View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4364-Insertion-8 (Length: 740)

Name: NF4364-Insertion-8
Description: NF4364
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4364-Insertion-8
NF4364-Insertion-8
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (9-740)||(3232722-3233453)
chr8 (284-735)||(3235312-3235772)
chr8 (471-554)||(3258702-3258785)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 3233453 - 3232722
Alignment:
Q  9 gagttacatttttaaggttcgatttacatgaagaaaatattaacagaacaattgacgtaataacatttgtcacaggaaaatattaagtgttaaacacaat 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3233453 gagttacatttttaaggttcgatttacatgaagaaaatattaacagaacaattgacgtaataacatttgtcataggaaaatattaagtgttaaacacaat 3233354  T
Q  109 gatcataggtgaaaaccaaaacaactatttatacaaagttttagtatttgttgatattccaaacataattccaacacttgcagcatnnnnnnnncaattt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  3233353 gatcataggtgaaaaccaaaacaactatttatacaaagttttagtatatgttgatattccaaacataattccaacacttgcagcataaaaaaaacaattt 3233254  T
Q  209 attagatatcaagttgtacaatcttttaaatttgcacgagatacctaattaaagttaaatatgatcgaatgggttaaagttaaatacattaggatctatt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3233253 attagatatcaagttgtacaatcttttaaatttgcacgagatacctaattaaagttaaatatgatcgaatgggttaaagttaaatacattaggatctatt 3233154  T
Q  309 gagttaaatacataaggatctgctacaggagggatatttagtaaagaagagacacaagaatcccaaactttccaactcctttccaaaattgaagnnnnnn 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  3233153 gagttaaatacataaggatctgctacaggagggatatttagtaaagaagagacacaagaatcccaaactttccaactcctttccaaaattgaagtttttt 3233054  T
Q  409 ncttcttgaaattttctgatgccaaaatatattttgtcatgtcgtcatgacattgttttcccacctcattcacaaggttaaaacaacattcattaccagc 508  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3233053 tcttcttgaaattttctgatgcaaaaatatattttgtcatgtcgtcatgacattgttttcccacctcattcacaaggttaaaacaacattcattaccagc 3232954  T
Q  509 tgtttgattaccaaaaaatatactaaagaaaatttcatcaccacatggttggtataactttgttgcacaattttttaagtgtttttcaaaccatgatgac 608  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3232953 tgtttgattaccgaaaaatatactaaagaatatttcatcaccacatggttggtataactttgttgcacaattttttaagtgtttttcaaaccatgatgac 3232854  T
Q  609 tgggttggtgcatgaggagggggatcatttgatagttgaacatgagatgaaattccggtttgaactaacaaagcacaataagctattactattggtaata 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3232853 tgggttggtgcatgaggagggggatcatttgatagttgaacatgagatgaaattccggtttgaactaacaaagcacaataagctattactattggtaata 3232754  T
Q  709 aactaaaggtgttgaatgtagccatgggttga 740  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3232753 aactaaaggtgttgaatgttgccatgggttga 3232722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 284 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 3235772 - 3235312
Alignment:
Q  284 aaagttaaatacattaggatctattgagtta------aatacataaggatctgctacaggagggatatt---tagtaaagaagagacacaagaatcccaa 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||||||    ||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3235772 aaagttaaatacattaggatctattgagttatagttaaatacattaggatctgctgactgagggttattatttagtaaagaagagacacaagaatcccaa 3235673  T
Q  375 actttccaactcctttccaaaattgaagnnnnnnncttcttgaaattttctgatgccaaaatatattttgtcatgtcgtcatgacattgttttcccacct 474  Q
    |||||   |||||||| ||| |||||||       |||| | |||| |||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  3235672 acttttgcactccttttcaatattgaagttttgctcttcctaaaatcttctgatgtcaaaatagcttttgtcatgtcatcatgacattgttttcccactt 3235573  T
Q  475 cattcacaaggttaaaacaacattcattaccagctgtttgattaccaaaaaatatactaaagaaaatttcatcaccacatggttggtataactttgttgc 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  3235572 cattcacaaggttaaaacaacattccttaccaactgtttgattcccaaaatttatactaaagaaaatctcatcaccacatggttggtatacctttgtagc 3235473  T
Q  575 acaattttttaagtgtttttcaaaccatgatgactgggttggtgcatgaggagggggatcatttgatagttgaacatgagatgaaattccggtttgaact 674  Q
    |||||||||||| || ||||||||| |||||| |||||||| ||||| | ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||    
T  3235472 acaattttttaaatgcttttcaaacaatgatggctgggttgatgcatcaagagggggttcatttgatacttgagcatgagatgaaattccagtttcaact 3235373  T
Q  675 aacaaagcacaataagctattactattggtaataaactaaaggtgttgaatgtagccatgg 735  Q
    ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  3235372 aacaaagcaaaataagttaatactattggtaataaactaaaagtattgaatgtagccatgg 3235312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 471 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 3258785 - 3258702
Alignment:
Q  471 acctcattcacaaggttaaaacaacattcattaccagctgtttgattaccaaaaaatatactaaagaaaatttcatcaccacat 554  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| | | || ||||||| ||||||||||||    
T  3258785 acctcattaataaggttataacaacattcagtaccagttgtttgattaccagaaaacacagtatagaaaatctcatcaccacat 3258702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University