View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4359-Insertion-1 (Length: 1052)

Name: NF4359-Insertion-1
Description: NF4359
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4359-Insertion-1
NF4359-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-1052)||(34520637-34521680)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 921; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 921; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1052
Target Start/End: Complemental strand, 34521680 - 34520637
Alignment:
Q  8 actagttttttcctttggtaaatgcagtatatatgtactgtgtgcatgtgcatgaagtatatagctcatttataactctgtaccattacagcaactaatc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34521680 actagttttttcctttggtaaatgcagtatatatgtactgtgtgcatgtgcatgaagtatatagctcatttataactctgtaccattacagcaactaatc 34521581  T
Q  108 tgttatgcagaaagtcttatttaattgttttctactttgagcttatagtagtaatttatgtttttaagatatatacaaaatgaatgtgatgagaagtgaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34521580 tgttatgcagaaagtcttatttaattgttttctactttgagcttatagtagtaatttatgtttttaagatatatacaaaatgaatgtgatgagaagtgaa 34521481  T
Q  208 gttagtataggttttgattcacttttggggagaacacaaagtgtttttaaagatttgaaattgattttatatgtttgggatttttcaatagaatatatac 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34521480 gttagtataggttttgattcacttttggggagagcacaaagtgtttttaaagatttgaaattgattttatatgtttgggatttttcaatagaatatatac 34521381  T
Q  308 aaaacgaattgttctttatgataattgagatatataaattagaactttgctttgaggtaatgtagttttgttgattgaaatttaattctctattccttga 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34521380 aaaacgaattgttctttatgataattgagatatagaaattagaacttcgctttgaggtaatgtagttttgttgattgaaatttaattctctattccttga 34521281  T
Q  408 aatactagattctacttgtttgagattcatgagtaatggaacattttcttctttgattttaacaggctgatgttggagttggagattatgcacttgtttc 507  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  34521280 aatactagattctacttgtttaagattcatgagtaatggaacattttcttctttgattttaacaggctgatgttggagttggaga-tatgcacctgtttc 34521182  T
Q  508 ttcagggtttggatacaagtttcaaatgaggtgattaactgatgtaatatatgtttgattgttatactaagctacacatgttaaggatgacataacaatt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34521181 ttcagggtttggatacaagtttcaaatgaggtgattaactgatgtaatatatgtttgattgttatactaagctacatatgttaaggatgacataacaatt 34521082  T
Q  608 taatgccagtatcatacaagtgtgcactgatggtttatttcttaacttaatttattgatatctcattttttgtaggaattgttggaacaatgttggcact 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34521081 taatgccagtatcatacaagtgtgcactgatggtttatttcttaacttaatttattgatatctcattttttgcaggaattgttggaacaatgttggcact 34520982  T
Q  708 agcagtaaagaaccatgggaaaatgttaatgccatattttgatttgtctaaacttttcttatttggaatgtaatatatttcaatggcggattagatttgg 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34520981 agcagtaaagaaccatgggaaaatgttaatgccatgttttgatttccctaaacttttcttatttggaatgtaatatatttcaatggcggattagatttg- 34520883  T
Q  808 tatgactgtatgactactaaacttgtgtgaatgtggtccaaatcaagcagggacaaaacaaatattattaggttcagcttattatctattaagcacactt 907  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34520882 -------gtatgactactaaacttgtgtgaatgtggtccaaatcaagcagggacaaaacaaatattattaggttcagcttattatctattaaggacactt 34520790  T
Q  908 ggtgtttct------tcagcatatggattgtattgctagaattgtatgttgatgctaagacttaaatatctactgcacaagtgcactgccaaaaccaatg 1001  Q
    |||||| ||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34520789 ggtgttgctctgatagtagcatatggattgtattgctagaattgtatgttgatgctaagacttaaatatctactgcacaagtgcactgccaaaaccaatg 34520690  T
Q  1002 gatgttgctc-tataatgactagtagtattttctt-aaatgccatgttttatt 1052  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34520689 gatgttgctcttataatgactagtagtattttcttaaaatgccatgttttatt 34520637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University