View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4370-Insertion-3 (Length: 972)

Name: NF4370-Insertion-3
Description: NF4370
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4370-Insertion-3
NF4370-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-972)||(45459033-45460002)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 912; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 912; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 972
Target Start/End: Original strand, 45459033 - 45460002
Alignment:
Q  8 ggatcacaacccaaaaacaaattatatattactattgatctcttcatttttagctagctaacaata--caatatcatacacaagtgcctctgtctctca- 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45459033 ggatcacaacccaaaaacaaattatatattactattgatctcttcatttctagctagctaacaatatacaatatcatacacaagtgcctctgtctctcac 45459132  T
Q  105 -aacaatattcaaaatgtgtgtgtcatgttcttcattgacaatgatgttcttaattttactaataataatgttgtttcccttatctataacctgttttga 203  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459133 aaacaatattcaaaatgtgtgtgtcatgttcttcattgacaatgatgttcttaattttactaataataatgttgtttcccttatctataacctgttttga 45459232  T
Q  204 cataacaaaaatattgtcccagtaccctgcatacagcagttacagcaactacctcacccaaacccaactagcaaccgaaataaactcgagacaaacgata 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459233 cataacaaaaatattgtcccagtaccctgcatacagcagttacagcaactacctcacccaaacccaactagcaaccgaaataaactcgagacaaacgata 45459332  T
Q  304 acagttcttgcagtcgataacagtgggatggcacctatctcaggaaaaccaatggatgtgatcaagaaggtgttaagcatccacgtcatcctcgactact 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459333 acagttcttgcagtcgataacagtgggatggcacctatctcaggaaaaccaatggatgtgatcaagaaggtgttaagcatccacgtcatcctcgactact 45459432  T
Q  404 ttgatgttcaaaaattccagcacatgggaaatcaacccataactgtcagcacattgtttcaatccagtggacaagctaagggatcggaaggtttcatgaa 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  45459433 ttgatgttcaaaaattccagcacatgggaaatcaacctataactgtcagcacattgtttcaatccagtggacaagctaagggatcggagggtttcatgaa 45459532  T
Q  504 agtcacagatcttagcacaggtgctgtcacttttacctctccttctgatcctaatggaacaggtgccaatttggttaaagctgttgtggcacaaccatac 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459533 agtcacagatcttagcacaggtgctgtcacttttacctctccttctgatcctaatggaacaggtgccaatttggttaaagctgttgtggcacaaccatac 45459632  T
Q  604 aatatttcagtggtgcagatcagcactgtcattttgccaccatctttgcttgcttcctccaatgccacatcacatgctccttctccggctcctgttgttt 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459633 aatatttcagtggtgcagatcagcactgtcattttgccaccatctttgcttgcttcctccaatgccacatcacatgctccttctccggctcctgttgttt 45459732  T
Q  704 cacctattccagctcctgtgccagtggtatcaccagtgccagttgcagcaccagttatagttccagtgcctatgcctgtggtatcgccagttccagtagt 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459733 cacctattccagctcctgtgccagtggtatcaccagtgccagttgcagcaccagttatagttccagtgcctatgcctgtggtatcgccagttccagtagt 45459832  T
Q  804 ttcaccggtgccaatagctactccagtttcggtaccagtaaagtccccagtgccggtagcagctccagctccagtagccgtaccagctgcagctccagct 903  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45459833 ttcaccggtgccaatagctactccagttccggtaccagtaaagtccccagtgccggtagcagctccagctccagtagccgtaccagctgcagctccagct 45459932  T
Q  904 ccagtagacgtaccagatgaagctccagctccagggccggc-atatcacctgtggaagctccagcaccag 972  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45459933 ccagtagccgtaccagttgaagctccagctccagggccggcaatatcacctgtggaaactccagcaccag 45460002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University