View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4364-Insertion-1 (Length: 1149)

Name: NF4364-Insertion-1
Description: NF4364
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4364-Insertion-1
NF4364-Insertion-1
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (8-996)||(31953462-31954456)
chr6 (35-111)||(31867811-31867887)
chr6 (35-110)||(31889213-31889288)
chr6 (735-797)||(2284819-2284881)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 787; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 787; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 996
Target Start/End: Complemental strand, 31954456 - 31953462
Alignment:
Q  8 aaatcaacatcaacatcatcnnnnnnntccacctggtccaaaacctttcccaattattggcaacctccacatcctaggaaaactaccacatcgtaccctt 107  Q
    ||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31954456 aaatcaacatcaacatcatcaaaaaaatccacctggtccaaaacctttcccaattattggcaacctccacatcctaggaaaactaccacatcgtaccctt 31954357  T
Q  108 caatccctttcnnnnnnncatggaccaatcatgtccttaaaactaggaaaaattccaaccatcatagtttcctccccagaatcaactgaaaaatttctca 207  Q
    |||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31954356 caatccctttcaaaaatacatggaccaatcatgtccttaaaactaggaaaaattccaaccatcatagtttcctccccagaatcagctgaaaaatttctca 31954257  T
Q  208 aaacccatgacgctattttctctagtagaccaaaacttcaagcgtccgaacacatgttttatggcggaaagggattgggtttggctccatatggttccta 307  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31954256 aaacccacgacgctattttctctagtagaccaaaacttcaagcgtccgaacacatgttttacggtggaaagggattgggtttagctccatatggttccta 31954157  T
Q  308 ttggcggaacatgaaaaaactttgtactttgcaccttttgagtggttcgaaagttgagatgtttgcgtctatgagaagtgaggaattagggatgcttata 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31954156 ttggcggaacatgaaaaaactttgtactttgcaccttttgagtggttcgaaagttgagatgtttgcatctatgagaagtgaggaactagggatgcttata 31954057  T
Q  408 aagtcggttgataaagcagcggttttaggtgaagtcgtgaatcttagtgagatagttggtgaggttatagcgaatattacttataagatggttttgggat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31954056 aagtcggttgataaagcagcggttttaggtgaagtcgtgaatcttagtgagatagttggtgaggttatagcgaatattacttataagatggttttgggat 31953957  T
Q  508 gcaataaggatagtgatttggatttaaagggagtaattcgagagtgtatgaacttggctggaagttttaatttggcagattttttgccttggctaagcat 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31953956 gcaataaggatagtgatttggatttaaagggagtaattcgagagtgtatgaacttggctggaagttttaatttggcagattttttgccttggctaagcat 31953857  T
Q  608 atttgatattcaggtatgtatcaatatctgagatattaacttctagttgtatactatacatgtgataattaactttgcattttcccaacatttgagtgat 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  31953856 atttgatattcaggtatgtatcaatatctgagatattaacttctagttgtatactatacatgtgataattaactttgcattttcccaacatttgagtact 31953757  T
Q  708 attttcatgtttgatcatgctattaaatttattcaataactaatgtatcttatctgtattattgatcagataaattgattattcaataaacataagaact 807  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31953756 attttcatgtttgatcatgctactagatttattcaataactaatgtatcttatctatattattgatcagataaattgattattcaataaacataagaact 31953657  T
Q  808 tataataaggactggatagagtatacattcgattaaattctgaaatttaggatcaaataatgtggagtataggacctatnnnnnnnnnnnnnnnnntgtt 907  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||    
T  31953656 tataataaggattggatagagtatacatttgattaaattttgaaatttaggatcaaataatgtggagtataggacctataaaaataaaataaaaaatgtt 31953557  T
Q  908 gacttg-agatcaattaaattgtttttg-aaattgggattacatagtttt--aaatag-aggattg-agactactgcaagttgtccaattgatag 996  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  31953556 gacttgaagatcaattaaattgtttttgaaaattgggattacatagtttttaaaatagaaggattgaagactacggcaagtgttccaattgatag 31953462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 31867887 - 31867811
Alignment:
Q  35 tccacctggtccaaaacctttcccaattattggcaacctccacatcctaggaaaactaccacatcgtacccttcaat 111  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  31867887 tccaccaggtccaaaacctttgccaattattggtaaccttcacatgctaggaaaacttccacatcgttcccttcaat 31867811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 35 - 110
Target Start/End: Original strand, 31889213 - 31889288
Alignment:
Q  35 tccacctggtccaaaacctttcccaattattggcaacctccacatcctaggaaaactaccacatcgtacccttcaa 110  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  31889213 tccaccaggtccaaaacctttgccaattattggtaaccttcacatgctaggaaaacttccacatcgttcccttcaa 31889288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 735 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 2284881 - 2284819
Alignment:
Q  735 tttattcaataactaatgtatcttatctgtattattgatcagataaattgattattcaataaa 797  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||  |||||||| ||| |||||||||||||    
T  2284881 tttattaaataattaatgtatctgatctatattataaatcagatacattaattattcaataaa 2284819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University