View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4378-Insertion-3 (Length: 1000)

Name: NF4378-Insertion-3
Description: NF4378
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4378-Insertion-3
NF4378-Insertion-3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-972)||(33252390-33253353)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 721; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 721; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 972
Target Start/End: Complemental strand, 33253353 - 33252390
Alignment:
Q  7 aattaatccatgttcatactgttatgtcattaacgatgacagtttacgaaattgtagggcaaaacagaaaattttatagaaatcaaaattaatgttctct 106  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33253353 aattaatccatgtccatgctgttatgtcattaacgatgacagtttacgaaattgtagggcaaaacagaaaattttatagaaatcaaaattaatgttctct 33253254  T
Q  107 atatttaaacacacaagnnnnnnnnttactagttagctcaatagacccatcagtttcgctcccaaccgactattttttgtgtgaaactccatcggatcat 206  Q
    |||||||||||||||||        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33253253 atatttaaacacacaagaaaaaaaattacttgttagctcaatagacccatcagtttcgctcccaattgactattttttgtgtgaaactccatcggatcat 33253154  T
Q  207 aactctctatgacttttttcagcaaggtgattaattatgaggggtctattgaactcgtagaatttccaagtcatgaatggtgatcaatgcactctacgag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33253153 aactctctatgacttttttcagcaaggtgattaattatgaggggtctattgaattcgtagaatttccaagtcatgaatggtgatcaatgcactctacgag 33253054  T
Q  307 caatcccttgaaccattactctcaaactttgcaagcccaacactttgaacaacctccatcttctttggaagagaggaaaactaacaataaattcatcaat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33253053 caatcccttgaaccattactctcaaactttgcaagcccaacactttgaacaacctccatcttctttgaaagagaggaaaactaacaataaattcatcaat 33252954  T
Q  407 ttttaaacaaagaaatatttataaatctaaatttatcatcatgctaannnnnnnggtcttaatcacgattcagaaggaaaggaacaccgatagtccggtc 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33252953 ttttaaacaaagaaatatttataaatctaaatttatcatcatgctaatttttttggtcttaatcatgattcagaaggaaaggaacaccgatagtccggtc 33252854  T
Q  507 tttggtcaagagatataggtaacatcttattaataatttagttaaaatatgaacttggattctcttgattcattcttaacaggagtttgttaactacttg 606  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33252853 tttggtcaagag--ataggtaacatcttactaataatttagttaaaatatgaacttggattctcttgattcattcttaataggagtttgttaactacttg 33252756  T
Q  607 agtataatcactcatttagtgcgatgttatttggtaggaggaaattctttatgaaatagtaaatacacaattttttatccatgttttacgttacttgata 706  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33252755 agtataatcactcatttagtacgatgttatttggtaggagggaattctttatgaaatagtaaatacacaattttttgtccatgttttacgttacttgata 33252656  T
Q  707 taatacgagtaagtcctttagnnnnnnnnnnnngaagggataataagtctgttagttaaaaaattgatatacaactagatcaaataagattatgtttttt 806  Q
    |||||||||||||||||||||            |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33252655 taatacgagtaagtcctttag--ttttttttttgaagggataataagtccgttagttaaaaagttgatatacaactagatcaaataagattatgtttttt 33252558  T
Q  807 ctcgatttttattcaatgtaatatggaatggacttagatcgatgatccagttgtagaagcatggggaggatgacagtagttgctcaaa-gggatgatgtt 905  Q
    ||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  33252557 ctcgatttttattcaatgtgat-----ctggacttagatcgacgatccagttgtagaagcatggggaggatgacaatagttgctcaaaggggatgatgtt 33252463  T
Q  906 t-tgc-aatactcttgc-gtcaaattagtttgtgatc-aatgtgtg--aatttaagggttaaaagtagtgcac 972  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||| |||||    
T  33252462 tctgcaaatactcttgcggtcaaattagtttgtgatcaaatgtgtggaattttaagggttaaaagtaatgcac 33252390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University