View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4343_low_4 (Length: 280)

Name: NF4343_low_4
Description: NF4343
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4343_low_4
NF4343_low_4
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (6-265)||(9101174-9101433)
chr3 (6-263)||(9026100-9026357)
chr3 (5-265)||(9029058-9029318)
chr3 (6-265)||(8746900-8747159)
chr3 (6-265)||(9034566-9034825)
chr3 (6-236)||(9023396-9023626)
chr3 (65-253)||(9015428-9015615)
chr3 (78-208)||(9108812-9108942)
chr3 (57-202)||(8957118-8957263)
chr3 (56-192)||(8965272-8965408)
chr3 (62-192)||(8962563-8962693)
chr3 (62-238)||(9019290-9019466)
chr3 (60-202)||(8755581-8755723)
chr3 (71-198)||(9112118-9112245)
chr3 (55-192)||(8988340-8988477)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 6 - 265
Target Start/End: Original strand, 9101174 - 9101433
Alignment:
Q  6 catcatcagctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcacc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9101174 catcatcagctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcacc 9101273  T
Q  106 aggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaa 205  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9101274 aggccctgatgctggagctgctggttctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaa 9101373  T
Q  206 catgatgattgcacttattttcttgtggatttcatgtaagtagacaagtaatattgactt 265  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9101374 catgatgattgcacttattttcttgtggatttcatgtaagtagacaagtaatattgactt 9101433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 263
Target Start/End: Original strand, 9026100 - 9026357
Alignment:
Q  6 catcatcagctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcacc 105  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||    
T  9026100 catcatcagctatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagatcttagtccttcgttggctccagcacc 9026199  T
Q  106 aggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaa 205  Q
    |||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  9026200 aggttctgatgctggagttgctggatctgttacaagttcagtggcaatgatcggagtttcagttgtattgtcaatgatcgccatcttcaaacactaaaaa 9026299  T
Q  206 catgatgattgcacttattttcttgtggatttcatgtaagtagacaagtaatattgac 263  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9026300 cataatgattccacttattttcttgtggatttcatggaagtagacaagtaatattgac 9026357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 5 - 265
Target Start/End: Original strand, 9029058 - 9029318
Alignment:
Q  5 acatcatcagctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcac 104  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  9029058 acatcatcaactatgaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccagcac 9029157  T
Q  105 caggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaa 204  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9029158 caggtcctgatgctggagctgctggatctattacaagttcagcggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaa 9029257  T
Q  205 acatgat-gattgcacttattttcttgtggatttcatgtaagtagacaagtaatattgactt 265  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  9029258 acatgatggattccacttattttcttgtggatttcatg-gagtaggcaagtaatattgactt 9029318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 6 - 265
Target Start/End: Original strand, 8746900 - 8747159
Alignment:
Q  6 catcatcagctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcacc 105  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8746900 catcctcagctatgaagttcttctccttctttttcgtcttcatcttcgccgccaccctggcctctgcccaagacctcagtccctcgttggctccagcacc 8746999  T
Q  106 aggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaa 205  Q
    ||| ||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8747000 aggtcctgatgttggagctgttggatctgttacaaattcagtggctatgattggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaa 8747099  T
Q  206 catgatgattgcacttattttcttgtggatttcatgtaagtagacaagtaatattgactt 265  Q
     ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  8747100 aatgatgattccactcattttcttgtggatttcatggaagtagacaagtagttttgactt 8747159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 6 - 265
Target Start/End: Original strand, 9034566 - 9034825
Alignment:
Q  6 catcatcagctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcacc 105  Q
    |||| |||||||| || |||||| |||||||| | |||  ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  9034566 catcttcagctataaaattcttctccttctttttcgtcgccatcttcgctgccatcgtggcctctgcccaagaccttagtccttcgttggctccggcacc 9034665  T
Q  106 aggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaa 205  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9034666 aggtcctgatgctggagctgctggatctgttgcaagttcggtggctatgatcggagtttcaattgtgttgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaa 9034765  T
Q  206 catgatgattgcacttattttcttgtggatttcatgtaagtagacaagtaatattgactt 265  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9034766 catgatgatttcacttattttcttgtggacttcatgtaagtagacaagtagtattgactt 9034825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 6 - 236
Target Start/End: Original strand, 9023396 - 9023626
Alignment:
Q  6 catcatcagctatgaagttcttccccttctttatggtcatcatcttcgccgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcacc 105  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  9023396 catcatcagctataaagttcttctccttctttttggtcatcatcttcgccgccacagtggcctctgcccaagaccttagtccctcgttggctccggcacc 9023495  T
Q  106 aggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaa 205  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9023496 aggtcctgatgctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatggtcggaatttcggttgtattgtcaatgctcgccatcttcaagcactaaaaa 9023595  T
Q  206 catgatgattgcacttattttcttgtggatt 236  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  9023596 catgatgattccactcattttcttgtggatt 9023626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 65 - 253
Target Start/End: Original strand, 9015428 - 9015615
Alignment:
Q  65 gcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagttt 164  Q
    ||||| || ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||| | |||||||    
T  9015428 gcctcggctcaagacctcagcccctcgttgtctccggcaccaggtcctgatgccggagcagctggatatgttacaaattcagtgactatggttggagttt 9015527  T
Q  165 caattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatgattgcacttattttcttgtggatttcatgtaagtagacaag 253  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9015528 caattgtattgtcaatgctcgccatcttcaaacactaaaaa-attatgattccacttattttcttgtggatttcatggaagtagacaag 9015615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 78 - 208
Target Start/End: Original strand, 9108812 - 9108942
Alignment:
Q  78 acctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattgtattgtc 177  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  9108812 acctcagtccctcattggctccagcatcaggtcctgatgtcggagctgccggatctgttacaagttcagtggccatgatcggagcttcaattgtcttgtc 9108911  T
Q  178 aatgctcgccatctttaagcactaaaaacat 208  Q
    |||||| ||  |||| ||| |||||||||||    
T  9108912 aatgcttgcactcttgaagaactaaaaacat 9108942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 57 - 202
Target Start/End: Original strand, 8957118 - 8957263
Alignment:
Q  57 ccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgat 156  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  8957118 ccaccgtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttagctccagcacccggtcctgacgctggagctgccggatttgttacaagttctgtggctatgat 8957217  T
Q  157 cggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaa 202  Q
    ||||| |||||||||  |||||||| ||||||| || ||| |||||    
T  8957218 cggagcttcaattgtgctgtcaatggtcgccattttcaagaactaa 8957263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 56 - 192
Target Start/End: Original strand, 8965272 - 8965408
Alignment:
Q  56 gccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatga 155  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||  |||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||    
T  8965272 gccacagtggcctcggcccaagaccttagtccgtcgttggctccagcaccaagtcctgacgctggagctgccggatctgttacaagttctatggcaatga 8965371  T
Q  156 tcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctt 192  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  8965372 tcggagcttcaattgtgctgtcaatgctcgcaatctt 8965408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 62 - 192
Target Start/End: Original strand, 8962563 - 8962693
Alignment:
Q  62 gtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggag 161  Q
    |||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  8962563 gtggcctcggcccaagaccttagtccctcgttagctccagcaccaggtcctgatgctggagttgccggatctgttgcaggttctgtggctatgatcggag 8962662  T
Q  162 tttcaattgtattgtcaatgctcgccatctt 192  Q
     |||||||||  | ||||||||||| |||||    
T  8962663 cttcaattgtgctttcaatgctcgctatctt 8962693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 62 - 238
Target Start/End: Original strand, 9019290 - 9019466
Alignment:
Q  62 gtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggag 161  Q
    |||||||| || ||| |||| |||||||| |  ||||| |||||||| ||||||  ||| |||  |||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9019290 gtggcctcggctcaagaccttagtccctcatccgctccggcaccaggtcctgatgttggggcttgtggatctgttacgagttcagttgctatgatcggag 9019389  T
Q  162 tttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaaaaacatgatgattgcacttattttcttgtggatttc 238  Q
     ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||||| ||||   |||| ||||||| |||||||||    
T  9019390 cttcaattgtgttgtcaatgcttgccatcttgaagaactgaaaacatcatgaacccactaattttctggtggatttc 9019466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 60 - 202
Target Start/End: Original strand, 8755581 - 8755723
Alignment:
Q  60 ccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcgg 159  Q
    ||||||| || || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| | || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||    
T  8755581 ccgtggcttcggctcaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagatcctgatgccggtgctgctggatctgttacaaattcagttgctatgattgg 8755680  T
Q  160 agtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctttaagcactaa 202  Q
    || ||| ||| | ||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  8755681 agcttcgattattttgtctatgctcgccatcttcaagaactaa 8755723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 71 - 198
Target Start/End: Original strand, 9112118 - 9112245
Alignment:
Q  71 gcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatgatcggagtttcaattg 170  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||| | ||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||| |||| ||  ||||    
T  9112118 gcccaagacctcagtccctcgttggctccggcaccagcacctgataccggagctgttggatctcttacaaatccagtggctatgatgggagctttgattg 9112217  T
Q  171 tattgtcaatgctcgccatctttaagca 198  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||    
T  9112218 tgttgtcaatgcttgctatctttaagca 9112245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 55 - 192
Target Start/End: Original strand, 8988340 - 8988477
Alignment:
Q  55 cgccaccgtggcctctgcccaaaacctcagtccctcgttggctccagcaccaggccctgatcctggagctgctggatctgttacaagttcagtggctatg 154  Q
    |||| |||| ||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||   |||||||||  | |||| ||||||||  |||||||||    
T  8988340 cgccgccgtagcctcggcccaagaccttagtccctcgttgtctccagcaccaggtcctgacgttggagctgccagttctgctacaagttatgtggctatg 8988439  T
Q  155 atcggagtttcaattgtattgtcaatgctcgccatctt 192  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  8988440 atcggagcttcaatcgtactgtcaatgctcgctatctt 8988477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University