View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4329_low_2 (Length: 769)

Name: NF4329_low_2
Description: NF4329
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4329_low_2
NF4329_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (16-765)||(42216870-42217620)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 686; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 686; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 42217620 - 42216870
Alignment:
Q  16 taaacaggtatttgggttgattgccccagtttcaatgatgaggggtttggacctcccccacgtagatggaaaggcaagtgtgtacagggaggcaacttca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217620 taaacaggtatttgggttgattgccccagtttcaatgatgaggggtttggacctcccccacgtagatggaaaggcaagtgtgtacagggaggcaacttca 42217521  T
Q  116 caggctgcaacaagtattcttctactcctatatgccttcactcataatcccaacaccatacaaataatataagtataacttaattctttcaacnnnnnnn 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  42217520 caggctgcaacaagtattcttctactcctatatgcattcactcataatcccaacaccatacaaataatataagtataacttaattctttcaataaataaa 42217421  T
Q  216 ta-taaagtataatttgtttatacatataaattggttttcagttcacttcaaaataattgaaagtaagaaaatgacaagacattgaatgattggatgtcg 314  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217420 aaataaagtataatttgtttatacatataaattggttttcagttcacttcaaaataattgaaagtaagaaaatgacaagacattgaatgattggatgtcg 42217321  T
Q  315 gttatcataccaacaagactctaagccgtaagagtgttcactaaaaagtgatgctgattgaaactatatatatttaaatgtcattattagcagcctaacc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42217320 gttatcataccaacaagactctaagccgtaagagtgttcactaaaaagtgatgctgattgaaactatatatatttaaatgtcattattagcagactaacc 42217221  T
Q  415 caaagtagagagatattgcactgcatagtgcatacaaatgcaaggttgatttgatttaaacttgttttcttgtgcagcaaggtgataggagcaaaatact 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217220 caaagtagagagatattgcactgcatagtgcatacaaatgcaaggttgatttgatttaaacttgttttcttgtgcagcaaggtgataggagcaaaatact 42217121  T
Q  515 tcaacctcgacccatctggtccaaccatcgagaacccaagtccggttgatgatcagggccatggcactcacacttcgtcgacagcggctggatcagtggt 614  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42217120 tcaacctcgacccatctggtccaaccatcgagaacccaagtccggtggatgatcagggccatggcactcacacttcgtcgacagcagctggatcagtggt 42217021  T
Q  615 gaggggtgcaagtctttatggcattggtaaaggcaatgcccgtggcggtgtcccatcagcacgtattgcaatgtataaagtttgttggaccattgggtgc 714  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42217020 gagaggtgcaagtctttatggcattggtaaaggcaatgcccgtggcggtgtcccatcagcacgcattgcaatgtataaagtttgttggaccattgggtgc 42216921  T
Q  715 agtgacatggacatgcttgctggctttgatgaggccattgctgatgatgtc 765  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42216920 agtgacatggacatgcttgctggctttgatgaggccattgctgatggtgtc 42216870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University