View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4364-Insertion-6 (Length: 914)

Name: NF4364-Insertion-6
Description: NF4364
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4364-Insertion-6
NF4364-Insertion-6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-914)||(44530805-44531694)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 819; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 819; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 914
Target Start/End: Original strand, 44530805 - 44531694
Alignment:
Q  19 attcataacaacaatattagtacaaaggtaacttagaaacaaagaaacaaagatattttgatgagtccatcatgttcatatatatgacacaaatactcaa 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||    
T  44530805 attcataacaacaatattagtacaaaggtaacttagaaacaaagaaacaaagatattttgatgagtccatcatgttcatat----gacacaaatactcaa 44530900  T
Q  119 tcacaacttattacattgagtaggaataaaagtaatagtttccttctgaagatcatgattaaccaaaatattttgttgttgaatattaccaaagatagac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44530901 tcacaacttattacattgagtaggaataaaagtaatagtttccttctgaagatcatgattaaccaaaatattttgttgttgaatattaccaaagatagac 44531000  T
Q  219 attccattagaagctcccatagctaaacaagcaacacctaaacttgaatcagcaatcatataattttcaccaggcaattccaaatcaccacctttgaaat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44531001 attccattagaagctcccatagctaaacaagcaacacctaaacttgaatcagcaatcatataattttcaccaggcaattccaaatcaccacctttgaaat 44531100  T
Q  319 gaaaaactaattttggaatttcaacttctgttttccctgatggcaaactaaaacaaacatctaatccagttgaacccgatttatcgaccggtaattttgt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44531101 gaaaaactaattttggaatttcaacttctgttttccctgatggcaaactaaaacaaacatctaatccagttgaacccgatttatcgaccggtaattttgt 44531200  T
Q  419 ttgagatgtaaactctttcttcaatgaatcaaaagcattctcttcaatgtaagtaattgttgtgccagaatcaataattacaccaccacttccatcatca 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44531201 ttgagatgtaaactctttcttcaatgaatcaaaagcattctcttcaatgtaagtaattgttgtgccagaatcaataattacaccaccacttccatcatca 44531300  T
Q  519 ctaacctcaaaagttgattgctcaattgacaattttgtgtcaccaacagagataccttcaagtgaaatataataaaaagatggttgcaatggatttgtga 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44531301 ctaacctcaaaagttgattgctcaattgacaattttgtgtcaccaacagagataccttcaagtgaaatataataaaaagatggttgcaatggatttgtga 44531400  T
Q  619 taagtggtgttgttacctgttttgtggcattaacatttggaagagaacctaacaaaagaacactttgttttgtgtcatccattgaggttaaacaataaga 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44531401 taagtggtgttgttacctgttttgtggcattaacatttggaagagaacctaacaaaagaacactttgttttgtgtcatccattgaggttaaacaataaga 44531500  T
Q  719 gaatttttgttcttttaattgagaaaccaaagataaaggtccacgtcctaatccaaccaaccctgaagcttgttcaaacccttttccttcattgtcttca 818  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44531501 gaattcttgttcttgtaattgagaaaccaaagataaaggaccacgtcctaatccaaccaaccctgaagcttgttcaaacccttttccttcattgtcttca 44531600  T
Q  819 ccacaaccaaaaccaatgtttttaactgaaacttggnnnnnnnnatcatcaccaacaagtggatgtttcactacctaaaataacattgtgtcatag 914  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  44531601 ccacaaccaaaaccaatgtttttaactgaaacttggttttttttatcatcaccaa-aagtgaatgtttcactacctaaaat-accttgtgtcatag 44531694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University