View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4374-Insertion-1 (Length: 1092)

Name: NF4374-Insertion-1
Description: NF4374
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4374-Insertion-1
NF4374-Insertion-1
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (7-674)||(25321929-25322596)
chr6 (7-674)||(26151622-26152289)
chr6 (8-664)||(25324404-25325048)
chr6 (8-664)||(26154097-26154741)
chr6 (7-439)||(25989519-25989939)
chr6 (766-1078)||(25321521-25321837)
chr6 (766-1078)||(26151214-26151530)
chr6 (91-567)||(25434506-25434979)
chr6 (99-582)||(25442399-25442879)
chr6 (771-1078)||(25989187-25989501)
chr6 (38-93)||(25442873-25442928)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 25322596 - 25321929
Alignment:
Q  7 atcaagctcctgcatcggcatcacgatctgtaaagaaagaaccactgctacatcttctatcactaaaagaaaatgttgatgatgatggtgacgatgatga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322596 atcaagctcctgcatcggcatcacgatctgtaaagaaagaaccactgctacatcttctatcactaaaggaaaatgttgatgatgatggtgacgatgatga 25322497  T
Q  107 attaccattagaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaactggcggattaaaccgatcactcttgtaaaagcttccatacttagct 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25322496 attaccattagaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaactggcggattaaaccgaccactcttgtaaaagcttccaaacttagct 25322397  T
Q  207 ctaattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaacacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagtttgatcttag 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322396 ctaattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaagacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagtttgatcttag 25322297  T
Q  307 tatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtacca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322296 tatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtacca 25322197  T
Q  407 agcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattggctttcaaattgtagtataaggtgttgttgttt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25322196 agcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattgactttcaaattgtagtacaaggtgttgttgttt 25322097  T
Q  507 gtgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattgctatccagaagatgaccgcggtaatcatgaaaaaga 606  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25322096 gtgatgttgaactctgtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaagatgaccgcggtaatcatgaaaaaga 25321997  T
Q  607 atataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaatgaggtctgcaacacattttgatgaga 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25321996 atataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaacgaggtctgcaacacattttgatgaga 25321929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 26152289 - 26151622
Alignment:
Q  7 atcaagctcctgcatcggcatcacgatctgtaaagaaagaaccactgctacatcttctatcactaaaagaaaatgttgatgatgatggtgacgatgatga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26152289 atcaagctcctgcatcggcatcacgatctgtaaagaaagaaccactgctacatcttctatcactaaaggaaaatgttgatgatgatggtgacgatgatga 26152190  T
Q  107 attaccattagaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaactggcggattaaaccgatcactcttgtaaaagcttccatacttagct 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26152189 attaccattagaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaactggcggattaaaccgaccactcttgtaaaagcttccaaacttagct 26152090  T
Q  207 ctaattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaacacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagtttgatcttag 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26152089 ctaattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaagacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagtttgatcttag 26151990  T
Q  307 tatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtacca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26151989 tatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtacca 26151890  T
Q  407 agcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattggctttcaaattgtagtataaggtgttgttgttt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26151889 agcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattgactttcaaattgtagtacaaggtgttgttgttt 26151790  T
Q  507 gtgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattgctatccagaagatgaccgcggtaatcatgaaaaaga 606  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26151789 gtgatgttgaactctgtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattactatccagaagatgaccgcggtaatcatgaaaaaga 26151690  T
Q  607 atataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaatgaggtctgcaacacattttgatgaga 674  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26151689 atataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaacgaggtctgcaacacattttgatgaga 26151622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 664
Target Start/End: Original strand, 25324404 - 25325048
Alignment:
Q  8 tcaagctcctgcatcggcatcacgatctgtaaagaaagaaccactgctacatcttctatcactaaaagaaaatgttgatgatgatggtgacgatgatgaa 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |            |     
T  25324404 tcaagctcctgcatctgcatcacgatctgtaaagaaagaaccactgctacatcttctgtctctaaaagaaaatgttgatgatgacg------------ag 25324491  T
Q  108 ttaccattagaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaactggcggattaaaccgatcactcttgtaaaagcttccatacttagctc 207  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| || | |||||| ||| |||| || |||||||||||| |||| ||||    
T  25324492 ttaccattggaagaagaaatcaaaggaacactcaaacgacgacattgtacaaccggtgtattaaatcgaccacttttataaaagcttccaaacttcgctc 25324591  T
Q  208 taattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaacacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagtttgatcttagt 307  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  25324592 taattcgaacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccgagacttctctcttcaaaatactcgtcaagttgtttacgtcctagattgatcttagt 25324691  T
Q  308 atttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtaccaa 407  Q
    ||| ||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  25324692 attccctttaaactctataggtccaaaaaatgttgtattcttgtgtccttgatcaaacggtgtcaaactcacataaccaaaataattatctttgtaccaa 25324791  T
Q  408 gcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattggctttcaaattgtagtataaggtgttgttgtttg 507  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  25324792 gaaatcgcggtgattcttcggtaatagactatgatgttgttgttggggtttcgtattgtgacattgactttgaaattatagtataaggtattgttgtttg 25324891  T
Q  508 tgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattgctatccagaagatgaccgcggtaatcatgaaaaagaa 607  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||  | |  |  |||||| |||||    
T  25324892 tgaggttgaactcggtgagagtagcgtctgttatgtggaatttcacgcttgagggagagattactatccaggcgatgattgagaaagacatgaagaagaa 25324991  T
Q  608 tataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaatgaggtctgcaacacat 664  Q
    ||||||| | ||||||| | |||||| |||||| |||||||||  |||||| |||||    
T  25324992 tataacggcgtagattgagtaatagatgcaccagaaccaatgaaatctgcagcacat 25325048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 664
Target Start/End: Original strand, 26154097 - 26154741
Alignment:
Q  8 tcaagctcctgcatcggcatcacgatctgtaaagaaagaaccactgctacatcttctatcactaaaagaaaatgttgatgatgatggtgacgatgatgaa 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |            |     
T  26154097 tcaagctcctgcatctgcatcacgatctgtaaagaaagaaccactgctacatcttctgtctctaaaagaaaatgttgatgatgacg------------ag 26154184  T
Q  108 ttaccattagaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaactggcggattaaaccgatcactcttgtaaaagcttccatacttagctc 207  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| || | |||||| ||| |||| || |||||||||||| |||| ||||    
T  26154185 ttaccattggaagaagaaatcaaaggaacactcaaacgacgacattgtacaaccggtgtattaaatcgaccacttttataaaagcttccaaacttcgctc 26154284  T
Q  208 taattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaacacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagtttgatcttagt 307  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  26154285 taattcgaacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccgagacttctctcttcaaaatactcgtcaagttgtttacgtcctagattgatcttagt 26154384  T
Q  308 atttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtaccaa 407  Q
    ||| ||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  26154385 attccctttaaactctataggtccaaaaaatgttgtattcttgtgtccttgatcaaacggtgtcaaactcacataaccaaaataattatctttgtaccaa 26154484  T
Q  408 gcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattggctttcaaattgtagtataaggtgttgttgtttg 507  Q
    | |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  26154485 gaaatcgcggtgattcttcggtaatagactatgatgttgttgttggggtttcgtattgtgacattgactttgaaattatagtataaggtattgttgtttg 26154584  T
Q  508 tgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattgctatccagaagatgaccgcggtaatcatgaaaaagaa 607  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||  | |  |  |||||| |||||    
T  26154585 tgaggttgaactcggtgagagtagcgtctgttatgtggaatttcacgcttgagggagagattactatccaggcgatgattgagaaagacatgaagaagaa 26154684  T
Q  608 tataacgacatagattgtgcaatagaagcaccaaaaccaatgaggtctgcaacacat 664  Q
    ||||||| | ||||||| | |||||| |||||| |||||||||  |||||| |||||    
T  26154685 tataacggcgtagattgagtaatagatgcaccagaaccaatgaaatctgcagcacat 26154741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 7 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 25989939 - 25989519
Alignment:
Q  7 atcaagctcctgcatcggcatcacgatctgtaaagaaagaaccactgctacatcttctatcactaaaagaaaatgttgatgatgatggtgacgatgatga 106  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |            |    
T  25989939 atcatgctcctgcatctgcatcacgatccgtaaagaaagaaccactcttacatcttctgtcactaaaagaaaatgttgatgatgacg------------a 25989852  T
Q  107 attaccattagaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaactggcggattaaaccgatcactcttgtaaaagcttccatacttagct 206  Q
     |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  25989851 gttaccattggaagaagaaatcaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaaccggtggattaaaccgaccactcttataaaagcttccaaacttagct 25989752  T
Q  207 ctaattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaacacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagtttgatcttag 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||    
T  25989751 ctaattcgaacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaagacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttcttgacgtccaagattgatcctag 25989652  T
Q  307 tatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtacca 406  Q
    |||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  25989651 tatttcctttaaactctataggttcaagaaatgttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtctttgtaccg 25989552  T
Q  407 agcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaat 439  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25989551 agcaatcacagtgattcttcggtaataaacaat 25989519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 766 - 1078
Target Start/End: Complemental strand, 25321837 - 25321521
Alignment:
Q  766 gggtatggtgtgttgcttttgcttttctaggtgatttcgttgcaatatactacagagtatggaaagaacatagatcattgacttttggaaaggagtgatg 865  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25321837 gggtatggtgtgttgcttttgcttttctaggtgatttcgttgcaatatactacagagtatggaaagaacatagatcattgacttttggaaaggagtgatg 25321738  T
Q  866 aagaaaaattcaattgcttgagtaacaaggaactggtggatgggtcaattttattcagagatgagtttataaatattatat-ttttgttgctgagaatat 964  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25321737 aagaaaaattcaattgcttgagtaacaaggaactggtggatgggtcaattttattcagagatgagtttataaatattatattttttgttgctgagaatat 25321638  T
Q  965 atgt--gagagagaggaaataaactatattaacacttcgaaatatacgaatttaaaataatttattcttcgaaatttaaaag-aatgataaaaggaagag 1061  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||    
T  25321637 atgtgagagagagaggaaataaactatattaacacttcaaaatatacgaatttaaaataatttactcttcgaaatttaaaagaaatgataaaaaggagag 25321538  T
Q  1062 agaaaactttatcatgt 1078  Q
    | |||||||||||||||    
T  25321537 aaaaaactttatcatgt 25321521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 766 - 1078
Target Start/End: Complemental strand, 26151530 - 26151214
Alignment:
Q  766 gggtatggtgtgttgcttttgcttttctaggtgatttcgttgcaatatactacagagtatggaaagaacatagatcattgacttttggaaaggagtgatg 865  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26151530 gggtatggtgtgttgcttttgcttttctaggtgatttcgttgcaatatactacagagtatggaaagaacatagatcattgacttttggaaaggagtgatg 26151431  T
Q  866 aagaaaaattcaattgcttgagtaacaaggaactggtggatgggtcaattttattcagagatgagtttataaatattatat-ttttgttgctgagaatat 964  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26151430 aagaaaaattcaattgcttgagtaacaaggaactggtggatgggtcaattttattcagagatgagtttataaatattatattttttgttgctgagaatat 26151331  T
Q  965 atgt--gagagagaggaaataaactatattaacacttcgaaatatacgaatttaaaataatttattcttcgaaatttaaaag-aatgataaaaggaagag 1061  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||    
T  26151330 atgtgagagagagaggaaataaactatattaacacttcaaaatatacgaatttaaaataatttactcttcgaaatttaaaagaaatgataaaaaggagag 26151231  T
Q  1062 agaaaactttatcatgt 1078  Q
    | |||||||||||||||    
T  26151230 aaaaaactttatcatgt 26151214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 91 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 25434979 - 25434506
Alignment:
Q  91 atggtgacgatgatgaattaccattagaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaactggcggattaaaccgatcactcttgtaaaa 190  Q
    ||||||| ||||| || |||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||| || ||    
T  25434979 atggtgatgatgacgagttactattgaaagaagaaaccaaaggaactctcaaacgacgacactgcagaaccggtggattaaaccgaccactcttatagaa 25434880  T
Q  191 gcttccatacttagctctaattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaacacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttgttgacgt 290  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || | ||||| || |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  25434879 gcttccatacttagctctaattcgaatatcaaaatcaacagccaaatctttataaatcctaagacgcgtctcttcagaatactcgttaagttgttgacgt 25434780  T
Q  291 ccaagtttgatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaac 390  Q
    |||||||||||   || |||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| | | || ||| |||     
T  25434779 ccaagtttgatgaaagcatttcctttaaattctataggtccaagaaaagtggtattcttgtgtccttgatcaaagggtgtcaaagttatatgactgaaat 25434680  T
Q  391 cattgtctttgtaccaagcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattggctttcaaattgtagta 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||||  |||| |||||||| ||    
T  25434679 cattgtctttgtaccaagcaatcgccttgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtttcttgctgtgacattcactttgaaattgtaata 25434580  T
Q  491 taaggtgttgttgtttgtgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggaga 567  Q
    |||   ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||    
T  25434579 taa---gttgttgtttgtgagattgaactcggtgagagttgcatcggttacgtgaaatttcacgcttgaaggggaga 25434506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 99 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 25442879 - 25442399
Alignment:
Q  99 gatgatgaattaccattagaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgacgacactgcacaactggcggattaaaccgatcactcttgtaaaagcttccat 198  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || || ||||||||| |||| || |||||||| |||     
T  25442879 gatgatgagttaccattggaagaagaaaccaaaggaacactcaaacgaccacactgaacaaccggtggcttaaaccgaccacttttataaaagctaccaa 25442780  T
Q  199 acttagctctaattcggacatcaaaatcaacagccaaatcattgtgaatcccaacacgcctctcttcaaaatactcgtcaagttgttgacgtccaagttt 298  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || | |||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25442779 acttagctctaattcgaaaatcaaaatcaacagccaaatcgttataaatcccaagacgcgtctcttcagaatactcgttaagttgttgacgtccaagttt 25442680  T
Q  299 gatcttagtatttcctttaaactcaatcggtccaagaaaagttgtattcttgtgtccttgatcgaacggtgtcaaactcacataactaaaaccattgtct 398  Q
    |||  ||| |||||||||||| || |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || | ||||||| ||  ||| ||| ||||||||    
T  25442679 gatggtagcatttcctttaaattctacaggtccaagaaaagtggtattcttgtgtccttgatcaaagggagacaaactcgcacgactgaaatcattgtct 25442580  T
Q  399 ttgtaccaagcaatcgcagtgattcttcggtaataaacaatgatgttgttgttggggtttcgtactgtgacattggctttcaaattgtagtataaggtgt 498  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| | |||||| |||  |||| ||||||||  ||||   ||    
T  25442579 ttgtaccaggcaatcgcggtgattcttcgataatagactatgatgttgttgttggggtttcttgctgtgatattcactttgaaattgtaaaataa---gt 25442483  T
Q  499 tgttgtttgtgatgttgaactcggtgagagtagcatcggttatgtggaatttcacgcttgagggggagattgctatccagaaga 582  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25442482 tgttgtttgtgaggttgaactcggtgagagatgcatcagttacgtgaaatttcacgcttgagggggagattactatccagaaga 25442399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 771 - 1078
Target Start/End: Complemental strand, 25989501 - 25989187
Alignment:
Q  771 tggtgtgttgcttttgc-ttttctaggtgatttcgttgcaatatactacagagtatggaaagaacatagatcattgacttttggaaaggagtgatgaaga 869  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||   | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25989501 tggtgtgttgcttttgaattttctaggtgatttcgttggaatataccaaagagtaaaaagagaacatagatcattgacttttggaaagaagtgatgaaga 25989402  T
Q  870 aaaattcaattgcttgagtaacaaggaactggtggatgggtcaattttattcagagatgagtttataaatattatat-ttttgttgctgagaatatatgt 968  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  25989401 aaaattcaattgcttgagtaacaaggaactggtggatgggtcaattttattcagagatgagtttataaatattatattttttgttgctgagattatatgt 25989302  T
Q  969 ----gagagagaggaaataaactatattaacacttcgaaatatacgaatttaaaataatttattcttcgaaatttaaaag-aatgataaaaggaagagag 1063  Q
        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||     
T  25989301 gagagagagagaggaaataaactatattaacacttcaaaatatacgaatttaaaataatttattcttcgaaagttaaaagaaatgataaaaaggagagaa 25989202  T
Q  1064 aaaactttatcatgt 1078  Q
    |||||||||||||||    
T  25989201 aaaactttatcatgt 25989187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 25442928 - 25442873
Alignment:
Q  38 aaagaaagaaccactgctacatcttctatcactaaaagaaaatgttgatgatgatg 93  Q
    |||||||||| ||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  25442928 aaagaaagaatcagcgctacatcttctggtactaaaagaaaatgttgatgatgatg 25442873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University