View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4372-Insertion-4 (Length: 615)

Name: NF4372-Insertion-4
Description: NF4372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4372-Insertion-4
NF4372-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-615)||(36964083-36964725)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 500; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 500; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 615
Target Start/End: Original strand, 36964083 - 36964725
Alignment:
Q  7 aaaatgtggtaattggtcttattgaagaactgatgattatagagga------tgaacacaaagagcttcttcaagaggttaacaatgatgcaatactcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964083 aaaatgtggtaattggtcttattgaagaactgatgattacagaggaagagaatgaacacaaagagcttcttcaagaggttaacaatgatgcaatactcta 36964182  T
Q  101 ccacttaaggt-ttgtaataatttgtaaatatgtaacaaatcacatgtagagaaaagggtctaattttcttataatgttaacaaatcacatgcagcaaat 199  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964183 ccactcaaggtattgtaataatttgtaaatatgtaacaaatcacatgtagagaaaagggtctaattttcttataatgttaacaaatcacatgcagcaaat 36964282  T
Q  200 caccctctccaacagttccagcttcaccagagatacaaatggactttcaagattcttaaatggtaatcaacattgtcttgtatatgatgtg------aat 293  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||    
T  36964283 caccctctccaacagttccagcttcaccagagatacaaatggactttcaagattcttaaatggtaatcaacattgtcttgtatatgatgtgaataataat 36964382  T
Q  294 atgatcatgtatatgagtattcatgcattaatgatgtgacaactcagaacagcagccactga---------tcaacactgttgtagtcacggtttgcctt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964383 atgatcatgtatatgagtattcatgcattaatgatgtgacaactcagaacagcagccactgatcaacactttcaacactgttgtagtcacggtttgcctt 36964482  T
Q  385 ggggtctcaattttttatattgtagagaattacg------------ttaataggctagctttaattctttatattagagaaatgcaaaggaaaaacatgt 472  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964483 ggggtcgcaattttttatattgtagagaattacgttcagtgtggcattaataggctagctttaattctttatattagagaaatgcaaaggaaaaacatgt 36964582  T
Q  473 attgatgaggtctatttttcttttgttttgctgctaccgattttgggtccaggatcaaccattggccgggtttttatcttcagtgaagtctgtggaggat 572  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964583 attgatgaggtctatttttcttttgttttgctgctaccaattttgggtccaggatcaaccattggccgggtttttatcttcagtgaagtctgtggaggat 36964682  T
Q  573 cattctgttcaagttgaacctgctaaagcagcaactttagata 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36964683 cattctgttcaagttgaacctgctaaagcagcaactttagata 36964725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University