View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4332_high_3 (Length: 476)
Name: NF4332_high_3
Description: NF4332
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4332_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 467
Target Start/End: Original strand, 40310602 - 40311058
Alignment:
| Q |
1 |
ataataacatatgttacttaccagaaccttggtctagggtgagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatg |
100 |
Q |
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| T |
40310602 |
ataataacataagttacttaccagagccttggtctagggtaagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatg |
40310701 |
T |
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| Q |
101 |
aaagtcttgattaaaagttgctggtcgtccccaaacatatacacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaag |
200 |
Q |
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| T |
40310702 |
aaaatcttgattaaaagttgctggtcttccccaaaca---------gatgatacgacaatccacaataacaacataaaaaagacaccattgtttttaaag |
40310792 |
T |
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| Q |
201 |
gggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaatatattggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatac |
300 |
Q |
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| T |
40310793 |
gggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaatatataggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaacgagagtagtgtccaatatttatac |
40310892 |
T |
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| Q |
301 |
atgagaatttggaaaggaaaaagaagagaataatctacccagtttattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagc |
400 |
Q |
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| T |
40310893 |
atgagaatttggaaaggaaaaagaaaagaataatc-aatcagttcattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagc |
40310991 |
T |
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| Q |
401 |
taagggcttgaagtcattaggacctacctaagcagtttgtcctctgcttggcccctttaatcctttg |
467 |
Q |
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| T |
40310992 |
taagggcttgaagtcattaggacctacctaagcagtttgtcctctgcttggcccctttaatcctttg |
40311058 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 467
Target Start/End: Original strand, 40320678 - 40321134
Alignment:
| Q |
1 |
ataataacatatgttacttaccagaaccttggtctagggtgagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatg |
100 |
Q |
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| T |
40320678 |
ataataacataagttacttaccagagccttggtctagggtaagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatg |
40320777 |
T |
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| Q |
101 |
aaagtcttgattaaaagttgctggtcgtccccaaacatatacacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaag |
200 |
Q |
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| T |
40320778 |
aaaatcttgattaaaagttgctggtcttccccaaaca---------gatgatacgacaatccacaataacaacataaaaaagacaccattgtttttaaag |
40320868 |
T |
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| Q |
201 |
gggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaatatattggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatac |
300 |
Q |
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| T |
40320869 |
gggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaatatataggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaacgagagtagtgtccaatatttatac |
40320968 |
T |
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| Q |
301 |
atgagaatttggaaaggaaaaagaagagaataatctacccagtttattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagc |
400 |
Q |
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| T |
40320969 |
atgagaatttggaaaggaaaaagaaaagaataatc-aatcagttcattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacattgctttctatacagc |
40321067 |
T |
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| Q |
401 |
taagggcttgaagtcattaggacctacctaagcagtttgtcctctgcttggcccctttaatcctttg |
467 |
Q |
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| T |
40321068 |
taagggcttgaagtcattaggacctacctaagcagtttgtcctctgcttggcccctttaatcctttg |
40321134 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 9 - 431
Target Start/End: Original strand, 40313586 - 40314002
Alignment:
| Q |
9 |
atatgttacttaccagaaccttggtctagggtgagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatgaaagtctt |
108 |
Q |
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| T |
40313586 |
atatgttgcttacaagagccttggtctagggtaagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatgaaagtctt |
40313685 |
T |
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| Q |
109 |
gattaaaagttgctggtcgtccccaaacatatacacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaggggtaaaa |
208 |
Q |
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| T |
40313686 |
gattaaaagttgctggtcttccccaaaca---------gatgatacgacaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaagggtaaaa |
40313776 |
T |
|
| Q |
209 |
tatggccatggatgtgtattacgtaatgtaatatattggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaat |
308 |
Q |
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| T |
40313777 |
tatggtcatggttgtgtattacgtaatgtaatatataggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaat |
40313876 |
T |
|
| Q |
309 |
ttggaaaggaaaaagaagagaataatctacccagtttattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataac----attgctttctatacagctaag |
404 |
Q |
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| T |
40313877 |
ttggaaaggaaaacgaagagaataatc-aatcagttcattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacatatattgctttctatacagctaag |
40313975 |
T |
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| Q |
405 |
ggcttgaagtcattaggacctacctaa |
431 |
Q |
| |
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| T |
40313976 |
tgcttgccgaccttaggacctacctaa |
40314002 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 9 - 431
Target Start/End: Original strand, 40323662 - 40324078
Alignment:
| Q |
9 |
atatgttacttaccagaaccttggtctagggtgagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatgaaagtctt |
108 |
Q |
| |
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| T |
40323662 |
atatgttgcttacaagagccttggtctagggtaagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatgaaagtctt |
40323761 |
T |
|
| Q |
109 |
gattaaaagttgctggtcgtccccaaacatatacacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaggggtaaaa |
208 |
Q |
| |
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| T |
40323762 |
gattaaaagttgctggtcttccccaaaca---------gatgatacgacaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaaagggtaaaa |
40323852 |
T |
|
| Q |
209 |
tatggccatggatgtgtattacgtaatgtaatatattggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaat |
308 |
Q |
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| T |
40323853 |
tatggtcatggttgtgtattacgtaatgtaatatataggaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtcctatatttatacatgagaat |
40323952 |
T |
|
| Q |
309 |
ttggaaaggaaaaagaagagaataatctacccagtttattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataac----attgctttctatacagctaag |
404 |
Q |
| |
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| T |
40323953 |
ttggaaaggaaaacgaagagaataatc-aatcagttcattgtctcattgaaatggaagatgttaaaacatataacatatattgctttctatacagctaag |
40324051 |
T |
|
| Q |
405 |
ggcttgaagtcattaggacctacctaa |
431 |
Q |
| |
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| T |
40324052 |
tgcttgccgaccttaggacctacctaa |
40324078 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Original strand, 40330144 - 40330627
Alignment:
| Q |
1 |
ataataacatatgttacttaccagaaccttggtctagggtgagttggatagtcctgccttgatcaatttgcttgatatggggctcagaccacgtgacatg |
100 |
Q |
| |
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|
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| T |
40330144 |
ataataacataagttacttaccagagccttggtctagggtaagttggatagttctgccttgatcaatttgcttgatatggggttctgaccacgtgacatg |
40330243 |
T |
|
| Q |
101 |
aaagtcttgattaaaagttgctggtcgtccccaaa-catatacacatgatgatacgagaatccacaataacaacataaaaaagataccattgtttttaaa |
199 |
Q |
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| T |
40330244 |
aaaatcttgattaaaagttgctggtcttccccaaaccaaaaacac---atgataagagaatccacatcaacaatataaaaaagacactattgtgtttaaa |
40330340 |
T |
|
| Q |
200 |
ggggtaaaatatggccatggatgtgtattacgtaatgtaatatat---tg--------gaagaaaatatttgattgtgcaatgtaaatgagcatagtgtc |
288 |
Q |
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| T |
40330341 |
aggggaaaatatggccatggat-tgtataatattgtgtattatatgaatgtgtttgatgaagaaaatatttgattgtggaatggaaatgagagtagggt- |
40330438 |
T |
|
| Q |
289 |
ctatatttatacatgagaatttggaa---------------aggaaaaagaagagaataatctacccagtttattgtctcattgaaatggaagatgttaa |
373 |
Q |
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| T |
40330439 |
ctatatatatacatgaagttttggaaagaaaattaagggaaaggaaaaagaagagaataat-aaatcagttcattgtccaattaaaatggaagatgttaa |
40330537 |
T |
|
| Q |
374 |
aacatataacattgctttctatacagctaagggcttgaagtcattaggacctacctaagcagt-----ttgtcctctgcttggccccttt |
458 |
Q |
| |
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|
|
| T |
40330538 |
aacatataacattgctttctatacagctaagggtttgccgtcatttggacctacctaaacagtttgtcttgtcctctgcttggccccttt |
40330627 |
T |
|
Back To:
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