View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4362-Insertion-11 (Length: 773)

Name: NF4362-Insertion-11
Description: NF4362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4362-Insertion-11
NF4362-Insertion-11
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-773)||(3891823-3892592)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 692; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 692; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 773
Target Start/End: Original strand, 3891823 - 3892592
Alignment:
Q  8 cacactgggaaagtaatttattatactaattttaaaatacatctgcagctgaaaggtagagttatgggaccccaaaagccttaaatatattcattcaata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3891823 cacactgggaaagtaatttattatactaattttaaaatacatctgcagctgaaaggtagagttatgggaccccaaaagccttaaatatattcattcaata 3891922  T
Q  108 ggcacgtgactaggaacaactgcttgttattgagagaggtcctccttctagctnnnnnnntgctttgcatgtgattcttgggccacatccctctaatttt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3891923 ggcacgtgactaggaacaactgcttgttattgagagaggtcctccttctagctaaaaaaatgctttgcatgtgattcttgggccacatccctctaatttt 3892022  T
Q  208 tcttttatttagttgagaggaaattatgtatagtgtactgtactcctactgtttaaggaaaataaaattgtgtcacatacaaaaataatatttttaacat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3892023 tcttttatttagttgagaggaaattatgtatagtgtactgtactcctactgtttaaggaaaataaaattgtgtcacatacaaaaataatatttttgacat 3892122  T
Q  308 acaaaggaatgtaatactgactactaaagtatatagttttactttataacattttttagggatattaaatttttcttgacttattataccatatacatga 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3892123 acaaaggaatgtaatactgactactaaagtatatagttttactttataacattttttagggatattaaatttttcttgacttattataccatatacatga 3892222  T
Q  408 atggtaaaagaaatatagttagcatgttcattttttaagttagacttagacttacaaaaaagtttatcaagcctaataataggtttgtttgcatgtatgt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||| |    
T  3892223 atggtaaaagaaatatagttagcatgttcattttttaagttagacttagacttacaaaaaagtttatcaagcc---taataggtttgtttgcaggtatat 3892319  T
Q  508 atatctaatgaaaactatagacatattaaaataattttaaacaaataaattagttcatagttttctcgtattctcttgagtcttaacccaagttcaatca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3892320 atatctaatgaaaactatagacatattaaaataattttaaacaaataaattagttcatagttttctcgtattctcttgagtcttaacccaagttcaatca 3892419  T
Q  608 ctttaaaaatagaaaccttagactttcagcaagttgag-------ttgcaagttgtctgatctgtactttgaaatttttgatagaaacctcaatgatttt 700  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3892420 ctgtaaaaatagaaaccctagactttcagcaagttgagttgcaacttgcaagttgtctgatctgtactttgaaatttttgatagaaacctcaatgatttt 3892519  T
Q  701 ctagatgttgatggacatttacataaattgttttagtgtatcattggttttttgtgtctggtcttcctgatga 773  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3892520 ctagatgttgatggacatttacataaattgttttagtgtatcattggttttttgtgtctggtcttcctgatga 3892592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University