View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4353-Insertion-4 (Length: 732)
Name: NF4353-Insertion-4
Description: NF4353
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4353-Insertion-4 |
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| [»] chr8 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 155 - 732
Target Start/End: Original strand, 3054166 - 3054743
Alignment:
| Q |
155 |
aaattaaccaagtaattatggtcaaatgatttcgatgagactatacttatctcacgatcaaaatcgaaattaccaaaattctcgtctcataaaaatcaaa |
254 |
Q |
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| T |
3054166 |
aaattaaccaagtaattatggtcaaatgattttgatcagactatacttatctcacgatcaaaatcgaaattaccaaaattctcgtctcatgaaaatcaga |
3054265 |
T |
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| Q |
255 |
gagttgacaccaaacaaagaatcattcaaatgaacctctactatgtaggtcttatgatacatcaatattttgtttgttttcataattccacttttgaatc |
354 |
Q |
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| T |
3054266 |
gagttgacaccaaacaaagaatcattcaaatgaacctctactatgtaggtcttatgatacatcaatattttgtttgttttcataattccacttttgaatc |
3054365 |
T |
|
| Q |
355 |
tatatatcttagctaaggatccaaaaactggattttgaaaagggaaaaccaatttagaagaacaaaaatatagttcatatttttaaccatgcaaagtcca |
454 |
Q |
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| T |
3054366 |
tatatatcttagctaaggatccaaaaactggattttgaaaagggaaaaccaatttagaagaacaaaaatatagttcatatttttaaccatgcaaagtcca |
3054465 |
T |
|
| Q |
455 |
ctttaaaagaacacaaatcctttgttgagattgtaaattgnnnnnnnnnnnnnnnnnatcaaaaatggaagtatatcatacgtctgttatgtccagatgg |
554 |
Q |
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| T |
3054466 |
ctttaaaagaacacaaatcctttgttgagattgtaaattattttcatttttatttttatcaaaaatggaagtatatcatacgtctgttatatccagatgg |
3054565 |
T |
|
| Q |
555 |
ttaaaccaacttatgacttatgagttgaccaggtccaagtctacacaaagattattcagcagagtaatgactaagtgatgaaatttttatggacaaaaac |
654 |
Q |
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| T |
3054566 |
ttaaaccaacttatgacttatgagttgaccaggtccaagtctacacaaagattattcagcagagtaatgactaagtgatgaaatttttatggacaaaaac |
3054665 |
T |
|
| Q |
655 |
aattgctattttctataaaaatcatatgaataaaattgagatagaatctaaacatggcttccactctactgcttccct |
732 |
Q |
| |
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| T |
3054666 |
aattgctattttctataaaaatcatatgaataaaattgagatagaatctaaacatggcttccactctactgcttccct |
3054743 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 170
Target Start/End: Original strand, 3053861 - 3054022
Alignment:
| Q |
9 |
agacaaacttcatctcatctatgttgtagctcaatgaggtgatgtggcnnnnnnntctaggttttagttttagacctaaaagaagtgatatggcaaacca |
108 |
Q |
| |
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| T |
3053861 |
agacaaacttcatctcatctatgttgtagctcaatgaggtgatgtggcaaaaaaatctaggttttagttttagacctaaaagaagtgatatggcaaacca |
3053960 |
T |
|
| Q |
109 |
tttattaacatggcatataacgttacttttgtaaaatcatttagataaattaaccaagtaat |
170 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
3053961 |
tttattaacatggcatataacgttacttttgtaaaatcatttagataaattaaccaagtaat |
3054022 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 32 - 413
Target Start/End: Original strand, 3039595 - 3039983
Alignment:
| Q |
32 |
ttgtagctcaatgaggtgatgtggcnnnnnnntctaggttttagttttagacctaaaagaagtgatatggcaaaccatttattaacatggcatataacgt |
131 |
Q |
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| T |
3039595 |
ttgtggctcaatgaggtgatgtggcaaaaaa-tctaggttttagttttagacctaagagaagtgatgtgggaaaccatttattaacatggcatatgac-t |
3039692 |
T |
|
| Q |
132 |
tacttttgtaaaatcatttagataaattaaccaagtaattatggtcaaatgat---------------ttc--gatgagactatacttatctcacgatca |
214 |
Q |
| |
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| |||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | | || ||||||||||||||||||| |
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| T |
3039693 |
tgcttttgaaaaatcatttaca--aattaaccaagtacttatggtcaaatgataaatgaatagaataattcttgttcaggttatacttatctcacgatca |
3039790 |
T |
|
| Q |
215 |
aaatcgaaattaccaaaattctcgtctcataaaaatcaaagagttgacaccaaacaaagaatcattcaaatgaacctctactatgtaggtcttatgatac |
314 |
Q |
| |
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||||| |||||||| ||| |||||||||| | || ||| | |||||| || |||||||||| ||||| |||| | ||||| ||||||||| |
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| T |
3039791 |
aaatctgaattaccagaatcctcgtctcatgagaact-----gttaataccaaaaaaggaatcattcagatgaatttctatcagctaggttttatgatac |
3039885 |
T |
|
| Q |
315 |
atcaatattttgtttgttttcataattccacttttgaatctatatatcttagctaaggatccaaaaactggattttgaaaagggaaaaccaatttagaa |
413 |
Q |
| |
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||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3039886 |
atcaatatttt-tttgttttcatataaccccttttgaatctatataacttagctaagtatcaaaaaactggattttgaaaagggaaaaccaatttagaa |
3039983 |
T |
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