View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4364-Insertion-5 (Length: 946)

Name: NF4364-Insertion-5
Description: NF4364
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4364-Insertion-5
NF4364-Insertion-5
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (8-936)||(7725919-7726843)
chr2 (8-932)||(7733341-7734265)
chr2 (8-788)||(7711031-7711811)
chr2 (9-751)||(7745818-7746560)
chr2 (14-786)||(7698999-7699786)
chr2 (468-791)||(7704165-7704492)
chr2 (230-414)||(7703936-7704120)
chr2 (825-932)||(7745667-7745770)
chr2 (106-150)||(7748329-7748373)
chr2 (822-890)||(7711824-7711891)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 818; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 818; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 936
Target Start/End: Original strand, 7725919 - 7726843
Alignment:
Q  8 gatttccctcttaaaaacttaccaaaaactagtaaaggtatattaggccttgcaagaacaccactgtctttaccaaaacagctttcattagctcctttta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7725919 gatttccctcttaaaaacttaccaaaaactagtaaaggtatattaggccttgcaagaacaccactgtcattaccaaaacagctttcattagctcctttta 7726018  T
Q  108 aacttcttaacaagtttgctctttgtttaccatcttcaaacaatcttggtagtgttttcattggtggggtaggatcttctctttccaagtttcaactcac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7726019 aacttcttaacaagtttgctctttgtttaccatcttcaaacaatcttggtagtctttttattggtggggtaggatcttctctttccaagtttcaactcac 7726118  T
Q  208 taaagttcctcttgttattaatccctttagcactgctccaatatttaccgatggtgatgcttcttatgaatactttattgatgtgaaatcaattaaagtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7726119 taaagttcctcttgttattaatccctttagcactgctccaatatttaccgaaggtgatgcttcttatgaatactttattgatgtgaaatcaattaaagtt 7726218  T
Q  308 ggtggtgaagttctgagcttcaagtctttccttttgtccattgacaataagggaaatggcggaacaaaacttagcgcaatgaatcccttcactgttttgc 407  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7726219 ggtggtgaagttctgaacttcaagtcttcccttttgtccattgacaataagggaaatggcggaacaaaacttagcacaatgaatcccttcactgttttgc 7726318  T
Q  408 atagttccatactgaaaccacttgttagagattttaataagaaggcttctgatnnnnnnntaaagaaagtgtcatcagtggcaccatttgaaacatgttt 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7726319 atagttccatactgaaaccacttgttagagattttactaagaaggcttctgataaaaaaataaagaaagtgtcatcagtggcaccatttgatacatgttt 7726418  T
Q  508 tgatttgagcactattggtaagactaatactggattggatgtgcctactattagtttggtgctagaaggaggtgtggagtggacaatttttggtggaaat 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  7726419 tgatttgagcactattggtaagactaatactggattggatgtgcctactattagtttggtgctagaaggtggtgtggagtggataattttcggtggaaat 7726518  T
Q  608 tcaatggtgttggtgaataaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaagaacagctgttgttattggtggacaccagttggagg 707  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7726519 tcaatggttttggtgaataaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaagaacagctgttgttattggtggacaccagttggagg 7726618  T
Q  708 acattgtgttggagtttgatttggtttcttctaaattaggattcagctcttccctccgccttcaaaatgcaagttgttccaactccaactcagtgaataa 807  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7726619 acattgtattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattcagctcttccctcctccttcaaaatgcaagttgttccaactccaactcagtgaataa 7726718  T
Q  808 gatggtaaaatctggtgaaagtttcatttcagttgagtgagattattacgagtttaagtagcttttgttgtttcccttttaataattgagtaagatggtg 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||     
T  7726719 gatggtaaaatctggtgaaagtttcatttcagttgagtgagattattacgagtttaagtagcttttgttgtttcccttt---taattgagtaagatggtc 7726815  T
Q  908 atttgtaaacttttgtccttttcatctct 936  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  7726816 atttgt-aacttttgtcctttttatctct 7726843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 788; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 932
Target Start/End: Original strand, 7733341 - 7734265
Alignment:
Q  8 gatttccctcttaaaaacttaccaaaaactagtaaaggtatattaggccttgcaagaacaccactgtctttaccaaaacagctttcattagctcctttta 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7733341 gatttccctctcaaaaacttaccaaaaactagtaaaggtatattaggccttgcaagaacaccactttcattaccaaaacagctttcattagctcctttta 7733440  T
Q  108 aacttcttaacaagtttgctctttgtttaccatcttcaaacaatcttggtagtgttttcattggtggggtaggatcttctctttccaagtttcaactcac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7733441 aacttcttaacaagtttgctctttgtttaccatcttcaaacaatcttggtagtcttttcattggtggggtaggatcttctctttccaagtttcaactcac 7733540  T
Q  208 taaagttcctcttgttattaatccctttagcactgctccaatatttaccgatggtgatgcttcttatgaatactttattgatgtgaaatcaattaaagtt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7733541 taaagttcctcttgttattaatccctttagcactgctccaatatttaccgatggtgatgcttcttatgaatactttattgatgtgaaatcaattaaagtt 7733640  T
Q  308 ggtggtgaagttctgagcttcaagtctttccttttgtccattgacaataagggaaatggcggaacaaaacttagcgcaatgaatcccttcactgttttgc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||    
T  7733641 ggtggtgaagttctgagcttcaagtcttcccttttgtccattgacaataagggaaatggtggaacaaaacttagcacaatgaagtccttcactgtgttgc 7733740  T
Q  408 atagttccatactgaaaccacttgttagagattttaataagaaggcttctgatnnnnnnntaaagaaagtgtcatcagtggcaccatttgaaacatgttt 507  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7733741 atagttccatattcaaaccacttgttagagattttactaagaaggcttctgataaaaaaataaagaaagtggcatcagtggcaccatttgatacatgttt 7733840  T
Q  508 tgatttgagcactattggtaagactaatactggattggatgtgcctactattagtttggtgctagaaggaggtgtggagtggacaatttttggtggaaat 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7733841 tgatttgagcactattggtaagactaatactggattggatgtgcctactattggtttggtgctagaaggaggtgtggagtggacaatttttggtggaaat 7733940  T
Q  608 tcaatggtgttggtgaataaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaagaacagctgttgttattggtggacaccagttggagg 707  Q
    || ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7733941 tctatggtcttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaagaacagctgttgttattggtggacaccagttggagg 7734040  T
Q  708 acattgtgttggagtttgatttggtttcttctaaattaggattcagctcttccctccgccttcaaaatgcaagttgttccaactccaactcagtgaataa 807  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7734041 acattgtattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattcagctcttccttgctccttcaaaatgcaagttgttccaactccaattcagtgaataa 7734140  T
Q  808 gatggtaaaatctggtgaaagtttcatttcagttgagtgagattattacgagtttaagtagcttttgttgtttcccttttaataattgagtaagatggtg 907  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7734141 gatggtaaaatctagtgaaagtttcatttcagttgagtgagattattatgagtttaagtagctactgttgtttcccttttaataattgagtaagatggtg 7734240  T
Q  908 atttgtaaacttttgtccttttcat 932  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  7734241 atttgtaaacttttgtccttttcat 7734265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 552; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 788
Target Start/End: Original strand, 7711031 - 7711811
Alignment:
Q  8 gatttccctcttaaaaacttaccaaaaactagtaaaggtatattaggccttgcaagaacaccactgtctttaccaaaacagctttcattagctcctttta 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||   |    
T  7711031 gatttccctctcaaaaacttaccaaaaactagtaaaggtatattaggccttgcaagaacaccactttcattaccaaaacagctttcattagctcctcaaa 7711130  T
Q  108 aacttcttaacaagtttgctctttgtttaccatcttcaaacaatcttggtagtgttttcattggtggggtaggatcttctctttccaagtttcaactcac 207  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||  ||||  | || |||||||| |||||||    
T  7711131 aaattcttaacaagtttgttctttgtttaccatcttcaaacaaacttggtagtatattcataggtggggtaccatctaattttgccaagtttaaactcac 7711230  T
Q  208 taaagttcctcttgttattaatccctttagcactgctccaatatttaccgatggtgatgcttcttatgaatactttattgatgtgaaatcaattaaagtt 307  Q
    ||   |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7711231 tactattcctcttattattaacccctttagcactgctccaatatttactgaaggtgatgcttcttatgaatactttattgatgtgaaatcaattaaagtt 7711330  T
Q  308 ggtggtgaagttctgagcttcaagtctttccttttgtccattgacaataagggaaatggcggaacaaaacttagcgcaatgaatcccttcactgttttgc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||| || |    
T  7711331 ggtggtgaagttctgagcttcaagtcctcccttttgtccattgacaataagggaaatggtggaacaaaacttagcacaatgaagtccttcactgtgtttc 7711430  T
Q  408 atagttccatactgaaaccacttgttagagattttaataagaaggcttctgatnnnnnnntaaagaaagtgtcatcagtggcaccatttgaaacatgttt 507  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7711431 atagttccatattgaaaccacttgttagagattttaataagaaggcctctgataaaaaaattaagaaagtgtcatcagtggcaccatttgaaacatgttt 7711530  T
Q  508 tgatttgagcactattggtaagactaatactggattggatgtgcctactattagtttggtgctagaaggaggtgtggagtggacaatttttggtggaaat 607  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7711531 tgatttgagcactattggtaggtctaatgctggattggatgtgcctactattggtttggtgctagaaggaggtgtggagtggacaatttttggtggaaat 7711630  T
Q  608 tcaatggtgttggtgaataaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaagaacagctgttgttattggtggacaccagttggagg 707  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  7711631 tcaatggtgttggtgagtaaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaagaacagctgttgtgattggtggacaccaattggagg 7711730  T
Q  708 acattgtgttggagtttgatttggtttcttctaaattaggattcagctcttccctccgccttcaaaatgcaagttgttcca 788  Q
    ||| | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||||||||||    
T  7711731 acaatctattggagtttgatttgatttcttctaaattaggattcagctcttccttgctccttcaaaatggaagttgttcca 7711811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 751
Target Start/End: Complemental strand, 7746560 - 7745818
Alignment:
Q  9 atttccctcttaaaaacttaccaaaaactagtaaaggtatattaggccttgcaagaacaccactgtctttaccaaaacagctttcattagctccttttaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||   ||    
T  7746560 atttccctcttaaaaacttaccaaaaactagtaaaggtatattaggccttgcaagaacaccactttcattaccaaaacagctttcattagctcctcaaaa 7746461  T
Q  109 acttcttaacaagtttgctctttgtttaccatcttcaaacaatcttggtagtgttttcattggtggggtaggatcttctctttccaagtttcaactcact 208  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||||  | || |||||||| ||||||||    
T  7746460 aattcttaacaagtttgttctttgtttaccatcttcaaacaaacttggtagttttttcattggtggggtaccatctaattttgccaagtttaaactcact 7746361  T
Q  209 aaagttcctcttgttattaatccctttagcactgctccaatatttaccgatggtgatgcttcttatgaatactttattgatgtgaaatcaattaaagttg 308  Q
    |   |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  7746360 actattcctcttattattaacccctttagcactgctccaatattttcccaaggtgatgcttcttatgaatatttcattgatgtgaaatcaattaaagttg 7746261  T
Q  309 gtggtgaagttctgagcttcaagtctttccttttgtccattgacaataagggaaatggcggaacaaaacttagcgcaatgaatcccttcactgttttgca 408  Q
    |||||||| || | ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||   ||||||||| || ||    
T  7746260 gtggtgaaattgttagctttaagtcttccattttgtccattgacaataagggaaatggtggaacaaaacttagcacagtgaagaacttcactgtgttaca 7746161  T
Q  409 tagttccatactgaaaccacttgttagagattttaataagaaggcttctgatnnnnnnntaaagaaagtgtcatcagtggcaccatttgaaacatgtttt 508  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7746160 tagttccatattcaaaccacttgttagagattttactaagaaggcttctgataataaaataaagaaagtggcatcagtggcaccatttgaaacatgtttt 7746061  T
Q  509 gatttgagcactattggtaagactaatactggattggatgtgcctactattagtttggtgctagaaggaggtgtggagtggacaatttttggtggaaatt 608  Q
    |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7746060 gatttgagtactatgcgtaggactaatactggattggatgtacctactattgatttggtgctacaagggggtgtgaagtggacaatttttggtggaaatt 7745961  T
Q  609 caatggtgttggtgaataaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaagaacagctgttgttattggtggacaccagttggagga 708  Q
    | ||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  7745960 ctatggccttggtgagtaaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaatgagccaagaactgctgttgtgattggtggacaccaattggagga 7745861  T
Q  709 cattgtgttggagtttgatttggtttcttctaaattaggattc 751  Q
    || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7745860 caatctattggagtttgatttggtttcttctaaattaggattc 7745818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 786
Target Start/End: Original strand, 7698999 - 7699786
Alignment:
Q  14 cctcttaaaaacttaccaaaaactagtaaaggtatattaggccttgcaagaacaccactgtctttaccaaaacagctttcattagctcctttt---aaac 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||  |||||||||||||||||| | || ||| |   || |    
T  7698999 cctcttaaaaacttaccaaaaactagtaaagggatattaggccttgcaagaacaaaactttcactaccaaaacagctttcatcatcttcttctcataagc 7699098  T
Q  111 ttcttaacaagtttgctctttgtttaccatcttcaaacaat------cttggtagtgttttcattggtggggtagg------atcttctctttccaagtt 198  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||  | |||||||||||| ||        |  |||| ||| ||||||    
T  7699099 ttcctaacaaatttgctctttgtttaccatcttcaaacaagaaaggacttggtagcctcttcattggtgggataccccaacaaagttcttttttcaagtt 7699198  T
Q  199 tcaactcactaaagttcctcttgttattaatccctttagcactgctccaatatttaccgatggtgatgcttcttatgaatactttattgatgtgaaatca 298  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  7699199 tcaactcactaaaattcctcttgttattaacccctttagcactgctccaatatttactaaaggtgatgcttcttatgaatatttcattgatgtgaaatca 7699298  T
Q  299 attaaagttggtggtgaagttctgagcttcaagtctttccttttgtccattgacaataagggaaatggcggaacaaaacttagcgcaatgaatcccttca 398  Q
    |||||||||||||||||| |||| | ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| | |||||  | |||     
T  7699299 attaaagttggtggtgaaattcttaactttaagtcttcccttttgtccattgacaataagggaaatggtgggacaaaaattagcaccatgaaatctttct 7699398  T
Q  399 ctgttttgcatagttccatactgaaaccacttgttagagattttaataagaaggcttctgatnnnnnnntaaagaaagtgtcatcagtggcaccatttga 498  Q
    | || ||||||||||| ||    |   | |||||||||||||||   |||||||||||||||       ||||||||||| ||| ||||||||||||||     
T  7699399 cagtgttgcatagttcaatttatagtactcttgttagagattttgtgaagaaggcttctgataaaaaaataaagaaagtggcattagtggcaccatttgg 7699498  T
Q  499 aacatgttttgatttgagcactattggtaagactaatactggattggatgtgcctactattagtttggtgctagaaggaggtgtggagtggacaattttt 598  Q
    | ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||      
T  7699499 agcatgttttgattttagcaccattggtaggactaatactggattggatgtaccaactattgatttggttctacaaggtggtgtagagtggacaatttac 7699598  T
Q  599 ggtggaaattcaatggtgttggtgaataaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaaagagccaagaacagctgttgttattggtggacacc 698  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| | |||||||||||||| ||||    
T  7699599 ggtggaaattcaatggtgttggtgaataaaaaggtagcaagtcttggatttgtggatggtggtaaaaagccaacaacatcagttgttattggtgggcacc 7699698  T
Q  699 agttggaggacattgtgttggagtttgatttggtttcttctaaattaggattcagctcttccctccgccttcaaaatgcaagttgttc 786  Q
    | |||||||||| | |  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||    
T  7699699 aattggaggacaatctactggagtttgatttagtttcatctaaattaggattcagctcttccctgcttcttcataatgcaagatgttc 7699786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 468 - 791
Target Start/End: Original strand, 7704165 - 7704492
Alignment:
Q  468 taaagaaagtgtcatcagtggcaccatttgaaacatgttttgatttgagcactattggtaagactaatactggattggatgtgcctactattagtttggt 567  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| ||||| | ||||||||||||| ||  ||||||||| ||||| || |||||||||||||   | ||||  ||||||    
T  7704165 taaagcaagtggcatcagtgacacaatttggagcatgttttgatttaagtgctattggtaggactattattggattggatgtgataaatattgatttggt 7704264  T
Q  568 gctagaaggaggtgtggagtggacaattttt----ggtggaaattcaatggtgttggtgaataaaaatgttgcatgtcttggatttgtggatggtggtaa 663  Q
     ||| || | |||||| |||||||| | | |    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7704265 cctaaaaaggggtgtgaagtggacagtatgtatatggtggaaattcaatggtgttggtgaataaaaatgtagcatgtcttggatttgtggatggtggtaa 7704364  T
Q  664 agagccaagaacagctgttgttattggtggacaccagttggaggacattgtgttggagtttgatttggtttcttctaaattaggattcagctcttccctc 763  Q
    ||| ||||||| | |  ||||||||||||| ||||| |||||||| | | | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||     
T  7704365 agaaccaagaagatcaattgttattggtgggcaccaattggaggagaatctattggagtttgatttagtttcttccaaattaggattcatctcttccctt 7704464  T
Q  764 cgccttcaaaatgcaagttgttccaact 791  Q
    | |||||| ||| |||| | ||||||||    
T  7704465 ccccttcataattcaagatattccaact 7704492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 230 - 414
Target Start/End: Original strand, 7703936 - 7704120
Alignment:
Q  230 ccctttagcactgctccaatatttaccgatggtgatgcttcttatgaatactttattgatgtgaaatcaattaaagttggtggtgaagttctgagcttca 329  Q
    |||||||||||||||||||||| |    | |||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| | ||| |    
T  7703936 ccctttagcactgctccaatatctggtaaaggtgatgctttttatgaatatttaattgatgtgaaatcaattaaagttggttgcaaagttctcaacttta 7704035  T
Q  330 agtctttccttttgtccattgacaataagggaaatggcggaacaaaacttagcgcaatgaatcccttcactgttttgcatagttc 414  Q
    |||||| | ||||| |||| |||||||||| | |||| ||||||||| ||| | | |||||  ||||||| || |||||||||||    
T  7704036 agtcttccattttgcccatggacaataaggaatatggtggaacaaaatttaccaccatgaagtccttcacagtgttgcatagttc 7704120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 825 - 932
Target Start/End: Complemental strand, 7745770 - 7745667
Alignment:
Q  825 aaagtttcatttcagttgagtgagattattacgagtttaagtagcttttgttgtttcccttttaataattgagtaagatggtgatttgtaaacttttgtc 924  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||   || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7745770 aaagtttcatttcaattgagtgagagtattatgagtttaagtagcttttgttatttcccttt---tagttgtgtaagatggtgatttgt-aacttttgtc 7745675  T
Q  925 cttttcat 932  Q
    ||||||||    
T  7745674 cttttcat 7745667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 150
Target Start/End: Original strand, 7748329 - 7748373
Alignment:
Q  106 taaacttcttaacaagtttgctctttgtttaccatcttcaaacaa 150  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7748329 taaacttcctaacaagtttgcactttgtttaccatcttcaaacaa 7748373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 822 - 890
Target Start/End: Original strand, 7711824 - 7711891
Alignment:
Q  822 gtgaaagtttcatttcagttgagtgagattattacgagtttaa-gtagcttttgttgtttcccttttaat 890  Q
    |||||| | |||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  7711824 gtgaaaatctcatttcagtcgagtgagattatt--gagtttaaagtaacttttgttgtttcccttttaat 7711891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University