View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4352-Insertion-3 (Length: 780)

Name: NF4352-Insertion-3
Description: NF4352
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4352-Insertion-3
NF4352-Insertion-3
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (8-780)||(5159076-5159857)
chr1 (493-681)||(5162461-5162638)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 712; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 712; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 5159857 - 5159076
Alignment:
Q  8 attgagagtgggtagtctaggcttgcttgacaagaaatggtgaggtttcgtgggtgagtttgtgatttgaagttaagtcgtagggaggatggaacaggag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159857 attgagagtgggtagtctaggcttgcttgacaagaaatggtgaggtttcgtgggtgagtttgtgatttgaagttaagtcgtagggaggatggaacaggag 5159758  T
Q  108 catagatgttgccacgtaagagcatattatcttatcacaagaacaagatacctcgtcttttttatgctctctctattcttcagaatttgtagnnnnnnnc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |    
T  5159757 catagatgttgccacgtaagagcatattatcttatcacaagaacaagatacctcgtcttttttatgctctctctattcttcagaatttgtagtttttttc 5159658  T
Q  208 ccctctgtttgtgacctttgtgtagtctgagaatgagtgatgttttttctggtttggtttgtggttgtgaaagagctgttgaggataatgtgattagttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159657 ccctctgtttgtgacctttgtgtagtctgagaatgagtgatgttttttctggtttggtttgtggttgtgaaagagctgttgaggataatgtgattagttt 5159558  T
Q  308 ggttggtaggtattggctatgtgctttcttcttgttgggtccacaaatagccatgctttgcaa-ataaagtttagataagggaaaacataccatggagaa 406  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159557 ggttggtagttattggctatgtgctttcttcttgttgggtccacaaatagccatgctttgcaagataaagtttagataagggaaaacataccatggagaa 5159458  T
Q  407 ttatcagttaaatttgacagattaaacacaggagtacttcttatgtgtctctggttcttttttatctgattttcacgctgagttctgtcattcatcattg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159457 ttatcagttaaatttgacagattaaacacaggagtacttcttatgtgtctctggttcttttttatctgattttcacgctgagttctgtcattcatcattg 5159358  T
Q  507 tttcaagttactcattcagggtcccaagtaagtagtatgtccatcttcgaaatatagaggacttatcttggttgttaggacctaggattaatttaatgga 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159357 tttcaagttactcattcagggtcccaagtaagtagtatgtccatcttcgaaatatagaggacttatcttggttgttaggacctaggattaatttaatgga 5159258  T
Q  607 atgaagctgtaagagggcagagccggcaattaactacgatagtcgagctttaccttaaacaattgtgatttgaaagttg--------ttatacttcaagt 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||        ||||||||||| |    
T  5159257 atgaagctgtaagagggcagagccggcaattaactacgatagtcgagctttaccttaaacaattgtgatttgaaagctgttatacacttatacttcaact 5159158  T
Q  699 tcatgttaaaagctcatttggtaaattgataagaagatgatttgattgaattaggtaacatttttagtgctacaggtatata 780  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159157 tcatgttaaaagctcatttggtaaattgataagaagatgatttgattgaattaggtaacatttttagtgctacaggtatata 5159076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 493 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 5162638 - 5162461
Alignment:
Q  493 gtcattcatcattgtttcaagttactcattcagggtcccaa--gtaagtagtatgtccatcttcgaaatatagaggacttatcttggttgttaggaccta 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  5162638 gtcattcatcattgtttcaagttactcattcatggtctcaaaagtatgtagtatgtccatcttggaaatatagaggacttatcttggttgttagga---- 5162543  T
Q  591 ggattaatttaatggaatgaagctgtaagagggcagagccggcaattaactacgatagtcgagctttaccttaaacaattgtgatttgaaa 681  Q
            |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5162542 --------ttaatggaatgaagctgt-agagcgcagagccggcaattaactatgataatcaagctttaccttaaacaattgtgatttgaaa 5162461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University