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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4362-Insertion-2 (Length: 1066)
Name: NF4362-Insertion-2
Description: NF4362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4362-Insertion-2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 314 - 1063
Target Start/End: Complemental strand, 4805948 - 4805201
Alignment:
| Q |
314 |
actttttatctttaacatcgttcccaagtttaaaacatattgtattatttaatcaacaaaacataaacatgatacctaataccgtatacatttattttga |
413 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
4805948 |
actttttatctttaacatcgttcccaagtttaaaac-----gtattatttaatcaacaaaacataaacatgatatctaataccgtatacatttattttga |
4805854 |
T |
|
| Q |
414 |
attttgactgtttataatggatgattttctgcattcacgtagtag-tacatccatcttctataaatttaagatcaaataatttaaaatctaaatgatctg |
512 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
4805853 |
attttgactgtttataatggatgattttctacattcacatagtagatacatccatcttctataaatc-aagatcaaataatttaaaatctaaatgatctg |
4805755 |
T |
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| Q |
513 |
atcttgatccggcaatcattaatgtgtcgatagcatgcatttcaaattaatctctttaactcgtttttactttttatcttttacgacttagaaagattaa |
612 |
Q |
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| T |
4805754 |
atcttgatccgacaatcatcaatatgtcgatagcaggcatttcaaattaatctctttaactcgtttttactttttatcttttacgacttagaaagattaa |
4805655 |
T |
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| Q |
613 |
aaaatacacnnnnnnntcaaagtagattatattaaaagcatcaaaatttaggagttagaaaatgatttgtgaa-ctaaaagtgattaggttgttgttgat |
711 |
Q |
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|
| T |
4805654 |
aaaatacacaaaaaaatcaaagtagattatattaaaagcatcaaaatttaggagttagaaaatgatttgtgaaactaaaagtgattaggttgttgttgat |
4805555 |
T |
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| Q |
712 |
gttgttatgtttgtgcaataatttaccaacgggagcagttggcagtagttagtatgtcttttaaaatgatacatgtcacttcatagcatgggcaggtaag |
811 |
Q |
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| T |
4805554 |
gttgttatgtttgttcaataatttaccaacaggagcagttggcagtagttagtatgtcttttaaaatgatacatgtcacttcatagcatgggcaggtaag |
4805455 |
T |
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| Q |
812 |
caaagaaagaaagcaaaatacacactttctctctctatagtttctttctctttctagttctagcttatagtgttgtctgtaatctataaaagttagattt |
911 |
Q |
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| T |
4805454 |
caaagaaagaaagcaaaatacacactttctctctctatattttctctctctttctagttctagcttatagtgttgtctgtaatctataaaagttagattt |
4805355 |
T |
|
| Q |
912 |
ttatactacctttgttgtttatggttactacccaattggtgaaattggtttttattgtctaatctatatagcatttgatgctaaatcctgtccctttcac |
1011 |
Q |
| |
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|
| T |
4805354 |
ttatactacctttgttgtttatggttactacccaattggtgaaattggtttttattgtctaatctatatagcatttgatgctaaatcctgtccctttcac |
4805255 |
T |
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| Q |
1012 |
tttc-agtttcttcagtcattgcaggatttgagtacttgta-ttgattcttttg |
1063 |
Q |
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|
| T |
4805254 |
tttcaagtttcctcagtcattgcaggatttgagtacttgtatttgattcttttg |
4805201 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 7 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 4806286 - 4805980
Alignment:
| Q |
7 |
aagaatactaaagggaacaagcttggccttcaagagaagaacctctcaatttgaga--attcaatcaaagnnnnnnntgcacacgcccctgatgagaaag |
104 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
4806286 |
aagaatactaaagggaacaagcttggccttcaagagaagaacctctcaatttgagagaattcaatcaaagataaaaatgcacacgcccctgatgaaaaag |
4806187 |
T |
|
| Q |
105 |
gtgaaaacttaattaaattattgattaacaaaatgattaattaactaacctgaataattattacagttggtaataagtagtagtaacaataaaatgtgtg |
204 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4806186 |
gtgaaaacttaattaaattattgattaacaaaatgattaattaactaacctgaataattattacagttggtaataagtagtagtaacaataaaatgtgtg |
4806087 |
T |
|
| Q |
205 |
aaatttggggagacaaccaaaatatcaggtttaaaattaatgagatctgatcttgatctactgtcatcgatgtgtggactgcatgaatgtaaacattatt |
304 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
4806086 |
aaatttggggagacaac-----tatcaggtttaaaattaatgagatatgatcttgatctcctgtcatcgatgtgtggactgcatgaatgtaaacattatt |
4805992 |
T |
|
| Q |
305 |
cataagatgact |
316 |
Q |
| |
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|||||||||||| |
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| T |
4805991 |
cataagatgact |
4805980 |
T |
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