View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4376-Insertion-4 (Length: 820)

Name: NF4376-Insertion-4
Description: NF4376
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4376-Insertion-4
NF4376-Insertion-4
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (7-818)||(47927860-47928671)
chr3 (154-492)||(47935441-47935779)
chr3 (144-509)||(47918235-47918597)
chr3 (154-547)||(47909079-47909472)
chr3 (161-491)||(47946590-47946920)
chr3 (582-779)||(47919317-47919510)
chr3 (579-818)||(47909519-47909754)
chr3 (18-88)||(37431956-37432026)
chr3 (676-767)||(47941063-47941150)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 748; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 748; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 818
Target Start/End: Original strand, 47927860 - 47928671
Alignment:
7 aatatgatgaaatgaatgatttgataagaaacaacaagaaagtaaacttgcaagaaacatatttattgttcatcaaacacattatatattatatagttaa 106  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47927860 aatatgatgaattgaatgatttgataagaaacaacaagaaagtaaacttgcaagaaacatatttattgttcatcaaacacattatatattatatagttaa 47927959  T
107 tcaatatctgatttcgagcacatgaaggagggtttcttccagctccaccaaagtagaatacaggatcttttccatatggagcatcattgagggcactgta 206  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
47927960 tcaatatctgatttcaagcacataaaggagggtttcttccagctcctccaaagtagaatacaggatcttttccatatggagcgtcattgagggcactgta 47928059  T
207 acaatatggttctgcagcatgtgtacttacaaatgatggatacttaagagcttgtgaataatctttaattctcacactacccatgtaacatgcggcccca 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47928060 acaatatggttctgcagcatgtgtacttacaaatgatggatacttaagagcttgtgaataatctttaattctcacactacccatgtaacatgcggcccca 47928159  T
307 aatcgaccacttgctgcctctccactacccatttgtgttcctgtgtgaggaggttttgttttaaccgcataactaaacacttgtccaccccattgaatca 406  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
47928160 aatcgaccacttgctgcatctccactacccatctgtgttcctgtgtgaggaggttttgttttgacctcataactaaacacttgtccaccccattgaatca 47928259  T
407 atgctgcactgtgtcttaaattacctaataactctgctggccaataacctacagggatgttattcttcactttaagccaccagttttgggcattatccta 506  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
47928260 atgttgcactgtgtcttaaattacctaataactctgctggccaataacctacagggatgttattcttcactttaaaccaccagttttgggcattatccta 47928359  T
507 aatcaagccaacatattaagagaaattaaaataacaattattttgtactacaattagcgcttctactttgtaattattacctggaatattccaacattga 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
47928360 aatcaagccaacatattaagagaaattaaaataacaatcattttgtactacaattagcgcttctactttgtaattattacctgaaatattccaacattga 47928459  T
607 tttcatattgttgttgatgaggggatgaaacaggtcctagggtagcaccaagggctatacccttgtttgtttgcacaataccatgacatgtaagatcaaa 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
47928460 tttcatattgttgttgatgaggggatgaaacaggtcctagggtagcaccaagggctatacccttgtttgtttgcacaaaaccatgacatgtaagatcaaa 47928559  T
707 gcagcctgttgacttgtatgtatctttctgcatgcaccacaatcaagaaaccaaaaatcaatgtttatttctcttagggtttgtggttataatgtaacta 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
47928560 gcagcctgttgacttgtatgtatctttctgcatgcaccacaatcaagaaaccaaaaatcaatgtttatttctcttagggtttgtggttataaaataacta 47928659  T
807 taagatttgaaa 818  Q
    ||||||||||||    
47928660 taagatttgaaa 47928671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 154 - 492
Target Start/End: Original strand, 47935441 - 47935779
Alignment:
154 ccaaagtagaatacaggatcttttccatatggagcatcattgagggcactgtaacaatatggttctgcagcatgtgtacttacaaatgatggatacttaa 253  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| |||||| || |    
47935441 ccaaaataaaatacaggatcttgtccatatggagcttcattgagggcactgtaacaatatggttctgcagcataagtagttacatatgctggatatttga 47935540  T
254 gagcttgtgaataatctttaattctcacactacccatgtaacatgcggccccaaatcgaccacttgctgcctctccactacccatttgtgttcctgtgtg 353  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| ||| | |  ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||    
47935541 gagcttttgaataatccttaattctaacattgcttatgtaacatgcgaacccaaatcgaccacttgcttcttctccactacccatctgtgttcctgtgtg 47935640  T
354 aggaggttttgttttaaccgcataactaaacacttgtccaccccattgaatcaatgctgcactgtgtcttaaattacctaataactctgctggccaataa 453  Q
    ||||||  | ||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
47935641 aggaggggtagttttgacctgataactaaacacttgtcctccccattgaaccaatgttgcactgtgtcttaaattacccaataattccgctggccaataa 47935740  T
454 cctacagggatgttattcttcactttaagccaccagttt 492  Q
    |||||   |||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
47935741 cctaccatgatggtatccttcactctaagccaccagttt 47935779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 144 - 509
Target Start/End: Original strand, 47918235 - 47918597
Alignment:
144 tccagctccaccaaagtagaatacaggatcttttccatatggagcatcattgagggcactgtaacaatatggttctgcagcatgtgtacttacaaatgat 243  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
47918235 tccagcacctccaaaatagaatacaggatcttttccatatggagcatcattgaaggcactgtaacaatatggttctatagcatgtgtacttacaaatgat 47918334  T
244 ggatacttaagagcttgtgaataatctttaattctcacactacccatgtaacatgcggccccaaatcgaccacttgctgcctctccactacccatttgtg 343  Q
    || |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||||||  |  |  |||| | |||||||||||||||||||    
47918335 gggtacttaagtgcttgcgaattatctttgattctcacaccacccatgtaacatgcaaccccaaatttattatatgcttcttctccactacccatttgtg 47918434  T
344 ttcctgtgtgaggaggttttgttttaaccgcataactaaacacttgtccaccccattgaatcaatgctgcactgtgtcttaaattacctaataactctgc 443  Q
    |||| ||||||||||   || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||     |  ||  ||||  | |||||||      
47918435 ttccagtgtgaggag---tttttttgacctcataactaaacacttgtccaccccattgaaccaatgatgcagaactttgtaggttactcactaactcttt 47918531  T
444 tggccaataacctacagggatgttattcttcactttaagccaccagttttgggcattatcctaaat 509  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||    
47918532 tggccaataacctacaggaatgttattcttcactttaagccaccagtttccagaattatcctaaat 47918597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 154 - 547
Target Start/End: Original strand, 47909079 - 47909472
Alignment:
154 ccaaagtagaatacaggatcttttccatatggagcatcattgagggcactgtaacaatatggttctgcagcatgtgtacttacaaatgatggatacttaa 253  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |  || ||| ||||||||||  |||| |||  ||| |||||||    
47909079 ccaaagaagaacacagggtcttttccatatggagcaatatttagggcactgtaacactcaggctctccagcatgtgtggttacgaattgtgggtacttaa 47909178  T
254 gagcttgtgaataatctttaattctcacactacccatgtaacatgcggccccaaatcgaccacttgctgcctctccactacccatttgtgttcctgtgtg 353  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    ||||| || ||||||  |  | ||  |  |  |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||    
47909179 gagcttgtgagtaatctttaattctcactgcgcccatatagcatgcgtgcttatatttattatatgcttcttctccactccccatttgtgttcctgtgtg 47909278  T
354 aggaggttttgttttaaccgcataactaaacacttgtccaccccattgaatcaatgctgcactgtgtcttaaattacctaataactctgctggccaataa 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |   | |||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||    
47909279 aggaggttttgttttaaccgcataactaaatacttgtccaccccattgaaccgtcgttgcactgtgtttcaaattaccaaataactcagctggccaataa 47909378  T
454 cctacagggatgttattcttcactttaagccaccagttttgggcattatcctaaatcaagccaacatattaagagaaattaaaataacaattat 547  Q
    ||||| || || |||||||| | |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
47909379 cctactggtatattattcttaattttaagccaccagttttggttattatcctaaatcaaacaaacatattaagagaaattaaaattacaattat 47909472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 161 - 491
Target Start/End: Original strand, 47946590 - 47946920
Alignment:
161 agaatacaggatcttttccatatggagcatcattgagggcactgtaacaatatggttctgcagcatgtgtacttacaaatgatggatacttaagagcttg 260  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||  ||||||||| |||| ||     
47946590 agaagacaggatcttttccatattgaacatcgttgagggcactgtaacagtaaggttctgctgcatatgtacttacaaattgtggatacttgagagtttc 47946689  T
261 tgaataatctttaattctcacactacccatgtaacatgcggccccaaatcgaccacttgctgcctctccactacccatttgtgttcctgtgtgaggaggt 360  Q
    ||||||||| |||||||||||| |   |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
47946690 tgaataatccttaattctcacatttgtcatgtaacatgcgaacccaaatcgaccacttgctgcttctccactacccatttgtgttcctgtgtgaggaggg 47946789  T
361 tttgttttaaccgcataactaaacacttgtccaccccattgaatcaatgctgcactgtgtcttaaattacctaataactctgctggccaataacctacag 460  Q
     ||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||  ||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||     
47946790 gttgttttcacattataactaaacacttgtccaccccattgaaccaatgttgcactatgttgtaagttacccactatcgctgctggccaataacctacaa 47946889  T
461 ggatgttattcttcactttaagccaccagtt 491  Q
     ||| |||| ||||| | |||||||||||||    
47946890 tgattttatccttcattctaagccaccagtt 47946920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 582 - 779
Target Start/End: Original strand, 47919317 - 47919510
Alignment:
582 attacctggaatattccaacattgatttcatattgttgttgatgaggggatgaaacaggtcctagggtagcaccaagggctatacccttgtttgtttgca 681  Q
    |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
47919317 attacccgaaatattccaacgttgatttcatattgttggtgagaagggactgaaacaggtcctagggtagcaccaagcgctatatccttgtttgtttgca 47919416  T
682 caataccatgacatgtaagatcaaagcagcctgttgacttgtatgtatctttctgcatgcaccacaatcaagaaaccaaaaatcaatgtttatttctc 779  Q
    ||| ||| |  || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
47919417 caaaacccttgcaagtaagatcaaaacatcctgttgacttgtatgtatctttctgcat----cataatcaagaaacaaaaaatcaatgcttatttctc 47919510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 579 - 818
Target Start/End: Original strand, 47909519 - 47909754
Alignment:
579 attattacctggaatattccaacattgatttcatattgttgttgatgaggggatgaaacaggtcctagggtagcaccaagggctatacccttgtttgttt 678  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||  |  ||||  ||||| |||| ||| | |||||||||| |||| | |||| |||||||    
47909519 attattacctgaaatattccaacgtttatttcatattgttgtccaaaagggattgaaataggtgctaagatagcaccaagcgctacatccttatttgttt 47909618  T
679 gcacaataccatgacatgtaagatcaaagcagcctgttgacttgtatgtatctttctgcatgcaccacaatcaagaaaccaaaaatcaatgtttatttct 778  Q
    |||||| ||| |  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||    
47909619 gcacaaaacccttgcaagtaagatcaaagcaacctgttgacttgtatgtatctttc----tgcaccacaatcaataaatcaaaaatcaatg-ttgtttct 47909713  T
779 cttagggtttgtggttataatgtaa-ctataagatttgaaa 818  Q
    ||||| ||||||||||||||   || |||||||||||||||    
47909714 cttagagtttgtggttataaaaaaatctataagatttgaaa 47909754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 37432026 - 37431956
Alignment:
18 atgaatgatttgataagaaacaacaagaaagtaaacttgcaagaaacatatttattgttcatcaaacacat 88  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37432026 atgaatgattagataagaaacaacaagaaagtaaacttgcaagaaacatatttattgttcatcaaacacat 37431956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 676 - 767
Target Start/End: Original strand, 47941063 - 47941150
Alignment:
676 tttgcacaataccatgacatgtaagatcaaagcagcctgttgacttgtatgtatctttctgcatgcaccacaatcaagaaaccaaaaatcaa 767  Q
    ||||||||| ||||  ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||    |||||| ||||||||||||||||||||||    
47941063 tttgcacaaaaccactacaggtaagatcaaagcaacctgttgactggtatgaatctttc----tgcaccgcaatcaagaaaccaaaaatcaa 47941150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University