaatgaggattggggaaattgatcttggttt |
699 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| |
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| T |
42480977 |
cttattttcaaatgagggcttgggaaattgatctttgttt |
42481016 |
T |
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