View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4345-Insertion-1 (Length: 694)

Name: NF4345-Insertion-1
Description: NF4345
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4345-Insertion-1
NF4345-Insertion-1
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (8-694)||(1580729-1581414)
chr5 (8-694)||(1603401-1604086)
chr5 (460-672)||(1587251-1587463)
chr5 (141-389)||(1587507-1587763)
chr5 (460-672)||(1590760-1590972)
chr5 (327-389)||(1590654-1590716)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (118-625)||(39615670-39616178)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (144-382)||(19270025-19270271)
chr3 (460-672)||(19270343-19270555)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 1581414 - 1580729
Alignment:
Q  8 ttgaggactatgtaatgtaattcttcctagctaggtaagactaattcttcaagaggctgatactggtccatctccttataaactatttcaaagtcttctt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1581414 ttgaggactatgtaatgtaattcttcctagctaggtaagactaattcttccagaggctgatactggtccatctccttataaactatttcaa-gtcttctt 1581316  T
Q  108 catcaagcttccagaatcgcataaacaaagtagagttaaatgcagaaacaaataaacaagtttatagctattacctaatttttgtcgagtagaaagtgca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1581315 catcaagcttccagaatcgcataaacaaagtacagttaaatgcagaaacaaataaacaagtttatagctattacctaatttttgtcgagtagaaagtgca 1581216  T
Q  208 acttgctattgaccctaaatgtccaaatgttgagtttttgaccaatttcaaaactattttgcctcataacatgtttccaatcttgtacaagactgtaaag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1581215 acttgctattgaccctaaatgtccaaatgttgagtttttgaccaatttcaaaactattttgcctcataacatgtttccaatcttgtacaagactgtaaag 1581116  T
Q  308 acttttgccccacttcctcaaagacattgtgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctataccaaccagtttacttttagtgccccgatcc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1581115 acttttgccccacttcctcaaagacattgtgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctataccaaccagtttacttttagtgccccgatcc 1581016  T
Q  408 tttctaccaaaagtcttcttctctgtgtcgttgagaaaatcatcagctatatcttctttaagtgacattaaaagacgactttggtgtttactgagatctg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1581015 tttctaccaaaagtcttcttctctgtgtcgttgagaaaatcatcagctatatcttctttaagtgacattaaaagacgactttggtgtttactgagatctg 1580916  T
Q  508 aatcaaacaattccttacacatgatatgtttgatatcaattccattcaactctttgatcttgatctcgacatcaataggcaatattggcggaggtgatga 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1580915 aatcaaacaattccttacacatgatatgtttgatatcagtgccattcaactctttgatcttgatctcgacatcaataggcaatattggcggaggtgatga 1580816  T
Q  608 caatttttccttatcttgnnnnnnnggtaccatcttcttcgtgctctttggtttcactcttcttttcgccttatcagccatgctacc 694  Q
    ||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1580815 caatttttccttatcttgtttttttggtaccatcttcttcgtgctctttggtttcactcttcttttcgccttatcagccatgctacc 1580729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 694
Target Start/End: Original strand, 1603401 - 1604086
Alignment:
Q  8 ttgaggactatgtaatgtaattcttcctagctaggtaagactaattcttcaagaggctgatactggtccatctccttataaactatttcaaagtcttctt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1603401 ttgaggactatgtaatgtaattcttcctagctaggtaagactaattcttccagaggctgatactggtccatctccttataaactatttcaa-gtcttctt 1603499  T
Q  108 catcaagcttccagaatcgcataaacaaagtagagttaaatgcagaaacaaataaacaagtttatagctattacctaatttttgtcgagtagaaagtgca 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603500 catcaagcttccagaatcgcataaacaaagtacagttaaatgcagaaacaaataaacaagtttatagctattacctaatttttgtcgagtagaaagtgca 1603599  T
Q  208 acttgctattgaccctaaatgtccaaatgttgagtttttgaccaatttcaaaactattttgcctcataacatgtttccaatcttgtacaagactgtaaag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603600 acttgctattgaccctaaatgtccaaatgttgagtttttgaccaatttcaaaactattttgcctcataacatgtttccaatcttgtacaagactgtaaag 1603699  T
Q  308 acttttgccccacttcctcaaagacattgtgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctataccaaccagtttacttttagtgccccgatcc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603700 acttttgccccacttcctcaaagacattgtgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctataccaaccagtttacttttagtgccccgatcc 1603799  T
Q  408 tttctaccaaaagtcttcttctctgtgtcgttgagaaaatcatcagctatatcttctttaagtgacattaaaagacgactttggtgtttactgagatctg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603800 tttctaccaaaagtcttcttctctgtgtcgttgagaaaatcatcagctatatcttctttaagtgacattaaaagacgactttggtgtttactgagatctg 1603899  T
Q  508 aatcaaacaattccttacacatgatatgtttgatatcaattccattcaactctttgatcttgatctcgacatcaataggcaatattggcggaggtgatga 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1603900 aatcaaacaattccttacacatgatatgtttgatatcagtgccattcaactctttgatcttgatctcgacatcaataggcaatattggcggaggtgatga 1603999  T
Q  608 caatttttccttatcttgnnnnnnnggtaccatcttcttcgtgctctttggtttcactcttcttttcgccttatcagccatgctacc 694  Q
    ||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1604000 caatttttccttatcttgtttttttggtaccatcttcttcgtgctctttggtttcactcttcttttcgccttatcagccatgctacc 1604086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 460 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 1587463 - 1587251
Alignment:
Q  460 cttctttaagtgacattaaaagacgactttggtgtttactgagatctgaatcaaacaattccttacacatgatatgtttgatatcaattccattcaactc 559  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| ||||||  |  |||||||||||  || ||||||  ||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||    
T  1587463 cttctttaagcggcattaaaagacgattttggtcatccctgagatctgacgcagacaattttttacacatgatatttttgatatcagtgccattaaactc 1587364  T
Q  560 tttgatcttgatctcgacatcaataggcaatattggcggaggtgatgacaatttttccttatcttgnnnnnnnggtaccatcttcttcgtgctctttggt 659  Q
    |||||||||| |||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||       |||   |||||||||||| ||||||||    
T  1587363 tttgatcttgttctcaacgtgaataggcaatattggtggaggtgatgacaaattttccttatcatgtttttttggtttgatcttcttcgtggtctttggt 1587264  T
Q  660 ttcactcttcttt 672  Q
    || ||||||||||    
T  1587263 ttaactcttcttt 1587251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 141 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 1587763 - 1587507
Alignment:
Q  141 agttaaatgcagaaacaaataaacaagtttatagctattacctaatttttgtcgagtagaaagtgcaacttgctattgaccctaaatgtccaaatgttga 240  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||| | || ||||  || ||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||    
T  1587763 agttaaatgcagaaaataataaacgagtttataac-atcacctggttattgtcaagtacaaagtgcaacttgtcattgaccctaaaagtccagatgttga 1587665  T
Q  241 gtttttgaccaatttcaaaactattttgcctcataacatgtttccaatcttgtacaagactgtaaagactttt----------gccccacttcctcaaag 330  Q
    |||||| |||  ||| |||||||||||  |||| ||||  ||||||| |  ||| ||||||||||  |||| |          || ||||||||||||||    
T  1587664 gttttttaccctttttaaaactatttttgctcacaacagttttccaaccacgtagaagactgtaat-acttgttagttcccatgctccacttcctcaaag 1587566  T
Q  331 acattgtgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctataccaaccagttta 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  1587565 acattgtgaactctctaaaagaagggtccaacacagtcacttctaaaccatcctgttta 1587507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 460 - 672
Target Start/End: Original strand, 1590760 - 1590972
Alignment:
Q  460 cttctttaagtgacattaaaagacgactttggtgtttactgagatctgaatcaaacaattccttacacatgatatgtttgatatcaattccattcaactc 559  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| ||||||  |  |||||||| ||  || ||||||  ||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||    
T  1590760 cttctttaagcggcattaaaagacgattttggtcatccctgagatccgacgcagacaattttttacacatgatatttttgatatcagtgccattaaactc 1590859  T
Q  560 tttgatcttgatctcgacatcaataggcaatattggcggaggtgatgacaatttttccttatcttgnnnnnnnggtaccatcttcttcgtgctctttggt 659  Q
    |||||||||| |||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||       |||   |||||||||||| ||||||||    
T  1590860 tttgatcttgttctcaacgtgaataggcaatattggtggaggtgatgacaaattttccttatcatgtttttttggtttgatcttcttcgtggtctttggt 1590959  T
Q  660 ttcactcttcttt 672  Q
    || || |||||||    
T  1590960 ttaacacttcttt 1590972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 327 - 389
Target Start/End: Original strand, 1590654 - 1590716
Alignment:
Q  327 aaagacattgtgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctataccaaccagttta 389  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  1590654 aaagacattctgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctaaaccaaccggttta 1590716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 110; Significance: 5e-55; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 118 - 625
Target Start/End: Original strand, 39615670 - 39616178
Alignment:
Q  118 ccagaatcgcataaacaaagtag-agttaaatgcagaaacaaataaacaagtttatagctattacctaatttttgtcgagtagaaagtgcaacttgctat 216  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| |||||||||   |    
T  39615670 ccagaaacgcataaacaaagtactagttaaatgcagaaagaaataaacaagtttatagctattacctaattaatgttgagtacaaactgcaacttgtcct 39615769  T
Q  217 tgaccctaaatgtccaaatgttgagtttttgaccaatttcaaaactattttgcctcataacatgtttccaatcttgtacaagactgtaaagactttt--- 313  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||  ||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||  | |||       
T  39615770 tgaccctaaatgaccaaacgttgagtatttgacctatttcaaaaccatttcccctcacagcatgtttccaattttgtataagactgtaaacccatttatt 39615869  T
Q  314 -gcc-----ccacttcctcaaagacattgtgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctataccaaccagtttacttttagtgccccgatcc 407  Q
     | |     ||||||| | ||  ||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||   ||  | |    ||||    
T  39615870 agtcattttccacttcttgaagcacattgtgaagcttctaaaataagggtccaacacaatcacttctaaaccaaccggtttatcgtt--ttc----atcc 39615963  T
Q  408 tttctaccaaaagtcttcttctctgtgtcgttgagaaaatcatcagctatatcttctttaagtgacattaaaagacgactttggtgtttactgagatctg 507  Q
    |||  | | ||||||| ||| ||||| | | |||||||| ||  || |   ||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |  || |||||    
T  39615964 ttttcatctaaagtctccttttctgtcttggtgagaaaacca--ag-ttcgtcttctttaagtggcattaaaagacgactttggccttcatcgatatctg 39616060  T
Q  508 aatcaaacaattccttacacatgatatgtttgatatcaattccattcaactctttgatcttgatctcgacatcaataggcaatattggcggaggtgatga 607  Q
    |  ||||||||| |||  ||||||||| | |||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||| | |     
T  39616061 acgcaaacaatttctttgacatgatatatctgatatcagtgccattcaactccttgatcttgttcttgacattaataggtaatattggcggaggtaaagc 39616160  T
Q  608 caatttttccttatcttg 625  Q
    ||| |||| |||||||||    
T  39616161 caaatttttcttatcttg 39616178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 144 - 382
Target Start/End: Original strand, 19270025 - 19270271
Alignment:
Q  144 taaatgcagaaacaaataaacaagtttatagctattacctaatttttgtcgagtagaaagtgcaacttgctattgaccctaaatgtccaaatgttgagtt 243  Q
    ||||||||||||  |||||||  ||||||| | || |||| ||| |||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  19270025 taaatgcagaaaataataaacgcgtttataac-atcacctgattattgtcgagtacaaagtgcaacttgtcattgaccctaaaagtccagatgttaagtt 19270123  T
Q  244 tttgaccaatttcaaaactattttgcctcataacatgtttccaatcttgtacaagactgtaaagactt----------ttgccccacttcctcaaagaca 333  Q
    ||| |||  |||||||||||||||  |||| ||||  ||||||| | ||||||||||||| || ||||           ||| |||||||||||| ||||    
T  19270124 ttttacccttttcaaaactatttttgctcacaacagttttccaaccatgtacaagactgt-aatacttgttaatgcccatgctccacttcctcaacgaca 19270222  T
Q  334 ttgtgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctataccaac 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19270223 ttgtgaactctctaaaagaagggtccaacacaatcacttctaaaccaac 19270271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 460 - 672
Target Start/End: Original strand, 19270343 - 19270555
Alignment:
Q  460 cttctttaagtgacattaaaagacgactttggtgtttactgagatctgaatcaaacaattccttacacatgatatgtttgatatcaattccattcaactc 559  Q
    |||||||||  |||||||| |||||| ||||||  |   |||||| |||  |||||||||  |||| |||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  19270343 cttctttaatcgacattaatagacgattttggtcatctttgagatttgatgcaaacaattttttacccatgatatatttgatatcagtgccattcaactc 19270442  T
Q  560 tttgatcttgatctcgacatcaataggcaatattggcggaggtgatgacaatttttccttatcttgnnnnnnnggtaccatcttcttcgtgctctttggt 659  Q
    |||||||||| |||| |  | ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||       |||  ||||||||||||||||||||||    
T  19270443 tttgatcttgttctctatgtgaataggcaatattggtggaggagatgacaaattttccttatcttgtttttttggtttcatcttcttcgtgctctttggt 19270542  T
Q  660 ttcactcttcttt 672  Q
    |||||||||||||    
T  19270543 ttcactcttcttt 19270555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University