View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4359-Insertion-3 (Length: 757)

Name: NF4359-Insertion-3
Description: NF4359
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4359-Insertion-3
NF4359-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-757)||(30791180-30791916)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 757
Target Start/End: Original strand, 30791180 - 30791916
Alignment:
Q  8 agatttagccaatcagttaaaaactattccataagaaaagaaaagatatttcaaagaactccatatgaagggaaaacacacatggctgacatgaatgtgc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30791180 agatttagccaatcagttaaaaactattccataagaaaagaaaagatatttcaaagaactccatgtgaagggaaaacacacatggctgacatgaatgtgc 30791279  T
Q  108 ctcctcataggccttccaatgaccatggaccaattgattagttaaattaagaaataatttgtaattaattgagaaatggaaacaaatataaatgtagatt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30791280 ctcctcataggccttccaatgaccatggaccaattgattagttaaattaagaaataatttgtaattaattgagaaatggaaacaaatataaatgtagatt 30791379  T
Q  208 ttaacatccatagtaaatagtaactcatgttattgcttccaatatgaacagatcatgtattttctcaaagtaaaatctgtcttttgtatgact-atgttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30791380 ttaacatccatagtaaatagtaactcatgttattgcttccaatatgaacagatcatgtattttctcaaagtaaaatctgtcttttgtatgacttatgttg 30791479  T
Q  307 aagacatattatgcttatgtgactccaagatatctggaaagagaaattattttgatattttgtgattcaagtgaagtaatcaaaatttcaacgtatcaat 406  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30791480 aagatatattatgcttatttgactccaagatatctggaaagagaaattattttgatattttgtgattcaagtgaagtaatcaaaatttcaacgtatcaat 30791579  T
Q  407 atatctattggaccagcgtaaatgcacaatgtgagctttcttttgattcaaataggagtgaaaatgaaaggtgaaactagaatgaacagaattaatttaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30791580 atatctattggaccagcgtaaatgcacaatgtgagctttcttttgattcaaataggagtgaaaatgaaaggtgaaactagaatgaacagaattaatttaa 30791679  T
Q  507 catgacattgtttctagacacatacgtgcatatgatatatagatatatttgaatagaatttcctattgctttttatggtcccttctctgttttctttttt 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  30791680 catgacattgtttctagacacatacgtgcatatgatatatagatatatttgaatagaatttcctattgctttttatggtcccttctctgtttt------- 30791772  T
Q  607 attccttacnnnnnnnntggagaattctcttaaaccaagaaaaactcattcctagtagaacggcgccacacgaaacaaagaagaataaaatataactttg 706  Q
         ||||        ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30791773 -----ttacaaaaaaaatggagaat--tcttaaaccaagaaaaactcattcctagtagaacggcgccacacgaaacaaagaagaataaaatataactttg 30791865  T
Q  707 tttctgtcctgtgaagtggtgagtcgtgcttgtgcaaaacagccaaccaat 757  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30791866 tttctgtcctgtgaagtggtgaatcgtgcttgtgcaaaacagccaaccaat 30791916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University