View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4362-Insertion-5 (Length: 954)
Name: NF4362-Insertion-5
Description: NF4362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4362-Insertion-5 |
 | |
|
| [»] scaffold0581 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 841; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 841; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 25617365 - 25616451
Alignment:
| Q |
10 |
gtgtaccttcttttgtccacctactgcttgagcaaaattgaatactatgttacaatatggatactactaatatttccaatctataaaatcaccatttttg |
109 |
Q |
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| T |
25617365 |
gtgtaccttctttcgtccacctactgcttgagcaaaattgaatactatgttacaatatggatactactaatatttccaatctatataatcaccatttttg |
25617266 |
T |
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| Q |
110 |
tcactctttcagtatgtttt-gtgtccaccaagagatttatatgaatatactcttaaactgctaaggtttgtgtaagttgtccaaactgaggccaaagag |
208 |
Q |
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| T |
25617265 |
tcactctttcagtatgtttttgtgtccaccaagagatttatatgaatatactcttaaactgctaaggtttgtgtaagttgtccaaactgaggccaaagag |
25617166 |
T |
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| Q |
209 |
aaaataaaagacnnnnnnnnnccaacaaaatcgatgcaaaagacggatgaaagcaatgtatttgactcacttgctatgcttaagctaggttcaaatgtgt |
308 |
Q |
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| T |
25617165 |
aaaataaaaga-aaaaaaaaaccaacaaaatcgatgcaaaaaacggataaaagcaatgtatttgactcacttgctatgcttaagctaggttcaaatgtgt |
25617067 |
T |
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| Q |
309 |
gaggtgcaaaaaagatgttatgatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaatgatgatgattttatagatcagaaaccatt |
408 |
Q |
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| T |
25617066 |
gaggtgcaaaaaagatgttatgatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaatgatgatgattttatagatcagaaaccatt |
25616967 |
T |
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| Q |
409 |
ttactacccacactacaatagagtattcaagtatgatcaaacactccatagagagttatagtattgttaaagcttatttgggattataatcatgttgata |
508 |
Q |
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| T |
25616966 |
ttactacccacactacaatagagtattcaagtatgatcaaacactccatagagagttatagtattgttaaagcttatttgggattataatcatgttgata |
25616867 |
T |
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| Q |
509 |
agataaataatatcattgttaggccttgccgagagatagttttaggtttttggaagcattcgtgcaataaactcatttatatctattaactaattggaat |
608 |
Q |
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| T |
25616866 |
agataaataatatcattgttaggccttgccgagagatagttttaggtttttggaagcattcgtgcaataaactcatttatatctattaactaattggaat |
25616767 |
T |
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| Q |
609 |
tttaccaatgaaatccagaaacaattagaaaacccggtaccatctactttgatgtctaatgcagtatcattcacataccatgcaaccactaaagcatcat |
708 |
Q |
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| T |
25616766 |
ttcaccaatgaaatccagaaacaattagaaaacccggtaccatctactttgatgtctaatgcagtatcattcacataccatgcaaccactaaagcatcat |
25616667 |
T |
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| Q |
709 |
caatcataacagctacataaatcctgatgattaactccgatacatggattgttcttaaacatactcttaattaatttcagtatctatttcaatctgagca |
808 |
Q |
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| T |
25616666 |
caatcataacagctacataaatcctgataactaactccgatacatggattgttcttaaacatactcttaattaatttcagtatctatttcaatctgagca |
25616567 |
T |
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| Q |
809 |
tatatataacagataacatatatttgttatatcagtctactaaaataacagaaagaggagcaggattttttcttggtatacccttctttgtcacaattgt |
908 |
Q |
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| T |
25616566 |
tatatataacagataacatatatttgttatatcagtctactaaaataacagaaagaggagcaggattttttcttggtatacccttctttgtcacaattgt |
25616467 |
T |
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| Q |
909 |
agctaaagtctctgcc |
924 |
Q |
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| T |
25616466 |
agctaacgtctctgcc |
25616451 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 676 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 25611271 - 25611124
Alignment:
| Q |
676 |
cattcacataccatgcaaccactaaagcatcatcaatcataacagctacataaatcctgatgattaactccgatacatggattgttcttaaacatactct |
775 |
Q |
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|
| T |
25611271 |
cattcacatacaatgcaaccataaaaacaacatcaatcataacagctacataaatcctaataactaactccaatatatggattgttgttaagcatact-t |
25611173 |
T |
|
| Q |
776 |
taattaatttcagtatctatttcaatctgagcatatatataacagataa |
824 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
25611172 |
taattaatctcagtatctatttcaatctgatcatatatataacagataa |
25611124 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 330 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 13299090 - 13299015
Alignment:
| Q |
330 |
gatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaatgatgatgattttatagatcagaaacc |
405 |
Q |
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| T |
13299090 |
gatcttatcaagctctttgtgggcacaaagcatactgcaaaagtgacagcgatggtgattttaaagatcagaaacc |
13299015 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 290 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 13261254 - 13261127
Alignment:
| Q |
290 |
aagctaggttcaaatgtgtgaggtgcaaaaaagatgttatgatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaatgatgatgatt |
389 |
Q |
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| T |
13261254 |
aagccaggttcaactgtgagaggtgcggaaaa-atgttccgatcttatcaagctcttggtgggcacagagtatactgcaaaagagacaatgatggtgatt |
13261156 |
T |
|
| Q |
390 |
ttatagatcagaaaccattttactaccca |
418 |
Q |
| |
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| |||||||||||||| ||| ||| |||| |
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| T |
13261155 |
taatagatcagaaaccttttcactgccca |
13261127 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0581 (Bit Score: 721; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0581
Description:
Target: scaffold0581; HSP #1
Raw Score: 721; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 816
Target Start/End: Original strand, 5545 - 6356
Alignment:
| Q |
10 |
gtgtaccttcttttgtccacctactgcttgagcaaaattgaatactatgttacaatatggatactactaatatttccaatctataaaatcaccatttttg |
109 |
Q |
| |
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| T |
5545 |
gtgtaccttcttttgtccacctactgcttgagcaaaattgaatactatgttacaatatggatactactaatatttccaatctataagatcaccatttttg |
5644 |
T |
|
| Q |
110 |
tcactctttcagtatgttttgtgtccaccaagagatttatatgaatatactcttaaactgctaaggtttgtgtaagttgtccaaactgaggccaaagaga |
209 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5645 |
tcactctttcagtatgttttgtgtccaccaagagatttatatgaatatactcttaaactgctaaggtttgtgtaagttgtccaaactgaggccaaagaga |
5744 |
T |
|
| Q |
210 |
aaataaaagacnnnnnnnnn-----ccaacaaaatcgatgcaaaagacggatgaaagcaatgtatttgactcacttgctatgcttaagctaggttcaaat |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5745 |
aaataaaagagaaagaaaaaaaaaaccaacaaaatcgatgcaaaaaacagataaaagcaatgtatttgactcacttgctatgcttaagctaggttcaaat |
5844 |
T |
|
| Q |
305 |
gtgtgaggtgcaaaaaagatgttatgatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaatgatgatgattttatagatcagaaac |
404 |
Q |
| |
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|
| T |
5845 |
gtgtgaggtgcaaaaaagatgttatgatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaataatgatgattttatagatcagaaac |
5944 |
T |
|
| Q |
405 |
cattttactacccacactacaatagagtattcaagtatgatcaaacactccatagagagttatagtattgttaaagcttatttgggattataatcatgtt |
504 |
Q |
| |
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|
| T |
5945 |
cattttactacccacactacaatagagtattcaagtatgatcaaacactccatagagagttatagtattgttaaagcttatttgggattataatcatgtt |
6044 |
T |
|
| Q |
505 |
gataagataaataatatcattgttaggccttgccgagagatagttttaggtttttggaagcattcgtgcaataaactcatttatatctattaactaattg |
604 |
Q |
| |
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|
| T |
6045 |
gataagataaataatatcattgttaggccttgccgagagatagttttaggtttttggaagcattcgtgcaataaactcatttatatctattaactaattg |
6144 |
T |
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| Q |
605 |
gaattttaccaatgaaatccagaaacaattagaaaacccggtaccatctactttgatgtctaatgcagtatcattcacataccatgcaaccactaaagca |
704 |
Q |
| |
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| T |
6145 |
gaatttcaccaatgaaatccagaaacaattagtaaacccggtaccatctactttgatgtctaatgcagtatcattcacataccatgtaaccactaaagca |
6244 |
T |
|
| Q |
705 |
tcatcaatcataacagctacataaatcctgatgattaactccgatacatggattgttcttaaacatactcttaattaatttcagtatctatttcaatctg |
804 |
Q |
| |
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|
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| T |
6245 |
tcatcaatcataacagctgcataaatcctgataattaactccgatacatggattgttcttaaacatactcttaattaatttcagtatctatttcaatctg |
6344 |
T |
|
| Q |
805 |
agcatatatata |
816 |
Q |
| |
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|||||||||||| |
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| T |
6345 |
agcatatatata |
6356 |
T |
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