View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4357-Insertion-1 (Length: 1052)

Name: NF4357-Insertion-1
Description: NF4357
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4357-Insertion-1
NF4357-Insertion-1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (8-931)||(41638225-41639149)
chr2 (77-706)||(2718799-2719403)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 876; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 876; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 931
Target Start/End: Complemental strand, 41639149 - 41638225
Alignment:
Q  8 aactctaggctgctagggaagaaaaaatcgaaatccttttaatattcttcgttgtatgtnnnnnnncaatgtgtactcccaaaaaattcggtgaactagg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41639149 aactctaggctgctagggaagaaaaaatcgaaatccttttaatattcttcattgtatgtaaaaaaacaatgtgtactcccaaaaaattcggtgaactagg 41639050  T
Q  108 cttgagaagtatgcgtcaagttaacgttgcgtatatgatgagagctaattggcgtttttgtacgcaactgaagcagatgtggacatcagttattcttaag 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41639049 cttgagaagtatgcgtcaagttaacgttgcgtatatgatgagagctaattggcgtttttgtacgcaactgaagcagatgtggacatcagttattcttaag 41638950  T
Q  208 aaatacaaatgtggttctagtttgcttccgatggtaaatgttgataaaccggggagcaatttttggcgcggcttgtgtgctaactggactaatttccaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41638949 aaatacaaatgtggttctagtttgcttccgatggtaaatgttgataaaccggggagcaatttttggcgcggcttgtgtgctaactggactaatttccaaa 41638850  T
Q  308 atcagatcatatagagattaggttcaggtcgaggagttgaattctggaaggatagataactgggctgacactgatatgctcgttattgactatacggtta 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41638849 atcagatcatatagagattaggttcaggtcgaggagttgaattctggaaggatagataactgggctgacactgatatgcccgttattgactatacggtta 41638750  T
Q  408 gtcagattcagcattttgaagcaacaaaagtggttgccgattatgttgacagtttgaggaagatgggacctgagtaatttgataaatacacttccctcaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41638749 gtcagattcagcattttgaagcaacaaaagtggttgccgattatgttgacagtttgaggaagatgggacctgagtaatttgataaatacacttccctcaa 41638650  T
Q  508 atataattgatgacatcaagaggttgtctccccctgatcctcaaagtagtgatgactgtgtttcatggaggcttgcgagtgatggtgaattcacattggc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41638649 atataattgatgacatcaagaggttgtctccccctgatcctcaaagtagtgatgactgtgtttcatggaggcttgcaagtgatggtgaattcacattggc 41638550  T
Q  608 atcagcttacaaggccgtagcgatatcaaacaatagcaacgcgcgtcagatttttagagcaacctggagttggagaggaccacatagaattcattgtttc 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41638549 atcagcttacaaggccgtagcgatatcaaacaatagcaacgcgcgtcagatttttagagcaatctggagttggagaggaccacatagaattcattgtttc 41638450  T
Q  708 tcctattctgaatcaagctgatcaatacaaatctgatgtagtaattagatggcagcctccacatgacagtttcatagctcttaacattgatggttccgtg 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41638449 tcctattctgaatcaagctgatcaatacaaatctgatgtagtaattagatggcagcctccacatgacagtttcatagctcttaacattgatggttccgtg 41638350  T
Q  808 gttgaacacggaagaaaagcagcgtgtggaggggttatgcaaatggaaaatttcttgttgcttatgtggcgcgtattcatacttgttcagtgctt-agac 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41638349 gttgaacacggaagaaaagcagcgtgtggaggggttatgctaatggaaaatttcttgttgcttatgtggcgcgtattcatacttgttcagtgcttaagac 41638250  T
Q  907 tgcacggagtcctggattctgtaga 931  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  41638249 tgcacggagtcctggattctgtaga 41638225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 77 - 706
Target Start/End: Original strand, 2718799 - 2719403
Alignment:
Q  77 tgtgtactcccaaaaaattcggtgaactaggcttgagaagtatgcgtcaagttaacgttgcgtatatgatgagagctaattggcgtttttgtacgcaact 176  Q
    ||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||     
T  2718799 tgtgtactccccaaaaattcggtggtttaggcttgagaagtatgtgtcaagttaacactgtgtatatgatgagagctaattggcgtttttgtactcgacc 2718898  T
Q  177 gaagcagatgtggacatcagttattcttaagaaatacaaatgtggttctagtttgcttccgatggtaaatg-ttgataaaccggggagcaatttttggcg 275  Q
     ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |    
T  2718899 aaagaagatgtggacatctgttattcgtaagaaatacaaatgtggttcttttttgcttccgatggtaaatgtttgataaaatggggagcaatttttggtg 2718998  T
Q  276 cggcttgtgtgctaactggactaatttccaaaatcagatcatatagagattaggttcaggtcgaggagttgaattctggaaggatagataactgggctga 375  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    ||||||||||||||    
T  2718999 tggcttgtgtgctacctggactaatttccaaaatcagattatatggagattaggttca-gtcgaggagttgatttctggaag----gataactgggctga 2719093  T
Q  376 cactgatatg-ctcgttattgactatacggttagtcagattcagcattttgaagcaacaaaagtggttgccgattatgttgacagtttgaggaagatggg 474  Q
    |||||||||| |||| |||  ||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |  || ||||||||    
T  2719094 cactgatatgcctcg-tataaactatacggttagtctgactgagcattttgaagcaacaaaagtggttgaaaattatgttgacag-tgaagaaagatggg 2719191  T
Q  475 acctgagtaatttgataaatacacttccctcaaatataattgatgacatcaagaggttgtctccccctgatcctcaaagtagtgatgactgtgtttcatg 574  Q
    ||| ||||| ||||||||||||                    ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||| || | ||    
T  2719192 accagagtagtttgataaatac--------------------atgacatcaagaggttgcctccacctcatcctcaaagtggtgatgactgtcttgcttg 2719271  T
Q  575 gaggcttgcgagtgatggtgaattcacattggcatcagcttacaaggccgtagcgatatcaaacaatagcaacgcgcgtcagatttttagagcaacctgg 674  Q
    ||||||| | |||||||||  ||||||  ||| ||||||| |  || | | || || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  2719272 gaggcttacaagtgatggttgattcacgctggtatcagctaatgagactgcagtgagatcgaacaatagcaacgcgcatcagatttttagagcaatttgg 2719371  T
Q  675 agttggagaggaccacatagaattcattgttt 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2719372 agttggagaggaccacatagaattcaatgttt 2719403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University